# TARGET T0471 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0471.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.0751 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.228 0.107 0.120 0.148 0.150 0.110 0.063 0.036 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 2 W 0.200 0.107 0.124 0.151 0.154 0.117 0.071 0.038 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 3 N 0.369 0.183 0.136 0.116 0.080 0.052 0.031 0.016 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 4 D 0.290 0.164 0.136 0.131 0.110 0.072 0.046 0.024 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 5 L 0.140 0.097 0.117 0.161 0.160 0.133 0.084 0.051 0.029 0.014 0.007 0.004 0.002 0.001 6 A 0.235 0.164 0.143 0.130 0.113 0.083 0.063 0.032 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 7 V 0.126 0.068 0.082 0.113 0.142 0.137 0.100 0.093 0.065 0.034 0.020 0.011 0.006 0.002 8 Y 0.080 0.053 0.067 0.105 0.139 0.137 0.125 0.109 0.073 0.050 0.032 0.017 0.007 0.003 9 I 0.076 0.050 0.065 0.099 0.128 0.126 0.112 0.115 0.085 0.065 0.042 0.023 0.010 0.005 10 I 0.092 0.063 0.072 0.086 0.115 0.117 0.103 0.108 0.089 0.069 0.046 0.024 0.012 0.005 11 R 0.120 0.098 0.116 0.149 0.143 0.118 0.087 0.071 0.047 0.026 0.015 0.006 0.003 0.001 12 C 0.091 0.072 0.099 0.141 0.162 0.144 0.099 0.076 0.055 0.032 0.017 0.008 0.004 0.002 13 S 0.204 0.161 0.141 0.143 0.126 0.096 0.064 0.030 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 14 G 0.250 0.193 0.159 0.131 0.091 0.070 0.057 0.023 0.015 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 15 P 0.197 0.203 0.169 0.156 0.113 0.065 0.048 0.023 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 16 G 0.095 0.117 0.135 0.182 0.169 0.120 0.077 0.047 0.034 0.013 0.007 0.002 0.002 0.001 17 T 0.012 0.020 0.043 0.095 0.150 0.189 0.189 0.136 0.085 0.040 0.022 0.011 0.006 0.003 18 R 0.003 0.006 0.013 0.035 0.066 0.093 0.130 0.170 0.184 0.134 0.092 0.043 0.020 0.013 19 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.014 0.034 0.060 0.116 0.183 0.244 0.195 0.086 0.057 20 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.016 0.061 0.144 0.232 0.257 0.192 0.084 21 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.016 0.036 0.109 0.176 0.207 0.202 0.153 0.090 22 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 0.025 0.077 0.169 0.213 0.211 0.157 0.129 23 G 0.001 0.002 0.003 0.004 0.008 0.018 0.039 0.076 0.123 0.182 0.194 0.164 0.105 0.082 24 A 0.002 0.004 0.006 0.015 0.030 0.047 0.081 0.127 0.172 0.176 0.160 0.098 0.048 0.035 25 G 0.007 0.019 0.031 0.046 0.083 0.103 0.131 0.154 0.160 0.114 0.076 0.039 0.021 0.014 26 R 0.024 0.053 0.083 0.120 0.141 0.145 0.142 0.118 0.088 0.046 0.022 0.009 0.005 0.003 27 F 0.016 0.021 0.037 0.071 0.122 0.167 0.179 0.155 0.123 0.065 0.028 0.009 0.004 0.002 28 L 0.091 0.089 0.111 0.124 0.164 0.149 0.109 0.071 0.050 0.023 0.011 0.005 0.002 0.001 29 Y 0.162 0.162 0.193 0.172 0.122 0.087 0.048 0.027 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 30 V 0.025 0.021 0.036 0.079 0.138 0.201 0.200 0.153 0.093 0.036 0.012 0.005 0.002 0.001 31 S 0.047 0.062 0.092 0.126 0.173 0.186 0.151 0.089 0.045 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 32 D 0.483 0.322 0.129 0.036 0.015 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 