# TARGET T0471 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0471.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.2214 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.028 0.311 0.002 0.055 0.342 0.001 0.001 0.011 0.106 0.102 0.012 0.027 2 W 0.001 0.010 0.219 0.002 0.029 0.630 0.001 0.001 0.003 0.054 0.037 0.004 0.011 3 N 0.001 0.001 0.035 0.001 0.023 0.891 0.001 0.001 0.001 0.021 0.024 0.001 0.001 4 D 0.001 0.001 0.012 0.001 0.025 0.935 0.001 0.001 0.001 0.006 0.019 0.001 0.002 5 L 0.001 0.001 0.007 0.001 0.010 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 6 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 7 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 8 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 9 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.004 10 I 0.002 0.001 0.003 0.002 0.023 0.937 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.004 0.002 11 R 0.007 0.002 0.013 0.003 0.029 0.826 0.001 0.001 0.004 0.010 0.083 0.006 0.016 12 C 0.005 0.006 0.070 0.006 0.033 0.499 0.001 0.001 0.004 0.043 0.298 0.010 0.024 13 S 0.002 0.022 0.351 0.004 0.027 0.135 0.001 0.001 0.005 0.169 0.258 0.013 0.014 14 G 0.001 0.004 0.694 0.001 0.019 0.013 0.001 0.001 0.001 0.180 0.067 0.010 0.010 15 P 0.001 0.002 0.040 0.002 0.042 0.009 0.001 0.001 0.001 0.068 0.834 0.001 0.002 16 G 0.001 0.004 0.059 0.002 0.014 0.002 0.001 0.001 0.002 0.123 0.788 0.002 0.001 17 T 0.002 0.012 0.687 0.009 0.015 0.001 0.001 0.001 0.015 0.209 0.019 0.006 0.023 18 R 0.007 0.016 0.326 0.033 0.004 0.003 0.021 0.009 0.235 0.183 0.014 0.116 0.032 19 V 0.048 0.008 0.047 0.016 0.002 0.001 0.147 0.240 0.281 0.008 0.004 0.012 0.184 20 V 0.074 0.002 0.014 0.024 0.001 0.001 0.104 0.549 0.165 0.003 0.001 0.058 0.007 21 E 0.070 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.122 0.556 0.206 0.001 0.001 0.010 0.026 22 V 0.036 0.001 0.022 0.012 0.001 0.001 0.086 0.498 0.307 0.003 0.002 0.009 0.023 23 G 0.045 0.005 0.127 0.066 0.006 0.009 0.093 0.159 0.310 0.047 0.022 0.088 0.024 24 A 0.043 0.008 0.252 0.023 0.016 0.030 0.030 0.040 0.243 0.125 0.071 0.014 0.105 25 G 0.020 0.015 0.339 0.016 0.042 0.113 0.009 0.009 0.061 0.227 0.082 0.046 0.023 26 R 0.023 0.021 0.280 0.007 0.033 0.249 0.006 0.006 0.053 0.139 0.088 0.024 0.071 27 F 0.008 0.012 0.162 0.005 0.034 0.598 0.002 0.001 0.009 0.071 0.058 0.007 0.036 28 L 0.004 0.003 0.053 0.004 0.027 0.830 0.001 0.001 0.003 0.033 0.033 0.006 0.005 29 Y 0.003 0.003 0.042 0.001 0.032 0.841 0.001 0.001 0.002 0.029 0.029 0.003 0.014 30 V 0.001 0.001 0.007 0.001 0.014 0.955 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.001 0.003 31 S 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 32 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 33 Y 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 34 I 0.001 