# TARGET T0471 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0471.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.0751 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.039 0.037 0.022 0.009 0.018 0.059 0.005 0.810 2 W 0.077 0.096 0.053 0.029 0.084 0.111 0.008 0.541 3 N 0.056 0.120 0.026 0.016 0.028 0.159 0.008 0.587 4 D 0.065 0.244 0.019 0.011 0.028 0.094 0.008 0.530 5 L 0.101 0.400 0.027 0.016 0.029 0.145 0.010 0.273 6 A 0.071 0.448 0.016 0.019 0.028 0.166 0.014 0.238 7 V 0.042 0.690 0.015 0.017 0.033 0.047 0.008 0.146 8 Y 0.027 0.799 0.014 0.022 0.038 0.012 0.005 0.083 9 I 0.016 0.834 0.012 0.028 0.039 0.011 0.005 0.056 10 I 0.018 0.745 0.025 0.063 0.083 0.006 0.007 0.053 11 R 0.026 0.652 0.026 0.106 0.109 0.007 0.011 0.062 12 C 0.066 0.461 0.036 0.123 0.147 0.013 0.028 0.126 13 S 0.084 0.172 0.067 0.147 0.166 0.044 0.071 0.250 14 G 0.123 0.058 0.051 0.092 0.089 0.061 0.030 0.495 15 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.991 16 G 0.017 0.001 0.011 0.009 0.014 0.173 0.005 0.771 17 T 0.356 0.001 0.048 0.034 0.041 0.041 0.017 0.462 18 R 0.058 0.001 0.179 0.257 0.198 0.094 0.004 0.209 19 V 0.006 0.001 0.225 0.117 0.123 0.087 0.001 0.440 20 V 0.001 0.001 0.499 0.189 0.269 0.010 0.001 0.031 21 E 0.001 0.001 0.630 0.099 0.166 0.025 0.001 0.079 22 V 0.001 0.001 0.716 0.086 0.122 0.010 0.001 0.064 23 G 0.001 0.001 0.610 0.095 0.191 0.025 0.001 0.078 24 A 0.003 0.002 0.412 0.057 0.089 0.070 0.003 0.365 25 G 0.008 0.003 0.330 0.049 0.123 0.112 0.005 0.370 26 R 0.033 0.006 0.104 0.019 0.039 0.175 0.007 0.618 27 F 0.048 0.011 0.054 0.010 0.036 0.084 0.006 0.750 28 L 0.040 0.023 0.043 0.010 0.033 0.099 0.003 0.749 29 Y 0.028 0.053 0.014 0.004 0.012 0.184 0.003 0.703 30 V 0.083 0.204 0.012 0.003 0.016 0.115 0.005 0.560 31 S 0.059 0.625 0.010 0.003 0.014 0.080 0.003 0.205 32 D 0.026 0.683 0.003 0.001 0.004 0.085 0.004 0.194 33 Y 0.031 0.869 0.001 0.001 0.001 0.014 0.004 0.078 34 I 0.026 0.951 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.015 35 R 0.037 0.912 0.002 0.001 0.001 0.005 0.009 0.033 36 K 0.079 0.819 0.005 0.001 0.002 0.004 0.041 0.049 37 H 0.381 0.405 0.014 0.003 0.003 0.008 0.123 0.063 38 S 0.326 0.129 0.101 0.011 0.006 0.033 0.132 0.262 39 K 0.058 0.024 0.429 0.044 0.017 0.061 0.019 0.348 40 V 0.040 0.008 0.263 0.083 0.053 0.112 0.008 0.432 41 D 0.021 0.008 0.321 0.137 0.122 0.088 0.004 0.299 42 L 0.009 0.005 0.534 0.156 0.152 0.036 0.002 0.105 43 V 0.007 0.005 0.486 0.133 0.217 0.027 0.002 0.124 44 L 0.003 0.002 0.432 0.174 0.304 0.015 0.001 0.069 45 T 0.005 0.005 0.176 0.280 0.300 0.052 0.003 0.180 46 D 0.009 0.006 0.081 0.097 0.164 0.089 0.006 0.548 47 I 0.028 0.010 0.074 0.071 0.144 0.243 0.016 0.415 48 K 0.090 0.011 0.058 0.042 0.076 0.160 0.013 0.552 49 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.994 50 S 0.019 0.006 0.024 0.018 0.042 0.162 0.005 0.725 51 H 0.223 0.011 0.033 0.009 0.021 0.067 0.016 0.620 52 G 0.262 0.017 0.054 0.027 0.040 0.112 0.016 0.473 53 G 0.113 0.013 0.073 0.033 0.034 0.163 0.009 0.563 54 I 0.066 0.019 0.114 0.042 0.055 0.120 0.005 0.579 55 V 0.050 0.026 0.213 0.066 0.152 0.091 0.005 0.398 56 R 0.041 0.063 0.178 0.093 0.171 0.115 0.005 0.335 57 D 0.036 0.108 0.081 0.066 0.123 0.093 0.008 0.486 58 D 0.120 0.120 0.060 0.039 0.080 0.095 0.015 0.470 59 I 0.200 0.176 0.067 0.057 0.076 0.124 0.021 0.278 60 T 0.091 0.127 0.059 0.030 0.053 0.212 0.036 0.392 61 S 0.240 0.082 0.032 0.033 0.051 0.096 0.020 0.446 62 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 63 R 0.016 0.007 0.013 0.008 0.015 0.366 0.007 0.569 64 M 0.538 0.017 0.026 0.009 0.016 0.055 0.019 0.321 65 E 0.079 0.086 0.062 0.073 0.070 0.167 0.007 0.454 66 I 0.042 0.068 0.083 