# TARGET T0471 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0471.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.2214 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.124 0.115 0.047 0.083 0.079 0.071 0.128 0.110 0.104 0.086 0.054 2 W 0.035 0.036 0.026 0.086 0.117 0.143 0.206 0.126 0.109 0.071 0.045 3 N 0.489 0.154 0.131 0.118 0.051 0.023 0.017 0.008 0.005 0.002 0.001 4 D 0.047 0.062 0.045 0.168 0.176 0.150 0.172 0.090 0.049 0.026 0.016 5 L 0.003 0.006 0.006 0.013 0.022 0.025 0.067 0.124 0.212 0.250 0.270 6 A 0.012 0.019 0.034 0.101 0.169 0.197 0.227 0.110 0.070 0.045 0.016 7 V 0.024 0.053 0.366 0.251 0.127 0.082 0.048 0.021 0.014 0.009 0.004 8 Y 0.002 0.004 0.010 0.023 0.040 0.121 0.251 0.161 0.175 0.141 0.071 9 I 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.011 0.034 0.062 0.227 0.319 0.334 10 I 0.004 0.007 0.030 0.047 0.081 0.158 0.241 0.137 0.136 0.114 0.045 11 R 0.016 0.060 0.260 0.242 0.151 0.119 0.076 0.032 0.023 0.016 0.006 12 C 0.011 0.009 0.013 0.024 0.039 0.104 0.218 0.183 0.171 0.140 0.090 13 S 0.075 0.093 0.032 0.086 0.079 0.102 0.163 0.121 0.108 0.085 0.056 14 G 0.155 0.226 0.084 0.152 0.113 0.083 0.079 0.044 0.030 0.021 0.015 15 P 0.536 0.199 0.041 0.091 0.056 0.028 0.023 0.013 0.007 0.004 0.003 16 G 0.471 0.154 0.027 0.098 0.067 0.052 0.055 0.032 0.021 0.013 0.009 17 T 0.048 0.054 0.033 0.096 0.109 0.138 0.170 0.121 0.106 0.076 0.049 18 R 0.010 0.044 0.049 0.147 0.160 0.195 0.198 0.087 0.062 0.030 0.017 19 V 0.002 0.005 0.015 0.019 0.026 0.042 0.094 0.110 0.221 0.201 0.265 20 V 0.001 0.003 0.007 0.011 0.020 0.032 0.087 0.117 0.240 0.240 0.242 21 E 0.001 0.003 0.009 0.023 0.037 0.036 0.084 0.150 0.202 0.231 0.223 22 V 0.001 0.001 0.004 0.007 0.013 0.019 0.048 0.142 0.195 0.280 0.290 23 G 0.003 0.006 0.013 0.032 0.053 0.058 0.137 0.219 0.198 0.165 0.116 24 A 0.002 0.002 0.009 0.015 0.024 0.022 0.072 0.181 0.217 0.221 0.235 25 G 0.011 0.015 0.033 0.071 0.089 0.109 0.157 0.136 0.159 0.132 0.090 26 R 0.030 0.070 0.073 0.142 0.146 0.128 0.169 0.098 0.077 0.043 0.023 27 F 0.015 0.025 0.031 0.072 0.105 0.118 0.193 0.151 0.126 0.096 0.068 28 L 0.047 0.030 0.052 0.089 0.100 0.118 0.193 0.120 0.104 0.088 0.060 29 Y 0.072 0.111 0.099 0.210 0.168 0.131 0.113 0.044 0.027 0.015 0.008 30 V 0.002 0.006 0.008 0.010 0.017 0.028 0.072 0.092 0.219 0.252 0.293 31 S 0.003 0.004 0.006 0.025 0.065 0.120 0.219 0.148 0.172 0.127 0.114 32 D 0.243 0.111 0.349 0.178 0.072 0.022 