# TARGET T0471 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0471.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.0751 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.569 0.220 0.093 0.064 0.038 0.015 0.002 2 W 0.431 0.209 0.177 0.117 0.046 0.017 0.002 3 N 0.435 0.230 0.181 0.109 0.031 0.013 0.002 4 D 0.369 0.228 0.175 0.128 0.064 0.030 0.005 5 L 0.292 0.187 0.167 0.168 0.120 0.056 0.010 6 A 0.298 0.286 0.171 0.121 0.075 0.041 0.007 7 V 0.126 0.158 0.176 0.218 0.179 0.115 0.027 8 Y 0.056 0.092 0.122 0.188 0.263 0.224 0.055 9 I 0.052 0.090 0.124 0.207 0.246 0.224 0.057 10 I 0.043 0.077 0.119 0.192 0.282 0.238 0.048 11 R 0.065 0.149 0.209 0.244 0.197 0.120 0.017 12 C 0.058 0.102 0.197 0.267 0.243 0.121 0.013 13 S 0.211 0.288 0.235 0.169 0.071 0.024 0.002 14 G 0.347 0.274 0.169 0.120 0.070 0.020 0.001 15 P 0.378 0.328 0.156 0.087 0.040 0.010 0.001 16 G 0.196 0.310 0.207 0.155 0.096 0.032 0.004 17 T 0.029 0.092 0.159 0.275 0.297 0.135 0.012 18 R 0.007 0.034 0.111 0.240 0.324 0.253 0.031 19 V 0.001 0.001 0.003 0.009 0.060 0.456 0.469 20 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.154 0.829 21 E 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.107 0.875 22 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.119 0.867 23 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.165 0.816 24 A 0.001 0.003 0.006 0.017 0.052 0.252 0.669 25 G 0.006 0.020 0.038 0.098 0.196 0.330 0.314 26 R 0.009 0.034 0.070 0.121 0.251 0.351 0.164 27 F 0.009 0.026 0.045 0.083 0.236 0.409 0.193 28 L 0.026 0.066 0.132 0.207 0.257 0.230 0.082 29 Y 0.040 0.118 0.239 0.265 0.203 0.101 0.034 30 V 0.005 0.010 0.015 0.033 0.144 0.508 0.286 31 S 0.010 0.035 0.083 0.216 0.312 0.291 0.054 32 D 0.078 0.298 0.270 0.216 0.093 0.042 0.003 33 Y 0.010 0.048 0.177 0.366 0.295 0.099 0.006 34 I 0.009 0.017 0.035 0.087 0.326 0.484 0.042 35 R 0.099 0.277 0.288 0.224 0.094 0.017 0.001 36 K 0.313 0.423 0.161 0.075 0.021 0.006 0.001 37 H 0.128 0.166 0.275 0.289 0.114 0.027 0.001 38 S 0.346 0.296 0.182 0.109 0.052 0.014 0.001 39 K 0.138 0.245 0.274 0.207 0.100 0.034 0.004 40 V 0.058 0.113 0.175 0.248 0.267 0.126 0.013 41 D 0.044 0.129 0.182 0.249 0.232 0.146 0.018 42 L 0.022 0.044 0.082 0.142 0.273 0.327 0.110 43 V 0.013 0.024 0.035 0.081 0.204 0.417 0.225 44 L 0.022 0.053 0.102 0.178 0.260 0.287 0.098 45 T 0.045 0.126 0.224 0.269 0.199 0.117 0.019 46 D 0.079 0.167 0.227 0.246 0.185 0.089 0.007 47 I 0.096 0.130 0.202 0.252 0.227 0.088 0.006 48 K 0.367 0.341 0.163 0.083 0.035 0.011 0.001 49 P 0.486 0.264 0.143 0.078 0.023 0.006 0.001 50 S 0.602 0.243 0.093 0.044 0.014 0.003 0.001 51 H 0.491 0.316 0.118 0.052 0.017 0.005 0.001 52 G 0.111 0.130 0.200 0.276 0.204 0.072 0.007 53 G 0.157 0.322 0.231 0.156 0.088 0.042 0.004 54 I 0.041 0.061 0.108 0.186 0.255 0.264 0.084 55 V 0.022 0.039 0.067 0.128 0.231 0.344 0.169 56 R 0.027 0.053 0.095 0.155 0.229 0.279 0.161 57 D 0.027 0.041 0.049 0.074 0.167 0.345 0.299 58 D 0.031 0.058 0.073 0.130 0.202 0.300 0.206 59 I 0.021 0.030 0.048 0.104 0.166 0.356 0.275 60 T 0.034 0.083 0.123 0.207 0.268 0.224 0.060 61 S 0.098 0.182 0.230 0.218 0.175 0.083 0.015 62 P 0.110 0.177 0.174 0.208 0.199 0.112 0.020 63 R 0.215 0.330 0.204 0.127 0.079 0.038 0.006 64 M 0.050 0.104 0.242 0.330 0.197 0.071 0.007 65 E 