# TARGET T0471 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0471.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.2655 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.075 0.597 0.004 0.009 0.007 0.008 0.038 0.010 0.001 0.049 0.204 2 W 0.037 0.804 0.002 0.003 0.003 0.003 0.017 0.006 0.001 0.033 0.091 3 N 0.010 0.866 0.001 0.003 0.002 0.003 0.013 0.001 0.001 0.040 0.062 4 D 0.004 0.932 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.032 0.021 5 L 0.006 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.017 0.012 6 A 0.005 0.956 0.001 0.003 0.001 0.004 0.005 0.002 0.001 0.013 0.012 7 V 0.007 0.907 0.002 0.006 0.004 0.010 0.007 0.001 0.001 0.030 0.026 8 Y 0.041 0.679 0.015 0.019 0.013 0.029 0.022 0.009 0.003 0.109 0.062 9 I 0.133 0.193 0.038 0.027 0.019 0.041 0.072 0.022 0.013 0.300 0.142 10 I 0.127 0.054 0.016 0.026 0.036 0.067 0.109 0.014 0.008 0.128 0.415 11 R 0.066 0.008 0.002 0.013 0.020 0.043 0.096 0.003 0.001 0.043 0.705 12 C 0.013 0.003 0.002 0.017 0.023 0.053 0.140 0.001 0.001 0.050 0.698 13 S 0.024 0.003 0.001 0.010 0.014 0.025 0.125 0.002 0.001 0.039 0.756 14 G 0.273 0.003 0.001 0.008 0.009 0.011 0.093 0.003 0.001 0.065 0.532 15 P 0.064 0.001 0.001 0.009 0.003 0.006 0.108 0.001 0.001 0.028 0.780 16 G 0.008 0.001 0.001 0.035 0.007 0.026 0.128 0.001 0.001 0.026 0.767 17 T 0.003 0.001 0.001 0.127 0.041 0.069 0.108 0.001 0.001 0.079 0.572 18 R 0.001 0.001 0.001 0.306 0.179 0.219 0.041 0.001 0.001 0.080 0.173 19 V 0.001 0.001 0.001 0.451 0.129 0.145 0.020 0.001 0.001 0.101 0.152 20 V 0.001 0.001 0.001 0.501 0.242 0.154 0.010 0.001 0.001 0.033 0.059 21 E 0.002 0.001 0.001 0.558 0.113 0.150 0.016 0.001 0.001 0.065 0.093 22 V 0.006 0.004 0.001 0.502 0.107 0.114 0.041 0.001 0.001 0.053 0.171 23 G 0.043 0.033 0.003 0.295 0.086 0.122 0.068 0.005 0.001 0.103 0.240 24 A 0.057 0.090 0.002 0.102 0.031 0.056 0.155 0.008 0.001 0.067 0.430 25 G 0.037 0.212 0.005 0.070 0.023 0.034 0.138 0.007 0.001 0.099 0.375 26 R 0.027 0.516 0.003 0.026 0.016 0.025 0.057 0.005 0.001 0.121 0.204 27 F 0.023 0.502 0.002 0.011 0.005 0.012 0.050 0.005 0.001 0.286 0.104 28 L 0.008 0.556 0.003 0.013 0.011 0.015 0.031 0.002 0.001 0.276 0.084 29 Y 0.005 0.926 0.002 0.001 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.028 0.026 30 V 0.010 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.008 0.007 31 S 0.016 0.918 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.001 0.025 0.023 32 D 0.023 0.818 