# TARGET T0471 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0471.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.2214 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.079 0.505 0.012 0.007 0.015 0.046 0.054 0.281 2 W 0.063 0.660 0.005 0.010 0.008 0.034 0.080 0.140 3 N 0.032 0.716 0.006 0.007 0.008 0.026 0.072 0.133 4 D 0.032 0.782 0.006 0.005 0.010 0.015 0.066 0.083 5 L 0.022 0.822 0.011 0.008 0.011 0.012 0.068 0.045 6 A 0.018 0.701 0.026 0.020 0.034 0.023 0.100 0.078 7 V 0.017 0.530 0.039 0.057 0.072 0.029 0.144 0.112 8 Y 0.039 0.403 0.093 0.072 0.155 0.026 0.127 0.085 9 I 0.065 0.103 0.123 0.125 0.125 0.055 0.246 0.159 10 I 0.047 0.037 0.086 0.132 0.175 0.073 0.117 0.334 11 R 0.054 0.007 0.061 0.054 0.143 0.107 0.045 0.528 12 C 0.013 0.002 0.047 0.073 0.078 0.122 0.038 0.626 13 S 0.058 0.002 0.019 0.016 0.023 0.112 0.035 0.736 14 G 0.411 0.004 0.007 0.012 0.012 0.062 0.043 0.449 15 P 0.018 0.001 0.008 0.003 0.009 0.113 0.009 0.840 16 G 0.007 0.003 0.017 0.022 0.042 0.154 0.021 0.735 17 T 0.002 0.002 0.023 0.061 0.112 0.127 0.034 0.638 18 R 0.002 0.005 0.330 0.272 0.247 0.025 0.070 0.048 19 V 0.002 0.002 0.140 0.209 0.272 0.042 0.037 0.296 20 V 0.001 0.002 0.505 0.253 0.176 0.011 0.022 0.031 21 E 0.009 0.005 0.277 0.190 0.301 0.033 0.045 0.140 22 V 0.024 0.014 0.292 0.162 0.160 0.051 0.075 0.222 23 G 0.088 0.078 0.168 0.063 0.107 0.082 0.112 0.302 24 A 0.079 0.099 0.075 0.048 0.048 0.103 0.062 0.485 25 G 0.056 0.168 0.062 0.023 0.043 0.103 0.107 0.438 26 R 0.058 0.388 0.043 0.016 0.026 0.069 0.108 0.291 27 F 0.069 0.367 0.018 0.010 0.015 0.049 0.271 0.200 28 L 0.018 0.490 0.031 0.020 0.010 0.047 0.217 0.168 29 Y 0.025 0.864 0.005 0.002 0.005 0.008 0.040 0.051 30 V 0.021 0.907 0.003 0.001 0.001 0.006 0.033 0.029 31 S 0.023 0.883 0.002 0.002 0.002 0.010 0.037 0.041 32 D 0.058 0.780 0.004 0.002 0.003 0.012 0.063 0.079 33 Y 0.152 0.370 0.017 0.004 0.003 0.036 0.140 0.276 34 I 0.365 0.078 0.011 0.004 0.003 0.058 0.174 0.306 35 R 0.032 0.008 0.020 0.002 0.002 0.080 0.035 0.821 36 K 0.046 0.001 0.004 0.001 0.001 0.043 0.005 0.899 37 H 0.404 0.003 0.003 0.001 0.001 0.036 0.010 0.543 38 S 0.006 0.001 0.029 0.001 0.001 0.070 0.006 0.888 39 K 0.003 0.001 0.074 0.001 0.002 0.104 0.018 0.797 40 V 0.001 0.001 0.200 0.008 0.006 0.091 0.014 0.679 41 D 0.001 0.001 0.917 0.007 0.013 0.012 0.008 0.043 42 L 0.001 0.001 0.911 0.010 0.017 0.007 0.010 0.044 43 V 0.001 0.001 0.976 