# TARGET T0471 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0471.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.2214 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.026 0.031 0.068 0.044 0.006 0.034 0.024 0.005 0.004 0.002 0.070 0.107 0.525 0.012 0.008 0.033 2 W 0.008 0.019 0.033 0.028 0.005 0.109 0.023 0.008 0.002 0.002 0.042 0.085 0.596 0.011 0.017 0.012 3 N 0.005 0.029 0.025 0.024 0.001 0.028 0.004 0.006 0.003 0.002 0.140 0.057 0.649 0.001 0.009 0.017 4 D 0.005 0.006 0.005 0.008 0.001 0.045 0.003 0.001 0.002 0.001 0.059 0.203 0.655 0.002 0.001 0.006 5 L 0.002 0.002 0.005 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.075 0.787 0.001 0.002 0.001 6 A 0.001 0.004 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.085 0.894 0.001 0.001 0.002 7 V 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.001 0.002 8 Y 0.001 0.001 0.005 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.971 0.001 0.001 0.004 9 I 0.001 0.001 0.005 0.014 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.960 0.004 0.001 0.004 10 I 0.001 0.004 0.008 0.030 0.002 0.005 0.015 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.888 0.028 0.006 0.009 11 R 0.003 0.018 0.033 0.075 0.003 0.016 0.009 0.013 0.002 0.001 0.007 0.004 0.713 0.022 0.032 0.050 12 C 0.014 0.017 0.033 0.042 0.056 0.032 0.155 0.004 0.010 0.004 0.022 0.010 0.197 0.320 0.015 0.070 13 S 0.061 0.120 0.226 0.062 0.005 0.006 0.013 0.089 0.002 0.001 0.008 0.010 0.044 0.003 0.313 0.037 14 G 0.007 0.005 0.032 0.011 0.141 0.053 0.394 0.002 0.017 0.116 0.008 0.004 0.021 0.144 0.003 0.040 15 P 0.079 0.038 0.042 0.025 0.005 0.025 0.004 0.528 0.001 0.001 0.076 0.005 0.024 0.002 0.144 0.003 16 G 0.003 0.172 0.015 0.076 0.001 0.008 0.001 0.003 0.550 0.038 0.007 0.030 0.003 0.001 0.001 0.092 17 T 0.706 0.023 0.163 0.073 0.001 0.015 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.003 18 R 0.003 0.075 0.742 0.174 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 19 V 0.009 0.005 0.056 0.908 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 V 0.001 0.016 0.091 0.893 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 E 0.001 0.001 0.003 0.597 0.159 0.240 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 V 0.001 0.145 0.012 0.749 0.003 0.010 0.001 0.078 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 G 0.001 0.004 0.001 0.515 0.331 0.062 0.002 0.001 0.014 0.062 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 24 A 0.051 0.063 0.067 0.293 0.013 0.074 0.001 0.357 0.001 0.001 0.049 0.012 0.005 0.001 0.012 0.001 25 G 0.001 0.014 0.008 0.164 0.025 0.152 0.004 0.006 0.056 0.470 0.042 0.038 0.015 0.001 0.001 0.004 26 R 0.067 0.173 0.019 0.209 0.009 0.087 0.003 0.033 0.002 0.003 0.154 0.104 0.126 0.001 0.006 0.003 27 F 0.003 0.020 0.014 0.054 0.005 0.332 0.007 0.006 0.014 0.015 0.093 0.193 0.232 0.003 0.002 0.007 28 L 0.008 0.022 0.027 0.032 0.001 0.021 0.005 0.004 0.001 0.001 0.205 0.113 0.552 0.001 0.005 0.002 29 Y 0.001 0.003 0.003 0.009 0.001 0.039 0.005 0.001 0.001 0.001 0.038 0.182 0.716 0.002 0.001 0.002 30 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.025 0.916 0.001 0.001 0.001 31 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.071 0.919 0.001 0.001 0.001 32 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 33 