# TARGET T0471 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0471.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.2655 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.134 0.085 0.103 0.138 0.151 0.152 0.104 0.061 0.040 0.018 0.010 0.003 0.001 0.001 2 W 0.113 0.101 0.127 0.163 0.179 0.140 0.086 0.045 0.029 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 3 N 0.345 0.216 0.153 0.113 0.082 0.041 0.024 0.015 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 4 D 0.203 0.186 0.179 0.149 0.123 0.076 0.043 0.023 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 5 L 0.041 0.031 0.047 0.098 0.161 0.187 0.171 0.135 0.078 0.034 0.011 0.004 0.002 0.001 6 A 0.058 0.068 0.100 0.155 0.184 0.164 0.135 0.066 0.036 0.019 0.009 0.004 0.001 0.001 7 V 0.276 0.183 0.155 0.112 0.091 0.066 0.045 0.028 0.020 0.010 0.009 0.003 0.001 0.001 8 Y 0.048 0.040 0.065 0.122 0.153 0.168 0.146 0.116 0.064 0.039 0.021 0.011 0.005 0.003 9 I 0.020 0.017 0.029 0.056 0.099 0.132 0.181 0.195 0.147 0.068 0.030 0.016 0.006 0.002 10 I 0.062 0.069 0.074 0.124 0.138 0.155 0.116 0.119 0.067 0.040 0.020 0.009 0.005 0.001 11 R 0.199 0.180 0.160 0.144 0.117 0.081 0.051 0.026 0.020 0.009 0.008 0.003 0.001 0.001 12 C 0.077 0.069 0.107 0.172 0.195 0.153 0.106 0.054 0.038 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 13 S 0.086 0.093 0.137 0.172 0.171 0.145 0.099 0.047 0.032 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 14 G 0.230 0.210 0.179 0.155 0.100 0.059 0.032 0.019 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 15 P 0.209 0.215 0.201 0.145 0.108 0.053 0.033 0.017 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 16 G 0.092 0.151 0.162 0.172 0.159 0.115 0.063 0.035 0.023 0.014 0.010 0.002 0.001 0.001 17 T 0.013 0.024 0.041 0.090 0.133 0.158 0.194 0.109 0.102 0.070 0.035 0.017 0.008 0.007 18 R 0.002 0.004 0.009 0.023 0.047 0.081 0.117 0.232 0.162 0.139 0.119 0.036 0.019 0.010 19 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.013 0.020 0.058 0.099 0.140 0.224 0.223 0.147 0.067 20 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.048 0.112 0.164 0.191 0.312 0.097 0.056 21 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.014 0.131 0.149 0.206 0.241 0.113 0.093 0.044 22 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.019 0.047 0.100 0.193 0.274 0.173 0.183 23 G 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.014 0.036 0.099 0.138 0.223 0.164 0.126 0.088 0.096 24 A 0.002 0.002 0.003 0.007 0.016 0.033 0.058 0.085 0.143 0.153 0.168 0.161 0.079 0.089 25 G 0.008 0.013 0.017 0.035 0.044 0.103 0.161 0.194 0.145 0.106 0.092 0.039 0.026 0.017 26 R 0.016 0.047 0.054 0.100 0.142 0.150 0.164 0.120 0.091 0.052 0.036 0.016 0.006 0.006 27 F 0.013 0.026 0.044 0.075 0.123 0.180 0.195 0.147 0.106 0.050 0.027 0.008 0.003 0.002 28 L 0.057 0.088 0.108 0.109 0.160 0.165 0.126 0.090 0.052 0.023 0.013 0.005 0.002 0.001 29 Y 0.099 0.133 0.163 0.177 0.154 0.108 0.072 0.050 0.024 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 30 V 0.017 0.018 0.033 0.074 0.135 0.169 0.208 0.190 0.102 0.035 0.012 0.005 0.002 0.001 31 S 0.020 0.023 0.057 0.079 0.128 0.203 0.200 0.144 0.075 0.041 0.020 0.006 0.004 0.001 32 D 0.355 0.315 0.163 0.083 0.050 0.016 