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 33 Y 0.007 0.009 0.024 0.063 0.087 0.236 0.318 0.114 0.078 0.044 0.020 34 I 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.007 0.026 0.057 0.202 0.315 0.384 35 R 0.022 0.032 0.087 0.143 0.197 0.180 0.195 0.078 0.036 0.023 0.007 36 K 0.008 0.108 0.545 0.232 0.071 0.024 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 37 H 0.024 0.024 0.018 0.039 0.074 0.139 0.233 0.192 0.096 0.095 0.068 38 S 0.443 0.226 0.041 0.096 0.062 0.039 0.041 0.028 0.014 0.007 0.003 39 K 0.478 0.167 0.064 0.133 0.068 0.037 0.029 0.013 0.006 0.003 0.002 40 V 0.022 0.012 0.019 0.021 0.029 0.048 0.116 0.104 0.210 0.213 0.207 41 D 0.044 0.182 0.061 0.261 0.196 0.111 0.085 0.031 0.018 0.007 0.005 42 L 0.001 0.001 0.004 0.003 0.007 0.013 0.030 0.064 0.192 0.254 0.431 43 V 0.003 0.012 0.015 0.070 0.129 0.136 0.207 0.173 0.116 0.077 0.061 44 L 0.001 0.001 0.005 0.011 0.017 0.028 0.063 0.123 0.227 0.277 0.248 45 T 0.003 0.003 0.008 0.015 0.026 0.047 0.104 0.147 0.216 0.221 0.210 46 D 0.005 0.010 0.017 0.058 0.070 0.072 0.152 0.169 0.186 0.159 0.102 47 I 0.003 0.003 0.006 0.008 0.013 0.026 0.058 0.098 0.230 0.262 0.293 48 K 0.062 0.101 0.061 0.190 0.175 0.118 0.126 0.069 0.051 0.026 0.021 49 P 0.033 0.032 0.032 0.069 0.084 0.079 0.148 0.163 0.136 0.112 0.114 50 S 0.212 0.203 0.061 0.150 0.117 0.077 0.072 0.042 0.030 0.020 0.015 51 H 0.292 0.193 0.045 0.139 0.089 0.066 0.071 0.042 0.030 0.020 0.013 52 G 0.276 0.118 0.040 0.110 0.093 0.081 0.090 0.063 0.055 0.042 0.032 53 G 0.197 0.189 0.055 0.174 0.117 0.086 0.083 0.041 0.029 0.017 0.011 54 I 0.019 0.021 0.018 0.040 0.049 0.067 0.110 0.123 0.194 0.187 0.170 55 V 0.024 0.039 0.028 0.092 0.112 0.114 0.159 0.137 0.129 0.096 0.069 56 R 0.031 0.048 0.051 0.141 0.138 0.132 0.154 0.108 0.094 0.067 0.035 57 D 0.013 0.012 0.020 0.044 0.060 0.104 0.165 0.149 0.172 0.160 0.098 58 D 0.011 0.023 0.021 0.074 0.083 0.109 0.187 0.165 0.151 0.119 0.059 59 I 0.006 0.008 0.011 0.020 0.028 0.042 0.085 0.111 0.222 0.253 0.214 60 T 0.022 0.021 0.027 0.059 0.081 0.111 0.192 0.149 0.152 0.112 0.073 61 S 0.060 0.127 0.101 0.210 0.151 0.116 0.100 0.051 0.041 0.028 0.015 62 P 0.025 0.022 0.016 0.039 0.070 0.087 0.167 0.189 0.155 0.127 0.102 63 R 0.184 0.241 0.075 0.186 0.104 0.071 0.058 0.033 0.024 0.017 0.007 64 M 0.040 0.025 0.024 0.076 0.090 0.141 0.218 0.139 0.122 0.081 0.044 65 E 0.227 0.267 0.117 0.212 0.097 0.041 0.021 0.009 0.005 0.002 0.002 66 I 0.006 0.006 0.010 