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.973 0.003 0.001 0.015 34 I 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.945 0.018 0.005 0.008 35 R 0.001 0.004 0.024 0.004 0.001 0.002 0.026 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.817 0.046 0.033 0.033 36 K 0.008 0.015 0.025 0.014 0.007 0.011 0.076 0.004 0.004 0.001 0.011 0.010 0.447 0.141 0.051 0.174 37 H 0.029 0.008 0.030 0.004 0.013 0.014 0.281 0.008 0.004 0.002 0.015 0.011 0.166 0.277 0.088 0.051 38 S 0.022 0.046 0.045 0.013 0.002 0.014 0.013 0.139 0.006 0.004 0.035 0.012 0.136 0.007 0.467 0.038 39 K 0.019 0.195 0.055 0.051 0.001 0.001 0.003 0.001 0.171 0.002 0.002 0.004 0.004 0.003 0.002 0.487 40 V 0.613 0.003 0.303 0.062 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 41 D 0.001 0.031 0.873 0.093 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 L 0.003 0.001 0.005 0.986 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 V 0.001 0.010 0.078 0.905 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 L 0.001 0.001 0.002 0.835 0.050 0.110 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 T 0.001 0.143 0.008 0.793 0.007 0.029 0.001 0.016 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 D 0.002 0.018 0.002 0.718 0.056 0.171 0.001 0.003 0.011 0.008 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 47 I 0.012 0.243 0.095 0.597 0.004 0.008 0.001 0.018 0.002 0.001 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 48 K 0.004 0.015 0.047 0.679 0.032 0.164 0.002 0.003 0.010 0.026 0.003 0.009 0.003 0.001 0.001 0.002 49 P 0.025 0.045 0.067 0.313 0.078 0.247 0.004 0.032 0.001 0.001 0.149 0.007 0.025 0.002 0.002 0.002 50 S 0.002 0.140 0.006 0.136 0.234 0.123 0.018 0.055 0.019 0.010 0.115 0.100 0.009 0.025 0.004 0.003 51 H 0.009 0.082 0.031 0.058 0.157 0.030 0.144 0.151 0.019 0.009 0.053 0.042 0.017 0.094 0.095 0.009 52 G 0.022 0.054 0.171 0.077 0.003 0.020 0.007 0.170 0.079 0.032 0.023 0.025 0.032 0.002 0.149 0.135 53 G 0.267 0.019 0.125 0.102 0.003 0.024 0.005 0.002 0.145 0.059 0.025 0.021 0.029 0.002 0.003 0.171 54 I 0.329 0.067 0.346 0.167 0.003 0.020 0.003 0.003 0.002 0.001 0.010 0.020 0.015 0.001 0.002 0.010 55 V 0.009 0.066 0.254 0.413 0.021 0.169 0.009 0.005 0.002 0.003 0.008 0.015 0.015 0.002 0.001 0.006 56 R 0.008 0.073 0.089 0.514 0.010 0.183 0.004 0.018 0.003 0.002 0.051 0.011 0.026 0.001 0.003 0.005 57 D 0.008 0.150 0.052 0.409 0.006 0.167 0.003 0.008 0.014 0.006 0.057 0.076 0.034 0.001 0.001 0.007 58 D 0.036 0.053 0.047 0.124 0.013 0.318 0.008 0.006 0.005 0.003 0.145 0.120 0.112 0.002 0.002 0.007 59 I 0.015 0.089 0.079 0.094 0.027 0.080 0.015 0.011 0.003 0.001 0.321 0.139 0.097 0.013 0.009 0.008 60 T 0.007 0.262 0.138 0.143 0.003 0.020 0.017 0.011 0.007 0.002 0.021 0.213 0.084 0.003 0.040 0.031 61 S 0.018 0.012 0.120 0.057 0.012 0.250 0.046 0.006 0.009 0.007 0.017 0.023 0.342 0.008 0.011 0.062 62 P 0.040 0.037 0.040 0.073 0.003 0.051 0.004 0.024 0.004 0.001 0.462 0.025 0.197 0.011 0.011 0.016 63 R 0.016 0.343 0.042 0.155 0.001 0.022 0.006 0.005 0.039 0.002 0.024 0.245 0.054 0.006 0.014 0.027 64 M 0.038 0.014 0.424 0.275 0.001 0.011 0.006 0.002 0.002 0.001 0.011 0.012 0.156 0.001 0.014 0.032 65 E 0.014 0.016 0.487 0.235 0.006 0.077 0.006 0.001 0.001 0.001 0.007 0.012 0.106 0.002 0.001 0.028 66 I 0.010 0.030 0.067 0.501 0.038 0.090 0.012 0.007 0.001 0.001 0.047 