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 Y 0.033 0.069 0.122 0.218 0.202 0.151 0.119 0.063 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 34 I 0.007 0.008 0.022 0.075 0.165 0.233 0.233 0.148 0.085 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 35 R 0.157 0.221 0.251 0.225 0.098 0.027 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 K 0.645 0.229 0.084 0.027 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 H 0.083 0.115 0.118 0.243 0.244 0.117 0.043 0.020 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 38 S 0.191 0.248 0.222 0.158 0.081 0.043 0.033 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 K 0.397 0.267 0.171 0.059 0.047 0.034 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 V 0.013 0.021 0.048 0.115 0.229 0.194 0.150 0.089 0.059 0.041 0.024 0.008 0.006 0.002 41 D 0.011 0.020 0.033 0.077 0.146 0.148 0.162 0.124 0.108 0.087 0.042 0.024 0.009 0.007 42 L 0.003 0.002 0.004 0.009 0.017 0.040 0.065 0.103 0.159 0.179 0.170 0.137 0.070 0.040 43 V 0.002 0.001 0.003 0.007 0.012 0.022 0.045 0.087 0.131 0.152 0.211 0.173 0.088 0.067 44 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.017 0.045 0.084 0.152 0.212 0.237 0.155 0.083 45 T 0.002 0.001 0.002 0.005 0.008 0.016 0.037 0.093 0.132 0.181 0.176 0.178 0.114 0.055 46 D 0.004 0.008 0.012 0.031 0.050 0.069 0.116 0.179 0.167 0.139 0.121 0.056 0.027 0.023 47 I 0.007 0.008 0.013 0.026 0.048 0.109 0.123 0.139 0.156 0.147 0.120 0.064 0.026 0.014 48 K 0.048 0.084 0.116 0.149 0.170 0.136 0.111 0.075 0.059 0.027 0.014 0.007 0.002 0.002 49 P 0.104 0.117 0.132 0.142 0.163 0.111 0.078 0.064 0.047 0.025 0.011 0.004 0.002 0.001 50 S 0.159 0.166 0.163 0.147 0.124 0.094 0.061 0.045 0.021 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 51 H 0.216 0.184 0.154 0.121 0.121 0.077 0.052 0.033 0.021 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 52 G 0.071 0.063 0.089 0.137 0.188 0.150 0.113 0.072 0.048 0.040 0.017 0.006 0.003 0.001 53 G 0.124 0.106 0.115 0.140 0.131 0.114 0.092 0.056 0.048 0.031 0.026 0.010 0.004 0.003 54 I 0.026 0.024 0.032 0.059 0.083 0.113 0.124 0.143 0.141 0.112 0.078 0.041 0.017 0.008 55 V 0.012 0.014 0.019 0.038 0.049 0.076 0.101 0.186 0.148 0.123 0.126 0.071 0.027 0.010 56 R 0.013 0.020 0.028 0.044 0.060 0.074 0.095 0.152 0.142 0.125 0.123 0.077 0.030 0.017 57 D 0.014 0.012 0.019 0.027 0.036 0.053 0.080 0.154 0.181 0.161 0.124 0.083 0.038 0.019 58 D 0.013 0.017 0.030 0.047 0.081 0.098 0.108 0.183 0.145 0.118 0.073 0.045 0.024 0.018 59 I 0.012 0.009 0.011 0.020 0.044 0.072 0.086 0.125 0.158 0.166 0.120 0.096 0.057 0.022 60 T 0.035 0.045 0.072 0.140 0.144 0.153 0.153 0.082 0.066 0.049 0.031 0.017 0.007 0.005 61 S 0.165 0.132 0.139 0.123 0.132 0.098 0.080 0.052 0.041 0.014 0.015 0.005 0.002 0.002 62 P 0.066 0.074 0.095 0.146 0.175 0.156 0.107 0.078 0.047 0.030 0.016 0.006 0.003 0.001 63 R 0.139 0.168 0.120 0.156 0.162 0.095 0.068 0.041 0.031 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 64 M 0.127 0.100 0.120 0.156 0.141 0.136 0.096 0.047 0.035 0.023 0.013 0.003 0.002 0.001 65 E 0.258 0.159 0.181 0.130 0.114 0.072 0.043 0.022 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 66 I 0.042 0.029 0.044 0.084 0.148 0.165 0.133 0.144 0.099 0.064 0.026 0.012 0.009 0.002 67 Y 