# TARGET T0471 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0471.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.2655 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.099 0.121 0.054 0.019 0.128 0.016 0.030 0.275 0.085 0.122 0.052 2 W 0.054 0.094 0.038 0.020 0.093 0.020 0.021 0.439 0.136 0.061 0.026 3 N 0.011 0.034 0.024 0.013 0.022 0.023 0.033 0.686 0.120 0.027 0.007 4 D 0.013 0.033 0.018 0.003 0.020 0.004 0.014 0.764 0.073 0.049 0.008 5 L 0.007 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.889 0.076 0.011 0.003 6 A 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.928 0.062 0.001 0.001 7 V 0.003 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.942 0.039 0.002 0.001 8 Y 0.007 0.003 0.001 0.001 0.009 0.001 0.012 0.930 0.030 0.004 0.002 9 I 0.010 0.004 0.001 0.001 0.011 0.001 0.007 0.851 0.104 0.007 0.003 10 I 0.015 0.015 0.003 0.001 0.026 0.006 0.035 0.710 0.173 0.010 0.005 11 R 0.034 0.085 0.040 0.006 0.072 0.017 0.218 0.373 0.086 0.046 0.023 12 C 0.114 0.118 0.066 0.011 0.129 0.016 0.127 0.139 0.050 0.155 0.076 13 S 0.089 0.215 0.115 0.059 0.122 0.038 0.069 0.054 0.048 0.130 0.062 14 G 0.037 0.057 0.187 0.417 0.032 0.113 0.033 0.034 0.031 0.034 0.025 15 P 0.017 0.070 0.068 0.216 0.031 0.080 0.149 0.141 0.157 0.054 0.018 16 G 0.047 0.024 0.026 0.040 0.033 0.020 0.025 0.030 0.040 0.592 0.122 17 T 0.072 0.423 0.094 0.011 0.236 0.012 0.020 0.021 0.020 0.047 0.043 18 R 0.181 0.172 0.021 0.004 0.525 0.013 0.026 0.009 0.008 0.013 0.028 19 V 0.328 0.056 0.004 0.002 0.587 0.002 0.003 0.002 0.002 0.002 0.013 20 V 0.202 0.113 0.013 0.003 0.630 0.006 0.004 0.003 0.001 0.003 0.023 21 E 0.367 0.070 0.010 0.002 0.500 0.002 0.002 0.002 0.001 0.004 0.039 22 V 0.206 0.192 0.062 0.035 0.272 0.027 0.018 0.012 0.011 0.051 0.114 23 G 0.120 0.142 0.199 0.139 0.162 0.056 0.057 0.031 0.017 0.041 0.037 24 A 0.054 0.111 0.057 0.114 0.083 0.048 0.077 0.146 0.140 0.122 0.048 25 G 0.034 0.127 0.129 0.180 0.058 0.063 0.031 0.139 0.074 0.126 0.039 26 R 0.032 0.124 0.085 0.036 0.069 0.020 0.024 0.317 0.116 0.135 0.042 27 F 0.058 0.062 0.020 0.006 0.068 0.005 0.009 0.548 0.149 0.050 0.025 28 L 0.010 0.021 0.007 0.003 0.017 0.009 0.009 0.754 0.149 0.015 0.006 29 Y 0.007 0.018 0.010 0.002 0.012 0.003 0.016 0.876 0.043 0.009 0.004 30 V 0.005 0.008 0.002 0.001 0.005 0.001 0.005 0.873 0.079 0.020 0.003 31 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.874 0.118 0.003 0.001 32 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.930 0.063 0.001 0.001 33 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.912 0.064 0.011 0.001 34 I 0.007 0.003 0.001 0.001 0.007 0.002 0.014 0.777 0.150 0.031 0.006 35 R 0.003 0.008 0.003 0.001 0.005 0.004 0.023 0.800 0.141 0.011 0.001 36 K 0.009 0.014 0.005 0.002 0.009 0.005 0.103 0.494 0.143 0.199 0.017 37 H 0.070 0.146 0.172 0.032 0.137 0.045 0.057 0.133 0.078 0.092 0.039 38 S 0.017 0.242 0.074 0.052 0.031 0.096 0.215 0.150 0.071 0.035 0.017 39 K 0.023 0.002 0.002 0.004 0.007 0.003 0.005 0.010 0.012 0.753 0.178 40 V 0.044 0.514 0.064 0.002 0.346 0.003 0.004 0.005 0.004 0.005 0.008 41 D 0.253 0.089 0.009 0.003 0.538 0.020 0.047 0.008 0.004 0.006 0.023 42 L 0.353 0.057 0.005 0.002 0.565 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 43 V 0.133 0.148 0.013 0.004 0.643 0.011 0.011 0.006 0.002 