# TARGET T0471 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0471.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.2655 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.037 0.036 0.086 0.088 0.009 0.074 0.019 0.006 0.007 0.006 0.068 0.086 0.413 0.008 0.006 0.051 2 W 0.029 0.047 0.101 0.067 0.012 0.100 0.026 0.008 0.003 0.002 0.063 0.084 0.420 0.010 0.012 0.015 3 N 0.010 0.056 0.071 0.076 0.001 0.061 0.005 0.015 0.004 0.005 0.072 0.103 0.487 0.001 0.017 0.015 4 D 0.008 0.015 0.011 0.023 0.001 0.119 0.002 0.002 0.004 0.006 0.080 0.120 0.593 0.001 0.001 0.013 5 L 0.003 0.004 0.005 0.004 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.150 0.090 0.713 0.001 0.001 0.001 6 A 0.001 0.013 0.006 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.267 0.687 0.001 0.001 0.001 7 V 0.001 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.965 0.001 0.001 0.002 8 Y 0.001 0.002 0.010 0.010 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.957 0.001 0.001 0.004 9 I 0.001 0.003 0.009 0.019 0.001 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.937 0.003 0.001 0.002 10 I 0.001 0.039 0.014 0.066 0.001 0.008 0.009 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.836 0.004 0.005 0.006 11 R 0.005 0.009 0.035 0.171 0.006 0.011 0.016 0.003 0.003 0.001 0.006 0.005 0.581 0.040 0.019 0.090 12 C 0.015 0.015 0.106 0.038 0.071 0.020 0.200 0.005 0.002 0.002 0.013 0.004 0.183 0.240 0.019 0.068 13 S 0.024 0.127 0.183 0.133 0.011 0.020 0.012 0.110 0.006 0.003 0.015 0.011 0.120 0.006 0.171 0.049 14 G 0.007 0.003 0.010 0.007 0.458 0.029 0.259 0.001 0.006 0.022 0.007 0.004 0.012 0.156 0.001 0.018 15 P 0.015 0.016 0.005 0.005 0.001 0.005 0.001 0.782 0.001 0.001 0.023 0.003 0.004 0.001 0.136 0.001 16 G 0.002 0.028 0.011 0.019 0.001 0.006 0.001 0.002 0.659 0.127 0.008 0.015 0.004 0.001 0.002 0.116 17 T 0.882 0.018 0.030 0.052 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.002 18 R 0.009 0.028 0.833 0.117 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 19 V 0.006 0.003 0.158 0.824 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 V 0.001 0.008 0.087 0.900 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 E 0.001 0.001 0.005 0.864 0.123 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 V 0.001 0.008 0.013 0.854 0.037 0.019 0.001 0.064 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 G 0.001 0.010 0.001 0.281 0.498 0.091 0.005 0.003 0.013 0.081 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 24 A 0.038 0.066 0.006 0.202 0.020 0.063 0.001 0.532 0.004 0.002 0.036 0.016 0.004 0.001 0.010 0.001 25 G 0.002 0.026 0.020 0.083 0.008 0.170 0.001 0.015 0.105 0.389 0.098 0.056 0.016 0.001 0.001 0.009 26 R 0.121 0.074 0.012 0.078 0.003 0.090 0.001 0.010 0.004 0.005 0.237 0.291 0.071 0.001 0.002 0.002 27 F 0.004 0.015 0.025 0.027 0.002 0.096 0.001 0.003 0.003 0.003 0.231 0.294 0.293 0.001 0.001 0.003 28 L 0.001 0.004 0.004 0.006 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.260 0.621 0.001 0.001 0.001 29 Y 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.094 0.874 0.001 0.001 0.001 30 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.036 0.956 0.001 0.001 0.001 31 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.989 0.001 0.001 0.001 32 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 33 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 0.002 34 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.004 0.003 0.002 35 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.004 0.004 0.014 36 K 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.800 0.082 0.011 0.069 37 H 0.006 0.005 0.037 0.001 0.004 0.004 0.168 0.002 0.001 0.001 0.008 0.002 0.205 0.445 0.083 0.027 38 S 0.008 0.028 0.034 0.005 0.001 0.006 0.014 0.035 0.001 0.001 0.012 0.007 0.120 0.003 0.682 0.043 39 K 0.034 0.036 0.025 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.001 0.001 0.002 0.008 0.002 0.001 0.802 40 V 0.789 0.002 0.138 0.039 0.001 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.003 41 D 0.002 0.177 0.712 0.103 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 L 0.001 0.001 0.005 0.989 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 V 0.001 0.005 0.365 0.622 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 L 0.001 0.002 0.005 0.900 0.049 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 