0.041 0.054 0.070 0.157 0.195 0.173 0.128 0.096 0.048 0.022 0.008 0.005 0.002 0.001 68 R 0.124 0.135 0.146 0.184 0.140 0.091 0.072 0.050 0.026 0.016 0.010 0.004 0.002 0.001 69 G 0.050 0.065 0.097 0.154 0.179 0.161 0.137 0.074 0.045 0.021 0.009 0.004 0.001 0.001 70 A 0.014 0.019 0.038 0.068 0.116 0.193 0.192 0.140 0.099 0.063 0.034 0.013 0.009 0.003 71 A 0.033 0.038 0.063 0.117 0.155 0.160 0.189 0.097 0.072 0.036 0.018 0.011 0.004 0.005 72 L 0.012 0.009 0.016 0.029 0.052 0.095 0.101 0.133 0.175 0.127 0.130 0.065 0.041 0.015 73 I 0.018 0.009 0.012 0.023 0.040 0.060 0.094 0.132 0.176 0.136 0.102 0.109 0.062 0.027 74 Y 0.017 0.011 0.014 0.026 0.034 0.053 0.084 0.176 0.151 0.170 0.119 0.074 0.049 0.022 75 S 0.017 0.011 0.015 0.030 0.060 0.085 0.103 0.139 0.140 0.140 0.104 0.087 0.039 0.029 76 I 0.025 0.014 0.020 0.037 0.058 0.097 0.141 0.125 0.146 0.138 0.094 0.059 0.028 0.016 77 R 0.041 0.056 0.070 0.125 0.167 0.155 0.142 0.101 0.076 0.036 0.017 0.008 0.003 0.002 78 P 0.054 0.069 0.088 0.138 0.158 0.172 0.118 0.081 0.059 0.032 0.019 0.007 0.003 0.002 79 P 0.065 0.075 0.085 0.143 0.191 0.160 0.110 0.075 0.059 0.024 0.008 0.002 0.001 0.001 80 A 0.234 0.184 0.163 0.140 0.109 0.073 0.044 0.024 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 81 E 0.280 0.198 0.193 0.128 0.096 0.053 0.027 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 82 I 0.082 0.044 0.061 0.100 0.146 0.175 0.160 0.121 0.068 0.025 0.011 0.003 0.002 0.001 83 H 0.054 0.064 0.114 0.163 0.220 0.179 0.117 0.051 0.023 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 84 S 0.404 0.250 0.151 0.081 0.060 0.024 0.014 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 S 0.064 0.088 0.132 0.192 0.181 0.156 0.108 0.055 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 86 L 0.011 0.009 0.021 0.055 0.128 0.185 0.232 0.174 0.136 0.038 0.008 0.002 0.001 0.001 87 M 0.063 0.102 0.125 0.212 0.196 0.157 0.080 0.034 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 88 R 0.333 0.289 0.206 0.083 0.051 0.021 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 V 0.017 0.021 0.048 0.136 0.185 0.218 0.194 0.122 0.040 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 90 A 0.022 0.035 0.076 0.152 0.220 0.202 0.157 0.074 0.043 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 91 D 0.352 0.280 0.163 0.101 0.054 0.023 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 A 0.088 0.121 0.146 0.199 0.173 0.119 0.088 0.039 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 93 V 0.025 0.025 0.070 0.098 0.156 0.218 0.210 0.109 0.049 0.024 0.010 0.003 0.002 0.001 94 G 0.082 0.107 0.131 0.162 0.206 0.128 0.089 0.051 0.025 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 95 A 0.031 0.021 0.035 0.072 0.107 0.158 0.154 0.108 0.114 0.092 0.053 0.029 0.019 0.006 96 R 0.024 0.030 0.043 0.108 0.160 0.163 0.138 0.088 0.106 0.077 0.031 0.017 0.007 0.007 97 L 0.013 0.006 0.010 0.019 0.028 0.057 0.076 0.107 0.161 0.138 0.168 0.123 0.063 0.030 98 I 0.008 0.006 0.010 0.027 0.042 0.064 0.102 0.187 0.177 0.138 0.100 0.076 0.043 0.020 99 I 0.006 0.004 0.006 0.010 0.017 0.038 0.069 0.129 0.152 0.156 0.184 0.128 0.073 0.027 100 K 0.014 0.016 0.024 0.042 0.070 0.090 0.115 0.186 0.148 0.140 0.077 0.040 0.023 0.015 101 P 0.019 0.021 