0.001 0.006 0.001 0.017 0.943 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 0.001 0.003 35 R 0.001 0.001 0.010 0.001 0.058 0.732 0.001 0.001 0.001 0.008 0.187 0.001 0.002 36 K 0.001 0.003 0.028 0.001 0.063 0.609 0.001 0.001 0.001 0.016 0.275 0.001 0.004 37 H 0.001 0.011 0.294 0.002 0.136 0.330 0.001 0.001 0.002 0.109 0.096 0.011 0.009 38 S 0.001 0.003 0.037 0.003 0.063 0.062 0.001 0.001 0.005 0.055 0.767 0.001 0.002 39 K 0.001 0.003 0.099 0.005 0.018 0.006 0.001 0.001 0.020 0.081 0.763 0.002 0.002 40 V 0.001 0.004 0.820 0.007 0.005 0.001 0.001 0.003 0.055 0.081 0.005 0.005 0.012 41 D 0.002 0.004 0.121 0.009 0.001 0.001 0.015 0.036 0.725 0.059 0.002 0.015 0.011 42 L 0.002 0.001 0.010 0.003 0.001 0.001 0.024 0.382 0.569 0.002 0.001 0.002 0.005 43 V 0.002 0.001 0.006 0.006 0.001 0.001 0.038 0.645 0.297 0.002 0.001 0.002 0.001 44 L 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.023 0.607 0.360 0.001 0.001 0.001 0.002 45 T 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.013 0.405 0.574 0.001 0.001 0.001 0.001 46 D 0.007 0.005 0.109 0.006 0.001 0.001 0.051 0.161 0.616 0.012 0.003 0.016 0.014 47 I 0.004 0.016 0.490 0.010 0.002 0.001 0.010 0.018 0.308 0.092 0.007 0.009 0.035 48 K 0.001 0.004 0.813 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.099 0.003 0.028 0.008 49 P 0.001 0.023 0.534 0.002 0.064 0.005 0.001 0.001 0.019 0.177 0.109 0.003 0.062 50 S 0.001 0.014 0.446 0.009 0.069 0.008 0.001 0.001 0.010 0.159 0.258 0.018 0.009 51 H 0.001 0.013 0.301 0.004 0.126 0.005 0.001 0.001 0.010 0.260 0.256 0.007 0.017 52 G 0.001 0.015 0.259 0.011 0.030 0.003 0.001 0.001 0.012 0.419 0.232 0.008 0.010 53 G 0.002 0.031 0.378 0.014 0.011 0.003 0.004 0.001 0.024 0.342 0.117 0.050 0.023 54 I 0.036 0.056 0.393 0.011 0.004 0.003 0.035 0.034 0.128 0.077 0.011 0.026 0.187 55 V 0.091 0.021 0.131 0.008 0.002 0.003 0.039 0.106 0.272 0.017 0.003 0.262 0.046 56 R 0.051 0.026 0.172 0.026 0.014 0.013 0.090 0.100 0.174 0.020 0.020 0.036 0.258 57 D 0.020 0.016 0.323 0.117 0.071 0.020 0.039 0.037 0.078 0.076 0.045 0.113 0.046 58 D 0.015 0.012 0.356 0.021 0.078 0.024 0.013 0.011 0.091 0.143 0.084 0.038 0.115 59 I 0.009 0.024 0.342 0.008 0.097 0.044 0.006 0.005 0.045 0.135 0.190 0.028 0.067 60 T 0.009 0.053 0.338 0.007 0.036 0.042 0.002 0.002 0.017 0.269 0.164 0.037 0.024 61 S 0.003 0.014 0.591 0.003 0.020 0.018 0.001 0.001 0.003 0.260 0.039 0.025 0.023 62 P 0.002 0.008 0.180 0.008 0.056 0.095 0.001 0.001 0.003 0.129 0.494 0.003 0.020 63 R 0.006 0.010 0.134 0.019 0.042 0.100 0.001 0.001 0.004 0.174 0.491 0.012 0.010 64 M 0.030 0.019 0.339 0.008 0.070 0.147 0.002 0.001 0.009 0.170 0.052 0.041 0.113 65 E 0.056 0.039 0.134 0.008 0.034 0.274 0.012 0.003 0.025 0.048 0.040 0.099 0.229 66 I 0.077 0.073 0.053 0.014 0.052 0.351 0.020 0.012 0.020 0.021 0.038 0.088 0.182 67 Y 0.164 