0.051 0.059 0.270 0.007 0.421 67 Y 0.059 0.261 0.109 0.066 0.174 0.081 0.005 0.245 68 R 0.052 0.283 0.065 0.092 0.148 0.063 0.014 0.282 69 G 0.122 0.186 0.059 0.055 0.082 0.058 0.030 0.409 70 A 0.118 0.160 0.104 0.122 0.137 0.057 0.025 0.277 71 A 0.029 0.071 0.166 0.245 0.238 0.075 0.010 0.165 72 L 0.018 0.063 0.333 0.140 0.181 0.084 0.007 0.174 73 I 0.009 0.030 0.569 0.134 0.195 0.017 0.002 0.044 74 Y 0.005 0.044 0.573 0.133 0.167 0.014 0.003 0.061 75 S 0.010 0.026 0.604 0.111 0.156 0.012 0.005 0.077 76 I 0.023 0.032 0.359 0.146 0.235 0.027 0.014 0.164 77 R 0.024 0.021 0.254 0.150 0.160 0.072 0.010 0.309 78 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.992 79 P 0.002 0.001 0.004 0.001 0.006 0.013 0.001 0.974 80 A 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.040 0.001 0.946 81 E 0.359 0.015 0.005 0.003 0.004 0.203 0.009 0.401 82 I 0.535 0.152 0.005 0.002 0.004 0.039 0.005 0.258 83 H 0.249 0.438 0.011 0.005 0.015 0.044 0.004 0.233 84 S 0.045 0.254 0.006 0.002 0.007 0.029 0.004 0.653 85 S 0.035 0.382 0.005 0.001 0.005 0.038 0.006 0.527 86 L 0.046 0.731 0.007 0.002 0.006 0.050 0.005 0.153 87 M 0.014 0.873 0.009 0.001 0.003 0.038 0.002 0.061 88 R 0.011 0.911 0.002 0.001 0.001 0.019 0.002 0.054 89 V 0.014 0.953 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.025 90 A 0.007 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 91 D 0.032 0.911 0.004 0.002 0.002 0.006 0.014 0.029 92 A 0.058 0.858 0.008 0.002 0.002 0.004 0.026 0.043 93 V 0.197 0.607 0.036 0.006 0.007 0.009 0.068 0.070 94 G 0.205 0.091 0.271 0.025 0.012 0.060 0.068 0.268 95 A 0.035 0.011 0.496 0.067 0.028 0.032 0.012 0.320 96 R 0.011 0.002 0.622 0.094 0.079 0.051 0.004 0.137 97 L 0.007 0.002 0.610 0.073 0.045 0.047 0.002 0.214 98 I 0.001 0.001 0.924 0.023 0.041 0.005 0.001 0.006 99 I 0.001 0.001 0.756 0.067 0.099 0.009 0.001 0.067 100 K 0.001 0.001 0.841 0.063 0.073 0.007 0.001 0.015 101 P 0.001 0.001 0.014 0.002 0.002 0.008 0.001 0.974 102 L 0.004 0.001 0.354 0.056 0.307 0.092 0.002 0.184 103 T 0.017 0.005 0.072 0.041 0.039 0.285 0.009 0.532 104 G 0.155 0.004 0.026 0.018 0.049 0.062 0.021 0.664 105 E 0.265 0.008 0.025 0.030 0.033 0.228 0.010 0.401 106 D 0.065 0.008 0.013 0.026 0.030 0.181 0.005 0.672 107 I 0.066 0.024 0.017 0.063 0.190 0.119 0.005 0.515 108 V 0.083 0.046 0.023 0.081 0.144 0.113 0.006 0.505 109 T 0.064 0.057 0.020 0.118 0.159 0.092 0.008 0.482 110 E 0.067 0.084 0.021 0.047 0.092 0.073 0.011 0.605 111 R 0.124 0.084 0.035 0.084 0.118 0.120 0.024 0.412 112 K 0.141 0.053 0.050 0.078 0.092 0.153 0.028 0.406 113 M 0.052 0.067 0.054 0.104 0.163 0.053 0.011 0.495 114 K 0.031 0.038 0.089 0.210 0.275 0.076 0.008 0.273 115 L 0.034 0.033 0.038 0.060 0.083 0.069 0.011 0.672 116 V 0.061 0.037 0.113 0.125 0.245 0.058 0.012 0.349 117 N 0.021 0.018 0.038 0.051 0.067 0.136 0.009 0.660 118 Y 0.057 0.014 0.062 0.040 0.083 0.079 0.018 0.648 119 G 0.102 0.016 0.060 0.068 0.078 0.196 0.014 0.465 120 R 0.045 0.012 0.039 0.054 0.069 0.132 0.008 0.642 121 T 0.030 0.025 0.106 0.173 0.275 0.085 0.005 0.300 122 Y 0.026 0.039 0.107 0.201 0.301 0.080 0.004 0.242 123 F 0.015 0.066 0.097 0.215 0.359 0.044 0.004 0.201 124 Y 0.011 0.070 0.091 0.220 0.457 0.020 0.003 0.129 125 E 0.018 0.134 0.057 0.207 0.336 0.046 0.006 0.196 126 Y 0.029 0.207 0.038 0.148 0.235 0.065 0.013 0.266 127 I 0.032 0.330 0.039 0.093 0.301 0.029 0.008 0.167 128 A 0.027 0.404 0.022 0.068 0.115 0.052 0.010 0.303 129 E 0.070 0.345 0.016 0.041 0.088 0.086 0.026 0.328 130 V 0.196 0.441 0.020 0.032 0.071 0.031 0.022 0.186 131 R 0.098 0.392 0.031 0.041 0.058 0.054 0.019 0.305 132 S 0.065 0.210 0.031 0.032 0.055 0.081 0.022 0.503 133 R 0.099 0.145 0.033 0.021 0.048 0.047 0.023 0.586