# TARGET T0471 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0471.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.2655 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.021 0.375 0.004 0.039 0.324 0.001 0.001 0.012 0.104 0.052 0.025 0.039 2 W 0.001 0.008 0.148 0.003 0.036 0.679 0.001 0.001 0.003 0.044 0.055 0.007 0.015 3 N 0.001 0.003 0.039 0.002 0.025 0.833 0.001 0.001 0.001 0.030 0.059 0.003 0.003 4 D 0.001 0.002 0.036 0.001 0.020 0.882 0.001 0.001 0.001 0.020 0.029 0.002 0.007 5 L 0.001 0.001 0.015 0.001 0.012 0.954 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.004 6 A 0.002 0.001 0.005 0.002 0.012 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.002 7 V 0.004 0.001 0.002 0.001 0.008 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 8 Y 0.009 0.001 0.001 0.001 0.005 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.003 9 I 0.020 0.001 0.002 0.001 0.008 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.006 10 I 0.037 0.001 0.008 0.004 0.024 0.861 0.001 0.001 0.001 0.003 0.034 0.010 0.016 11 R 0.035 0.002 0.029 0.005 0.040 0.651 0.001 0.001 0.002 0.017 0.177 0.017 0.023 12 C 0.012 0.006 0.084 0.002 0.045 0.299 0.001 0.001 0.003 0.070 0.426 0.018 0.035 13 S 0.004 0.018 0.208 0.002 0.016 0.050 0.001 0.001 0.004 0.326 0.306 0.031 0.035 14 G 0.001 0.004 0.690 0.002 0.006 0.004 0.001 0.001 0.002 0.218 0.055 0.010 0.009 15 P 0.001 0.001 0.046 0.004 0.074 0.008 0.001 0.001 0.001 0.072 0.791 0.001 0.002 16 G 0.001 0.002 0.039 0.003 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.849 0.001 0.001 17 T 0.005 0.014 0.633 0.018 0.013 0.001 0.001 0.001 0.023 0.222 0.017 0.023 0.029 18 R 0.033 0.024 0.229 0.033 0.002 0.001 0.028 0.022 0.302 0.110 0.010 0.113 0.094 19 V 0.101 0.005 0.024 0.018 0.001 0.001 0.161 0.278 0.231 0.009 0.002 0.020 0.150 20 V 0.124 0.001 0.003 0.027 0.001 0.001 0.225 0.396 0.160 0.002 0.001 0.046 0.016 21 E 0.121 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.193 0.404 0.192 0.001 0.001 0.030 0.050 22 V 0.067 0.002 0.027 0.016 0.001 0.002 0.163 0.356 0.284 0.005 0.002 0.031 0.044 23 G 0.039 0.006 0.264 0.036 0.003 0.005 0.032 0.047 0.330 0.073 0.015 0.100 0.051 24 A 0.017 0.012 0.261 0.017 0.034 0.059 0.013 0.009 0.099 0.186 0.176 0.012 0.104 25 G 0.013 0.015 0.260 0.025 0.067 0.057 0.007 0.006 0.050 0.189 0.192 0.087 0.032 26 R 0.017 0.021 0.281 0.007 0.081 0.096 0.004 0.003 0.020 0.235 0.111 0.026 0.098 27 F 0.013 0.024 0.228 0.005 0.080 0.370 0.003 0.001 0.010 0.097 0.116 0.013 0.041 28 L 0.005 0.009 0.074 0.005 0.048 0.718 0.001 0.001 0.002 0.046 0.074 0.008 0.010 29 Y 0.004 0.007 0.106 0.003 0.042 0.732 0.001 0.001 0.002 0.039 0.037 0.008 0.017 30 V 0.001 0.001 0.011 0.001 0.026 0.949 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.003 31 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 32 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.895 