# TARGET T0471 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0471.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.0751 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.266 0.317 0.167 0.087 0.071 0.045 0.014 0.003 0.027 0.002 0.001 2 W 0.456 0.170 0.192 0.080 0.034 0.041 0.010 0.001 0.014 0.001 0.001 3 N 0.606 0.069 0.099 0.098 0.045 0.035 0.024 0.005 0.012 0.006 0.001 4 D 0.752 0.045 0.072 0.063 0.020 0.024 0.010 0.001 0.011 0.001 0.001 5 L 0.930 0.020 0.021 0.019 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 6 A 0.945 0.015 0.010 0.017 0.006 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 7 V 0.901 0.047 0.009 0.028 0.010 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 8 Y 0.818 0.101 0.017 0.022 0.030 0.003 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 9 I 0.729 0.173 0.040 0.021 0.017 0.011 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 10 I 0.669 0.167 0.079 0.031 0.017 0.020 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 11 R 0.547 0.174 0.106 0.092 0.024 0.029 0.004 0.001 0.023 0.001 0.001 12 C 0.458 0.211 0.105 0.107 0.047 0.019 0.016 0.001 0.036 0.001 0.001 13 S 0.234 0.129 0.195 0.295 0.043 0.023 0.053 0.004 0.016 0.007 0.001 14 G 0.019 0.057 0.150 0.012 0.122 0.014 0.056 0.045 0.181 0.344 0.001 15 P 0.268 0.006 0.615 0.054 0.005 0.007 0.003 0.001 0.002 0.003 0.036 16 G 0.030 0.010 0.046 0.090 0.039 0.016 0.057 0.633 0.002 0.075 0.001 17 T 0.058 0.360 0.348 0.079 0.117 0.013 0.008 0.003 0.009 0.003 0.001 18 R 0.024 0.606 0.210 0.030 0.074 0.034 0.008 0.001 0.010 0.001 0.001 19 V 0.014 0.718 0.182 0.006 0.017 0.054 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 20 V 0.015 0.791 0.111 0.006 0.032 0.028 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 21 E 0.007 0.575 0.287 0.004 0.024 0.070 0.002 0.001 0.029 0.001 0.001 22 V 0.026 0.608 0.245 0.016 0.048 0.017 0.005 0.001 0.034 0.001 0.001 23 G 0.022 0.158 0.204 0.017 0.347 0.036 0.030 0.043 0.028 0.114 0.001 24 A 0.170 0.297 0.306 0.089 0.085 0.017 0.013 0.002 0.015 0.004 0.002 25 G 0.117 0.039 0.102 0.051 0.200 0.024 0.069 0.146 0.008 0.242 0.001 26 R 0.389 0.124 0.160 0.186 0.074 0.033 0.014 0.004 0.011 0.004 0.001 27 F 0.500 0.141 0.156 0.085 0.048 0.036 0.011 0.002 0.018 0.002 0.001 28 L 0.889 0.033 0.050 0.012 0.006 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 29 Y 0.926 0.009 0.021 0.025 0.006 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 30 V 0.977 0.010 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 S 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 D 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 Y 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 I 0.991 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 R 0.983 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 K 0.942 0.002 0.003 0.047 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 37 H 0.166 0.004 0.014 0.788 0.001 0.002 0.023 0.001 0.002 0.001 0.001 38 S 0.049 0.007 0.031 0.034 0.008 0.007 0.728 0.121 0.003 0.013 0.001 39 K 0.126 0.234 0.403 0.108 0.029 0.049 0.034 0.003 0.012 0.001 0.001 40 V 0.123 0.341 0.353 0.074 0.031 0.045 0.011 0.002 0.017 0.001 0.001 41 D 0.076 0.535 0.213 0.031 0.091 0.031 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 42 L 0.043 0.738 0.116 0.014 0.053 0.022 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 43 V 0.029 0.783 0.103 0.009 0.037 0.025 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 