0.005 0.005 0.002 0.003 0.009 44 L 0.002 0.001 0.916 0.011 0.019 0.007 0.008 0.036 45 T 0.007 0.001 0.773 0.029 0.060 0.019 0.016 0.094 46 D 0.020 0.002 0.280 0.038 0.071 0.094 0.032 0.463 47 I 0.017 0.001 0.220 0.053 0.095 0.109 0.030 0.475 48 K 0.092 0.005 0.061 0.049 0.068 0.137 0.084 0.505 49 P 0.088 0.001 0.017 0.018 0.018 0.109 0.035 0.714 50 S 0.293 0.005 0.021 0.016 0.025 0.086 0.045 0.508 51 H 0.068 0.003 0.007 0.008 0.015 0.094 0.018 0.787 52 G 0.005 0.002 0.014 0.021 0.037 0.115 0.016 0.790 53 G 0.010 0.008 0.039 0.156 0.202 0.096 0.050 0.438 54 I 0.013 0.004 0.043 0.138 0.169 0.062 0.025 0.545 55 V 0.062 0.010 0.119 0.177 0.211 0.062 0.040 0.319 56 R 0.063 0.005 0.060 0.071 0.119 0.088 0.065 0.527 57 D 0.043 0.008 0.093 0.097 0.113 0.079 0.049 0.520 58 D 0.195 0.007 0.041 0.031 0.080 0.084 0.057 0.504 59 I 0.011 0.003 0.063 0.052 0.049 0.166 0.037 0.618 60 T 0.026 0.009 0.020 0.014 0.024 0.125 0.019 0.763 61 S 0.387 0.036 0.011 0.021 0.015 0.085 0.074 0.371 62 P 0.042 0.026 0.005 0.007 0.008 0.096 0.018 0.797 63 R 0.040 0.119 0.016 0.016 0.031 0.101 0.075 0.602 64 M 0.046 0.144 0.013 0.042 0.046 0.079 0.052 0.578 65 E 0.057 0.122 0.096 0.181 0.100 0.050 0.197 0.197 66 I 0.091 0.023 0.024 0.061 0.069 0.051 0.033 0.648 67 Y 0.349 0.023 0.072 0.040 0.082 0.052 0.054 0.328 68 R 0.036 0.006 0.044 0.017 0.029 0.079 0.019 0.771 69 G 0.020 0.010 0.049 0.020 0.056 0.130 0.061 0.653 70 A 0.004 0.010 0.119 0.103 0.102 0.120 0.053 0.488 71 A 0.002 0.005 0.362 0.117 0.250 0.049 0.051 0.164 72 L 0.003 0.004 0.475 0.167 0.181 0.031 0.043 0.096 73 I 0.005 0.003 0.656 0.089 0.099 0.024 0.036 0.087 74 Y 0.012 0.004 0.643 0.069 0.079 0.035 0.054 0.106 75 S 0.016 0.008 0.351 0.048 0.120 0.064 0.052 0.341 76 I 0.010 0.003 0.183 0.054 0.070 0.131 0.036 0.511 77 R 0.013 0.008 0.109 0.036 0.059 0.185 0.057 0.535 78 P 0.043 0.065 0.031 0.009 0.013 0.122 0.052 0.664 79 P 0.279 0.425 0.004 0.002 0.002 0.032 0.123 0.133 80 A 0.155 0.441 0.004 0.001 0.002 0.035 0.161 0.201 81 E 0.014 0.272 0.017 0.002 0.004 0.061 0.293 0.337 82 I 0.014 0.804 0.007 0.001 0.003 0.022 0.055 0.094 83 H 0.023 0.900 0.001 0.001 0.001 0.007 0.038 0.028 84 S 0.010 0.808 0.002 0.002 0.001 0.014 0.096 0.067 85 S 0.006 0.924 0.002 0.001 0.002 0.004 0.041 0.022 86 L 0.008 0.928 0.004 0.001 0.001 0.004 0.040 0.013 87 M 0.008 0.834 0.007 0.006 0.003 0.008 0.100 0.034 88 R 0.037 0.814 0.008 0.004 0.005 0.010 0.054 0.068 