# TARGET T0471 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0471.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.2655 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.325 0.209 0.151 0.143 0.114 0.052 0.007 2 W 0.236 0.225 0.249 0.176 0.080 0.031 0.004 3 N 0.397 0.298 0.196 0.085 0.018 0.005 0.001 4 D 0.112 0.259 0.310 0.200 0.095 0.021 0.003 5 L 0.016 0.032 0.049 0.162 0.362 0.323 0.055 6 A 0.006 0.045 0.131 0.293 0.286 0.224 0.013 7 V 0.028 0.142 0.284 0.319 0.137 0.081 0.010 8 Y 0.002 0.008 0.041 0.111 0.325 0.395 0.118 9 I 0.001 0.002 0.003 0.011 0.084 0.460 0.440 10 I 0.004 0.028 0.099 0.234 0.280 0.277 0.077 11 R 0.021 0.136 0.262 0.302 0.171 0.094 0.013 12 C 0.008 0.038 0.115 0.218 0.347 0.257 0.017 13 S 0.031 0.083 0.182 0.306 0.283 0.109 0.006 14 G 0.169 0.316 0.264 0.157 0.075 0.018 0.001 15 P 0.335 0.401 0.151 0.074 0.032 0.006 0.001 16 G 0.209 0.358 0.175 0.134 0.097 0.024 0.002 17 T 0.017 0.082 0.162 0.304 0.307 0.121 0.007 18 R 0.003 0.023 0.110 0.254 0.336 0.251 0.022 19 V 0.001 0.001 0.003 0.007 0.058 0.476 0.456 20 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.133 0.858 21 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.071 0.922 22 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.074 0.920 23 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.126 0.866 24 A 0.001 0.002 0.003 0.010 0.040 0.235 0.710 25 G 0.003 0.014 0.027 0.075 0.179 0.365 0.337 26 R 0.005 0.024 0.055 0.104 0.256 0.391 0.166 27 F 0.007 0.022 0.036 0.072 0.224 0.436 0.203 28 L 0.024 0.068 0.134 0.206 0.260 0.228 0.081 29 Y 0.039 0.120 0.238 0.265 0.200 0.102 0.036 30 V 0.005 0.012 0.019 0.043 0.180 0.498 0.242 31 S 0.008 0.031 0.072 0.184 0.319 0.327 0.059 32 D 0.062 0.274 0.294 0.225 0.096 0.045 0.004 33 Y 0.008 0.041 0.182 0.381 0.287 0.094 0.006 34 I 0.007 0.015 0.037 0.077 0.328 0.500 0.037 35 R 0.112 0.323 0.293 0.195 0.069 0.009 0.001 36 K 0.389 0.475 0.091 0.034 0.009 0.002 0.001 37 H 0.073 0.140 0.290 0.370 0.106 0.021 0.001 38 S 0.441 0.325 0.153 0.059 0.019 0.003 0.001 39 K 0.213 0.524 0.201 0.047 0.012 0.002 0.001 40 V 0.013 0.031 0.071 0.239 0.510 0.127 0.009 41 D 0.006 0.100 0.240 0.382 0.182 0.087 0.003 42 L 0.003 0.007 0.014 0.042 0.149 0.573 0.213 43 V 0.002 0.013 0.061 0.177 0.282 0.349 0.116 44 L 0.002 0.006 0.013 0.032 0.138 0.429 0.380 45 T 0.003 0.014 0.034 0.059 0.180 0.396 0.314 46 D 0.013 0.063 0.112 0.206 0.276 0.247 0.083 47 I 0.016 0.048 0.109 0.202 0.304 0.270 0.053 48 K 0.118 0.224 0.222 0.209 0.155 0.065 0.006 49 P 0.340 0.285 0.174 0.117 0.058 0.024 0.003 50 S 0.437 0.278 0.148 0.088 0.036 0.011 0.001 51 H 0.418 0.301 0.160 0.082 0.026 0.011 0.002 52 G 0.150 0.125 0.174 0.244 0.204 0.089 0.013 53 G 0.265 0.343 0.182 0.110 0.065 0.030 0.004 54 I 0.062 0.080 0.119 0.202 0.242 0.226 0.069 55 V 0.033 0.066 0.104 0.165 0.247 0.284 0.102 56 R 0.047 0.095 0.162 0.216 0.229 0.180 0.071 57 D 0.047 0.075 0.086 0.117 0.221 0.300 0.154 58 D 0.043 0.089 0.114 0.189 0.226 0.240 0.100 59 I 0.027 0.034 0.062 0.130 0.206 0.363 0.178 60 T 0.060 0.154 0.205 0.236 0.208 0.116 0.020 61 S 0.124 0.215 0.236 0.210 0.150 0.057 0.008 62 P 0.104 0.182 0.188 0.226 0.194 0.092 0.014 63 R 0.206 0.333 0.214 0.135 0.075 0.032 0.004 64 M 0.046 0.107 0.266 0.339 0.181 0.056 0.004 65 E 0.099 