0.029 0.053 0.097 0.111 0.131 0.122 0.128 0.118 0.081 0.049 0.019 0.020 102 L 0.016 0.015 0.026 0.055 0.100 0.150 0.143 0.145 0.150 0.108 0.050 0.024 0.011 0.006 103 T 0.063 0.078 0.091 0.145 0.159 0.137 0.108 0.081 0.074 0.033 0.018 0.009 0.003 0.002 104 G 0.124 0.117 0.113 0.140 0.130 0.118 0.094 0.068 0.049 0.023 0.016 0.005 0.002 0.001 105 E 0.224 0.198 0.164 0.139 0.113 0.070 0.042 0.021 0.015 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 106 D 0.306 0.208 0.177 0.115 0.091 0.046 0.026 0.015 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 107 I 0.205 0.102 0.127 0.134 0.153 0.120 0.080 0.044 0.020 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 108 V 0.171 0.113 0.131 0.172 0.180 0.103 0.064 0.034 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 109 T 0.378 0.168 0.135 0.125 0.091 0.048 0.026 0.013 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 110 E 0.500 0.198 0.137 0.078 0.048 0.020 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 R 0.444 0.168 0.134 0.098 0.072 0.043 0.020 0.011 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 112 K 0.268 0.170 0.139 0.146 0.141 0.064 0.032 0.016 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 113 M 0.104 0.055 0.068 0.123 0.143 0.155 0.123 0.108 0.053 0.041 0.017 0.006 0.003 0.001 114 K 0.151 0.123 0.110 0.156 0.155 0.109 0.074 0.058 0.032 0.017 0.010 0.005 0.002 0.001 115 L 0.045 0.027 0.041 0.074 0.113 0.139 0.136 0.147 0.106 0.086 0.044 0.026 0.011 0.004 116 V 0.067 0.053 0.071 0.128 0.145 0.158 0.130 0.094 0.064 0.043 0.024 0.015 0.006 0.002 117 N 0.170 0.113 0.132 0.142 0.130 0.102 0.074 0.047 0.042 0.020 0.016 0.008 0.002 0.001 118 Y 0.113 0.066 0.080 0.127 0.141 0.151 0.107 0.080 0.060 0.041 0.020 0.009 0.003 0.001 119 G 0.256 0.192 0.150 0.127 0.101 0.067 0.044 0.028 0.019 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 120 R 0.167 0.143 0.143 0.150 0.145 0.095 0.062 0.040 0.025 0.016 0.008 0.002 0.001 0.001 121 T 0.163 0.126 0.134 0.130 0.143 0.111 0.080 0.047 0.033 0.017 0.010 0.003 0.002 0.001 122 Y 0.072 0.053 0.072 0.111 0.150 0.156 0.128 0.093 0.065 0.047 0.031 0.012 0.006 0.003 123 F 0.040 0.032 0.041 0.082 0.127 0.141 0.150 0.122 0.106 0.071 0.046 0.027 0.011 0.005 124 Y 0.055 0.041 0.048 0.089 0.103 0.123 0.124 0.123 0.099 0.077 0.069 0.030 0.014 0.004 125 E 0.129 0.107 0.110 0.129 0.113 0.096 0.095 0.077 0.061 0.032 0.032 0.013 0.005 0.002 126 Y 0.063 0.045 0.062 0.095 0.126 0.140 0.125 0.122 0.096 0.066 0.037 0.015 0.005 0.002 127 I 0.091 0.084 0.111 0.150 0.173 0.124 0.089 0.072 0.056 0.032 0.012 0.005 0.002 0.001 128 A 0.318 0.157 0.135 0.132 0.107 0.060 0.035 0.024 0.016 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 129 E 0.371 0.180 0.148 0.120 0.089 0.042 0.023 0.012 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 130 V 0.219 0.109 0.124 0.159 0.162 0.099 0.056 0.037 0.019 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 131 R 0.285 0.138 0.144 0.150 0.132 0.071 0.038 0.023 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 132 S 0.508 0.149 0.114 0.089 0.067 0.034 0.018 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 133 R 0.388 0.155 0.125 0.120 0.096 0.053 0.029 0.016 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001