# TARGET T0471 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0471.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.0751 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.131 0.110 0.030 0.010 0.192 0.013 0.029 0.216 0.075 0.132 0.063 2 W 0.114 0.122 0.043 0.028 0.176 0.029 0.037 0.257 0.076 0.071 0.047 3 N 0.051 0.124 0.072 0.024 0.093 0.025 0.036 0.393 0.106 0.052 0.023 4 D 0.038 0.029 0.010 0.003 0.042 0.005 0.019 0.589 0.161 0.079 0.024 5 L 0.031 0.030 0.007 0.002 0.040 0.005 0.024 0.625 0.190 0.029 0.016 6 A 0.026 0.029 0.006 0.003 0.035 0.009 0.028 0.731 0.085 0.032 0.015 7 V 0.076 0.056 0.006 0.002 0.083 0.004 0.015 0.645 0.070 0.028 0.015 8 Y 0.102 0.082 0.006 0.001 0.163 0.005 0.017 0.552 0.041 0.021 0.011 9 I 0.164 0.053 0.005 0.002 0.180 0.005 0.018 0.471 0.050 0.029 0.022 10 I 0.117 0.085 0.012 0.004 0.179 0.009 0.035 0.412 0.082 0.034 0.033 11 R 0.134 0.085 0.026 0.009 0.222 0.015 0.062 0.263 0.067 0.059 0.059 12 C 0.143 0.145 0.052 0.015 0.222 0.018 0.052 0.144 0.046 0.097 0.066 13 S 0.083 0.093 0.121 0.098 0.093 0.063 0.093 0.076 0.046 0.162 0.072 14 G 0.065 0.112 0.223 0.248 0.086 0.062 0.028 0.061 0.030 0.057 0.028 15 P 0.021 0.162 0.110 0.110 0.048 0.092 0.203 0.093 0.100 0.047 0.012 16 G 0.055 0.039 0.045 0.071 0.060 0.018 0.018 0.024 0.048 0.433 0.190 17 T 0.156 0.258 0.066 0.014 0.339 0.017 0.031 0.021 0.030 0.028 0.039 18 R 0.167 0.230 0.053 0.013 0.430 0.014 0.017 0.013 0.007 0.016 0.041 19 V 0.508 0.034 0.005 0.002 0.371 0.003 0.008 0.010 0.009 0.009 0.041 20 V 0.124 0.176 0.048 0.023 0.501 0.047 0.028 0.015 0.005 0.009 0.025 21 E 0.381 0.043 0.009 0.002 0.497 0.002 0.002 0.005 0.002 0.009 0.049 22 V 0.171 0.123 0.037 0.024 0.243 0.034 0.041 0.055 0.043 0.091 0.138 23 G 0.072 0.152 0.129 0.185 0.129 0.088 0.074 0.041 0.023 0.057 0.050 24 A 0.129 0.079 0.053 0.049 0.116 0.025 0.035 0.126 0.095 0.216 0.078 25 G 0.016 0.091 0.121 0.194 0.037 0.093 0.093 0.177 0.106 0.055 0.017 26 R 0.055 0.119 0.077 0.024 0.096 0.023 0.050 0.251 0.151 0.128 0.026 27 F 0.055 0.045 0.009 0.003 0.072 0.003 0.008 0.515 0.192 0.075 0.023 28 L 0.010 0.022 0.009 0.006 0.019 0.013 0.030 0.753 0.114 0.016 0.007 29 Y 0.010 0.040 0.008 0.001 0.017 0.002 0.007 0.838 0.037 0.032 0.008 30 V 0.006 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.859 0.098 0.020 0.005 31 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.932 0.062 0.002 0.001 32 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.962 0.035 0.001 0.001 33 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.922 0.057 0.015 0.001 34 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.860 0.124 0.010 0.001 35 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.746 0.215 0.002 0.001 36 K 0.004 0.006 0.006 0.001 0.004 0.003 0.257 0.565 0.100 0.053 0.001 37 H 0.010 0.557 0.176 0.016 0.035 0.018 0.039 0.053 0.020 0.062 0.014 38 S 0.073 0.031 0.027 0.030 0.049 0.014 0.010 0.039 0.031 0.402 0.295 39 K 0.160 0.212 0.051 0.008 0.297 0.007 0.020 0.069 0.042 0.079 0.055 40 V 0.142 0.239 0.038 0.011 0.372 0.017 0.049 0.057 0.025 0.022 0.028 41 D 0.277 0.106 0.013 0.004 0.501 0.008 0.014 0.027 0.013 0.014 0.023 42 L 0.215 0.111 0.008 0.001 0.627 0.003 0.004 0.011 0.004 0.005 0.010 43 V 0.319 0.059 0.007 0.001 0.547 0.003 0.005 0.012 0.004 