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 33 Y 0.001 0.001 0.002 0.001 0.063 0.914 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 34 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.019 0.937 0.001 0.001 0.001 0.002 0.038 0.001 0.001 35 R 0.001 0.001 0.009 0.001 0.044 0.718 0.001 0.001 0.001 0.005 0.221 0.001 0.001 36 K 0.001 0.003 0.019 0.001 0.083 0.657 0.001 0.001 0.001 0.026 0.209 0.001 0.002 37 H 0.001 0.002 0.388 0.002 0.074 0.236 0.001 0.001 0.001 0.179 0.114 0.002 0.003 38 S 0.001 0.001 0.040 0.003 0.178 0.040 0.001 0.001 0.001 0.037 0.699 0.001 0.001 39 K 0.001 0.002 0.077 0.002 0.041 0.004 0.001 0.001 0.013 0.033 0.824 0.001 0.002 40 V 0.001 0.003 0.708 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.187 0.078 0.003 0.009 0.004 41 D 0.003 0.004 0.247 0.010 0.001 0.001 0.005 0.011 0.632 0.048 0.002 0.020 0.019 42 L 0.014 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.054 0.282 0.614 0.003 0.001 0.005 0.019 43 V 0.008 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.098 0.752 0.132 0.001 0.001 0.001 0.001 44 L 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.789 0.130 0.001 0.001 0.001 0.002 45 T 0.019 0.001 0.008 0.007 0.001 0.001 0.054 0.574 0.314 0.001 0.001 0.013 0.010 46 D 0.028 0.003 0.075 0.005 0.001 0.001 0.037 0.078 0.621 0.020 0.005 0.096 0.030 47 I 0.009 0.058 0.400 0.007 0.003 0.001 0.013 0.017 0.220 0.185 0.020 0.007 0.061 48 K 0.001 0.012 0.836 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.038 0.074 0.002 0.024 0.007 49 P 0.001 0.011 0.238 0.006 0.143 0.015 0.001 0.001 0.007 0.158 0.333 0.002 0.085 50 S 0.001 0.004 0.053 0.004 0.069 0.005 0.001 0.001 0.001 0.093 0.765 0.006 0.001 51 H 0.001 0.012 0.269 0.007 0.112 0.010 0.001 0.001 0.003 0.276 0.289 0.006 0.013 52 G 0.004 0.027 0.389 0.007 0.040 0.016 0.002 0.001 0.010 0.303 0.170 0.012 0.020 53 G 0.014 0.036 0.377 0.022 0.023 0.019 0.004 0.006 0.027 0.274 0.118 0.045 0.035 54 I 0.076 0.039 0.230 0.025 0.016 0.018 0.031 0.030 0.104 0.088 0.023 0.073 0.245 55 V 0.181 0.024 0.098 0.028 0.011 0.015 0.093 0.055 0.134 0.026 0.010 0.136 0.190 56 R 0.178 0.028 0.146 0.039 0.018 0.023 0.094 0.064 0.115 0.027 0.019 0.089 0.160 57 D 0.078 0.015 0.345 0.035 0.030 0.028 0.020 0.022 0.087 0.068 0.029 0.117 0.125 58 D 0.031 0.009 0.334 0.022 0.056 0.051 0.007 0.007 0.051 0.154 0.112 0.068 0.098 59 I 0.019 0.018 0.270 0.009 0.098 0.049 0.008 0.006 0.034 0.125 0.248 0.032 0.083 60 T 0.010 0.031 0.284 0.009 0.038 0.043 0.004 0.003 0.013 0.308 0.166 0.061 0.030 61 S 0.004 0.020 0.554 0.004 0.019 0.023 0.001 0.001 0.006 0.225 0.075 0.020 0.048 62 P 0.002 0.010 0.213 0.013 0.062 0.088 0.001 0.001 0.002 0.126 0.462 0.008 0.013 63 R 0.003 0.014 0.209 0.012 0.081 0.116 0.001 0.001 0.004 0.131 0.400 0.016 0.013 64 M 0.014 0.014 0.305 0.011 0.117 0.221 0.002 0.001 0.008 0.112 0.054 0.023 0.117 65 E 0.049 0.023 