# TARGET T0471 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0471.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.2655 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.434 0.165 0.136 0.109 0.046 0.066 0.024 0.003 0.013 0.002 0.001 2 W 0.572 0.108 0.139 0.103 0.025 0.028 0.011 0.001 0.013 0.001 0.001 3 N 0.696 0.041 0.071 0.087 0.027 0.026 0.034 0.004 0.011 0.002 0.001 4 D 0.715 0.018 0.048 0.118 0.014 0.048 0.027 0.004 0.008 0.001 0.001 5 L 0.952 0.009 0.012 0.022 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 A 0.985 0.004 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 V 0.984 0.005 0.003 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 Y 0.959 0.015 0.006 0.010 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 I 0.881 0.042 0.021 0.017 0.002 0.025 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 10 I 0.822 0.035 0.023 0.071 0.003 0.032 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 11 R 0.516 0.087 0.027 0.310 0.021 0.011 0.017 0.001 0.008 0.001 0.001 12 C 0.304 0.108 0.159 0.277 0.023 0.037 0.062 0.004 0.026 0.001 0.001 13 S 0.230 0.060 0.229 0.325 0.023 0.033 0.068 0.008 0.017 0.006 0.001 14 G 0.065 0.128 0.355 0.019 0.185 0.010 0.020 0.012 0.065 0.140 0.001 15 P 0.195 0.005 0.689 0.062 0.004 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.029 16 G 0.023 0.007 0.024 0.020 0.036 0.003 0.078 0.703 0.002 0.104 0.001 17 T 0.050 0.254 0.520 0.101 0.039 0.012 0.007 0.002 0.013 0.001 0.002 18 R 0.014 0.637 0.248 0.020 0.046 0.013 0.008 0.001 0.011 0.001 0.001 19 V 0.008 0.650 0.297 0.004 0.019 0.013 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 20 V 0.005 0.835 0.100 0.003 0.029 0.014 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 21 E 0.009 0.601 0.273 0.005 0.029 0.043 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 22 V 0.013 0.681 0.181 0.014 0.055 0.022 0.003 0.001 0.030 0.001 0.001 23 G 0.036 0.187 0.275 0.012 0.304 0.044 0.017 0.036 0.025 0.064 0.001 24 A 0.147 0.399 0.232 0.071 0.106 0.027 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 25 G 0.157 0.069 0.168 0.037 0.217 0.024 0.032 0.066 0.009 0.221 0.001 26 R 0.432 0.176 0.144 0.078 0.096 0.048 0.014 0.002 0.007 0.002 0.001 27 F 0.413 0.149 0.145 0.060 0.054 0.089 0.040 0.003 0.046 0.001 0.001 28 L 0.894 0.018 0.050 0.019 0.003 0.009 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 29 Y 0.871 0.012 0.026 0.030 0.005 0.048 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 30 V 0.957 0.008 0.005 0.023 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 S 0.992 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 D 0.993 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 Y 0.988 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 I 0.973 0.004 0.007 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 35 R 0.973 0.001 0.009 0.009 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 36 K 0.887 0.005 0.006 0.092 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 37 H 0.465 0.038 0.114 0.328 0.004 0.013 0.010 0.002 0.026 0.001 0.001 38 S 0.326 0.009 0.062 0.365 0.007 0.004 0.209 0.012 0.001 0.003 0.001 39 K 0.015 0.012 0.016 0.114 0.028 0.007 0.485 0.311 0.004 0.007 0.001 40 V 0.005 0.420 0.538 0.017 0.008 0.003 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 41 D 0.014 0.277 0.574 0.012 0.015 0.069 0.006 0.001 0.026 0.001 0.006 42 L 0.002 0.876 0.073 0.002 0.040 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 43 V 0.011 0.761 0.135 0.003 0.048 0.029 