Y 0.048 0.078 0.143 0.225 0.254 0.144 0.054 0.035 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 34 I 0.030 0.021 0.039 0.084 0.183 0.215 0.215 0.138 0.055 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 35 R 0.216 0.289 0.225 0.157 0.070 0.026 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 K 0.589 0.241 0.090 0.044 0.020 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 H 0.098 0.091 0.161 0.243 0.188 0.128 0.058 0.020 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 38 S 0.327 0.247 0.169 0.113 0.070 0.034 0.025 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 39 K 0.205 0.145 0.127 0.140 0.132 0.108 0.065 0.041 0.022 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 40 V 0.070 0.053 0.073 0.117 0.159 0.162 0.140 0.094 0.064 0.033 0.019 0.010 0.005 0.002 41 D 0.057 0.049 0.060 0.089 0.116 0.122 0.129 0.125 0.099 0.070 0.044 0.023 0.012 0.005 42 L 0.031 0.020 0.028 0.041 0.062 0.078 0.084 0.115 0.143 0.137 0.121 0.089 0.037 0.017 43 V 0.018 0.016 0.024 0.030 0.050 0.072 0.100 0.129 0.127 0.160 0.127 0.086 0.043 0.018 44 L 0.024 0.027 0.038 0.056 0.081 0.100 0.116 0.145 0.131 0.122 0.082 0.044 0.025 0.010 45 T 0.108 0.108 0.105 0.124 0.132 0.105 0.095 0.078 0.064 0.041 0.023 0.010 0.005 0.003 46 D 0.089 0.116 0.123 0.154 0.140 0.122 0.093 0.064 0.048 0.026 0.014 0.005 0.003 0.002 47 I 0.091 0.094 0.136 0.159 0.171 0.142 0.096 0.053 0.033 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 48 K 0.345 0.237 0.147 0.106 0.075 0.040 0.025 0.010 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 49 P 0.433 0.198 0.124 0.090 0.063 0.039 0.025 0.012 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 50 S 0.367 0.212 0.140 0.113 0.069 0.041 0.031 0.012 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 51 H 0.226 0.186 0.156 0.143 0.109 0.072 0.054 0.025 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 52 G 0.057 0.056 0.093 0.127 0.167 0.176 0.132 0.091 0.050 0.025 0.014 0.008 0.004 0.001 53 G 0.072 0.078 0.093 0.120 0.152 0.133 0.118 0.098 0.066 0.035 0.019 0.008 0.005 0.003 54 I 0.019 0.013 0.021 0.041 0.070 0.103 0.115 0.159 0.140 0.114 0.100 0.068 0.026 0.011 55 V 0.012 0.014 0.020 0.029 0.048 0.074 0.101 0.124 0.135 0.153 0.139 0.085 0.043 0.023 56 R 0.014 0.014 0.020 0.034 0.059 0.078 0.105 0.136 0.147 0.142 0.118 0.073 0.038 0.022 57 D 0.019 0.020 0.023 0.030 0.048 0.061 0.078 0.106 0.160 0.159 0.135 0.084 0.050 0.028 58 D 0.031 0.031 0.046 0.074 0.099 0.102 0.117 0.122 0.122 0.098 0.074 0.046 0.025 0.014 59 I 0.013 0.014 0.024 0.037 0.064 0.097 0.110 0.138 0.156 0.137 0.102 0.064 0.029 0.014 60 T 0.040 0.052 0.068 0.079 0.120 0.138 0.141 0.124 0.094 0.067 0.042 0.019 0.010 0.005 61 S 0.165 0.213 0.159 0.127 0.089 0.069 0.067 0.040 0.036 0.018 0.010 0.004 0.003 0.001 62 P 0.088 0.073 0.101 0.135 0.179 0.141 0.108 0.074 0.051 0.024 0.013 0.010 0.004 0.001 63 R 0.150 0.168 0.151 0.155 0.140 0.088 0.075 0.035 0.021 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 64 M 0.123 0.079 0.105 0.134 0.173 0.138 0.094 0.073 0.044 0.019 0.010 0.005 0.003 0.001 65 E 0.271 0.205 0.159 0.130 0.097 0.059 0.042 0.020 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 66 I 0.077 0.032 0.062 0.109 0.154 0.170 0.135 