# TARGET T0471 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0471.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.2214 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.089 0.586 0.007 0.005 0.005 0.005 0.026 0.012 0.004 0.028 0.233 2 W 0.064 0.656 0.006 0.003 0.005 0.005 0.019 0.012 0.004 0.031 0.194 3 N 0.020 0.753 0.004 0.002 0.004 0.005 0.023 0.004 0.002 0.037 0.147 4 D 0.013 0.863 0.004 0.002 0.002 0.003 0.011 0.005 0.002 0.040 0.055 5 L 0.015 0.909 0.005 0.002 0.002 0.002 0.007 0.003 0.002 0.026 0.027 6 A 0.012 0.906 0.005 0.002 0.003 0.004 0.006 0.003 0.002 0.027 0.031 7 V 0.022 0.697 0.018 0.009 0.012 0.016 0.017 0.007 0.006 0.097 0.100 8 Y 0.052 0.494 0.029 0.022 0.032 0.049 0.030 0.012 0.012 0.140 0.127 9 I 0.105 0.099 0.027 0.043 0.052 0.067 0.066 0.018 0.013 0.250 0.261 10 I 0.056 0.033 0.014 0.059 0.060 0.076 0.078 0.010 0.007 0.098 0.509 11 R 0.054 0.011 0.005 0.067 0.046 0.067 0.082 0.005 0.005 0.069 0.589 12 C 0.020 0.002 0.006 0.041 0.043 0.062 0.104 0.003 0.003 0.037 0.679 13 S 0.053 0.003 0.003 0.012 0.017 0.025 0.173 0.003 0.002 0.045 0.665 14 G 0.290 0.002 0.002 0.015 0.014 0.030 0.082 0.003 0.001 0.049 0.513 15 P 0.022 0.001 0.001 0.013 0.008 0.008 0.144 0.001 0.001 0.012 0.791 16 G 0.005 0.002 0.001 0.038 0.026 0.141 0.129 0.001 0.001 0.027 0.632 17 T 0.001 0.001 0.001 0.054 0.082 0.097 0.196 0.001 0.001 0.050 0.518 18 R 0.001 0.001 0.001 0.264 0.181 0.448 0.025 0.001 0.001 0.036 0.043 19 V 0.001 0.001 0.001 0.211 0.213 0.324 0.042 0.001 0.001 0.061 0.148 20 V 0.001 0.002 0.001 0.521 0.231 0.174 0.010 0.001 0.001 0.020 0.040 21 E 0.003 0.003 0.001 0.396 0.131 0.314 0.028 0.001 0.001 0.037 0.087 22 V 0.008 0.014 0.002 0.335 0.164 0.179 0.051 0.001 0.001 0.057 0.189 23 G 0.045 0.031 0.002 0.209 0.097 0.190 0.092 0.005 0.001 0.060 0.269 24 A 0.042 0.131 0.003 0.103 0.056 0.059 0.132 0.004 0.001 0.072 0.397 25 G 0.037 0.168 0.004 0.081 0.046 0.069 0.073 0.010 0.002 0.074 0.438 26 R 0.053 0.484 0.003 0.038 0.028 0.032 0.037 0.008 0.001 0.055 0.260 27 F 0.036 0.285 0.003 0.035 0.031 0.033 0.059 0.010 0.001 0.188 0.319 28 L 0.017 0.466 0.008 0.024 0.027 0.021 0.059 0.007 0.003 0.166 0.201 29 Y 0.021 0.889 0.004 0.004 0.004 0.004 0.007 0.004 0.002 0.016 0.044 30 V 0.064 0.848 0.003 0.002 0.003 0.003 0.005 0.009 0.002 0.016 0.047 31 S 0.037 0.836 0.005 0.002 0.003 0.004 0.009 0.006 0.003 0.031 0.064 32 D 0.064 0.690 0.013 0.004 0.005 0.008 0.023 