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 44 L 0.020 0.612 0.247 0.007 0.042 0.042 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 45 T 0.040 0.753 0.084 0.016 0.079 0.010 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 46 D 0.049 0.305 0.306 0.042 0.087 0.095 0.038 0.006 0.066 0.003 0.002 47 I 0.158 0.359 0.289 0.068 0.037 0.055 0.007 0.002 0.021 0.001 0.002 48 K 0.039 0.334 0.325 0.006 0.065 0.030 0.003 0.001 0.196 0.002 0.001 49 P 0.226 0.007 0.697 0.019 0.003 0.021 0.002 0.001 0.004 0.001 0.020 50 S 0.359 0.115 0.160 0.251 0.040 0.013 0.030 0.014 0.010 0.006 0.001 51 H 0.093 0.092 0.180 0.253 0.116 0.030 0.116 0.060 0.031 0.029 0.001 52 G 0.139 0.068 0.263 0.186 0.089 0.013 0.131 0.048 0.009 0.053 0.001 53 G 0.106 0.085 0.225 0.102 0.144 0.028 0.099 0.131 0.015 0.066 0.001 54 I 0.042 0.556 0.303 0.028 0.042 0.016 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 55 V 0.045 0.669 0.201 0.011 0.027 0.037 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 56 R 0.098 0.476 0.260 0.034 0.046 0.046 0.004 0.001 0.033 0.001 0.001 57 D 0.200 0.225 0.196 0.075 0.119 0.063 0.055 0.011 0.051 0.005 0.001 58 D 0.218 0.219 0.176 0.091 0.047 0.126 0.057 0.012 0.051 0.002 0.001 59 I 0.392 0.276 0.168 0.086 0.022 0.037 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 60 T 0.279 0.263 0.116 0.225 0.063 0.029 0.007 0.001 0.013 0.003 0.001 61 S 0.031 0.201 0.297 0.011 0.148 0.025 0.018 0.001 0.257 0.010 0.001 62 P 0.442 0.005 0.487 0.022 0.002 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.025 63 R 0.260 0.118 0.196 0.280 0.028 0.024 0.053 0.017 0.020 0.002 0.001 64 M 0.172 0.265 0.365 0.062 0.051 0.026 0.025 0.006 0.026 0.002 0.002 65 E 0.151 0.451 0.274 0.022 0.034 0.043 0.007 0.001 0.015 0.001 0.001 66 I 0.126 0.475 0.268 0.029 0.015 0.065 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 67 Y 0.104 0.536 0.180 0.069 0.040 0.034 0.002 0.001 0.033 0.001 0.001 68 R 0.139 0.325 0.200 0.137 0.145 0.017 0.021 0.001 0.013 0.002 0.001 69 G 0.053 0.024 0.066 0.023 0.131 0.020 0.174 0.391 0.007 0.111 0.001 70 A 0.094 0.369 0.450 0.030 0.027 0.012 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 71 A 0.199 0.351 0.276 0.021 0.056 0.065 0.009 0.001 0.018 0.001 0.004 72 L 0.101 0.644 0.115 0.020 0.064 0.041 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 73 I 0.108 0.611 0.145 0.020 0.021 0.053 0.002 0.001 0.040 0.001 0.001 74 Y 0.165 0.448 0.123 0.076 0.087 0.053 0.012 0.001 0.034 0.001 0.001 75 S 0.082 0.558 0.092 0.083 0.132 0.022 0.014 0.003 0.013 0.002 0.001 76 I 0.125 0.421 0.244 0.097 0.031 0.053 0.007 0.001 0.019 0.001 0.001 77 R 0.012 0.371 0.248 0.004 0.066 0.022 0.003 0.001 0.272 0.001 0.001 78 P 0.007 0.002 0.966 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.010 0.001 0.005 79 P 0.228 0.002 0.728 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 80 A 0.923 0.003 0.052 0.013 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 81 E 0.857 0.015 0.032 0.064 0.006 0.015 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 82 I 0.804 0.021 0.033 0.106 0.003 0.026 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 83 H 0.902 0.021 0.033 0.023 0.004 0.006 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 84 S 0.973 0.001 0.013 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 S 0.982 0.001 0.003 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 L 0.988 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 M 0.993 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 R 0.984 0.001 0.002 0.006 