# TARGET T0471 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0471.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.0751 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.027 0.016 0.004 0.032 0.010 0.023 0.027 0.002 0.001 0.002 0.858 2 W 0.034 0.020 0.006 0.045 0.020 0.067 0.067 0.001 0.001 0.003 0.737 3 N 0.048 0.038 0.003 0.026 0.030 0.054 0.138 0.002 0.001 0.007 0.652 4 D 0.060 0.069 0.004 0.013 0.008 0.018 0.077 0.001 0.001 0.004 0.745 5 L 0.043 0.149 0.002 0.012 0.009 0.020 0.354 0.003 0.001 0.003 0.406 6 A 0.133 0.229 0.002 0.012 0.009 0.019 0.277 0.004 0.001 0.008 0.306 7 V 0.123 0.611 0.004 0.010 0.010 0.015 0.056 0.004 0.001 0.003 0.164 8 Y 0.064 0.746 0.011 0.012 0.025 0.024 0.016 0.002 0.001 0.002 0.099 9 I 0.024 0.803 0.009 0.014 0.025 0.024 0.012 0.003 0.001 0.001 0.084 10 I 0.030 0.760 0.006 0.017 0.045 0.055 0.008 0.003 0.001 0.001 0.076 11 R 0.039 0.729 0.003 0.017 0.048 0.062 0.009 0.008 0.001 0.001 0.082 12 C 0.090 0.577 0.007 0.019 0.061 0.076 0.015 0.022 0.001 0.002 0.130 13 S 0.118 0.301 0.022 0.028 0.056 0.099 0.039 0.056 0.001 0.006 0.275 14 G 0.185 0.092 0.031 0.028 0.052 0.060 0.071 0.024 0.001 0.007 0.449 15 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 16 G 0.014 0.001 0.001 0.020 0.016 0.027 0.121 0.002 0.001 0.006 0.790 17 T 0.567 0.003 0.012 0.035 0.026 0.020 0.059 0.001 0.001 0.017 0.261 18 R 0.044 0.003 0.003 0.352 0.142 0.088 0.144 0.001 0.001 0.003 0.220 19 V 0.006 0.001 0.001 0.192 0.057 0.074 0.072 0.001 0.001 0.003 0.593 20 V 0.001 0.001 0.001 0.717 0.102 0.142 0.011 0.001 0.001 0.001 0.025 21 E 0.001 0.001 0.001 0.376 0.042 0.080 0.033 0.001 0.001 0.001 0.465 22 V 0.002 0.001 0.001 0.616 0.086 0.183 0.021 0.001 0.001 0.001 0.090 23 G 0.003 0.002 0.001 0.354 0.071 0.135 0.070 0.001 0.001 0.005 0.361 24 A 0.013 0.003 0.001 0.181 0.081 0.142 0.108 0.001 0.001 0.006 0.465 25 G 0.026 0.005 0.001 0.159 0.035 0.076 0.120 0.001 0.001 0.007 0.571 26 R 0.060 0.008 0.005 0.055 0.021 0.036 0.185 0.001 0.001 0.012 0.618 27 F 0.099 0.040 0.006 0.048 0.013 0.037 0.093 0.002 0.001 0.009 0.653 28 L 0.076 0.068 0.008 0.049 0.029 0.055 0.085 0.002 0.001 0.005 0.624 29 Y 0.016 0.136 0.003 0.015 0.010 0.013 0.073 0.001 0.001 0.003 0.729 30 V 0.042 0.363 0.013 0.016 0.009 0.022 0.123 0.002 0.001 0.003 0.405 31 S 0.034 0.698 0.001 0.007 0.003 0.012 0.064 0.004 0.001 0.001 0.176 32 D 0.024 0.813 0.001 0.002 0.002 0.003 0.043 0.002 0.001 0.001 0.108 33 Y 0.039 0.885 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.062 34 I 0.035 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.012 35 R 0.024 0.944 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.019 36 K 0.068 0.811 0.012 0.002 0.002 0.004 0.008 0.032 0.001 0.001 0.061 37 H 0.244 0.541 0.020 0.004 0.003 0.003 0.007 0.098 0.001 0.003 0.078 38 S 0.331 0.132 0.032 0.013 0.008 0.008 0.034 0.067 0.001 0.004 0.370 39 K 0.033 0.022 0.361 0.025 0.008 0.010 0.035 0.004 0.001 0.002 0.499 40 V 0.019 0.011 0.011 0.196 0.089 0.067 0.107 0.002 0.001 0.005 0.492 41 D 0.031 0.012 0.005 0.241 0.082 0.101 0.103 0.001 0.001 0.008 0.416 42 L 0.014 0.015 0.001 0.610 0.101 0.119 0.025 0.001 0.001 0.001 0.113 43 V 0.011 0.016 0.002 0.450 0.137 0.223 0.030 0.001 0.001 0.003 0.128 44 L 