0.009 0.033 44 L 0.283 0.114 0.024 0.010 0.357 0.016 0.017 0.020 0.017 0.040 0.104 45 T 0.108 0.329 0.119 0.026 0.268 0.020 0.018 0.025 0.020 0.027 0.041 46 D 0.152 0.101 0.044 0.012 0.215 0.014 0.046 0.101 0.118 0.118 0.080 47 I 0.094 0.199 0.101 0.030 0.175 0.031 0.052 0.049 0.055 0.158 0.056 48 K 0.069 0.343 0.257 0.034 0.176 0.015 0.018 0.019 0.014 0.030 0.026 49 P 0.095 0.166 0.125 0.047 0.139 0.034 0.057 0.118 0.117 0.061 0.041 50 S 0.040 0.128 0.125 0.100 0.073 0.069 0.096 0.122 0.101 0.116 0.031 51 H 0.087 0.091 0.082 0.084 0.112 0.042 0.036 0.064 0.061 0.251 0.089 52 G 0.057 0.225 0.177 0.092 0.116 0.040 0.041 0.063 0.053 0.090 0.045 53 G 0.067 0.174 0.129 0.079 0.138 0.036 0.037 0.074 0.072 0.132 0.062 54 I 0.166 0.224 0.045 0.006 0.392 0.005 0.010 0.055 0.030 0.041 0.028 55 V 0.222 0.096 0.023 0.009 0.346 0.013 0.024 0.121 0.049 0.048 0.049 56 R 0.139 0.107 0.042 0.040 0.196 0.051 0.062 0.162 0.072 0.070 0.060 57 D 0.104 0.108 0.064 0.041 0.163 0.034 0.035 0.171 0.092 0.141 0.046 58 D 0.095 0.089 0.045 0.011 0.165 0.010 0.025 0.191 0.210 0.111 0.047 59 I 0.082 0.059 0.018 0.004 0.098 0.012 0.085 0.286 0.216 0.103 0.038 60 T 0.062 0.170 0.075 0.032 0.119 0.045 0.102 0.138 0.067 0.149 0.041 61 S 0.197 0.151 0.076 0.019 0.312 0.012 0.015 0.094 0.034 0.053 0.037 62 P 0.053 0.121 0.051 0.013 0.141 0.024 0.043 0.357 0.133 0.042 0.023 63 R 0.178 0.070 0.023 0.009 0.200 0.011 0.025 0.211 0.079 0.120 0.075 64 M 0.155 0.136 0.028 0.005 0.269 0.009 0.019 0.204 0.101 0.024 0.049 65 E 0.122 0.126 0.019 0.005 0.236 0.017 0.036 0.328 0.048 0.032 0.031 66 I 0.185 0.084 0.010 0.002 0.171 0.006 0.036 0.294 0.048 0.115 0.048 67 Y 0.248 0.022 0.011 0.048 0.161 0.051 0.049 0.209 0.057 0.045 0.100 68 R 0.019 0.112 0.074 0.116 0.058 0.244 0.206 0.125 0.028 0.011 0.006 69 G 0.063 0.010 0.013 0.038 0.037 0.012 0.010 0.028 0.016 0.435 0.339 70 A 0.258 0.161 0.024 0.002 0.401 0.003 0.028 0.017 0.051 0.005 0.050 71 A 0.213 0.091 0.007 0.008 0.393 0.076 0.093 0.056 0.009 0.014 0.041 72 L 0.340 0.128 0.007 0.002 0.454 0.004 0.009 0.018 0.005 0.006 0.025 73 I 0.305 0.023 0.002 0.001 0.626 0.006 0.009 0.011 0.002 0.003 0.011 74 Y 0.227 0.086 0.018 0.008 0.559 0.010 0.006 0.023 0.009 0.009 0.043 75 S 0.248 0.074 0.013 0.004 0.416 0.009 0.019 0.041 0.028 0.050 0.099 76 I 0.147 0.104 0.036 0.014 0.233 0.021 0.051 0.058 0.056 0.191 0.089 77 R 0.073 0.341 0.205 0.034 0.175 0.019 0.030 0.029 0.014 0.047 0.033 78 P 0.024 0.455 0.269 0.036 0.072 0.023 0.023 0.031 0.023 0.031 0.012 79 P 0.058 0.331 0.161 0.010 0.164 0.005 0.009 0.106 0.113 0.029 0.014 80 A 0.004 0.009 0.002 0.001 0.007 0.003 0.013 0.378 0.569 0.012 0.003 81 E 0.010 0.021 0.006 0.001 0.019 0.003 0.037 0.684 0.149 0.061 0.008 82 I 0.033 0.044 0.006 0.001 0.040 0.002 0.021 0.600 0.106 0.131 0.016 83 H 0.014 0.060 0.017 0.005 0.034 0.005 0.007 0.742 0.065 0.038 0.013 84 S 0.003 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.003 0.880 0.097 0.003 0.001 85 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.952 0.036 0.006 0.001 86 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.032 0.007 0.001 87 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.021 0.002 0.001 88 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.012 0.002 0.001 89 