# TARGET T0471 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0471.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.2655 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.061 0.024 0.006 0.033 0.019 0.040 0.116 0.002 0.001 0.004 0.694 2 W 0.068 0.034 0.004 0.049 0.019 0.064 0.122 0.002 0.001 0.004 0.634 3 N 0.036 0.040 0.002 0.020 0.012 0.022 0.146 0.001 0.001 0.007 0.715 4 D 0.046 0.048 0.002 0.011 0.006 0.010 0.144 0.002 0.001 0.007 0.723 5 L 0.121 0.227 0.013 0.029 0.015 0.034 0.158 0.002 0.001 0.007 0.393 6 A 0.049 0.468 0.005 0.026 0.030 0.051 0.096 0.002 0.001 0.005 0.269 7 V 0.047 0.640 0.003 0.014 0.021 0.032 0.036 0.002 0.001 0.002 0.202 8 Y 0.035 0.805 0.003 0.012 0.035 0.028 0.009 0.003 0.001 0.001 0.069 9 I 0.014 0.818 0.003 0.012 0.056 0.049 0.007 0.003 0.001 0.001 0.038 10 I 0.021 0.735 0.003 0.015 0.077 0.064 0.005 0.004 0.001 0.001 0.077 11 R 0.039 0.653 0.002 0.011 0.101 0.092 0.009 0.012 0.001 0.001 0.081 12 C 0.198 0.382 0.008 0.019 0.040 0.062 0.012 0.063 0.001 0.001 0.215 13 S 0.186 0.168 0.034 0.028 0.056 0.128 0.041 0.030 0.001 0.003 0.327 14 G 0.115 0.012 0.013 0.020 0.014 0.016 0.086 0.009 0.001 0.003 0.712 15 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.992 16 G 0.044 0.002 0.002 0.034 0.061 0.114 0.122 0.001 0.001 0.013 0.606 17 T 0.707 0.002 0.007 0.025 0.018 0.022 0.056 0.001 0.001 0.006 0.156 18 R 0.122 0.002 0.001 0.249 0.194 0.141 0.106 0.001 0.001 0.010 0.175 19 V 0.012 0.001 0.002 0.337 0.050 0.056 0.066 0.001 0.001 0.001 0.474 20 V 0.001 0.001 0.001 0.890 0.044 0.058 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 21 E 0.001 0.001 0.001 0.823 0.037 0.064 0.009 0.001 0.001 0.001 0.065 22 V 0.001 0.001 0.001 0.952 0.013 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 23 G 0.001 0.001 0.001 0.830 0.034 0.052 0.022 0.001 0.001 0.002 0.058 24 A 0.003 0.004 0.001 0.525 0.037 0.081 0.048 0.001 0.001 0.004 0.297 25 G 0.011 0.006 0.001 0.291 0.034 0.075 0.129 0.001 0.001 0.013 0.440 26 R 0.050 0.009 0.003 0.087 0.019 0.032 0.228 0.001 0.001 0.010 0.562 27 F 0.049 0.031 0.002 0.060 0.029 0.051 0.116 0.001 0.001 0.008 0.653 28 L 0.026 0.042 0.003 0.030 0.014 0.035 0.095 0.001 0.001 0.004 0.750 29 Y 0.035 0.110 0.004 0.028 0.022 0.031 0.117 0.001 0.001 0.006 0.644 30 V 0.028 0.357 0.003 0.016 0.013 0.030 0.073 0.001 0.001 0.002 0.476 31 S 0.028 0.681 0.002 0.012 0.006 0.018 0.026 0.001 0.001 0.001 0.225 32 D 0.034 0.791 0.001 0.003 0.002 0.004 0.025 0.002 0.001 0.001 0.136 33 Y 0.076 0.843 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.001 0.001 0.060 34 I 0.039 0.914 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.031 35 R 0.032 0.882 0.006 0.001 0.003 0.002 0.003 0.015 0.001 0.001 0.055 36 K 0.065 0.771 0.010 0.002 0.002 0.003 0.004 0.065 0.001 0.001 0.078 37 H 0.198 0.598 0.015 0.004 0.003 0.004 0.005 0.097 0.001 0.001 0.076 38 S 0.169 0.294 0.024 0.009 0.008 0.007 0.017 0.119 0.001 0.007 0.347 39 K 0.242 0.023 0.081 0.023 0.006 0.008 0.070 0.043 0.001 0.011 0.494 40 V 0.212 0.014 0.116 0.096 0.022 0.019 0.226 0.006 0.001 0.004 0.285 41 D 0.047 0.004 0.003 0.503 0.073 0.063 0.075 0.001 0.001 0.013 0.216 42 L 0.005 0.002 0.011 0.503 0.040 0.040 0.061 0.001 0.001 0.001 0.336 43 V 0.001 0.001 0.001 0.942 0.022 