0.012 0.171 0.004 0.003 0.008 67 Y 0.001 0.007 0.009 0.032 0.673 0.025 0.086 0.005 0.001 0.001 0.004 0.005 0.009 0.140 0.001 0.001 68 R 0.002 0.014 0.010 0.054 0.004 0.031 0.003 0.621 0.002 0.001 0.039 0.007 0.036 0.001 0.173 0.002 69 G 0.003 0.018 0.014 0.050 0.001 0.006 0.001 0.002 0.666 0.041 0.017 0.019 0.013 0.001 0.001 0.147 70 A 0.848 0.009 0.026 0.042 0.001 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.019 0.029 0.001 0.004 0.001 71 A 0.004 0.236 0.458 0.245 0.001 0.014 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.007 0.019 0.001 0.001 0.010 72 L 0.020 0.007 0.053 0.852 0.001 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 73 I 0.003 0.047 0.403 0.463 0.017 0.036 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.003 0.001 0.001 74 Y 0.001 0.030 0.011 0.919 0.007 0.011 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 75 S 0.001 0.020 0.059 0.832 0.026 0.021 0.003 0.003 0.006 0.001 0.002 0.002 0.005 0.002 0.001 0.014 76 I 0.039 0.035 0.095 0.721 0.012 0.053 0.003 0.014 0.003 0.002 0.003 0.002 0.004 0.001 0.006 0.007 77 R 0.004 0.154 0.163 0.613 0.006 0.031 0.001 0.003 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 78 P 0.021 0.048 0.014 0.175 0.009 0.702 0.001 0.002 0.001 0.006 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 79 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.751 0.001 0.001 0.001 0.001 0.235 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 80 A 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.815 0.172 0.005 0.001 0.001 0.001 81 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.951 0.037 0.001 0.002 0.003 82 I 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.961 0.001 0.003 0.010 83 H 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.967 0.002 0.001 0.006 84 S 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.009 0.948 0.002 0.002 0.004 85 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.033 0.945 0.001 0.001 0.002 86 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.017 0.959 0.001 0.001 0.001 87 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.974 0.001 0.002 0.001 88 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 89 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.984 0.005 0.001 0.001 90 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.963 0.006 0.009 0.002 91 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.936 0.007 0.014 0.030 92 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.069 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.880 0.001 0.022 93 V 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.003 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.931 0.002 94 G 0.001 0.005 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.947 95 A 0.980 0.002 0.002 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 R 0.004 0.257 0.684 0.048 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 L 0.005 0.003 0.023 0.958 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 I 0.001 0.011 0.213 0.771 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 I 0.001 0.002 0.005 0.989 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 K 0.001 0.004 0.010 0.849 0.038 0.094 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 P 0.001 0.014 0.002 0.250 0.109 0.552 0.001 0.025 0.002 0.002 