0.004 0.025 44 L 0.452 0.025 0.003 0.001 0.494 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 45 T 0.159 0.190 0.030 0.017 0.454 0.027 0.015 0.010 0.009 0.022 0.065 46 D 0.305 0.100 0.035 0.015 0.410 0.010 0.018 0.009 0.006 0.022 0.070 47 I 0.152 0.175 0.081 0.045 0.242 0.026 0.032 0.032 0.048 0.108 0.061 48 K 0.071 0.313 0.191 0.077 0.199 0.032 0.026 0.022 0.017 0.028 0.023 49 P 0.127 0.191 0.131 0.056 0.192 0.039 0.043 0.056 0.055 0.056 0.053 50 S 0.058 0.115 0.132 0.065 0.077 0.070 0.123 0.135 0.100 0.086 0.038 51 H 0.078 0.073 0.083 0.100 0.072 0.057 0.079 0.114 0.077 0.188 0.079 52 G 0.031 0.177 0.129 0.199 0.071 0.069 0.048 0.065 0.069 0.111 0.033 53 G 0.060 0.104 0.095 0.144 0.084 0.046 0.036 0.070 0.060 0.212 0.087 54 I 0.144 0.206 0.064 0.015 0.332 0.008 0.014 0.070 0.046 0.058 0.044 55 V 0.183 0.170 0.054 0.013 0.304 0.016 0.021 0.121 0.043 0.028 0.046 56 R 0.141 0.141 0.057 0.026 0.181 0.038 0.037 0.192 0.095 0.040 0.051 57 D 0.070 0.159 0.087 0.034 0.118 0.049 0.064 0.202 0.106 0.078 0.034 58 D 0.116 0.101 0.052 0.015 0.198 0.012 0.033 0.195 0.101 0.118 0.059 59 I 0.109 0.100 0.026 0.009 0.169 0.013 0.046 0.291 0.142 0.059 0.036 60 T 0.059 0.166 0.077 0.043 0.109 0.061 0.119 0.146 0.078 0.102 0.039 61 S 0.127 0.190 0.245 0.057 0.197 0.021 0.015 0.039 0.022 0.047 0.037 62 P 0.046 0.168 0.068 0.034 0.115 0.055 0.073 0.222 0.149 0.047 0.022 63 R 0.148 0.070 0.030 0.015 0.132 0.021 0.056 0.096 0.090 0.257 0.086 64 M 0.116 0.307 0.064 0.006 0.287 0.009 0.016 0.071 0.043 0.038 0.043 65 E 0.134 0.163 0.018 0.003 0.539 0.006 0.021 0.070 0.017 0.013 0.017 66 I 0.320 0.120 0.009 0.005 0.275 0.006 0.017 0.106 0.033 0.025 0.084 67 Y 0.145 0.061 0.035 0.075 0.154 0.107 0.047 0.182 0.054 0.049 0.091 68 R 0.013 0.211 0.150 0.103 0.031 0.081 0.097 0.230 0.063 0.015 0.006 69 G 0.065 0.014 0.019 0.021 0.033 0.008 0.012 0.059 0.034 0.592 0.143 70 A 0.118 0.339 0.053 0.004 0.350 0.009 0.009 0.048 0.031 0.016 0.022 71 A 0.151 0.129 0.022 0.010 0.220 0.077 0.150 0.092 0.050 0.049 0.050 72 L 0.319 0.072 0.013 0.006 0.502 0.007 0.015 0.032 0.014 0.008 0.013 73 I 0.212 0.094 0.008 0.005 0.507 0.011 0.019 0.071 0.032 0.008 0.034 74 Y 0.214 0.128 0.020 0.003 0.460 0.009 0.016 0.040 0.039 0.018 0.054 75 S 0.174 0.150 0.027 0.005 0.410 0.007 0.031 0.044 0.036 0.052 0.065 76 I 0.131 0.181 0.039 0.017 0.190 0.013 0.043 0.035 0.038 0.149 0.166 77 R 0.034 0.326 0.322 0.048 0.133 0.024 0.032 0.010 0.013 0.041 0.017 78 P 0.011 0.465 0.440 0.016 0.033 0.003 0.003 0.011 0.009 0.006 0.004 79 P 0.059 0.184 0.038 0.005 0.101 0.003 0.012 0.318 0.247 0.019 0.012 80 A 0.003 0.007 0.002 0.001 0.006 0.005 0.018 0.546 0.401 0.009 0.002 81 E 0.012 0.015 0.005 0.001 0.020 0.003 0.024 0.770 0.096 0.047 0.008 82 I 0.016 0.020 0.006 0.001 0.020 0.002 0.013 0.727 0.087 0.099 0.009 83 H 0.011 0.015 0.008 0.001 0.018 0.001 0.002 0.839 0.089 0.012 0.004 84 S 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.934 0.053 0.001 0.001 85 S 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.008 0.953 0.025 0.004 0.001 86 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.942 0.050 0.004 0.001 87 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.935 0.063 0.001 0.001 88 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.969 0.023 0.001 0.001 89 