0.104 0.317 0.303 0.179 0.077 0.018 0.002 66 I 0.012 0.029 0.052 0.151 0.336 0.373 0.047 67 Y 0.014 0.051 0.133 0.386 0.286 0.123 0.007 68 R 0.108 0.346 0.309 0.157 0.059 0.020 0.001 69 G 0.041 0.157 0.323 0.348 0.097 0.030 0.005 70 A 0.004 0.010 0.028 0.097 0.367 0.445 0.049 71 A 0.016 0.111 0.266 0.328 0.177 0.089 0.012 72 L 0.005 0.012 0.033 0.088 0.191 0.421 0.250 73 I 0.002 0.003 0.004 0.015 0.076 0.374 0.526 74 Y 0.003 0.007 0.014 0.032 0.091 0.337 0.515 75 S 0.005 0.011 0.022 0.049 0.093 0.253 0.568 76 I 0.002 0.005 0.008 0.019 0.067 0.356 0.543 77 R 0.011 0.026 0.052 0.106 0.247 0.323 0.235 78 P 0.025 0.060 0.077 0.127 0.210 0.300 0.200 79 P 0.052 0.093 0.118 0.181 0.248 0.227 0.082 80 A 0.146 0.191 0.195 0.190 0.149 0.105 0.024 81 E 0.082 0.139 0.183 0.223 0.214 0.124 0.034 82 I 0.036 0.039 0.052 0.109 0.206 0.367 0.192 83 H 0.039 0.065 0.111 0.202 0.268 0.242 0.072 84 S 0.152 0.269 0.258 0.183 0.089 0.041 0.008 85 S 0.042 0.093 0.177 0.256 0.246 0.145 0.042 86 L 0.006 0.011 0.015 0.037 0.152 0.533 0.247 87 M 0.014 0.054 0.169 0.303 0.285 0.150 0.024 88 R 0.059 0.227 0.329 0.253 0.093 0.034 0.005 89 V 0.006 0.015 0.037 0.104 0.335 0.444 0.060 90 A 0.015 0.040 0.096 0.260 0.331 0.231 0.027 91 D 0.120 0.367 0.284 0.142 0.063 0.023 0.002 92 A 0.071 0.233 0.330 0.266 0.073 0.025 0.003 93 V 0.014 0.025 0.077 0.190 0.418 0.251 0.024 94 G 0.037 0.200 0.304 0.266 0.125 0.058 0.010 95 A 0.004 0.013 0.026 0.082 0.276 0.466 0.132 96 R 0.007 0.049 0.143 0.334 0.294 0.154 0.020 97 L 0.001 0.003 0.005 0.013 0.086 0.539 0.353 98 I 0.001 0.003 0.011 0.040 0.083 0.291 0.570 99 I 0.001 0.002 0.005 0.017 0.053 0.280 0.643 100 K 0.003 0.011 0.033 0.069 0.166 0.336 0.382 101 P 0.010 0.028 0.045 0.098 0.218 0.368 0.233 102 L 0.012 0.031 0.060 0.140 0.244 0.367 0.146 103 T 0.065 0.130 0.169 0.212 0.216 0.170 0.039 104 G 0.110 0.155 0.168 0.214 0.189 0.135 0.030 105 E 0.170 0.178 0.170 0.184 0.180 0.103 0.015 106 D 0.301 0.311 0.180 0.113 0.061 0.029 0.004 107 I 0.147 0.132 0.174 0.243 0.201 0.092 0.011 108 V 0.251 0.212 0.202 0.175 0.112 0.043 0.004 109 T 0.361 0.279 0.184 0.109 0.051 0.015 0.001 110 E 0.547 0.290 0.097 0.046 0.016 0.004 0.001 111 R 0.275 0.227 0.211 0.176 0.086 0.024 0.002 112 K 0.259 0.294 0.217 0.148 0.059 0.022 0.002 113 M 0.146 0.152 0.226 0.257 0.155 0.059 0.004 114 K 0.289 0.307 0.203 0.126 0.055 0.018 0.001 115 L 0.213 0.256 0.206 0.178 0.099 0.044 0.005 116 V 0.105 0.100 0.168 0.255 0.247 0.112 0.014 117 N 0.200 0.317 0.243 0.144 0.065 0.027 0.004 118 Y 0.117 0.148 0.184 0.228 0.195 0.107 0.021 119 G 0.113 0.196 0.215 0.219 0.155 0.087 0.016 120 R 0.047 0.112 0.162 0.229 0.224 0.188 0.039 121 T 0.033 0.057 0.108 0.200 0.239 0.257 0.106 122 Y 0.019 0.034 0.053 0.109 0.225 0.373 0.187 123 F 0.019 0.048 0.085 0.167 0.215 0.316 0.150 124 Y 0.025 0.045 0.084 0.178 0.254 0.314 0.101 125 E 0.070 0.191 0.228 0.223 0.166 0.105 0.018 126 Y 0.028 0.061 0.115 0.235 0.303 0.226 0.031 127 I 0.064 0.110 0.184 0.257 0.242 0.132 0.012 128 A 0.322 0.293 0.190 0.115 0.060 0.019 0.001 129 E 0.544 0.293 0.098 0.044 0.016 0.005 0.001 130 V 0.392 0.221 0.181 0.132 0.057 0.015 0.001 131 R 0.568 0.224 0.117 0.063 0.022 0.005 0.001 132 S 0.797 0.157 0.030 0.011 0.004 0.001 0.001 133 R 0.758 0.161 0.049 0.023 0.007 0.002 0.001