0.008 0.016 0.001 0.536 0.100 0.213 0.026 0.001 0.001 0.002 0.096 45 T 0.010 0.010 0.001 0.164 0.205 0.241 0.038 0.001 0.001 0.001 0.329 46 D 0.016 0.005 0.002 0.082 0.062 0.138 0.042 0.002 0.001 0.005 0.646 47 I 0.039 0.005 0.003 0.050 0.060 0.098 0.267 0.002 0.001 0.010 0.465 48 K 0.113 0.005 0.004 0.031 0.043 0.070 0.290 0.002 0.001 0.011 0.432 49 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 50 S 0.008 0.004 0.001 0.014 0.025 0.057 0.098 0.001 0.001 0.007 0.786 51 H 0.456 0.003 0.005 0.012 0.004 0.007 0.044 0.001 0.001 0.011 0.457 52 G 0.118 0.010 0.006 0.019 0.015 0.019 0.070 0.001 0.001 0.003 0.740 53 G 0.037 0.007 0.004 0.059 0.069 0.098 0.130 0.001 0.001 0.011 0.586 54 I 0.057 0.013 0.005 0.097 0.067 0.093 0.106 0.001 0.001 0.007 0.555 55 V 0.037 0.025 0.004 0.204 0.122 0.226 0.105 0.001 0.001 0.003 0.272 56 R 0.038 0.027 0.003 0.128 0.055 0.152 0.136 0.002 0.001 0.004 0.455 57 D 0.032 0.052 0.001 0.094 0.073 0.109 0.042 0.001 0.001 0.003 0.592 58 D 0.094 0.072 0.002 0.051 0.044 0.073 0.115 0.008 0.001 0.013 0.528 59 I 0.237 0.117 0.013 0.060 0.040 0.065 0.179 0.010 0.001 0.010 0.268 60 T 0.153 0.065 0.014 0.049 0.036 0.103 0.316 0.014 0.001 0.012 0.237 61 S 0.177 0.048 0.013 0.029 0.044 0.059 0.148 0.006 0.001 0.012 0.464 62 P 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.989 63 R 0.023 0.012 0.003 0.023 0.013 0.032 0.419 0.003 0.001 0.009 0.462 64 M 0.307 0.029 0.013 0.039 0.017 0.023 0.088 0.002 0.001 0.015 0.466 65 E 0.085 0.091 0.008 0.100 0.079 0.081 0.172 0.001 0.001 0.006 0.376 66 I 0.060 0.076 0.009 0.070 0.053 0.076 0.085 0.001 0.001 0.005 0.564 67 Y 0.077 0.173 0.001 0.142 0.100 0.195 0.049 0.002 0.001 0.005 0.256 68 R 0.055 0.173 0.005 0.069 0.049 0.057 0.093 0.008 0.001 0.004 0.485 69 G 0.125 0.076 0.002 0.099 0.040 0.085 0.088 0.023 0.001 0.010 0.451 70 A 0.358 0.034 0.043 0.119 0.061 0.085 0.042 0.009 0.001 0.011 0.238 71 A 0.013 0.008 0.006 0.328 0.274 0.132 0.069 0.001 0.001 0.004 0.164 72 L 0.009 0.004 0.011 0.366 0.115 0.173 0.066 0.001 0.001 0.004 0.252 73 I 0.002 0.002 0.001 0.789 0.057 0.098 0.012 0.001 0.001 0.001 0.039 74 Y 0.001 0.004 0.001 0.691 0.095 0.133 0.020 0.001 0.001 0.002 0.053 75 S 0.004 0.002 0.001 0.614 0.093 0.159 0.014 0.001 0.001 0.001 0.112 76 I 0.011 0.002 0.001 0.432 0.086 0.198 0.036 0.001 0.001 0.002 0.233 77 R 0.007 0.002 0.003 0.173 0.086 0.109 0.205 0.001 0.001 0.007 0.407 78 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 79 P 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.008 0.001 0.001 0.001 0.976 80 A 0.018 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.063 0.001 0.001 0.002 0.905 81 E 0.160 0.016 0.001 0.004 0.003 0.004 0.251 0.001 0.001 0.003 0.558 82 I 0.332 0.306 0.003 0.008 0.005 0.009 0.076 0.001 0.001 0.004 0.254 83 H 0.169 0.521 0.002 0.007 0.005 0.013 0.086 0.004 0.001 0.002 0.192 84 S 0.036 0.464 0.002 0.003 0.002 0.003 0.026 0.002 0.001 0.001 0.460 85 S 0.042 0.617 0.002 0.002 0.001 0.002 0.042 0.006 0.001 0.001 0.285 86 L 0.068 0.776 0.005 0.001 0.001 0.002 0.033 0.010 0.001 0.001 0.102 87 M 0.019 0.907 0.004 0.001 0.001 0.002 0.009 0.002 0.001 0.001 0.055 88 R 0.007 0.901 0.003 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.064 89 V 0.024 0.935 