0.006 0.002 0.003 0.006 0.012 0.004 0.001 0.038 0.087 33 Y 0.092 0.592 0.016 0.005 0.005 0.007 0.038 0.014 0.003 0.082 0.145 34 I 0.095 0.102 0.072 0.016 0.011 0.016 0.090 0.014 0.045 0.352 0.186 35 R 0.114 0.013 0.014 0.005 0.006 0.007 0.123 0.004 0.020 0.118 0.577 36 K 0.069 0.003 0.002 0.003 0.002 0.004 0.072 0.002 0.001 0.012 0.830 37 H 0.087 0.001 0.004 0.005 0.002 0.003 0.110 0.001 0.001 0.017 0.769 38 S 0.015 0.001 0.001 0.009 0.001 0.004 0.148 0.001 0.001 0.012 0.810 39 K 0.002 0.001 0.001 0.030 0.002 0.006 0.096 0.001 0.001 0.020 0.843 40 V 0.003 0.001 0.001 0.374 0.033 0.026 0.088 0.001 0.001 0.085 0.390 41 D 0.001 0.001 0.001 0.823 0.013 0.026 0.013 0.001 0.001 0.046 0.078 42 L 0.001 0.001 0.001 0.844 0.023 0.019 0.008 0.001 0.001 0.034 0.071 43 V 0.001 0.001 0.001 0.915 0.025 0.028 0.003 0.001 0.001 0.014 0.013 44 L 0.009 0.001 0.001 0.665 0.036 0.063 0.025 0.001 0.001 0.070 0.129 45 T 0.005 0.001 0.001 0.668 0.051 0.101 0.034 0.001 0.001 0.029 0.110 46 D 0.007 0.001 0.001 0.153 0.048 0.135 0.138 0.001 0.001 0.064 0.451 47 I 0.015 0.002 0.001 0.069 0.031 0.053 0.182 0.003 0.001 0.058 0.587 48 K 0.330 0.004 0.001 0.020 0.021 0.022 0.094 0.008 0.001 0.087 0.412 49 P 0.073 0.003 0.001 0.010 0.004 0.010 0.109 0.002 0.001 0.036 0.753 50 S 0.026 0.003 0.001 0.009 0.006 0.014 0.107 0.001 0.001 0.019 0.814 51 H 0.065 0.012 0.001 0.016 0.031 0.036 0.129 0.003 0.001 0.050 0.658 52 G 0.022 0.013 0.001 0.020 0.030 0.043 0.169 0.003 0.001 0.046 0.653 53 G 0.015 0.022 0.001 0.078 0.099 0.188 0.122 0.002 0.001 0.063 0.410 54 I 0.013 0.016 0.002 0.089 0.145 0.234 0.084 0.002 0.001 0.096 0.318 55 V 0.022 0.020 0.002 0.128 0.156 0.218 0.069 0.006 0.001 0.078 0.302 56 R 0.027 0.011 0.003 0.121 0.106 0.182 0.068 0.004 0.001 0.150 0.328 57 D 0.014 0.006 0.002 0.130 0.152 0.265 0.063 0.002 0.001 0.082 0.284 58 D 0.045 0.005 0.001 0.082 0.092 0.140 0.089 0.002 0.001 0.097 0.447 59 I 0.006 0.004 0.001 0.122 0.106 0.154 0.126 0.001 0.001 0.044 0.436 60 T 0.017 0.023 0.001 0.064 0.048 0.084 0.110 0.002 0.001 0.028 0.621 61 S 0.330 0.100 0.003 0.023 0.029 0.035 0.096 0.013 0.001 0.069 0.301 62 P 0.070 0.164 0.002 0.014 0.015 0.021 0.110 0.007 0.001 0.040 0.556 63 R 0.061 0.314 0.002 0.014 0.016 0.043 0.085 0.009 0.001 0.033 0.423 64 M 0.065 0.261 0.003 0.040 0.054 0.081 0.079 0.005 0.001 0.069 0.341 65 E 0.062 0.117 0.037 0.035 0.096 0.111 0.070 0.008 0.013 0.134 0.318 66 I 0.219 0.041 0.007 0.027 0.055 0.063 