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 L 0.001 0.133 0.001 0.061 0.564 0.028 0.013 0.024 0.006 0.003 0.117 0.035 0.001 0.011 0.001 0.001 103 T 0.005 0.039 0.009 0.048 0.004 0.026 0.002 0.546 0.005 0.005 0.011 0.040 0.004 0.001 0.254 0.002 104 G 0.007 0.021 0.053 0.027 0.004 0.019 0.005 0.002 0.330 0.153 0.046 0.012 0.024 0.003 0.001 0.295 105 E 0.787 0.042 0.029 0.049 0.001 0.008 0.001 0.004 0.002 0.001 0.016 0.034 0.017 0.001 0.007 0.003 106 D 0.012 0.038 0.586 0.106 0.002 0.111 0.004 0.002 0.006 0.003 0.014 0.035 0.044 0.002 0.002 0.034 107 I 0.036 0.070 0.182 0.472 0.007 0.084 0.009 0.003 0.002 0.001 0.034 0.018 0.066 0.001 0.003 0.011 108 V 0.004 0.115 0.146 0.497 0.033 0.056 0.023 0.006 0.002 0.001 0.015 0.028 0.057 0.004 0.002 0.008 109 T 0.007 0.031 0.066 0.238 0.170 0.231 0.049 0.029 0.004 0.003 0.035 0.016 0.086 0.022 0.007 0.007 110 E 0.011 0.090 0.063 0.149 0.041 0.107 0.021 0.139 0.026 0.007 0.188 0.043 0.055 0.016 0.027 0.018 111 R 0.045 0.124 0.051 0.187 0.007 0.062 0.011 0.064 0.084 0.030 0.074 0.119 0.051 0.005 0.053 0.033 112 K 0.097 0.154 0.233 0.253 0.004 0.013 0.007 0.005 0.064 0.004 0.013 0.019 0.020 0.004 0.007 0.102 113 M 0.115 0.026 0.388 0.418 0.001 0.016 0.002 0.003 0.003 0.001 0.002 0.004 0.007 0.001 0.003 0.010 114 K 0.009 0.024 0.468 0.446 0.005 0.028 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.006 115 L 0.008 0.014 0.026 0.807 0.058 0.064 0.002 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 116 V 0.001 0.056 0.059 0.715 0.056 0.045 0.003 0.043 0.001 0.002 0.006 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 117 N 0.001 0.004 0.003 0.045 0.844 0.033 0.034 0.005 0.004 0.005 0.006 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 118 Y 0.010 0.020 0.012 0.069 0.015 0.013 0.003 0.770 0.003 0.001 0.031 0.007 0.002 0.001 0.042 0.001 119 G 0.006 0.032 0.018 0.050 0.001 0.019 0.002 0.015 0.359 0.421 0.012 0.025 0.005 0.001 0.004 0.031 120 R 0.595 0.079 0.044 0.152 0.002 0.028 0.001 0.004 0.021 0.004 0.026 0.015 0.013 0.001 0.002 0.014 121 T 0.054 0.131 0.456 0.282 0.001 0.037 0.001 0.002 0.003 0.001 0.004 0.016 0.006 0.001 0.001 0.004 122 Y 0.011 0.041 0.311 0.555 0.001 0.065 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.002 123 F 0.002 0.025 0.090 0.863 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 124 Y 0.001 0.009 0.031 0.931 0.002 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 125 E 0.001 0.007 0.023 0.922 0.006 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 126 Y 0.001 0.022 0.010 0.833 0.013 0.093 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 127 I 0.002 0.067 0.012 0.534 0.011 0.250 0.002 0.012 0.003 0.002 0.040 0.023 0.039 0.001 0.002 0.001 128 A 0.004 0.068 0.016 0.345 0.009 0.175 0.003 0.015 0.007 0.003 0.155 0.054 0.134 0.002 0.004 0.006 129 E 0.015 0.107 0.047 0.258 0.010 0.070 0.008 0.008 0.010 0.002 0.086 0.130 0.211 0.008 0.006 0.024 130 V 0.019 0.060 0.124 0.143 0.009 0.060 0.029 0.008 0.006 0.002 0.037 0.070 0.360 0.014 0.024 0.034 131 R 0.011 0.064 0.197 0.105 0.016 0.062 0.044 0.014 0.005 0.003 0.032 0.029 0.323 0.020 0.025 0.052 132 S 0.026 0.054 0.078 0.097 0.041 0.116 0.072 0.024 0.012 0.006 0.064 0.035 0.240 0.060 0.027 0.050 133 R 0.042 0.085 0.117 0.119 0.013 0.053 0.031 0.062 0.017 0.006 0.106 0.054 0.152 0.019 0.075 0.048