0.118 0.070 0.037 0.020 0.010 0.004 0.001 67 Y 0.056 0.052 0.074 0.137 0.190 0.188 0.128 0.088 0.045 0.023 0.012 0.005 0.002 0.001 68 R 0.113 0.155 0.158 0.172 0.122 0.105 0.074 0.047 0.025 0.016 0.008 0.004 0.001 0.001 69 G 0.044 0.088 0.115 0.165 0.172 0.149 0.112 0.077 0.042 0.019 0.010 0.004 0.003 0.001 70 A 0.013 0.012 0.021 0.036 0.077 0.135 0.197 0.190 0.146 0.076 0.047 0.032 0.013 0.005 71 A 0.016 0.027 0.045 0.095 0.147 0.136 0.147 0.141 0.111 0.065 0.036 0.016 0.011 0.005 72 L 0.005 0.003 0.006 0.011 0.019 0.039 0.080 0.112 0.170 0.189 0.157 0.126 0.051 0.032 73 I 0.005 0.005 0.007 0.007 0.014 0.032 0.067 0.094 0.150 0.188 0.171 0.124 0.089 0.047 74 Y 0.006 0.007 0.009 0.015 0.026 0.039 0.069 0.104 0.169 0.172 0.156 0.123 0.073 0.033 75 S 0.013 0.013 0.015 0.028 0.045 0.063 0.093 0.131 0.150 0.153 0.124 0.087 0.042 0.043 76 I 0.010 0.015 0.020 0.027 0.048 0.069 0.115 0.128 0.135 0.133 0.123 0.096 0.047 0.036 77 R 0.036 0.039 0.062 0.101 0.128 0.142 0.132 0.142 0.101 0.056 0.032 0.016 0.008 0.004 78 P 0.039 0.060 0.084 0.127 0.163 0.153 0.128 0.095 0.074 0.042 0.020 0.009 0.005 0.003 79 P 0.058 0.065 0.098 0.135 0.173 0.171 0.118 0.085 0.051 0.028 0.010 0.004 0.002 0.001 80 A 0.203 0.180 0.190 0.160 0.116 0.075 0.035 0.018 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 81 E 0.416 0.261 0.145 0.078 0.043 0.026 0.016 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 I 0.087 0.043 0.062 0.112 0.171 0.193 0.154 0.100 0.048 0.020 0.006 0.003 0.001 0.001 83 H 0.069 0.077 0.115 0.189 0.208 0.169 0.090 0.047 0.021 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 84 S 0.470 0.223 0.136 0.076 0.040 0.028 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 S 0.122 0.122 0.151 0.181 0.150 0.132 0.078 0.037 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 86 L 0.031 0.015 0.021 0.053 0.112 0.201 0.222 0.198 0.100 0.031 0.011 0.004 0.001 0.001 87 M 0.102 0.125 0.134 0.150 0.185 0.136 0.093 0.043 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 88 R 0.285 0.235 0.217 0.127 0.064 0.037 0.021 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 V 0.034 0.019 0.043 0.101 0.180 0.207 0.186 0.127 0.064 0.021 0.009 0.006 0.002 0.001 90 A 0.041 0.036 0.057 0.112 0.187 0.215 0.160 0.115 0.053 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 91 D 0.204 0.258 0.196 0.129 0.090 0.057 0.036 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 92 A 0.074 0.094 0.134 0.189 0.206 0.141 0.077 0.049 0.022 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 93 V 0.021 0.026 0.043 0.080 0.151 0.172 0.197 0.142 0.084 0.044 0.022 0.012 0.005 0.002 94 G 0.031 0.059 0.093 0.185 0.213 0.152 0.109 0.081 0.043 0.020 0.009 0.003 0.002 0.001 95 A 0.013 0.012 0.019 0.040 0.077 0.120 0.171 0.172 0.163 0.099 0.060 0.031 0.014 0.008 96 R 0.009 0.009 0.017 0.049 0.110 0.133 0.157 0.164 0.149 0.087 0.061 0.032 0.014 0.010 97 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.012 0.033 0.054 0.118 0.206 0.253 0.203 0.075 0.035 98 I 0.003 0.003 0.004 0.006 0.011 0.024 0.051 0.088 0.141 0.188 0.194 0.148 0.083 0.054 99 I 0.002 0.003 0.004 0.004 0.008 0.016 0.035 0.055 0.120 0.186 0.195 0.178 0.134 0.059 100 K 0.008 0.012 0.020 0.044 0.081 0.090 0.123 0.169 0.164 0.119 0.077 0.047 0.027 