T 0.001 0.063 0.012 0.835 0.012 0.035 0.001 0.035 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 D 0.001 0.051 0.006 0.716 0.011 0.157 0.001 0.007 0.020 0.013 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 47 I 0.019 0.107 0.072 0.738 0.011 0.013 0.001 0.005 0.005 0.002 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 0.002 48 K 0.009 0.037 0.101 0.524 0.094 0.178 0.009 0.005 0.004 0.007 0.005 0.018 0.004 0.002 0.001 0.002 49 P 0.005 0.042 0.030 0.181 0.305 0.277 0.010 0.042 0.003 0.005 0.077 0.006 0.010 0.003 0.002 0.002 50 S 0.004 0.123 0.007 0.080 0.292 0.076 0.021 0.099 0.023 0.018 0.160 0.061 0.009 0.018 0.005 0.003 51 H 0.020 0.098 0.028 0.066 0.049 0.022 0.036 0.248 0.079 0.026 0.054 0.116 0.023 0.024 0.094 0.017 52 G 0.053 0.029 0.118 0.086 0.003 0.030 0.013 0.100 0.159 0.088 0.033 0.049 0.061 0.002 0.083 0.093 53 G 0.287 0.065 0.167 0.157 0.002 0.021 0.005 0.005 0.070 0.025 0.020 0.051 0.044 0.001 0.004 0.076 54 I 0.238 0.024 0.219 0.343 0.007 0.056 0.005 0.002 0.003 0.003 0.023 0.030 0.034 0.002 0.001 0.009 55 V 0.010 0.056 0.352 0.342 0.024 0.112 0.006 0.009 0.001 0.001 0.023 0.021 0.035 0.002 0.002 0.003 56 R 0.006 0.065 0.040 0.459 0.034 0.208 0.007 0.019 0.006 0.004 0.054 0.021 0.062 0.004 0.003 0.005 57 D 0.012 0.162 0.050 0.364 0.007 0.092 0.007 0.026 0.013 0.007 0.069 0.074 0.096 0.002 0.009 0.009 58 D 0.023 0.060 0.043 0.124 0.010 0.237 0.010 0.009 0.016 0.011 0.076 0.138 0.209 0.005 0.006 0.024 59 I 0.029 0.038 0.107 0.062 0.034 0.105 0.051 0.010 0.004 0.002 0.235 0.078 0.186 0.031 0.008 0.019 60 T 0.011 0.274 0.158 0.187 0.002 0.010 0.008 0.041 0.006 0.002 0.017 0.095 0.082 0.004 0.077 0.026 61 S 0.026 0.030 0.148 0.185 0.007 0.076 0.026 0.002 0.038 0.024 0.007 0.013 0.198 0.005 0.007 0.209 62 P 0.128 0.029 0.204 0.084 0.002 0.206 0.010 0.008 0.001 0.002 0.157 0.014 0.145 0.001 0.003 0.006 63 R 0.007 0.510 0.073 0.157 0.001 0.038 0.001 0.004 0.004 0.001 0.025 0.124 0.049 0.001 0.001 0.005 64 M 0.016 0.010 0.070 0.684 0.001 0.019 0.001 0.001 0.003 0.001 0.065 0.025 0.097 0.001 0.001 0.006 65 E 0.006 0.014 0.333 0.348 0.010 0.027 0.005 0.001 0.001 0.001 0.012 0.017 0.218 0.001 0.001 0.005 66 I 0.003 0.039 0.032 0.459 0.017 0.108 0.006 0.002 0.001 0.001 0.017 0.014 0.293 0.001 0.001 0.006 67 Y 0.001 0.010 0.007 0.047 0.698 0.043 0.097 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.015 0.072 0.001 0.001 68 R 0.001 0.015 0.005 0.018 0.001 0.010 0.001 0.784 0.001 0.001 0.014 0.001 0.012 0.001 0.134 0.001 69 G 0.001 0.074 0.009 0.026 0.001 0.004 0.001 0.001 0.515 0.075 0.006 0.006 0.008 0.001 0.001 0.271 70 A 0.844 0.002 0.017 0.030 0.001 0.055 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.031 0.001 0.001 0.001 71 A 0.001 0.640 0.312 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.003 72 L 0.006 0.001 0.018 0.957 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 73 I 0.001 0.011 0.881 0.093 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 74 Y 0.001 0.008 0.003 0.972 0.001 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 75 S 0.002 0.008 0.027 0.922 0.007 0.015 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.005 76 I 0.010 0.017 0.040 0.905 0.005 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 77 R 0.003 0.039 0.048 0.874 0.005 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 78 P 0.002 0.010 0.005 0.116 0.009 0.844 0.001 0.003 0.001 0.002 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 79 P 0.001 0.020 0.001 0.005 0.001 0.410 0.001 0.005 0.001 0.001 0.539 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 80 A 0.001 0.014 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.265 0.697 0.014 0.001 0.001 0.001 81 E 0.001 0.005 0.006 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.610 0.343 0.001 0.002 0.004 82 I 0.001 0.001 0.029 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.021 0.922 0.001 0.001 0.008 83 H 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 0.955 0.001 0.001 0.001 84 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.009 0.965 0.001 0.001 0.001 85 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.069 0.922 0.001 0.001 0.001 86 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.990 0.001 0.001 0.001 87 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 88 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 