0.080 0.010 0.006 0.059 0.432 67 Y 0.361 0.014 0.008 0.030 0.026 0.037 0.074 0.005 0.003 0.065 0.375 68 R 0.034 0.007 0.002 0.054 0.020 0.055 0.113 0.001 0.001 0.028 0.686 69 G 0.008 0.004 0.001 0.062 0.010 0.041 0.128 0.001 0.001 0.045 0.701 70 A 0.006 0.003 0.001 0.160 0.213 0.139 0.107 0.001 0.001 0.070 0.300 71 A 0.002 0.002 0.001 0.437 0.077 0.165 0.038 0.001 0.001 0.101 0.177 72 L 0.001 0.001 0.001 0.440 0.147 0.252 0.015 0.001 0.001 0.062 0.080 73 I 0.002 0.001 0.001 0.535 0.162 0.176 0.011 0.001 0.001 0.048 0.063 74 Y 0.004 0.001 0.001 0.411 0.202 0.229 0.015 0.001 0.001 0.048 0.088 75 S 0.009 0.001 0.001 0.462 0.103 0.212 0.032 0.001 0.001 0.046 0.134 76 I 0.006 0.001 0.001 0.239 0.075 0.183 0.109 0.001 0.001 0.021 0.365 77 R 0.003 0.003 0.001 0.151 0.056 0.111 0.157 0.001 0.001 0.006 0.510 78 P 0.120 0.196 0.002 0.022 0.015 0.012 0.093 0.018 0.001 0.036 0.485 79 P 0.220 0.624 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.060 0.001 0.024 0.056 80 A 0.075 0.545 0.002 0.003 0.003 0.004 0.025 0.005 0.001 0.129 0.210 81 E 0.016 0.233 0.005 0.002 0.005 0.006 0.023 0.001 0.001 0.538 0.171 82 I 0.025 0.672 0.005 0.002 0.004 0.003 0.025 0.009 0.001 0.133 0.121 83 H 0.017 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.008 0.015 84 S 0.011 0.888 0.002 0.001 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 0.023 0.063 85 S 0.005 0.946 0.002 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.012 0.023 86 L 0.032 0.892 0.002 0.003 0.001 0.004 0.012 0.014 0.001 0.021 0.018 87 M 0.019 0.814 0.015 0.010 0.004 0.007 0.021 0.004 0.005 0.044 0.058 88 R 0.115 0.564 0.023 0.008 0.008 0.007 0.033 0.010 0.006 0.047 0.179 89 V 0.192 0.376 0.018 0.009 0.004 0.005 0.061 0.032 0.008 0.053 0.242 90 A 0.231 0.027 0.116 0.012 0.008 0.009 0.081 0.012 0.057 0.113 0.335 91 D 0.204 0.008 0.001 0.010 0.003 0.011 0.087 0.002 0.001 0.018 0.655 92 A 0.014 0.001 0.001 0.012 0.002 0.005 0.080 0.001 0.001 0.013 0.871 93 V 0.042 0.001 0.004 0.054 0.025 0.020 0.202 0.001 0.001 0.021 0.630 94 G 0.005 0.001 0.001 0.057 0.004 0.018 0.100 0.001 0.001 0.055 0.758 95 A 0.007 0.001 0.001 0.182 0.066 0.059 0.127 0.001 0.001 0.059 0.498 96 R 0.001 0.001 0.001 0.785 0.019 0.066 0.013 0.001 0.001 0.042 0.075 97 L 0.001 0.001 0.001 0.527 0.093 0.094 0.020 0.001 0.001 0.080 0.183 98 I 0.001 0.001 0.001 0.864 0.038 0.048 0.005 0.001 0.001 0.018 0.026 99 I 0.002 0.001 0.001 0.377 0.147 0.162 0.034 0.001 0.001 0.073 0.204 100 