0.017 101 P 0.012 0.017 0.027 0.053 0.079 0.097 0.129 0.152 0.137 0.124 0.087 0.047 0.022 0.017 102 L 0.010 0.015 0.029 0.056 0.103 0.138 0.155 0.182 0.132 0.084 0.053 0.027 0.011 0.006 103 T 0.039 0.064 0.106 0.141 0.155 0.161 0.125 0.089 0.060 0.033 0.016 0.007 0.003 0.001 104 G 0.099 0.110 0.143 0.151 0.162 0.121 0.097 0.054 0.036 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 105 E 0.304 0.192 0.144 0.130 0.102 0.058 0.032 0.017 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 106 D 0.436 0.207 0.133 0.093 0.060 0.033 0.019 0.008 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 107 I 0.156 0.084 0.128 0.178 0.172 0.133 0.077 0.040 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 108 V 0.190 0.116 0.145 0.168 0.147 0.106 0.077 0.028 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 109 T 0.418 0.170 0.136 0.111 0.070 0.046 0.028 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 110 E 0.500 0.227 0.112 0.068 0.039 0.022 0.019 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 R 0.194 0.121 0.151 0.170 0.150 0.100 0.053 0.031 0.017 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 112 K 0.261 0.152 0.134 0.136 0.133 0.078 0.056 0.025 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 113 M 0.133 0.069 0.100 0.131 0.147 0.139 0.098 0.083 0.049 0.027 0.014 0.006 0.003 0.001 114 K 0.172 0.113 0.116 0.147 0.142 0.109 0.076 0.052 0.035 0.018 0.011 0.005 0.002 0.001 115 L 0.143 0.089 0.104 0.126 0.138 0.124 0.093 0.072 0.049 0.030 0.018 0.009 0.004 0.002 116 V 0.104 0.074 0.086 0.107 0.143 0.134 0.106 0.086 0.063 0.042 0.029 0.016 0.007 0.003 117 N 0.207 0.168 0.138 0.129 0.107 0.078 0.069 0.044 0.029 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 118 Y 0.098 0.055 0.070 0.102 0.146 0.139 0.116 0.101 0.074 0.046 0.028 0.015 0.007 0.003 119 G 0.127 0.121 0.117 0.157 0.140 0.109 0.089 0.059 0.038 0.022 0.013 0.006 0.002 0.001 120 R 0.084 0.062 0.084 0.114 0.143 0.141 0.110 0.094 0.075 0.045 0.025 0.012 0.007 0.003 121 T 0.059 0.040 0.054 0.071 0.115 0.140 0.138 0.129 0.103 0.065 0.046 0.023 0.011 0.005 122 Y 0.052 0.037 0.045 0.067 0.098 0.110 0.120 0.128 0.118 0.098 0.069 0.035 0.016 0.006 123 F 0.050 0.037 0.048 0.088 0.131 0.133 0.120 0.128 0.101 0.073 0.049 0.026 0.010 0.007 124 Y 0.045 0.038 0.039 0.042 0.072 0.088 0.111 0.115 0.127 0.130 0.096 0.056 0.028 0.013 125 E 0.172 0.126 0.130 0.146 0.119 0.096 0.077 0.056 0.037 0.020 0.011 0.005 0.003 0.001 126 Y 0.067 0.044 0.065 0.118 0.161 0.152 0.111 0.101 0.079 0.049 0.027 0.016 0.006 0.003 127 I 0.053 0.056 0.086 0.136 0.181 0.174 0.129 0.092 0.047 0.027 0.010 0.004 0.002 0.001 128 A 0.221 0.181 0.176 0.171 0.100 0.072 0.037 0.019 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 129 E 0.462 0.250 0.129 0.068 0.040 0.021 0.017 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 V 0.174 0.101 0.145 0.183 0.183 0.113 0.053 0.027 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 131 R 0.265 0.151 0.151 0.162 0.126 0.075 0.041 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 132 S 0.553 0.168 0.103 0.069 0.046 0.027 0.020 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 133 R 0.505 0.182 0.111 0.091 0.055 0.028 0.015 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001