0.134 0.023 0.068 0.222 0.007 0.003 0.021 0.046 0.033 0.293 0.077 66 I 0.064 0.022 0.043 0.005 0.058 0.232 0.026 0.012 0.026 0.019 0.037 0.022 0.434 67 Y 0.034 0.011 0.112 0.153 0.133 0.266 0.009 0.005 0.011 0.040 0.094 0.099 0.033 68 R 0.014 0.005 0.071 0.045 0.203 0.179 0.003 0.001 0.010 0.065 0.332 0.030 0.042 69 G 0.013 0.006 0.124 0.050 0.108 0.061 0.004 0.002 0.022 0.100 0.426 0.017 0.067 70 A 0.027 0.005 0.504 0.031 0.010 0.015 0.005 0.003 0.070 0.179 0.030 0.054 0.068 71 A 0.061 0.004 0.225 0.115 0.003 0.008 0.017 0.022 0.149 0.160 0.019 0.155 0.062 72 L 0.153 0.002 0.008 0.017 0.001 0.007 0.155 0.318 0.205 0.014 0.004 0.022 0.093 73 I 0.086 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 0.193 0.633 0.064 0.001 0.001 0.005 0.007 74 Y 0.120 0.001 0.002 0.009 0.001 0.003 0.205 0.603 0.038 0.001 0.001 0.007 0.010 75 S 0.130 0.001 0.019 0.004 0.001 0.004 0.161 0.334 0.250 0.004 0.005 0.064 0.021 76 I 0.139 0.007 0.192 0.021 0.010 0.009 0.100 0.090 0.258 0.038 0.020 0.017 0.100 77 R 0.009 0.009 0.564 0.006 0.003 0.004 0.005 0.002 0.145 0.160 0.010 0.069 0.013 78 P 0.002 0.013 0.610 0.003 0.004 0.007 0.001 0.001 0.031 0.219 0.068 0.005 0.037 79 P 0.001 0.013 0.729 0.003 0.030 0.038 0.001 0.001 0.005 0.125 0.041 0.007 0.009 80 A 0.001 0.005 0.145 0.003 0.253 0.317 0.001 0.001 0.003 0.086 0.175 0.003 0.008 81 E 0.002 0.010 0.068 0.002 0.345 0.332 0.001 0.001 0.002 0.037 0.189 0.006 0.007 82 I 0.002 0.017 0.126 0.002 0.176 0.542 0.001 0.001 0.005 0.040 0.071 0.003 0.015 83 H 0.001 0.010 0.131 0.002 0.037 0.723 0.001 0.001 0.004 0.049 0.031 0.006 0.006 84 S 0.001 0.003 0.047 0.001 0.033 0.850 0.001 0.001 0.001 0.017 0.039 0.001 0.006 85 S 0.001 0.001 0.019 0.001 0.023 0.920 0.001 0.001 0.001 0.008 0.024 0.002 0.002 86 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 87 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 88 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 89 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 90 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.933 0.001 0.001 0.001 0.002 0.050 0.001 0.001 91 D 0.001 0.001 0.009 0.001 0.045 0.819 0.001 0.001 0.001 0.006 0.119 0.001 0.001 92 A 0.001 0.001 0.015 0.001 0.100 0.746 0.001 0.001 0.001 0.020 0.112 0.001 0.003 93 V 0.001 0.002 0.115 0.004 0.041 0.224 0.001 0.001 0.004 0.180 0.421 0.005 0.003 94 G 0.001 0.003 0.226 0.007 0.016 0.010 0.001 0.001 0.026 0.073 0.631 0.002 0.005 95 A 0.002 0.007 0.586 0.011 0.004 0.003 0.001 0.004 0.194 0.144 0.025 0.011 0.007 96 R 0.005 0.003 0.182 0.018 0.001 0.002 0.009 0.060 0.578 0.105 0.006 0.017 0.013 97 L 0.019 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.088 0.498 0.349 0.005 0.001 0.004 0.025 98 I 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.691 0.214 0.001 0.001 0.005 0.001 99 I 0.018 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.093 0.710 0.159 0.001 0.001 