K 0.006 0.001 0.001 0.338 0.096 0.151 0.065 0.001 0.002 0.072 0.267 101 P 0.215 0.003 0.001 0.043 0.011 0.024 0.106 0.004 0.001 0.076 0.518 102 L 0.177 0.003 0.001 0.018 0.007 0.012 0.136 0.004 0.001 0.044 0.599 103 T 0.011 0.006 0.001 0.006 0.004 0.008 0.094 0.001 0.001 0.011 0.859 104 G 0.061 0.050 0.001 0.010 0.021 0.033 0.121 0.007 0.001 0.056 0.641 105 E 0.034 0.033 0.001 0.016 0.131 0.086 0.110 0.005 0.001 0.140 0.443 106 D 0.024 0.027 0.002 0.024 0.071 0.105 0.091 0.002 0.001 0.094 0.558 107 I 0.046 0.029 0.003 0.031 0.115 0.142 0.110 0.005 0.001 0.066 0.453 108 V 0.055 0.031 0.006 0.036 0.069 0.103 0.101 0.005 0.003 0.051 0.542 109 T 0.237 0.040 0.006 0.018 0.034 0.047 0.082 0.010 0.003 0.046 0.478 110 E 0.160 0.028 0.003 0.019 0.017 0.037 0.107 0.008 0.001 0.041 0.579 111 R 0.055 0.022 0.003 0.026 0.033 0.059 0.116 0.003 0.001 0.041 0.641 112 K 0.025 0.024 0.001 0.047 0.060 0.113 0.103 0.003 0.001 0.048 0.574 113 M 0.017 0.016 0.001 0.045 0.084 0.105 0.094 0.003 0.001 0.080 0.554 114 K 0.013 0.014 0.002 0.096 0.213 0.226 0.057 0.002 0.001 0.066 0.311 115 L 0.022 0.010 0.003 0.067 0.118 0.148 0.061 0.002 0.002 0.090 0.476 116 V 0.066 0.008 0.004 0.103 0.132 0.140 0.074 0.004 0.002 0.079 0.389 117 N 0.235 0.009 0.002 0.042 0.037 0.066 0.073 0.004 0.001 0.101 0.429 118 Y 0.027 0.007 0.001 0.019 0.018 0.035 0.116 0.001 0.001 0.031 0.743 119 G 0.015 0.016 0.001 0.014 0.027 0.048 0.136 0.002 0.001 0.025 0.717 120 R 0.011 0.036 0.001 0.028 0.124 0.224 0.120 0.003 0.001 0.043 0.409 121 T 0.006 0.038 0.001 0.044 0.212 0.331 0.063 0.001 0.001 0.053 0.252 122 Y 0.004 0.040 0.001 0.045 0.238 0.480 0.023 0.001 0.001 0.039 0.128 123 F 0.010 0.077 0.001 0.047 0.261 0.333 0.030 0.002 0.001 0.044 0.195 124 Y 0.007 0.070 0.002 0.065 0.329 0.368 0.019 0.001 0.001 0.035 0.105 125 E 0.016 0.116 0.003 0.035 0.275 0.311 0.027 0.002 0.001 0.051 0.163 126 Y 0.034 0.172 0.006 0.031 0.225 0.208 0.038 0.009 0.002 0.062 0.212 127 I 0.097 0.186 0.007 0.031 0.148 0.174 0.043 0.015 0.003 0.073 0.222 128 A 0.113 0.062 0.008 0.019 0.087 0.099 0.069 0.007 0.004 0.120 0.413 129 E 0.061 0.032 0.010 0.021 0.053 0.065 0.089 0.006 0.004 0.080 0.578 130 V 0.151 0.014 0.004 0.016 0.026 0.034 0.092 0.006 0.002 0.052 0.604 131 R 0.064 0.009 0.003 0.013 0.016 0.025 0.099 0.003 0.001 0.034 0.733 132 S 0.028 0.008 0.001 0.010 0.009 0.015 0.089 0.002 0.001 0.020 0.818 133 R 0.047 0.013 0.002 0.015 0.018 0.023 0.120 0.003 0.001 0.037 0.722