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 V 0.977 0.002 0.001 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 A 0.962 0.004 0.004 0.022 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 91 D 0.951 0.001 0.009 0.031 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 92 A 0.800 0.012 0.015 0.152 0.002 0.004 0.011 0.002 0.002 0.001 0.001 93 V 0.234 0.042 0.164 0.526 0.002 0.006 0.016 0.001 0.010 0.001 0.001 94 G 0.020 0.003 0.018 0.034 0.032 0.006 0.479 0.361 0.002 0.046 0.001 95 A 0.034 0.520 0.327 0.052 0.050 0.006 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 96 R 0.073 0.282 0.475 0.034 0.024 0.067 0.009 0.001 0.031 0.001 0.004 97 L 0.013 0.802 0.087 0.010 0.066 0.009 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 98 I 0.013 0.790 0.142 0.006 0.022 0.018 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 99 I 0.014 0.477 0.342 0.010 0.018 0.076 0.001 0.001 0.060 0.001 0.002 100 K 0.010 0.440 0.328 0.002 0.072 0.019 0.001 0.001 0.124 0.002 0.001 101 P 0.070 0.009 0.869 0.004 0.003 0.024 0.001 0.001 0.007 0.001 0.012 102 L 0.348 0.140 0.287 0.134 0.030 0.028 0.007 0.008 0.014 0.003 0.002 103 T 0.170 0.157 0.211 0.303 0.092 0.013 0.030 0.003 0.011 0.008 0.001 104 G 0.040 0.009 0.039 0.027 0.093 0.008 0.107 0.472 0.003 0.201 0.001 105 E 0.173 0.176 0.403 0.103 0.055 0.027 0.026 0.005 0.022 0.008 0.001 106 D 0.184 0.173 0.389 0.095 0.026 0.075 0.018 0.004 0.029 0.002 0.006 107 I 0.206 0.429 0.230 0.044 0.035 0.031 0.007 0.001 0.014 0.001 0.001 108 V 0.201 0.325 0.263 0.085 0.031 0.056 0.005 0.001 0.030 0.001 0.002 109 T 0.132 0.302 0.296 0.054 0.072 0.049 0.015 0.001 0.074 0.004 0.001 110 E 0.481 0.051 0.264 0.093 0.023 0.035 0.023 0.007 0.011 0.007 0.005 111 R 0.324 0.142 0.168 0.208 0.066 0.017 0.034 0.015 0.015 0.009 0.001 112 K 0.169 0.145 0.227 0.256 0.038 0.031 0.090 0.013 0.024 0.004 0.003 113 M 0.053 0.380 0.404 0.066 0.037 0.017 0.015 0.003 0.024 0.001 0.001 114 K 0.036 0.547 0.338 0.011 0.036 0.015 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 115 L 0.050 0.211 0.601 0.019 0.013 0.078 0.003 0.001 0.022 0.001 0.003 116 V 0.039 0.755 0.124 0.010 0.040 0.012 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 117 N 0.100 0.190 0.395 0.043 0.041 0.134 0.018 0.003 0.070 0.004 0.002 118 Y 0.172 0.195 0.242 0.252 0.050 0.031 0.032 0.004 0.017 0.004 0.002 119 G 0.057 0.010 0.038 0.035 0.095 0.007 0.113 0.350 0.004 0.291 0.001 120 R 0.114 0.122 0.246 0.189 0.137 0.034 0.090 0.028 0.017 0.023 0.001 121 T 0.090 0.492 0.271 0.052 0.054 0.018 0.009 0.001 0.011 0.001 0.001 122 Y 0.137 0.512 0.211 0.028 0.056 0.037 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 123 F 0.077 0.672 0.133 0.024 0.049 0.027 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 124 Y 0.074 0.687 0.104 0.013 0.070 0.028 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 125 E 0.191 0.436 0.208 0.018 0.046 0.070 0.004 0.001 0.026 0.001 0.001 126 Y 0.262 0.369 0.183 0.050 0.040 0.069 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 127 I 0.413 0.290 0.150 0.026 0.043 0.038 0.003 0.001 0.038 0.001 0.001 128 A 0.730 0.039 0.122 0.045 0.018 0.028 0.008 0.001 0.008 0.001 0.001 129 E 0.653 0.083 0.064 0.125 0.027 0.023 0.014 0.003 0.009 0.001 0.001 130 V 0.440 0.212 0.147 0.118 0.023 0.028 0.009 0.001 0.022 0.001 0.001 131 R 0.360 0.170 0.190 0.134 0.039 0.046 0.029 0.003 0.026 0.002 0.001 132 S 0.324 0.114 0.227 0.191 0.042 0.037 0.037 0.006 0.017 0.004 0.001 133 R 0.358 0.141 0.171 0.162 0.058 0.030 0.040 0.014 0.017 0.007 0.001