0.010 0.007 0.075 0.101 33 Y 0.118 0.403 0.024 0.007 0.014 0.014 0.034 0.017 0.009 0.105 0.255 34 I 0.173 0.047 0.027 0.013 0.015 0.020 0.066 0.014 0.019 0.229 0.376 35 R 0.052 0.008 0.067 0.018 0.023 0.027 0.087 0.006 0.023 0.055 0.634 36 K 0.199 0.004 0.007 0.007 0.008 0.013 0.140 0.008 0.004 0.028 0.583 37 H 0.283 0.001 0.001 0.008 0.004 0.010 0.110 0.004 0.001 0.026 0.552 38 S 0.009 0.001 0.001 0.018 0.003 0.003 0.199 0.001 0.001 0.007 0.760 39 K 0.003 0.001 0.001 0.084 0.008 0.037 0.125 0.001 0.001 0.028 0.714 40 V 0.001 0.001 0.001 0.133 0.032 0.027 0.231 0.001 0.001 0.059 0.517 41 D 0.001 0.001 0.001 0.723 0.021 0.050 0.037 0.001 0.001 0.134 0.034 42 L 0.001 0.001 0.001 0.759 0.037 0.029 0.021 0.001 0.001 0.092 0.062 43 V 0.001 0.001 0.001 0.924 0.022 0.028 0.003 0.001 0.001 0.010 0.011 44 L 0.006 0.002 0.001 0.822 0.026 0.053 0.007 0.001 0.001 0.016 0.068 45 T 0.004 0.003 0.001 0.631 0.059 0.077 0.044 0.001 0.001 0.025 0.154 46 D 0.011 0.003 0.001 0.376 0.036 0.097 0.119 0.002 0.001 0.058 0.297 47 I 0.013 0.008 0.004 0.198 0.070 0.035 0.128 0.002 0.001 0.036 0.504 48 K 0.108 0.005 0.004 0.095 0.040 0.069 0.162 0.009 0.001 0.074 0.432 49 P 0.128 0.004 0.006 0.037 0.016 0.021 0.069 0.005 0.001 0.032 0.681 50 S 0.292 0.004 0.001 0.033 0.010 0.017 0.096 0.004 0.001 0.015 0.527 51 H 0.040 0.002 0.001 0.027 0.009 0.021 0.109 0.002 0.001 0.014 0.776 52 G 0.006 0.002 0.001 0.051 0.026 0.030 0.189 0.001 0.001 0.012 0.684 53 G 0.005 0.006 0.001 0.144 0.087 0.131 0.172 0.001 0.001 0.031 0.421 54 I 0.011 0.007 0.002 0.098 0.108 0.102 0.154 0.003 0.001 0.031 0.482 55 V 0.246 0.049 0.002 0.113 0.073 0.093 0.051 0.016 0.001 0.027 0.328 56 R 0.310 0.020 0.001 0.086 0.038 0.042 0.050 0.010 0.001 0.053 0.390 57 D 0.024 0.020 0.001 0.070 0.037 0.050 0.099 0.002 0.001 0.055 0.642 58 D 0.041 0.025 0.002 0.138 0.045 0.110 0.104 0.005 0.001 0.090 0.438 59 I 0.013 0.014 0.006 0.066 0.119 0.113 0.106 0.004 0.001 0.045 0.513 60 T 0.037 0.030 0.004 0.029 0.076 0.078 0.090 0.007 0.001 0.040 0.606 61 S 0.264 0.045 0.004 0.040 0.056 0.077 0.058 0.012 0.002 0.067 0.374 62 P 0.044 0.059 0.002 0.043 0.048 0.042 0.152 0.003 0.001 0.024 0.583 63 R 0.025 0.067 0.001 0.043 0.042 0.161 0.098 0.004 0.001 0.044 0.514 64 M 0.011 0.089 0.003 0.062 0.123 0.088 0.113 0.002 0.001 0.072 0.435 65 E 0.010 0.036 0.026 0.145 0.209 0.312 0.055 0.003 0.003 0.063 0.138 66 I 0.050 0.023 0.012 0.050 0.109 0.216 0.087 0.011 