0.331 0.310 0.175 0.068 0.015 0.001 66 I 0.010 0.028 0.058 0.183 0.360 0.326 0.035 67 Y 0.013 0.050 0.131 0.405 0.278 0.115 0.006 68 R 0.128 0.392 0.285 0.127 0.053 0.014 0.001 69 G 0.046 0.196 0.330 0.330 0.076 0.019 0.003 70 A 0.004 0.013 0.044 0.141 0.412 0.358 0.029 71 A 0.019 0.127 0.290 0.325 0.157 0.073 0.009 72 L 0.006 0.015 0.045 0.119 0.216 0.405 0.194 73 I 0.003 0.005 0.010 0.036 0.130 0.399 0.416 74 Y 0.004 0.010 0.020 0.042 0.112 0.366 0.446 75 S 0.007 0.018 0.033 0.068 0.124 0.270 0.479 76 I 0.003 0.008 0.014 0.032 0.088 0.373 0.482 77 R 0.015 0.038 0.067 0.122 0.266 0.306 0.186 78 P 0.027 0.068 0.085 0.139 0.218 0.288 0.173 79 P 0.047 0.092 0.131 0.191 0.250 0.215 0.073 80 A 0.138 0.200 0.210 0.194 0.143 0.096 0.020 81 E 0.083 0.147 0.189 0.224 0.214 0.114 0.029 82 I 0.031 0.035 0.050 0.117 0.237 0.368 0.163 83 H 0.033 0.070 0.122 0.209 0.270 0.233 0.064 84 S 0.123 0.242 0.270 0.202 0.104 0.050 0.010 85 S 0.034 0.091 0.196 0.271 0.239 0.133 0.036 86 L 0.004 0.009 0.013 0.035 0.155 0.544 0.240 87 M 0.012 0.048 0.157 0.291 0.295 0.168 0.030 88 R 0.054 0.225 0.334 0.254 0.091 0.035 0.006 89 V 0.005 0.014 0.033 0.098 0.339 0.445 0.066 90 A 0.013 0.042 0.100 0.275 0.318 0.224 0.028 91 D 0.110 0.352 0.293 0.151 0.067 0.026 0.002 92 A 0.066 0.235 0.330 0.266 0.075 0.025 0.003 93 V 0.011 0.024 0.077 0.202 0.430 0.234 0.021 94 G 0.028 0.185 0.305 0.271 0.137 0.064 0.010 95 A 0.003 0.011 0.025 0.083 0.285 0.467 0.126 96 R 0.006 0.047 0.145 0.335 0.297 0.151 0.020 97 L 0.001 0.002 0.005 0.014 0.092 0.544 0.341 98 I 0.001 0.003 0.011 0.041 0.093 0.315 0.536 99 I 0.001 0.001 0.004 0.014 0.051 0.284 0.646 100 K 0.002 0.010 0.032 0.066 0.165 0.320 0.407 101 P 0.006 0.019 0.032 0.080 0.201 0.374 0.288 102 L 0.006 0.019 0.038 0.102 0.218 0.414 0.204 103 T 0.034 0.089 0.145 0.206 0.238 0.222 0.066 104 G 0.069 0.117 0.147 0.209 0.223 0.182 0.054 105 E 0.139 0.161 0.150 0.184 0.191 0.143 0.031 106 D 0.226 0.252 0.195 0.153 0.105 0.060 0.009 107 I 0.146 0.151 0.193 0.228 0.184 0.089 0.010 108 V 0.215 0.218 0.217 0.182 0.115 0.048 0.005 109 T 0.281 0.238 0.220 0.162 0.073 0.024 0.002 110 E 0.619 0.256 0.078 0.034 0.010 0.003 0.001 111 R 0.555 0.286 0.099 0.042 0.014 0.003 0.001 112 K 0.348 0.373 0.158 0.083 0.028 0.008 0.001 113 M 0.052 0.085 0.167 0.306 0.280 0.103 0.008 114 K 0.079 0.244 0.290 0.253 0.094 0.037 0.002 115 L 0.040 0.066 0.116 0.190 0.265 0.288 0.035 116 V 0.043 0.092 0.166 0.251 0.261 0.163 0.022 117 N 0.108 0.217 0.242 0.227 0.141 0.056 0.008 118 Y 0.067 0.124 0.211 0.252 0.229 0.101 0.015 119 G 0.178 0.289 0.232 0.176 0.088 0.032 0.005 120 R 0.171 0.283 0.217 0.160 0.109 0.052 0.008 121 T 0.070 0.166 0.218 0.293 0.168 0.075 0.010 122 Y 0.018 0.054 0.114 0.218 0.289 0.270 0.037 123 F 0.017 0.025 0.042 0.106 0.206 0.427 0.178 124 Y 0.015 0.039 0.089 0.188 0.274 0.312 0.084 125 E 0.039 0.110 0.169 0.228 0.243 0.174 0.036 126 Y 0.026 0.078 0.163 0.257 0.269 0.185 0.023 127 I 0.105 0.175 0.216 0.245 0.179 0.073 0.006 128 A 0.338 0.285 0.182 0.114 0.063 0.019 0.001 129 E 0.526 0.289 0.108 0.052 0.019 0.005 0.001 130 V 0.416 0.223 0.178 0.118 0.049 0.014 0.001 131 R 0.622 0.219 0.097 0.044 0.014 0.004 0.001 132 S 0.774 0.164 0.041 0.015 0.005 0.001 0.001 133 R 0.688 0.177 0.077 0.040 0.013 0.004 0.001