44 L 0.048 0.620 0.180 0.021 0.059 0.044 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 45 T 0.054 0.449 0.253 0.044 0.082 0.053 0.021 0.001 0.040 0.002 0.001 46 D 0.155 0.286 0.280 0.080 0.091 0.051 0.024 0.002 0.025 0.003 0.003 47 I 0.143 0.376 0.238 0.110 0.048 0.041 0.013 0.003 0.024 0.003 0.002 48 K 0.023 0.210 0.477 0.006 0.026 0.031 0.006 0.001 0.215 0.004 0.001 49 P 0.277 0.004 0.591 0.027 0.002 0.023 0.002 0.001 0.005 0.002 0.067 50 S 0.277 0.091 0.152 0.298 0.036 0.023 0.046 0.049 0.015 0.012 0.001 51 H 0.079 0.069 0.175 0.307 0.071 0.026 0.147 0.060 0.016 0.047 0.001 52 G 0.062 0.072 0.193 0.135 0.104 0.019 0.151 0.151 0.011 0.100 0.001 53 G 0.103 0.176 0.290 0.099 0.134 0.048 0.042 0.044 0.015 0.049 0.002 54 I 0.098 0.484 0.238 0.058 0.065 0.031 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 55 V 0.132 0.547 0.207 0.026 0.036 0.033 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 56 R 0.266 0.334 0.208 0.050 0.056 0.050 0.008 0.001 0.023 0.001 0.002 57 D 0.255 0.197 0.209 0.129 0.081 0.060 0.029 0.004 0.031 0.004 0.001 58 D 0.341 0.110 0.180 0.149 0.059 0.049 0.054 0.008 0.039 0.011 0.001 59 I 0.710 0.071 0.087 0.081 0.014 0.012 0.014 0.002 0.007 0.002 0.002 60 T 0.360 0.085 0.058 0.437 0.015 0.012 0.019 0.003 0.008 0.002 0.001 61 S 0.080 0.143 0.294 0.034 0.099 0.028 0.076 0.009 0.211 0.026 0.001 62 P 0.489 0.017 0.395 0.054 0.004 0.018 0.004 0.001 0.003 0.001 0.015 63 R 0.228 0.120 0.219 0.231 0.047 0.073 0.033 0.014 0.028 0.005 0.001 64 M 0.459 0.144 0.275 0.060 0.029 0.015 0.005 0.001 0.009 0.001 0.002 65 E 0.452 0.191 0.198 0.060 0.030 0.042 0.013 0.001 0.011 0.001 0.001 66 I 0.523 0.285 0.098 0.046 0.017 0.014 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 67 Y 0.319 0.327 0.153 0.046 0.067 0.022 0.004 0.001 0.059 0.001 0.001 68 R 0.326 0.104 0.325 0.102 0.041 0.019 0.059 0.003 0.015 0.004 0.002 69 G 0.149 0.028 0.067 0.058 0.133 0.018 0.075 0.335 0.008 0.129 0.001 70 A 0.314 0.262 0.336 0.040 0.027 0.010 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 71 A 0.385 0.248 0.128 0.068 0.115 0.029 0.011 0.001 0.014 0.001 0.001 72 L 0.154 0.662 0.062 0.030 0.062 0.016 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 73 I 0.064 0.736 0.126 0.011 0.026 0.022 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 74 Y 0.053 0.530 0.185 0.027 0.126 0.049 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 75 S 0.039 0.671 0.171 0.025 0.044 0.023 0.005 0.001 0.021 0.001 0.001 76 I 0.086 0.494 0.215 0.063 0.053 0.059 0.006 0.001 0.020 0.001 0.002 77 R 0.016 0.478 0.317 0.008 0.058 0.024 0.005 0.001 0.089 0.003 0.001 78 P 0.010 0.006 0.916 0.001 0.002 0.040 0.001 0.001 0.010 0.002 0.011 79 P 0.555 0.002 0.386 0.011 0.003 0.016 0.001 0.001 0.005 0.005 0.015 80 A 0.958 0.001 0.019 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 E 0.799 0.007 0.018 0.158 0.002 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 82 I 0.743 0.027 0.039 0.167 0.004 0.011 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 83 H 0.879 0.026 0.052 0.015 0.003 0.013 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 84 S 0.987 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 S 0.987 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 L 0.991 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 M 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 R 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 V 0.979 