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.937 0.043 0.005 0.001 90 A 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.860 0.118 0.007 0.001 91 D 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.033 0.823 0.123 0.007 0.001 92 A 0.013 0.003 0.005 0.003 0.008 0.013 0.062 0.498 0.115 0.236 0.044 93 V 0.006 0.830 0.099 0.002 0.035 0.004 0.012 0.005 0.003 0.003 0.002 94 G 0.038 0.002 0.003 0.008 0.006 0.011 0.006 0.006 0.006 0.380 0.534 95 A 0.059 0.481 0.093 0.006 0.324 0.005 0.007 0.005 0.005 0.009 0.008 96 R 0.244 0.108 0.009 0.006 0.413 0.042 0.069 0.014 0.012 0.018 0.064 97 L 0.171 0.062 0.006 0.001 0.750 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 98 I 0.106 0.041 0.001 0.001 0.840 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 99 I 0.396 0.045 0.005 0.001 0.472 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.073 100 K 0.082 0.330 0.117 0.008 0.425 0.006 0.004 0.002 0.001 0.006 0.017 101 P 0.208 0.308 0.107 0.011 0.295 0.003 0.009 0.007 0.006 0.011 0.036 102 L 0.085 0.089 0.062 0.108 0.081 0.078 0.122 0.094 0.126 0.087 0.067 103 T 0.012 0.075 0.058 0.358 0.021 0.142 0.201 0.057 0.039 0.028 0.009 104 G 0.022 0.019 0.038 0.214 0.020 0.027 0.012 0.022 0.036 0.480 0.111 105 E 0.055 0.310 0.166 0.043 0.167 0.014 0.015 0.056 0.071 0.070 0.034 106 D 0.146 0.196 0.048 0.010 0.301 0.015 0.026 0.059 0.069 0.062 0.066 107 I 0.191 0.207 0.045 0.010 0.293 0.010 0.031 0.067 0.056 0.033 0.056 108 V 0.178 0.156 0.067 0.025 0.237 0.044 0.056 0.062 0.043 0.068 0.065 109 T 0.074 0.382 0.238 0.021 0.185 0.014 0.013 0.023 0.015 0.017 0.018 110 E 0.094 0.081 0.050 0.036 0.091 0.049 0.077 0.162 0.177 0.124 0.059 111 R 0.034 0.262 0.159 0.027 0.132 0.032 0.080 0.106 0.076 0.075 0.017 112 K 0.183 0.120 0.029 0.012 0.185 0.013 0.038 0.062 0.043 0.157 0.157 113 M 0.202 0.228 0.035 0.004 0.426 0.006 0.009 0.021 0.014 0.018 0.037 114 K 0.121 0.256 0.036 0.006 0.462 0.017 0.026 0.027 0.011 0.012 0.027 115 L 0.463 0.048 0.005 0.002 0.439 0.002 0.002 0.007 0.004 0.005 0.024 116 V 0.131 0.183 0.048 0.030 0.385 0.062 0.040 0.042 0.015 0.021 0.043 117 N 0.351 0.066 0.078 0.039 0.253 0.023 0.027 0.029 0.012 0.042 0.080 118 Y 0.057 0.152 0.098 0.164 0.114 0.082 0.076 0.088 0.081 0.062 0.026 119 G 0.052 0.070 0.088 0.259 0.056 0.103 0.042 0.043 0.043 0.195 0.049 120 R 0.100 0.123 0.055 0.031 0.181 0.022 0.041 0.092 0.084 0.198 0.073 121 T 0.173 0.194 0.031 0.007 0.369 0.015 0.022 0.071 0.036 0.034 0.047 122 Y 0.167 0.179 0.023 0.006 0.471 0.013 0.028 0.048 0.019 0.017 0.028 123 F 0.298 0.103 0.012 0.004 0.465 0.006 0.010 0.041 0.016 0.011 0.034 124 Y 0.224 0.130 0.020 0.007 0.454 0.013 0.011 0.065 0.019 0.015 0.042 125 E 0.187 0.161 0.034 0.009 0.348 0.013 0.020 0.114 0.027 0.032 0.054 126 Y 0.161 0.147 0.049 0.015 0.237 0.012 0.026 0.185 0.051 0.061 0.057 127 I 0.098 0.151 0.045 0.014 0.207 0.014 0.022 0.280 0.110 0.035 0.025 128 A 0.039 0.080 0.026 0.008 0.078 0.016 0.038 0.481 0.191 0.030 0.014 129 E 0.045 0.046 0.017 0.006 0.077 0.011 0.058 0.536 0.134 0.050 0.019 130 V 0.073 0.088 0.025 0.010 0.113 0.015 0.052 0.385 0.135 0.071 0.033 131 R 0.068 0.107 0.049 0.022 0.110 0.031 0.066 0.291 0.107 0.102 0.046 132 S 0.079 0.157 0.086 0.021 0.152 0.021 0.049 0.209 0.086 0.100 0.041 133 R 0.075 0.184 0.085 0.020 0.149 0.026 0.057 0.192 0.097 0.078 0.036