0.017 0.030 0.037 0.089 0.122 0.202 0.191 0.290 67 Y 0.006 0.012 0.016 0.038 0.067 0.104 0.158 0.141 0.147 0.172 0.140 68 R 0.032 0.089 0.151 0.230 0.181 0.131 0.099 0.040 0.028 0.014 0.006 69 G 0.136 0.123 0.096 0.206 0.144 0.097 0.102 0.050 0.023 0.014 0.009 70 A 0.004 0.004 0.005 0.012 0.018 0.039 0.097 0.106 0.236 0.253 0.226 71 A 0.067 0.116 0.062 0.209 0.168 0.108 0.120 0.070 0.046 0.024 0.012 72 L 0.001 0.003 0.009 0.015 0.026 0.057 0.113 0.123 0.218 0.207 0.228 73 I 0.001 0.002 0.005 0.007 0.014 0.023 0.059 0.101 0.190 0.234 0.365 74 Y 0.001 0.002 0.007 0.015 0.027 0.049 0.123 0.151 0.252 0.237 0.137 75 S 0.001 0.002 0.010 0.015 0.023 0.031 0.080 0.144 0.217 0.229 0.246 76 I 0.002 0.003 0.007 0.013 0.019 0.039 0.082 0.110 0.231 0.260 0.234 77 R 0.016 0.025 0.031 0.081 0.114 0.122 0.202 0.167 0.117 0.074 0.051 78 P 0.017 0.035 0.045 0.082 0.103 0.089 0.154 0.194 0.124 0.093 0.063 79 P 0.052 0.057 0.045 0.101 0.094 0.109 0.171 0.120 0.114 0.082 0.055 80 A 0.339 0.122 0.092 0.142 0.095 0.067 0.073 0.031 0.021 0.010 0.008 81 E 0.115 0.122 0.088 0.203 0.173 0.107 0.098 0.047 0.023 0.013 0.009 82 I 0.008 0.019 0.022 0.027 0.042 0.041 0.106 0.143 0.188 0.210 0.192 83 H 0.021 0.030 0.042 0.096 0.143 0.179 0.233 0.110 0.074 0.050 0.022 84 S 0.123 0.107 0.400 0.227 0.076 0.034 0.017 0.007 0.005 0.003 0.001 85 S 0.021 0.042 0.042 0.131 0.180 0.190 0.218 0.104 0.042 0.020 0.010 86 L 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.009 0.035 0.092 0.219 0.292 0.339 87 M 0.007 0.007 0.041 0.079 0.152 0.215 0.254 0.122 0.068 0.039 0.016 88 R 0.015 0.052 0.571 0.221 0.088 0.032 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 89 V 0.001 0.001 0.006 0.006 0.016 0.029 0.103 0.136 0.216 0.203 0.284 90 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.019 0.064 0.103 0.216 0.299 0.282 91 D 0.020 0.065 0.400 0.249 0.146 0.064 0.037 0.011 0.006 0.003 0.001 92 A 0.010 0.039 0.187 0.205 0.204 0.175 0.110 0.039 0.015 0.010 0.006 93 V 0.005 0.005 0.006 0.007 0.011 0.036 0.109 0.129 0.235 0.244 0.214 94 G 0.232 0.232 0.048 0.227 0.130 0.050 0.042 0.021 0.010 0.004 0.003 95 A 0.002 0.001 0.006 0.004 0.008 0.017 0.052 0.082 0.207 0.244 0.375 96 R 0.039 0.112 0.109 0.303 0.244 0.111 0.052 0.016 0.008 0.003 0.003 97 L 0.002 0.002 0.010 0.008 0.015 0.030 0.087 0.136 0.228 0.218 0.263 98 I 0.005 0.013 0.024 0.074 0.106 0.109 0.159 0.148 0.154 0.109 0.099 99 I 0.001 0.001 0.003 0.004 0.006 0.012 0.041 0.072 0.221 0.311 