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 A 0.981 0.002 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 D 0.846 0.003 0.007 0.127 0.003 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 92 A 0.639 0.032 0.057 0.214 0.009 0.009 0.023 0.002 0.014 0.001 0.001 93 V 0.228 0.074 0.176 0.423 0.008 0.015 0.060 0.002 0.013 0.001 0.001 94 G 0.033 0.017 0.049 0.051 0.043 0.018 0.400 0.299 0.006 0.083 0.001 95 A 0.078 0.347 0.345 0.091 0.087 0.021 0.010 0.003 0.015 0.003 0.001 96 R 0.047 0.452 0.296 0.061 0.075 0.040 0.008 0.001 0.017 0.001 0.002 97 L 0.007 0.780 0.108 0.011 0.072 0.014 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 98 I 0.003 0.906 0.052 0.002 0.020 0.013 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 99 I 0.005 0.517 0.279 0.004 0.015 0.170 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 100 K 0.002 0.442 0.232 0.001 0.017 0.020 0.001 0.001 0.285 0.001 0.001 101 P 0.072 0.005 0.828 0.006 0.005 0.037 0.001 0.001 0.004 0.002 0.039 102 L 0.253 0.276 0.143 0.182 0.049 0.021 0.024 0.016 0.031 0.005 0.002 103 T 0.076 0.110 0.250 0.299 0.075 0.018 0.115 0.016 0.014 0.026 0.002 104 G 0.018 0.017 0.056 0.033 0.109 0.012 0.116 0.371 0.006 0.262 0.001 105 E 0.209 0.245 0.406 0.068 0.035 0.016 0.003 0.001 0.012 0.003 0.003 106 D 0.127 0.241 0.465 0.041 0.037 0.056 0.005 0.001 0.023 0.003 0.002 107 I 0.189 0.264 0.416 0.036 0.030 0.039 0.004 0.001 0.018 0.001 0.004 108 V 0.265 0.243 0.332 0.052 0.032 0.048 0.005 0.001 0.020 0.001 0.002 109 T 0.274 0.280 0.220 0.093 0.051 0.031 0.016 0.002 0.029 0.002 0.001 110 E 0.328 0.132 0.179 0.166 0.060 0.035 0.063 0.008 0.022 0.006 0.001 111 R 0.161 0.278 0.177 0.228 0.061 0.022 0.038 0.007 0.022 0.004 0.001 112 K 0.098 0.291 0.406 0.050 0.045 0.040 0.027 0.002 0.035 0.003 0.002 113 M 0.131 0.243 0.485 0.041 0.023 0.048 0.006 0.001 0.018 0.001 0.005 114 K 0.201 0.397 0.261 0.047 0.036 0.028 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 115 L 0.128 0.255 0.367 0.075 0.048 0.089 0.010 0.001 0.024 0.001 0.002 116 V 0.129 0.507 0.169 0.084 0.038 0.025 0.010 0.002 0.035 0.001 0.001 117 N 0.151 0.186 0.283 0.107 0.070 0.080 0.079 0.005 0.027 0.009 0.002 118 Y 0.109 0.196 0.159 0.265 0.097 0.033 0.072 0.025 0.029 0.013 0.001 119 G 0.124 0.160 0.262 0.044 0.165 0.026 0.062 0.065 0.021 0.070 0.001 120 R 0.314 0.210 0.339 0.049 0.041 0.030 0.005 0.001 0.009 0.001 0.002 121 T 0.211 0.536 0.126 0.030 0.067 0.016 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 122 Y 0.112 0.596 0.115 0.016 0.123 0.023 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 123 F 0.166 0.652 0.111 0.009 0.021 0.032 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 124 Y 0.349 0.391 0.127 0.017 0.058 0.037 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 125 E 0.470 0.279 0.099 0.039 0.062 0.021 0.005 0.001 0.024 0.001 0.001 126 Y 0.406 0.249 0.142 0.059 0.069 0.035 0.009 0.001 0.031 0.001 0.001 127 I 0.728 0.100 0.094 0.037 0.013 0.012 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 128 A 0.824 0.041 0.036 0.056 0.024 0.005 0.007 0.001 0.006 0.001 0.001 129 E 0.596 0.065 0.075 0.179 0.031 0.018 0.020 0.002 0.014 0.001 0.001 130 V 0.415 0.206 0.174 0.124 0.024 0.018 0.013 0.001 0.025 0.001 0.001 131 R 0.336 0.192 0.269 0.087 0.032 0.039 0.018 0.001 0.024 0.002 0.001 132 S 0.317 0.178 0.238 0.139 0.043 0.037 0.020 0.002 0.022 0.002 0.002 133 R 0.341 0.189 0.210 0.124 0.057 0.028 0.017 0.004 0.027 0.003 0.001