# TARGET T0471 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0471.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.2655 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.086 0.042 0.034 0.016 0.030 0.131 0.011 0.650 2 W 0.079 0.071 0.047 0.016 0.048 0.134 0.009 0.596 3 N 0.042 0.077 0.015 0.009 0.019 0.154 0.007 0.676 4 D 0.060 0.107 0.007 0.004 0.007 0.143 0.009 0.662 5 L 0.134 0.423 0.014 0.008 0.013 0.109 0.010 0.289 6 A 0.027 0.684 0.020 0.012 0.017 0.078 0.008 0.154 7 V 0.016 0.810 0.010 0.009 0.011 0.022 0.004 0.118 8 Y 0.011 0.917 0.010 0.008 0.010 0.006 0.003 0.034 9 I 0.010 0.912 0.006 0.011 0.020 0.007 0.004 0.030 10 I 0.009 0.926 0.009 0.011 0.017 0.004 0.003 0.020 11 R 0.013 0.927 0.005 0.016 0.011 0.003 0.007 0.017 12 C 0.173 0.566 0.016 0.027 0.022 0.009 0.085 0.101 13 S 0.198 0.326 0.050 0.056 0.055 0.016 0.085 0.214 14 G 0.077 0.067 0.042 0.056 0.073 0.079 0.035 0.571 15 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 16 G 0.044 0.008 0.026 0.049 0.049 0.133 0.037 0.653 17 T 0.636 0.002 0.049 0.025 0.019 0.069 0.028 0.172 18 R 0.055 0.001 0.384 0.164 0.123 0.078 0.004 0.191 19 V 0.005 0.001 0.283 0.202 0.265 0.032 0.001 0.213 20 V 0.001 0.001 0.559 0.201 0.221 0.005 0.001 0.013 21 E 0.001 0.001 0.644 0.136 0.155 0.005 0.001 0.059 22 V 0.001 0.001 0.703 0.100 0.144 0.005 0.001 0.047 23 G 0.001 0.001 0.654 0.094 0.137 0.021 0.001 0.093 24 A 0.001 0.001 0.199 0.045 0.111 0.056 0.001 0.586 25 G 0.006 0.005 0.191 0.046 0.126 0.116 0.004 0.505 26 R 0.037 0.005 0.029 0.013 0.022 0.186 0.005 0.702 27 F 0.058 0.046 0.035 0.028 0.031 0.134 0.010 0.659 28 L 0.068 0.130 0.028 0.023 0.038 0.083 0.007 0.623 29 Y 0.027 0.329 0.016 0.024 0.028 0.125 0.007 0.445 30 V 0.042 0.675 0.008 0.010 0.021 0.053 0.006 0.185 31 S 0.015 0.902 0.005 0.005 0.012 0.013 0.003 0.045 32 D 0.012 0.892 0.002 0.003 0.005 0.012 0.004 0.070 33 Y 0.015 0.945 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.029 34 I 0.013 0.969 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.010 35 R 0.022 0.939 0.003 0.004 0.004 0.002 0.009 0.017 36 K 0.129 0.713 0.012 0.007 0.009 0.006 0.050 0.074 37 H 0.180 0.600 0.035 0.010 0.012 0.013 0.052 0.098 38 S 0.094 0.280 0.054 0.039 0.021 0.032 0.082 0.397 39 K 0.197 0.021 0.078 0.021 0.020 0.065 0.128 0.470 40 V 0.181 0.004 0.476 0.037 0.025 0.067 0.017 0.192 41 D 0.004 0.001 0.750 0.090 0.055 0.026 0.003 0.072 42 L 0.003 0.001 0.513 0.063 0.134 0.023 0.001 0.261 43 V 0.001 0.001 0.950 0.025 0.021 0.001 0.001 0.003 44 L 0.001 0.001 0.703 0.073 0.067 0.016 0.001 0.139 45 T 0.001 0.001 0.866 0.043 0.067 0.004 0.001 0.020 46 D 0.002 0.001 0.413 0.084 0.169 0.074 0.001 0.257 47 I 0.007 0.001 0.270 0.044 0.151 0.059 0.004 0.465 48 K 0.010 0.001 0.046 0.037 0.073 0.512 0.002 0.319 49 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 50 S 0.009 0.002 0.025 0.041 0.083 0.285 0.005 0.550 51 H 0.162 0.003 0.016 0.013 0.016 0.105 0.016 0.669 52 G 0.125 0.013 0.072 0.047 0.062 0.104 0.009 0.567 53 G 0.069 0.007 0.107 0.099 0.112 0.134 0.008 0.465 54 I 0.034 0.005 0.115 0.040 0.061 0.069 0.004 0.671 55 V 0.019 0.008 0.394 0.129 0.175 0.069 0.004 0.201 56 R 0.009 0.011 0.218 0.114 0.144 0.058 0.002 0.443 57 D 0.006 0.025 0.216 0.125 0.253 0.055 0.003 0.318 58 D 0.026 0.021 0.108 0.073 0.145 0.124 0.009 0.493 59 I 0.071 0.016 0.053 0.026 0.062 0.553 0.011 0.209 60 T 0.120 0.021 0.017 0.012 0.028 0.686 0.022 0.093 61 S 0.297 0.140 0.028 0.036 0.033 0.162 0.017 0.286 62 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 63 R 0.021 0.013 0.011 0.020 0.059 0.436 0.010 0.431 64 M 0.427 0.066 0.023 0.023 0.049 0.074 0.018 0.321 65 E 0.080 0.170 0.058 0.113 0.125 0.117 0.012 0.326 66 I 0.078 0.082 