0.327 100 K 0.017 0.063 0.113 0.244 0.221 0.144 0.078 0.048 0.034 0.021 0.016 101 P 0.022 0.021 0.036 0.061 0.090 0.081 0.183 0.220 0.127 0.090 0.070 102 L 0.013 0.013 0.016 0.035 0.044 0.055 0.110 0.171 0.177 0.186 0.181 103 T 0.167 0.169 0.077 0.155 0.112 0.077 0.092 0.053 0.050 0.028 0.018 104 G 0.246 0.119 0.067 0.156 0.114 0.076 0.086 0.052 0.042 0.025 0.017 105 E 0.106 0.080 0.049 0.128 0.125 0.115 0.160 0.095 0.070 0.045 0.029 106 D 0.196 0.159 0.090 0.172 0.125 0.082 0.082 0.044 0.025 0.016 0.008 107 I 0.042 0.031 0.034 0.074 0.090 0.124 0.181 0.145 0.126 0.093 0.059 108 V 0.045 0.060 0.042 0.080 0.081 0.099 0.171 0.127 0.124 0.113 0.057 109 T 0.080 0.157 0.108 0.207 0.147 0.102 0.098 0.045 0.032 0.018 0.009 110 E 0.441 0.204 0.088 0.129 0.064 0.030 0.021 0.011 0.006 0.004 0.002 111 R 0.249 0.146 0.051 0.125 0.097 0.091 0.103 0.062 0.039 0.025 0.012 112 K 0.238 0.212 0.062 0.202 0.123 0.059 0.047 0.029 0.015 0.008 0.004 113 M 0.036 0.019 0.028 0.039 0.055 0.102 0.168 0.147 0.164 0.152 0.089 114 K 0.035 0.141 0.159 0.295 0.169 0.097 0.056 0.024 0.014 0.007 0.003 115 L 0.008 0.010 0.019 0.028 0.040 0.074 0.142 0.150 0.199 0.192 0.138 116 V 0.030 0.027 0.037 0.082 0.108 0.131 0.175 0.140 0.123 0.088 0.060 117 N 0.086 0.144 0.141 0.190 0.118 0.091 0.096 0.053 0.040 0.028 0.013 118 Y 0.026 0.024 0.025 0.068 0.092 0.126 0.189 0.150 0.128 0.104 0.068 119 G 0.340 0.240 0.059 0.123 0.067 0.046 0.050 0.031 0.023 0.015 0.007 120 R 0.089 0.086 0.051 0.170 0.149 0.130 0.134 0.083 0.056 0.035 0.018 121 T 0.115 0.092 0.067 0.135 0.128 0.126 0.128 0.086 0.058 0.042 0.021 122 Y 0.020 0.033 0.030 0.091 0.101 0.161 0.220 0.137 0.107 0.070 0.031 123 F 0.008 0.012 0.021 0.030 0.038 0.072 0.129 0.129 0.204 0.202 0.154 124 Y 0.007 0.009 0.018 0.035 0.054 0.093 0.183 0.150 0.193 0.157 0.101 125 E 0.055 0.067 0.132 0.202 0.167 0.114 0.116 0.063 0.044 0.027 0.013 126 Y 0.023 0.019 0.039 0.059 0.082 0.130 0.232 0.155 0.124 0.089 0.047 127 I 0.041 0.081 0.079 0.165 0.133 0.125 0.155 0.093 0.066 0.044 0.019 128 A 0.072 0.067 0.087 0.123 0.116 0.137 0.182 0.096 0.063 0.040 0.018 129 E 0.192 0.189 0.213 0.206 0.099 0.045 0.029 0.014 0.007 0.004 0.002 130 V 0.096 0.085 0.093 0.118 0.109 0.114 0.159 0.099 0.063 0.044 0.021 131 R 0.108 0.132 0.107 0.152 0.127 0.110 0.115 0.068 0.042 0.027 0.013 132 S 0.189 0.228 0.190 0.163 0.089 0.055 0.043 0.021 0.012 0.006 0.003 133 R 0.267 0.141 0.126 0.157 0.113 0.066 0.062 0.035 0.017 0.009 0.005