89 V 0.117 0.549 0.043 0.007 0.007 0.024 0.105 0.149 90 A 0.248 0.061 0.093 0.013 0.007 0.056 0.281 0.240 91 D 0.289 0.030 0.007 0.002 0.002 0.038 0.040 0.593 92 A 0.036 0.004 0.020 0.002 0.003 0.100 0.018 0.817 93 V 0.035 0.010 0.033 0.006 0.007 0.124 0.020 0.766 94 G 0.025 0.004 0.021 0.008 0.012 0.133 0.031 0.765 95 A 0.004 0.003 0.239 0.038 0.062 0.115 0.052 0.487 96 R 0.002 0.002 0.582 0.067 0.163 0.028 0.050 0.106 97 L 0.001 0.001 0.680 0.064 0.073 0.027 0.018 0.137 98 I 0.002 0.001 0.665 0.122 0.128 0.017 0.017 0.050 99 I 0.010 0.001 0.252 0.095 0.101 0.059 0.032 0.450 100 K 0.018 0.003 0.404 0.100 0.119 0.056 0.080 0.220 101 P 0.068 0.004 0.047 0.027 0.040 0.105 0.028 0.682 102 L 0.086 0.012 0.057 0.046 0.070 0.114 0.075 0.538 103 T 0.083 0.020 0.018 0.025 0.038 0.107 0.029 0.681 104 G 0.149 0.040 0.013 0.029 0.056 0.094 0.057 0.563 105 E 0.046 0.025 0.022 0.062 0.076 0.123 0.104 0.541 106 D 0.044 0.028 0.022 0.085 0.160 0.095 0.072 0.493 107 I 0.055 0.019 0.026 0.087 0.132 0.104 0.074 0.505 108 V 0.087 0.009 0.022 0.098 0.094 0.098 0.068 0.524 109 T 0.171 0.012 0.012 0.039 0.052 0.076 0.051 0.585 110 E 0.198 0.008 0.008 0.019 0.030 0.068 0.023 0.646 111 R 0.059 0.011 0.016 0.028 0.071 0.099 0.030 0.688 112 K 0.016 0.008 0.019 0.072 0.125 0.114 0.036 0.609 113 M 0.011 0.005 0.019 0.091 0.136 0.085 0.031 0.622 114 K 0.013 0.008 0.098 0.279 0.330 0.048 0.053 0.172 115 L 0.016 0.002 0.056 0.126 0.145 0.076 0.037 0.542 116 V 0.048 0.004 0.127 0.169 0.182 0.066 0.074 0.330 117 N 0.261 0.003 0.028 0.025 0.046 0.067 0.049 0.521 118 Y 0.053 0.006 0.035 0.032 0.048 0.138 0.041 0.647 119 G 0.027 0.009 0.009 0.018 0.030 0.143 0.020 0.744 120 R 0.023 0.025 0.014 0.096 0.107 0.140 0.061 0.535 121 T 0.023 0.067 0.052 0.177 0.283 0.082 0.079 0.237 122 Y 0.014 0.061 0.060 0.157 0.343 0.059 0.070 0.236 123 F 0.005 0.075 0.082 0.298 0.321 0.035 0.076 0.108 124 Y 0.008 0.077 0.062 0.344 0.349 0.019 0.084 0.057 125 E 0.014 0.096 0.056 0.331 0.291 0.026 0.072 0.114 126 Y 0.059 0.157 0.050 0.173 0.264 0.041 0.079 0.178 127 I 0.128 0.190 0.031 0.150 0.158 0.048 0.099 0.196 128 A 0.084 0.048 0.030 0.074 0.129 0.075 0.141 0.421 129 E 0.046 0.035 0.044 0.087 0.116 0.089 0.119 0.464 130 V 0.194 0.014 0.025 0.039 0.058 0.075 0.079 0.516 131 R 0.153 0.009 0.014 0.025 0.029 0.086 0.041 0.643 132 S 0.035 0.005 0.010 0.010 0.021 0.102 0.018 0.799 133 R 0.028 0.006 0.012 0.021 0.035 0.121 0.028 0.749