0.023 0.007 0.001 0.001 0.001 0.005 44 L 0.004 0.001 0.001 0.691 0.048 0.090 0.016 0.001 0.001 0.002 0.148 45 T 0.001 0.001 0.001 0.912 0.021 0.049 0.003 0.001 0.001 0.002 0.011 46 D 0.006 0.004 0.001 0.518 0.055 0.072 0.089 0.001 0.001 0.005 0.250 47 I 0.020 0.007 0.003 0.371 0.036 0.086 0.090 0.001 0.001 0.010 0.377 48 K 0.024 0.003 0.002 0.149 0.039 0.057 0.311 0.001 0.001 0.013 0.401 49 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.983 50 S 0.021 0.003 0.001 0.044 0.061 0.139 0.113 0.001 0.001 0.005 0.612 51 H 0.157 0.005 0.001 0.035 0.016 0.026 0.098 0.001 0.001 0.008 0.653 52 G 0.137 0.011 0.004 0.049 0.041 0.064 0.103 0.001 0.001 0.008 0.583 53 G 0.073 0.009 0.002 0.117 0.052 0.061 0.126 0.001 0.001 0.014 0.544 54 I 0.046 0.009 0.005 0.118 0.054 0.070 0.103 0.001 0.001 0.004 0.590 55 V 0.031 0.011 0.002 0.229 0.156 0.233 0.111 0.001 0.001 0.006 0.220 56 R 0.033 0.024 0.002 0.143 0.107 0.204 0.102 0.001 0.001 0.004 0.380 57 D 0.028 0.039 0.002 0.114 0.097 0.181 0.100 0.002 0.001 0.008 0.429 58 D 0.093 0.032 0.002 0.100 0.073 0.127 0.161 0.003 0.001 0.016 0.393 59 I 0.160 0.068 0.009 0.071 0.045 0.073 0.211 0.006 0.001 0.017 0.340 60 T 0.093 0.088 0.010 0.065 0.046 0.073 0.395 0.005 0.001 0.025 0.199 61 S 0.117 0.134 0.010 0.040 0.068 0.066 0.130 0.011 0.001 0.020 0.405 62 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.982 63 R 0.031 0.008 0.009 0.012 0.019 0.039 0.609 0.001 0.001 0.009 0.263 64 M 0.564 0.031 0.005 0.014 0.013 0.019 0.075 0.001 0.001 0.019 0.258 65 E 0.096 0.164 0.010 0.083 0.101 0.090 0.145 0.002 0.001 0.008 0.300 66 I 0.027 0.104 0.005 0.094 0.081 0.076 0.104 0.002 0.001 0.002 0.506 67 Y 0.027 0.201 0.001 0.139 0.155 0.261 0.036 0.001 0.001 0.002 0.177 68 R 0.047 0.240 0.002 0.038 0.141 0.132 0.088 0.004 0.001 0.005 0.303 69 G 0.107 0.150 0.003 0.037 0.054 0.082 0.118 0.012 0.001 0.004 0.433 70 A 0.193 0.204 0.018 0.067 0.072 0.146 0.076 0.007 0.001 0.004 0.213 71 A 0.103 0.125 0.015 0.146 0.147 0.125 0.064 0.005 0.001 0.014 0.254 72 L 0.035 0.093 0.036 0.138 0.203 0.149 0.055 0.002 0.001 0.003 0.285 73 I 0.015 0.074 0.002 0.405 0.212 0.226 0.014 0.001 0.001 0.003 0.049 74 Y 0.019 0.075 0.002 0.242 0.226 0.289 0.014 0.002 0.001 0.002 0.129 75 S 0.013 0.061 0.002 0.413 0.138 0.175 0.015 0.002 0.001 0.003 0.177 76 I 0.028 0.066 0.006 0.254 0.072 0.225 0.043 0.006 0.001 0.003 0.296 77 R 0.046 0.042 0.010 0.194 0.096 0.143 0.072 0.004 0.001 0.005 0.388 78 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.974 79 P 0.005 0.001 0.001 0.003 0.003 0.015 0.021 0.001 0.001 0.001 0.951 80 A 0.007 0.004 0.001 0.003 0.003 0.006 0.062 0.001 0.001 0.003 0.912 81 E 0.209 0.021 0.002 0.004 0.003 0.004 0.150 0.001 0.001 0.008 0.596 82 I 0.323 0.225 0.004 0.009 0.006 0.011 0.093 0.002 0.001 0.006 0.321 83 H 0.080 0.564 0.005 0.015 0.008 0.019 0.054 0.002 0.001 0.002 0.251 84 S 0.020 0.338 0.002 0.004 0.004 0.005 0.018 0.002 0.001 0.003 0.605 85 S 0.033 0.454 0.005 0.004 0.002 0.004 0.064 0.003 0.001 0.002 0.429 86 L 0.053 0.787 0.005 0.003 0.001 0.004 0.025 0.003 0.001 0.001 0.118 87 M 0.009 0.927 0.002 0.002 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.049 88 R 0.007 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.061 89 V 0.015 