0.001 0.011 100 K 0.005 0.003 0.103 0.003 0.001 0.001 0.011 0.138 0.642 0.011 0.001 0.076 0.005 101 P 0.003 0.014 0.500 0.003 0.003 0.001 0.004 0.014 0.226 0.103 0.021 0.002 0.106 102 L 0.001 0.009 0.467 0.009 0.017 0.002 0.001 0.002 0.035 0.274 0.164 0.016 0.004 103 T 0.001 0.006 0.201 0.005 0.025 0.003 0.001 0.001 0.005 0.341 0.397 0.003 0.012 104 G 0.001 0.011 0.212 0.002 0.025 0.005 0.001 0.001 0.001 0.396 0.333 0.009 0.005 105 E 0.009 0.043 0.497 0.005 0.066 0.028 0.001 0.001 0.004 0.186 0.103 0.022 0.035 106 D 0.031 0.055 0.401 0.007 0.077 0.052 0.003 0.001 0.006 0.111 0.061 0.050 0.144 107 I 0.051 0.047 0.345 0.018 0.082 0.074 0.005 0.001 0.006 0.061 0.058 0.108 0.144 108 V 0.060 0.039 0.276 0.030 0.083 0.062 0.008 0.001 0.008 0.054 0.082 0.107 0.188 109 T 0.030 0.024 0.278 0.024 0.056 0.050 0.003 0.001 0.005 0.100 0.124 0.175 0.130 110 E 0.016 0.012 0.246 0.027 0.062 0.033 0.002 0.001 0.004 0.116 0.318 0.035 0.128 111 R 0.014 0.012 0.230 0.057 0.046 0.036 0.002 0.001 0.005 0.187 0.277 0.095 0.038 112 K 0.022 0.020 0.310 0.020 0.031 0.029 0.004 0.001 0.021 0.102 0.185 0.089 0.167 113 M 0.059 0.018 0.357 0.022 0.015 0.014 0.007 0.004 0.030 0.052 0.025 0.072 0.326 114 K 0.056 0.005 0.069 0.021 0.003 0.007 0.008 0.003 0.042 0.018 0.004 0.722 0.043 115 L 0.077 0.008 0.028 0.005 0.003 0.004 0.024 0.010 0.038 0.005 0.004 0.017 0.776 116 V 0.109 0.014 0.065 0.062 0.006 0.006 0.034 0.018 0.053 0.017 0.008 0.559 0.050 117 N 0.045 0.007 0.120 0.008 0.006 0.004 0.009 0.005 0.031 0.028 0.017 0.059 0.661 118 Y 0.022 0.005 0.186 0.079 0.030 0.010 0.005 0.002 0.010 0.132 0.280 0.119 0.120 119 G 0.008 0.002 0.079 0.056 0.010 0.003 0.001 0.001 0.003 0.233 0.514 0.064 0.025 120 R 0.052 0.010 0.236 0.014 0.010 0.007 0.004 0.001 0.007 0.227 0.105 0.039 0.288 121 T 0.173 0.008 0.139 0.020 0.003 0.008 0.009 0.002 0.011 0.047 0.012 0.427 0.141 122 Y 0.401 0.002 0.019 0.008 0.001 0.006 0.040 0.005 0.009 0.005 0.003 0.084 0.417 123 F 0.618 0.001 0.011 0.054 0.001 0.009 0.047 0.005 0.005 0.002 0.002 0.134 0.111 124 Y 0.700 0.001 0.005 0.023 0.001 0.011 0.040 0.002 0.004 0.001 0.001 0.096 0.114 125 E 0.621 0.001 0.009 0.012 0.002 0.015 0.026 0.002 0.005 0.001 0.002 0.126 0.177 126 Y 0.564 0.001 0.016 0.018 0.004 0.026 0.018 0.001 0.006 0.002 0.003 0.126 0.214 127 I 0.390 0.003 0.055 0.039 0.014 0.071 0.010 0.001 0.007 0.009 0.015 0.187 0.200 128 A 0.190 0.005 0.078 0.047 0.051 0.181 0.005 0.001 0.005 0.021 0.062 0.108 0.248 129 E 0.104 0.006 0.092 0.020 0.060 0.244 0.003 0.001 0.005 0.040 0.110 0.156 0.158 130 V 0.063 0.011 0.154 0.011 0.058 0.221 0.003 0.001 0.005 0.049 0.118 0.061 0.247 131 R 0.025 0.016 0.270 0.010 0.037 0.165 0.002 0.001 0.010 0.085 0.130 0.182 0.069 132 S 0.009 0.024 0.390 0.008 0.026 0.104 0.002 0.001 0.010 0.127 0.142 0.028 0.129 133 R 0.004 0.016 0.594 0.007 0.013 0.047 0.001 0.001 0.010 0.164 0.056 0.058 0.030