89 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.004 0.001 0.003 90 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.004 0.009 0.002 91 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.969 0.002 0.004 0.015 92 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.975 0.001 0.006 93 V 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.971 0.001 94 G 0.001 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.951 95 A 0.981 0.001 0.002 0.007 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 96 R 0.002 0.467 0.508 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 97 L 0.001 0.001 0.006 0.989 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 I 0.001 0.003 0.592 0.401 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 I 0.001 0.001 0.004 0.988 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 K 0.001 0.008 0.004 0.923 0.016 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 P 0.001 0.030 0.003 0.356 0.126 0.448 0.001 0.010 0.002 0.003 0.015 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 102 L 0.001 0.082 0.004 0.078 0.552 0.052 0.026 0.021 0.004 0.005 0.140 0.014 0.002 0.017 0.001 0.001 103 T 0.002 0.092 0.008 0.053 0.003 0.035 0.002 0.567 0.011 0.005 0.023 0.050 0.006 0.001 0.138 0.002 104 G 0.009 0.042 0.036 0.041 0.003 0.018 0.005 0.005 0.397 0.133 0.037 0.019 0.021 0.002 0.004 0.226 105 E 0.708 0.031 0.079 0.069 0.001 0.012 0.004 0.004 0.004 0.001 0.017 0.040 0.019 0.001 0.005 0.005 106 D 0.020 0.046 0.513 0.128 0.003 0.132 0.007 0.004 0.005 0.004 0.018 0.045 0.056 0.002 0.004 0.013 107 I 0.020 0.062 0.106 0.407 0.018 0.093 0.009 0.006 0.003 0.002 0.144 0.023 0.088 0.003 0.002 0.013 108 V 0.011 0.137 0.138 0.482 0.027 0.034 0.014 0.011 0.004 0.002 0.012 0.061 0.048 0.007 0.004 0.008 109 T 0.010 0.020 0.081 0.212 0.036 0.341 0.023 0.039 0.007 0.012 0.027 0.017 0.142 0.004 0.016 0.013 110 E 0.015 0.169 0.077 0.112 0.020 0.099 0.023 0.031 0.016 0.010 0.257 0.025 0.088 0.015 0.008 0.033 111 R 0.069 0.141 0.065 0.227 0.005 0.069 0.013 0.036 0.025 0.009 0.055 0.175 0.057 0.005 0.033 0.018 112 K 0.034 0.145 0.405 0.201 0.001 0.010 0.006 0.003 0.027 0.003 0.008 0.013 0.030 0.002 0.008 0.103 113 M 0.094 0.020 0.369 0.445 0.001 0.022 0.005 0.001 0.002 0.001 0.003 0.004 0.016 0.001 0.001 0.013 114 K 0.012 0.043 0.384 0.523 0.002 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.001 0.001 0.002 115 L 0.004 0.009 0.030 0.876 0.018 0.040 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 116 V 0.004 0.034 0.069 0.794 0.047 0.026 0.001 0.007 0.001 0.001 0.005 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 117 N 0.001 0.004 0.003 0.052 0.817 0.073 0.025 0.003 0.001 0.003 0.004 0.002 0.002 0.011 0.001 0.001 118 Y 0.001 0.038 0.005 0.035 0.009 0.017 0.002 0.820 0.002 0.001 0.034 0.003 0.002 0.001 0.029 0.001 119 G 0.003 0.059 0.010 0.056 0.001 0.021 0.001 0.017 0.575 0.170 0.014 0.020 0.004 0.001 0.004 0.044 120 R 0.717 0.055 0.071 0.095 0.001 0.007 0.002 0.001 0.015 0.002 0.006 0.012 0.005 0.001 0.001 0.012 121 T 0.041 0.043 0.721 0.167 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.004 122 Y 0.008 0.012 0.277 0.621 0.001 0.062 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 123 F 0.001 0.054 0.063 0.854 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 124 Y 0.001 0.003 0.014 0.957 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 125 E 0.002 0.015 0.044 0.832 0.013 0.062 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.019 0.001 0.001 0.001 126 Y 0.001 0.052 0.010 0.650 0.015 0.221 0.001 0.004 0.001 0.002 0.016 0.007 0.017 0.001 0.001 0.001 127 I 0.003 0.105 0.016 0.362 0.013 0.352 0.003 0.016 0.002 0.002 0.054 0.029 0.039 0.001 0.002 0.001 128 A 0.004 0.092 0.031 0.213 0.006 0.193 0.004 0.019 0.006 0.005 0.215 0.065 0.136 0.002 0.004 0.006 129 E 0.017 0.121 0.045 0.195 0.007 0.051 0.012 0.007 0.011 0.003 0.109 0.169 0.208 0.013 0.007 0.025 130 V 0.019 0.057 0.149 0.152 0.010 0.042 0.040 0.009 0.005 0.001 0.029 0.057 0.346 0.022 0.025 0.036 131 R 0.010 0.059 0.282 0.134 0.011 0.047 0.042 0.011 0.004 0.003 0.020 0.022 0.268 0.014 0.024 0.049 132 S 0.027 0.035 0.091 0.095 0.061 0.171 0.084 0.016 0.008 0.010 0.053 0.031 0.232 0.037 0.012 0.038 133 R 0.025 0.128 0.087 0.086 0.031 0.050 0.046 0.063 0.009 0.006 0.172 0.051 0.138 0.039 0.041 0.028