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.031 90 A 0.011 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 91 D 0.025 0.928 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.027 92 A 0.122 0.809 0.009 0.002 0.002 0.002 0.002 0.019 0.001 0.001 0.032 93 V 0.136 0.692 0.025 0.009 0.006 0.004 0.004 0.069 0.001 0.001 0.053 94 G 0.229 0.150 0.024 0.065 0.032 0.034 0.023 0.113 0.001 0.003 0.327 95 A 0.038 0.036 0.597 0.089 0.021 0.029 0.019 0.007 0.001 0.002 0.162 96 R 0.007 0.005 0.004 0.660 0.095 0.039 0.099 0.001 0.001 0.002 0.089 97 L 0.012 0.004 0.007 0.542 0.040 0.028 0.086 0.001 0.001 0.008 0.272 98 I 0.001 0.001 0.001 0.959 0.010 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.009 99 I 0.001 0.002 0.001 0.770 0.011 0.026 0.031 0.001 0.001 0.003 0.155 100 K 0.001 0.001 0.001 0.874 0.025 0.040 0.016 0.001 0.001 0.001 0.043 101 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 102 L 0.003 0.001 0.001 0.146 0.033 0.126 0.220 0.001 0.001 0.007 0.464 103 T 0.104 0.001 0.001 0.026 0.005 0.013 0.137 0.001 0.001 0.008 0.705 104 G 0.231 0.004 0.002 0.015 0.007 0.010 0.051 0.001 0.001 0.009 0.671 105 E 0.152 0.008 0.004 0.013 0.009 0.008 0.186 0.001 0.001 0.008 0.612 106 D 0.047 0.012 0.002 0.013 0.013 0.018 0.160 0.001 0.001 0.007 0.727 107 I 0.087 0.047 0.004 0.038 0.057 0.102 0.113 0.001 0.001 0.007 0.543 108 V 0.069 0.093 0.005 0.043 0.080 0.150 0.125 0.003 0.001 0.007 0.425 109 T 0.087 0.118 0.004 0.031 0.078 0.104 0.107 0.004 0.001 0.006 0.462 110 E 0.097 0.132 0.005 0.030 0.040 0.070 0.079 0.005 0.001 0.007 0.535 111 R 0.141 0.135 0.012 0.042 0.066 0.086 0.102 0.008 0.001 0.011 0.398 112 K 0.145 0.093 0.016 0.080 0.079 0.120 0.113 0.008 0.001 0.010 0.339 113 M 0.058 0.084 0.013 0.065 0.081 0.124 0.041 0.003 0.001 0.005 0.527 114 K 0.037 0.056 0.008 0.156 0.179 0.216 0.057 0.002 0.001 0.005 0.283 115 L 0.035 0.045 0.004 0.077 0.078 0.135 0.056 0.004 0.001 0.005 0.562 116 V 0.051 0.056 0.007 0.163 0.122 0.244 0.060 0.002 0.001 0.004 0.292 117 N 0.020 0.024 0.002 0.053 0.046 0.088 0.107 0.004 0.001 0.006 0.650 118 Y 0.070 0.018 0.012 0.056 0.034 0.061 0.056 0.002 0.001 0.013 0.678 119 G 0.066 0.016 0.005 0.056 0.047 0.056 0.226 0.002 0.001 0.010 0.516 120 R 0.057 0.012 0.011 0.055 0.042 0.074 0.165 0.001 0.001 0.012 0.570 121 T 0.042 0.041 0.003 0.112 0.147 0.222 0.088 0.001 0.001 0.006 0.339 122 Y 0.028 0.069 0.006 0.096 0.188 0.256 0.069 0.001 0.001 0.005 0.283 123 F 0.020 0.127 0.002 0.094 0.142 0.255 0.052 0.001 0.001 0.002 0.304 124 Y 0.018 0.116 0.001 0.057 0.219 0.333 0.030 0.001 0.001 0.001 0.224 125 E 0.021 0.250 0.002 0.041 0.162 0.183 0.056 0.002 0.001 0.003 0.281 126 Y 0.040 0.294 0.003 0.025 0.148 0.199 0.041 0.001 0.001 0.002 0.246 127 I 0.037 0.507 0.003 0.020 0.082 0.151 0.027 0.002 0.001 0.003 0.168 128 A 0.033 0.596 0.004 0.009 0.058 0.081 0.031 0.004 0.001 0.002 0.181 129 E 0.076 0.591 0.004 0.007 0.024 0.039 0.039 0.012 0.001 0.002 0.205 130 V 0.154 0.604 0.007 0.006 0.022 0.030 0.019 0.013 0.001 0.002 0.143 131 R 0.096 0.568 0.017 0.008 0.025 0.039 0.033 0.020 0.001 0.003 0.192 132 S 0.105 0.372 0.036 0.011 0.027 0.040 0.046 0.019 0.001 0.004 0.339 133 R 0.146 0.228 0.021 0.014 0.022 0.034 0.048 0.018 0.001 0.006 0.462