0.030 0.038 0.094 0.097 0.007 0.574 67 Y 0.086 0.334 0.094 0.104 0.190 0.055 0.007 0.130 68 R 0.056 0.265 0.043 0.179 0.171 0.075 0.020 0.191 69 G 0.137 0.122 0.039 0.073 0.097 0.038 0.070 0.425 70 A 0.279 0.030 0.121 0.064 0.117 0.093 0.031 0.264 71 A 0.021 0.032 0.151 0.263 0.138 0.097 0.014 0.285 72 L 0.015 0.013 0.122 0.069 0.183 0.086 0.009 0.503 73 I 0.011 0.014 0.615 0.153 0.157 0.022 0.003 0.025 74 Y 0.010 0.040 0.525 0.214 0.145 0.016 0.003 0.046 75 S 0.006 0.011 0.643 0.111 0.142 0.008 0.008 0.071 76 I 0.013 0.007 0.431 0.074 0.116 0.025 0.010 0.324 77 R 0.011 0.006 0.213 0.108 0.157 0.047 0.006 0.452 78 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 79 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 80 A 0.008 0.001 0.002 0.002 0.007 0.047 0.001 0.932 81 E 0.168 0.011 0.003 0.002 0.003 0.146 0.004 0.663 82 I 0.265 0.263 0.008 0.004 0.006 0.069 0.004 0.382 83 H 0.065 0.688 0.010 0.003 0.007 0.025 0.002 0.200 84 S 0.016 0.701 0.006 0.002 0.004 0.018 0.003 0.251 85 S 0.035 0.736 0.003 0.001 0.003 0.029 0.008 0.185 86 L 0.029 0.929 0.002 0.001 0.002 0.006 0.005 0.027 87 M 0.006 0.968 0.004 0.001 0.002 0.005 0.003 0.012 88 R 0.009 0.962 0.002 0.001 0.001 0.005 0.003 0.017 89 V 0.025 0.946 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.018 90 A 0.011 0.968 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.012 91 D 0.042 0.891 0.003 0.002 0.002 0.003 0.022 0.035 92 A 0.139 0.732 0.018 0.003 0.002 0.005 0.051 0.050 93 V 0.154 0.625 0.042 0.022 0.010 0.008 0.069 0.069 94 G 0.205 0.091 0.144 0.042 0.032 0.050 0.169 0.268 95 A 0.062 0.015 0.556 0.054 0.052 0.057 0.011 0.194 96 R 0.012 0.008 0.500 0.139 0.091 0.055 0.007 0.189 97 L 0.014 0.003 0.383 0.052 0.077 0.049 0.004 0.420 98 I 0.001 0.001 0.905 0.047 0.036 0.003 0.001 0.007 99 I 0.003 0.002 0.627 0.090 0.114 0.013 0.002 0.151 100 K 0.001 0.001 0.774 0.086 0.097 0.005 0.001 0.037 101 P 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.002 0.001 0.988 102 L 0.004 0.001 0.279 0.065 0.261 0.122 0.004 0.263 103 T 0.035 0.001 0.044 0.018 0.028 0.161 0.006 0.707 104 G 0.088 0.006 0.039 0.025 0.041 0.083 0.021 0.698 105 E 0.263 0.004 0.037 0.019 0.033 0.200 0.009 0.436 106 D 0.022 0.004 0.016 0.021 0.020 0.065 0.005 0.847 107 I 0.067 0.013 0.041 0.092 0.143 0.087 0.008 0.549 108 V 0.063 0.020 0.063 0.111 0.182 0.139 0.006 0.416 109 T 0.033 0.031 0.035 0.145 0.252 0.084 0.005 0.414 110 E 0.026 0.034 0.027 0.059 0.159 0.084 0.007 0.605 111 R 0.058 0.031 0.019 0.053 0.073 0.272 0.019 0.476 112 K 0.191 0.027 0.019 0.028 0.033 0.187 0.042 0.472 113 M 0.277 0.043 0.074 0.065 0.079 0.112 0.023 0.327 114 K 0.054 0.017 0.245 0.274 0.200 0.059 0.012 0.139 115 L 0.007 0.004 0.060 0.055 0.115 0.021 0.002 0.736 116 V 0.009 0.006 0.315 0.228 0.324 0.020 0.003 0.096 117 N 0.009 0.008 0.105 0.129 0.148 0.090 0.004 0.507 118 Y 0.026 0.010 0.149 0.095 0.230 0.073 0.010 0.408 119 G 0.033 0.004 0.046 0.031 0.055 0.271 0.011 0.550 120 R 0.071 0.003 0.029 0.023 0.026 0.166 0.022 0.660 121 T 0.084 0.008 0.052 0.042 0.041 0.176 0.012 0.586 122 Y 0.062 0.006 0.075 0.085 0.141 0.205 0.008 0.419 123 F 0.031 0.010 0.100 0.242 0.353 0.084 0.003 0.178 124 Y 0.013 0.016 0.105 0.267 0.440 0.032 0.002 0.124 125 E 0.006 0.029 0.097 0.281 0.331 0.032 0.003 0.220 126 Y 0.011 0.061 0.088 0.203 0.353 0.052 0.004 0.228 127 I 0.015 0.132 0.052 0.153 0.368 0.050 0.004 0.225 128 A 0.015 0.197 0.032 0.065 0.153 0.064 0.010 0.464 129 E 0.097 0.252 0.019 0.030 0.058 0.108 0.029 0.407 130 V 0.237 0.387 0.015 0.020 0.025 0.054 0.033 0.229 131 R 0.174 0.423 0.029 0.035 0.035 0.053 0.041 0.208 132 S 0.098 0.293 0.034 0.031 0.035 0.048 0.031 0.430 133 R 0.113 0.159 0.036 0.025 0.044 0.056 0.025 0.543