0.021 0.073 0.028 0.075 0.251 0.013 0.006 0.009 0.030 0.044 0.169 0.117 68 R 0.061 0.010 0.043 0.076 0.124 0.110 0.004 0.002 0.013 0.042 0.376 0.048 0.091 69 G 0.011 0.003 0.048 0.049 0.015 0.032 0.001 0.001 0.009 0.036 0.767 0.013 0.017 70 A 0.036 0.008 0.518 0.074 0.022 0.012 0.006 0.003 0.044 0.107 0.031 0.044 0.095 71 A 0.040 0.007 0.190 0.065 0.004 0.005 0.027 0.009 0.135 0.209 0.021 0.204 0.084 72 L 0.121 0.005 0.041 0.026 0.003 0.001 0.174 0.223 0.256 0.014 0.005 0.028 0.103 73 I 0.070 0.001 0.013 0.013 0.001 0.001 0.080 0.543 0.251 0.004 0.001 0.017 0.005 74 Y 0.057 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.163 0.450 0.291 0.001 0.001 0.007 0.019 75 S 0.024 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.055 0.238 0.652 0.001 0.001 0.010 0.008 76 I 0.020 0.008 0.239 0.013 0.002 0.001 0.059 0.030 0.443 0.031 0.009 0.020 0.126 77 R 0.001 0.004 0.709 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.123 0.002 0.033 0.008 78 P 0.001 0.001 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.042 0.001 0.001 0.006 79 P 0.001 0.003 0.731 0.001 0.123 0.054 0.001 0.001 0.003 0.052 0.024 0.001 0.008 80 A 0.001 0.001 0.012 0.001 0.382 0.515 0.001 0.001 0.001 0.011 0.079 0.001 0.001 81 E 0.001 0.001 0.014 0.001 0.587 0.375 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 0.001 0.001 82 I 0.001 0.003 0.027 0.001 0.078 0.869 0.001 0.001 0.001 0.009 0.009 0.001 0.003 83 H 0.001 0.001 0.016 0.001 0.006 0.962 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.001 0.001 84 S 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 85 S 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 86 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 87 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 88 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 89 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 90 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 91 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.890 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.001 0.001 92 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.085 0.820 0.001 0.001 0.001 0.003 0.085 0.001 0.001 93 V 0.001 0.006 0.061 0.003 0.041 0.343 0.001 0.001 0.004 0.051 0.481 0.003 0.006 94 G 0.001 0.003 0.177 0.003 0.008 0.014 0.001 0.001 0.011 0.093 0.684 0.004 0.003 95 A 0.001 0.003 0.750 0.009 0.007 0.003 0.001 0.002 0.041 0.139 0.036 0.003 0.006 96 R 0.001 0.005 0.385 0.019 0.005 0.002 0.008 0.023 0.243 0.267 0.021 0.009 0.012 97 L 0.002 0.001 0.013 0.002 0.001 0.001 0.015 0.352 0.607 0.004 0.001 0.001 0.003 98 I 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.644 0.333 0.001 0.001 0.001 0.001 99 I 0.009 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.057 0.649 0.264 0.001 0.001 0.001 0.009 100 K 0.006 0.001 0.022 0.003 0.001 0.001 