0.003 0.061 0.378 67 Y 0.295 0.031 0.009 0.085 0.077 0.086 0.053 0.015 0.004 0.053 0.292 68 R 0.045 0.017 0.003 0.119 0.064 0.056 0.108 0.003 0.001 0.036 0.548 69 G 0.006 0.018 0.002 0.102 0.030 0.104 0.133 0.002 0.001 0.056 0.545 70 A 0.004 0.015 0.002 0.168 0.123 0.113 0.149 0.001 0.001 0.100 0.323 71 A 0.002 0.005 0.002 0.380 0.139 0.201 0.061 0.001 0.001 0.126 0.082 72 L 0.003 0.004 0.001 0.484 0.112 0.211 0.039 0.001 0.001 0.053 0.091 73 I 0.006 0.002 0.001 0.540 0.131 0.186 0.016 0.001 0.001 0.040 0.077 74 Y 0.007 0.002 0.001 0.553 0.138 0.144 0.016 0.001 0.001 0.027 0.111 75 S 0.009 0.002 0.001 0.273 0.099 0.156 0.048 0.002 0.001 0.045 0.367 76 I 0.009 0.002 0.001 0.153 0.060 0.051 0.149 0.001 0.001 0.054 0.520 77 R 0.008 0.005 0.001 0.091 0.028 0.030 0.240 0.001 0.001 0.043 0.552 78 P 0.045 0.070 0.002 0.019 0.012 0.011 0.105 0.006 0.001 0.036 0.694 79 P 0.475 0.242 0.001 0.006 0.004 0.004 0.020 0.017 0.001 0.037 0.192 80 A 0.177 0.234 0.001 0.011 0.002 0.003 0.056 0.004 0.001 0.098 0.413 81 E 0.026 0.210 0.002 0.012 0.002 0.004 0.064 0.004 0.001 0.216 0.458 82 I 0.021 0.782 0.003 0.002 0.002 0.002 0.020 0.005 0.002 0.035 0.126 83 H 0.013 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.007 0.018 84 S 0.012 0.906 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.001 0.038 0.031 85 S 0.004 0.966 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 0.011 86 L 0.004 0.974 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 87 M 0.010 0.873 0.011 0.002 0.002 0.002 0.006 0.006 0.007 0.050 0.031 88 R 0.018 0.817 0.023 0.002 0.003 0.004 0.008 0.006 0.012 0.059 0.050 89 V 0.134 0.383 0.092 0.007 0.007 0.005 0.020 0.023 0.039 0.165 0.125 90 A 0.241 0.073 0.166 0.013 0.005 0.009 0.042 0.027 0.097 0.106 0.221 91 D 0.209 0.026 0.018 0.011 0.004 0.010 0.099 0.011 0.014 0.038 0.560 92 A 0.034 0.012 0.007 0.016 0.008 0.010 0.112 0.004 0.003 0.031 0.763 93 V 0.020 0.009 0.009 0.055 0.020 0.023 0.269 0.003 0.002 0.048 0.542 94 G 0.018 0.003 0.003 0.092 0.027 0.082 0.139 0.003 0.001 0.074 0.559 95 A 0.007 0.003 0.001 0.179 0.061 0.054 0.233 0.001 0.001 0.034 0.427 96 R 0.002 0.001 0.001 0.566 0.066 0.169 0.047 0.001 0.001 0.024 0.125 97 L 0.001 0.001 0.001 0.588 0.069 0.162 0.027 0.001 0.001 0.025 0.128 98 I 0.001 0.001 0.001 0.600 0.098 0.148 0.018 0.001 0.001 0.013 0.121 99 I 0.004 0.001 0.001 0.383 0.111 0.084 0.046 0.001 0.001 0.057 0.315 100 K 0.011 0.001 0.001 0.366 