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.024 90 A 0.009 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.016 91 D 0.029 0.913 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.035 92 A 0.205 0.709 0.005 0.002 0.001 0.001 0.002 0.046 0.001 0.001 0.028 93 V 0.223 0.586 0.020 0.004 0.002 0.002 0.006 0.094 0.001 0.001 0.062 94 G 0.361 0.095 0.071 0.027 0.013 0.015 0.023 0.118 0.001 0.010 0.267 95 A 0.135 0.026 0.397 0.075 0.023 0.020 0.064 0.012 0.001 0.002 0.245 96 R 0.037 0.004 0.006 0.604 0.108 0.074 0.047 0.002 0.001 0.009 0.110 97 L 0.006 0.002 0.008 0.524 0.043 0.033 0.076 0.001 0.001 0.001 0.306 98 I 0.001 0.001 0.001 0.960 0.014 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 99 I 0.001 0.001 0.001 0.918 0.012 0.034 0.005 0.001 0.001 0.001 0.028 100 K 0.001 0.001 0.001 0.947 0.016 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 101 P 0.001 0.001 0.001 0.064 0.003 0.006 0.017 0.001 0.001 0.001 0.909 102 L 0.004 0.003 0.001 0.418 0.075 0.183 0.076 0.001 0.001 0.004 0.236 103 T 0.027 0.004 0.001 0.060 0.023 0.031 0.156 0.001 0.001 0.018 0.681 104 G 0.138 0.006 0.003 0.029 0.015 0.028 0.088 0.001 0.001 0.033 0.658 105 E 0.310 0.010 0.006 0.023 0.020 0.033 0.198 0.001 0.001 0.008 0.389 106 D 0.015 0.003 0.001 0.007 0.009 0.013 0.092 0.001 0.001 0.002 0.858 107 I 0.058 0.017 0.004 0.024 0.060 0.154 0.076 0.001 0.001 0.004 0.602 108 V 0.075 0.052 0.002 0.040 0.069 0.114 0.180 0.001 0.001 0.006 0.460 109 T 0.066 0.153 0.002 0.024 0.155 0.183 0.126 0.003 0.001 0.006 0.281 110 E 0.050 0.090 0.001 0.014 0.033 0.069 0.041 0.004 0.001 0.006 0.692 111 R 0.084 0.063 0.007 0.015 0.071 0.098 0.273 0.005 0.001 0.007 0.378 112 K 0.247 0.039 0.005 0.016 0.028 0.040 0.116 0.006 0.001 0.014 0.489 113 M 0.170 0.097 0.047 0.032 0.065 0.107 0.072 0.005 0.001 0.007 0.399 114 K 0.065 0.034 0.007 0.148 0.305 0.201 0.078 0.002 0.001 0.005 0.154 115 L 0.013 0.012 0.003 0.035 0.054 0.076 0.037 0.003 0.001 0.001 0.766 116 V 0.039 0.011 0.001 0.205 0.185 0.486 0.014 0.001 0.001 0.002 0.057 117 N 0.017 0.016 0.001 0.078 0.097 0.095 0.161 0.002 0.001 0.002 0.529 118 Y 0.022 0.019 0.002 0.132 0.141 0.255 0.049 0.001 0.001 0.006 0.372 119 G 0.029 0.009 0.003 0.077 0.060 0.101 0.305 0.001 0.001 0.014 0.401 120 R 0.182 0.005 0.006 0.044 0.029 0.044 0.193 0.001 0.001 0.014 0.482 121 T 0.112 0.016 0.008 0.062 0.147 0.181 0.150 0.001 0.001 0.013 0.309 122 Y 0.038 0.011 0.004 0.071 0.205 0.250 0.102 0.001 0.001 0.004 0.315 123 F 0.019 0.015 0.002 0.088 0.222 0.449 0.041 0.001 0.001 0.003 0.161 124 Y 0.013 0.022 0.001 0.085 0.305 0.458 0.028 0.001 0.001 0.002 0.087 125 E 0.005 0.059 0.001 0.058 0.305 0.327 0.047 0.001 0.001 0.002 0.195 126 Y 0.004 0.108 0.001 0.054 0.231 0.445 0.030 0.001 0.001 0.002 0.124 127 I 0.013 0.183 0.001 0.036 0.154 0.382 0.041 0.001 0.001 0.002 0.186 128 A 0.031 0.263 0.003 0.017 0.083 0.133 0.049 0.003 0.001 0.004 0.416 129 E 0.079 0.367 0.004 0.011 0.054 0.073 0.061 0.006 0.001 0.004 0.341 130 V 0.195 0.434 0.007 0.007 0.028 0.038 0.028 0.011 0.001 0.002 0.250 131 R 0.158 0.445 0.013 0.008 0.030 0.042 0.025 0.015 0.001 0.002 0.262 132 S 0.132 0.254 0.016 0.010 0.024 0.038 0.033 0.020 0.001 0.003 0.469 133 R 0.149 0.134 0.015 0.015 0.023 0.038 0.033 0.014 0.001 0.004 0.576