0.018 0.246 0.681 0.003 0.001 0.017 0.003 101 P 0.007 0.012 0.300 0.008 0.004 0.002 0.024 0.061 0.407 0.043 0.013 0.007 0.113 102 L 0.003 0.010 0.589 0.024 0.016 0.007 0.004 0.004 0.071 0.148 0.075 0.031 0.018 103 T 0.001 0.007 0.259 0.007 0.028 0.016 0.001 0.001 0.025 0.268 0.360 0.008 0.020 104 G 0.001 0.008 0.133 0.002 0.045 0.025 0.001 0.001 0.004 0.284 0.485 0.005 0.008 105 E 0.003 0.026 0.411 0.005 0.075 0.075 0.001 0.001 0.007 0.236 0.108 0.021 0.032 106 D 0.014 0.057 0.332 0.011 0.069 0.103 0.003 0.001 0.018 0.133 0.052 0.046 0.161 107 I 0.037 0.038 0.280 0.016 0.058 0.119 0.005 0.001 0.020 0.069 0.068 0.092 0.197 108 V 0.039 0.031 0.316 0.025 0.040 0.092 0.005 0.002 0.024 0.058 0.051 0.133 0.183 109 T 0.026 0.021 0.354 0.014 0.047 0.087 0.003 0.001 0.013 0.079 0.076 0.092 0.187 110 E 0.013 0.012 0.316 0.020 0.088 0.091 0.002 0.001 0.007 0.084 0.200 0.050 0.118 111 R 0.008 0.009 0.178 0.035 0.111 0.084 0.001 0.001 0.009 0.142 0.339 0.055 0.030 112 K 0.013 0.013 0.262 0.019 0.055 0.049 0.002 0.001 0.016 0.132 0.317 0.031 0.088 113 M 0.024 0.021 0.541 0.023 0.022 0.019 0.005 0.002 0.036 0.112 0.026 0.070 0.098 114 K 0.039 0.019 0.274 0.017 0.010 0.022 0.023 0.005 0.062 0.061 0.016 0.338 0.115 115 L 0.102 0.035 0.107 0.016 0.019 0.020 0.051 0.033 0.081 0.018 0.017 0.039 0.461 116 V 0.094 0.023 0.188 0.056 0.013 0.022 0.034 0.032 0.075 0.036 0.020 0.347 0.060 117 N 0.054 0.014 0.313 0.011 0.026 0.013 0.011 0.013 0.062 0.065 0.043 0.059 0.317 118 Y 0.010 0.010 0.217 0.052 0.044 0.024 0.004 0.002 0.024 0.135 0.374 0.047 0.056 119 G 0.006 0.005 0.128 0.038 0.015 0.008 0.001 0.001 0.010 0.224 0.514 0.035 0.016 120 R 0.023 0.009 0.365 0.021 0.017 0.008 0.001 0.001 0.010 0.282 0.106 0.030 0.128 121 T 0.102 0.013 0.279 0.030 0.008 0.018 0.009 0.002 0.034 0.084 0.030 0.245 0.146 122 Y 0.332 0.007 0.046 0.017 0.003 0.016 0.047 0.008 0.026 0.008 0.010 0.081 0.398 123 F 0.609 0.002 0.018 0.028 0.001 0.012 0.051 0.008 0.016 0.002 0.003 0.144 0.105 124 Y 0.632 0.001 0.009 0.009 0.001 0.013 0.048 0.004 0.010 0.002 0.001 0.133 0.134 125 E 0.612 0.002 0.008 0.007 0.001 0.019 0.033 0.003 0.011 0.003 0.002 0.094 0.205 126 Y 0.483 0.005 0.020 0.023 0.002 0.039 0.016 0.002 0.015 0.007 0.005 0.161 0.221 127 I 0.171 0.004 0.077 0.041 0.013 0.075 0.007 0.001 0.011 0.017 0.026 0.140 0.416 128 A 0.042 0.003 0.090 0.047 0.096 0.305 0.003 0.001 0.008 0.030 0.167 0.056 0.154 129 E 0.024 0.004 0.059 0.020 0.202 0.359 0.002 0.001 0.005 0.041 0.169 0.051 0.064 130 V 0.029 0.013 0.105 0.012 0.151 0.296 0.003 0.001 0.006 0.073 0.137 0.048 0.126 131 R 0.017 0.017 0.317 0.010 0.050 0.165 0.002 0.001 0.009 0.112 0.135 0.093 0.073 132 S 0.007 0.019 0.528 0.006 0.025 0.081 0.001 0.001 0.011 0.125 0.100 0.034 0.062 133 R 0.003 0.011 0.662 0.005 0.022 0.045 0.001 0.001 0.007 0.120 0.063 0.027 0.035