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.921 0.056 0.012 0.001 90 A 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.882 0.090 0.011 0.001 91 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.584 0.349 0.008 0.001 92 A 0.016 0.004 0.007 0.002 0.008 0.005 0.179 0.550 0.113 0.109 0.007 93 V 0.002 0.776 0.132 0.008 0.016 0.013 0.040 0.007 0.002 0.003 0.001 94 G 0.025 0.002 0.003 0.023 0.006 0.008 0.002 0.002 0.003 0.349 0.575 95 A 0.145 0.349 0.040 0.002 0.408 0.003 0.010 0.007 0.010 0.006 0.020 96 R 0.225 0.074 0.006 0.005 0.608 0.019 0.034 0.006 0.003 0.005 0.015 97 L 0.213 0.122 0.008 0.001 0.633 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.012 98 I 0.289 0.012 0.001 0.001 0.689 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 99 I 0.239 0.123 0.029 0.004 0.532 0.005 0.003 0.002 0.001 0.006 0.057 100 K 0.084 0.445 0.119 0.009 0.296 0.006 0.005 0.002 0.001 0.005 0.028 101 P 0.200 0.270 0.116 0.007 0.302 0.005 0.010 0.012 0.015 0.021 0.043 102 L 0.049 0.185 0.181 0.101 0.076 0.075 0.038 0.098 0.072 0.077 0.048 103 T 0.007 0.209 0.083 0.223 0.019 0.148 0.225 0.040 0.027 0.014 0.006 104 G 0.024 0.012 0.028 0.098 0.018 0.015 0.007 0.024 0.036 0.623 0.116 105 E 0.041 0.290 0.111 0.026 0.149 0.022 0.031 0.103 0.132 0.070 0.025 106 D 0.165 0.206 0.055 0.015 0.294 0.015 0.032 0.068 0.044 0.059 0.046 107 I 0.188 0.163 0.046 0.011 0.287 0.014 0.029 0.094 0.070 0.048 0.051 108 V 0.166 0.095 0.044 0.025 0.219 0.044 0.061 0.129 0.075 0.082 0.060 109 T 0.099 0.242 0.121 0.031 0.188 0.025 0.038 0.103 0.060 0.056 0.037 110 E 0.124 0.087 0.045 0.025 0.162 0.024 0.064 0.148 0.106 0.138 0.078 111 R 0.122 0.246 0.076 0.017 0.250 0.020 0.030 0.077 0.052 0.071 0.038 112 K 0.179 0.174 0.040 0.010 0.357 0.013 0.026 0.057 0.032 0.052 0.060 113 M 0.292 0.101 0.023 0.007 0.387 0.011 0.017 0.039 0.028 0.039 0.057 114 K 0.114 0.250 0.079 0.017 0.367 0.020 0.027 0.044 0.021 0.022 0.037 115 L 0.338 0.072 0.022 0.006 0.343 0.008 0.017 0.029 0.018 0.062 0.084 116 V 0.095 0.277 0.156 0.049 0.194 0.038 0.036 0.044 0.029 0.039 0.042 117 N 0.109 0.081 0.068 0.122 0.117 0.080 0.087 0.093 0.058 0.116 0.069 118 Y 0.081 0.131 0.116 0.112 0.118 0.052 0.047 0.076 0.066 0.157 0.045 119 G 0.062 0.153 0.138 0.086 0.125 0.049 0.046 0.091 0.067 0.129 0.053 120 R 0.182 0.163 0.037 0.008 0.329 0.010 0.025 0.087 0.067 0.050 0.042 121 T 0.239 0.107 0.013 0.005 0.458 0.011 0.021 0.069 0.026 0.020 0.029 122 Y 0.209 0.135 0.012 0.003 0.545 0.007 0.010 0.043 0.009 0.009 0.018 123 F 0.314 0.072 0.005 0.002 0.493 0.004 0.006 0.047 0.009 0.014 0.034 124 Y 0.260 0.104 0.014 0.004 0.415 0.008 0.012 0.101 0.026 0.011 0.044 125 E 0.134 0.120 0.018 0.006 0.216 0.017 0.033 0.324 0.060 0.031 0.040 126 Y 0.116 0.118 0.010 0.002 0.148 0.006 0.019 0.394 0.068 0.084 0.034 127 I 0.069 0.054 0.010 0.006 0.090 0.013 0.036 0.472 0.157 0.062 0.031 128 A 0.022 0.041 0.015 0.011 0.039 0.019 0.048 0.543 0.218 0.033 0.011 129 E 0.062 0.046 0.015 0.003 0.080 0.005 0.057 0.470 0.139 0.105 0.019 130 V 0.088 0.122 0.032 0.004 0.147 0.009 0.045 0.309 0.112 0.100 0.031 131 R 0.103 0.160 0.057 0.021 0.175 0.030 0.057 0.193 0.075 0.079 0.051 132 S 0.132 0.132 0.067 0.019 0.179 0.017 0.036 0.180 0.084 0.103 0.050 133 R 0.058 0.121 0.076 0.028 0.115 0.027 0.065 0.232 0.138 0.103 0.037