0.113 0.132 0.097 0.001 0.001 0.062 0.218 101 P 0.026 0.003 0.001 0.091 0.027 0.041 0.114 0.001 0.001 0.047 0.650 102 L 0.147 0.013 0.001 0.083 0.054 0.069 0.092 0.004 0.001 0.047 0.490 103 T 0.031 0.016 0.001 0.020 0.015 0.029 0.081 0.001 0.001 0.014 0.792 104 G 0.080 0.070 0.001 0.024 0.028 0.059 0.067 0.004 0.001 0.040 0.628 105 E 0.061 0.016 0.001 0.020 0.067 0.088 0.116 0.004 0.001 0.114 0.513 106 D 0.019 0.032 0.001 0.031 0.075 0.081 0.113 0.002 0.001 0.096 0.550 107 I 0.034 0.038 0.003 0.043 0.110 0.133 0.119 0.002 0.001 0.068 0.449 108 V 0.049 0.021 0.006 0.035 0.139 0.175 0.072 0.003 0.001 0.068 0.431 109 T 0.210 0.030 0.003 0.014 0.055 0.100 0.104 0.006 0.001 0.051 0.425 110 E 0.178 0.017 0.002 0.011 0.036 0.065 0.073 0.003 0.001 0.033 0.581 111 R 0.060 0.010 0.001 0.018 0.033 0.042 0.131 0.002 0.001 0.023 0.680 112 K 0.014 0.010 0.001 0.027 0.051 0.184 0.093 0.001 0.001 0.025 0.595 113 M 0.005 0.004 0.001 0.026 0.132 0.132 0.170 0.001 0.001 0.041 0.490 114 K 0.006 0.006 0.001 0.137 0.227 0.357 0.051 0.001 0.001 0.039 0.175 115 L 0.010 0.005 0.001 0.073 0.152 0.215 0.068 0.001 0.001 0.040 0.435 116 V 0.050 0.014 0.002 0.090 0.185 0.184 0.061 0.003 0.001 0.043 0.367 117 N 0.122 0.008 0.001 0.045 0.049 0.121 0.083 0.003 0.001 0.099 0.469 118 Y 0.031 0.012 0.001 0.034 0.034 0.038 0.114 0.001 0.001 0.057 0.677 119 G 0.016 0.022 0.001 0.039 0.049 0.092 0.118 0.001 0.001 0.037 0.624 120 R 0.011 0.040 0.001 0.036 0.085 0.176 0.106 0.002 0.001 0.051 0.492 121 T 0.010 0.044 0.001 0.067 0.210 0.286 0.074 0.002 0.001 0.060 0.246 122 Y 0.008 0.058 0.001 0.088 0.219 0.386 0.046 0.002 0.001 0.052 0.140 123 F 0.008 0.114 0.002 0.104 0.266 0.254 0.035 0.002 0.001 0.039 0.176 124 Y 0.013 0.151 0.002 0.086 0.228 0.326 0.027 0.002 0.001 0.045 0.118 125 E 0.020 0.212 0.004 0.047 0.173 0.234 0.043 0.004 0.001 0.075 0.187 126 Y 0.052 0.351 0.007 0.030 0.106 0.138 0.040 0.009 0.003 0.067 0.197 127 I 0.148 0.326 0.006 0.024 0.061 0.086 0.038 0.011 0.003 0.087 0.210 128 A 0.077 0.106 0.007 0.029 0.064 0.089 0.061 0.007 0.003 0.154 0.402 129 E 0.062 0.046 0.009 0.025 0.048 0.076 0.096 0.006 0.004 0.141 0.486 130 V 0.125 0.024 0.007 0.019 0.037 0.054 0.082 0.006 0.003 0.074 0.569 131 R 0.093 0.007 0.002 0.014 0.028 0.037 0.089 0.003 0.001 0.035 0.689 132 S 0.021 0.006 0.001 0.010 0.019 0.033 0.089 0.001 0.001 0.020 0.800 133 R 0.019 0.009 0.001 0.012 0.029 0.038 0.136 0.001 0.001 0.028 0.728