# TARGET T0471 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0471.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.2214 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.137 0.140 0.010 0.020 0.016 0.030 0.141 0.003 0.001 0.004 0.498 2 W 0.052 0.166 0.005 0.017 0.013 0.032 0.077 0.003 0.001 0.002 0.633 3 N 0.064 0.119 0.004 0.013 0.011 0.024 0.082 0.003 0.001 0.002 0.678 4 D 0.118 0.187 0.005 0.006 0.004 0.007 0.112 0.003 0.001 0.002 0.556 5 L 0.086 0.464 0.015 0.011 0.006 0.010 0.082 0.003 0.001 0.002 0.320 6 A 0.023 0.638 0.007 0.011 0.013 0.024 0.077 0.003 0.001 0.001 0.204 7 V 0.021 0.721 0.004 0.009 0.008 0.012 0.044 0.003 0.001 0.001 0.178 8 Y 0.015 0.906 0.002 0.006 0.004 0.005 0.009 0.003 0.001 0.001 0.049 9 I 0.007 0.949 0.002 0.003 0.003 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 0.022 10 I 0.014 0.886 0.004 0.010 0.014 0.026 0.004 0.010 0.001 0.001 0.034 11 R 0.041 0.781 0.007 0.011 0.020 0.035 0.005 0.036 0.001 0.001 0.064 12 C 0.117 0.570 0.031 0.008 0.026 0.042 0.008 0.070 0.001 0.002 0.125 13 S 0.187 0.149 0.098 0.010 0.023 0.078 0.029 0.072 0.001 0.002 0.352 14 G 0.120 0.032 0.044 0.017 0.032 0.035 0.082 0.016 0.001 0.002 0.618 15 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 16 G 0.059 0.001 0.005 0.036 0.012 0.023 0.163 0.001 0.001 0.002 0.699 17 T 0.697 0.001 0.017 0.027 0.012 0.010 0.041 0.001 0.001 0.018 0.177 18 R 0.066 0.001 0.002 0.200 0.267 0.222 0.090 0.001 0.001 0.003 0.149 19 V 0.003 0.001 0.001 0.283 0.070 0.165 0.048 0.001 0.001 0.001 0.430 20 V 0.001 0.001 0.001 0.764 0.082 0.126 0.004 0.001 0.001 0.001 0.022 21 E 0.001 0.001 0.001 0.628 0.068 0.114 0.018 0.001 0.001 0.001 0.171 22 V 0.001 0.001 0.001 0.722 0.082 0.108 0.013 0.001 0.001 0.001 0.073 23 G 0.002 0.001 0.001 0.523 0.094 0.132 0.053 0.001 0.001 0.002 0.193 24 A 0.003 0.001 0.001 0.142 0.057 0.104 0.088 0.001 0.001 0.003 0.601 25 G 0.010 0.004 0.001 0.118 0.054 0.088 0.220 0.001 0.001 0.005 0.500 26 R 0.018 0.004 0.001 0.033 0.019 0.032 0.204 0.001 0.001 0.010 0.679 27 F 0.055 0.015 0.002 0.030 0.016 0.033 0.145 0.001 0.001 0.007 0.697 28 L 0.067 0.037 0.003 0.025 0.017 0.044 0.128 0.001 0.001 0.006 0.672 29 Y 0.072 0.106 0.003 0.016 0.013 0.025 0.157 0.002 0.001 0.006 0.601 30 V 0.097 0.304 0.004 0.009 0.009 0.023 0.079 0.003 0.001 0.003 0.468 31 S 0.094 0.390 0.003 0.009 0.008 0.032 0.044 0.004 0.001 0.002 0.413 32 D 0.075 0.356 0.003 0.006 0.002 0.005 0.057 0.003 0.001 0.001 0.492 33 Y 0.119 0.605 0.003 0.003 0.001 0.002 0.037 0.006 0.001 0.001 0.224 34 I 0.103 0.737 0.004 0.001 0.002 0.004 0.008 0.009 0.001 0.001 0.132 35 R 0.063 0.712 0.006 0.002 0.003 0.007 0.009 0.025 0.001 0.001 0.173 36 K 0.177 0.618 0.009 0.002 0.002 0.004 0.010 0.062 0.001 0.001 0.114 37 H 0.317 0.518 0.012 0.003 0.003 0.004 0.005 0.060 0.001 0.001 0.077 38 S 0.103 0.362 0.052 0.016 0.012 0.009 0.039 0.065 0.001 0.003 0.340 39 K 0.180 0.044 0.096 0.031 0.020 0.036 0.081 0.024 0.001 0.023 0.464 40 V 0.243 0.009 0.105 0.257 0.029 0.025 0.102 0.003 0.001 0.015 0.211 41 D 0.017 0.002 0.003 0.544 0.105 0.080 0.086 0.001 0.001 0.003 0.160 42 L 0.004 0.001 0.003 0.679 0.062 0.083 0.030 0.001 0.001 0.001 0.138 43 V 0.001 0.001 0.001 0.951 0.012 0.022 0.005 0.001 0.001 0.001 0.009 44 L 0.001 0.001 0.001 0.814 0.036 0.071 0.011 0.001 0.001 0.001 0.065 45 T 0.001 0.001 0.001 0.882 0.044 0.039 0.008 0.001 0.001 0.001 0.024 46 D 0.004 0.002 0.001 0.549 0.071 0.140 0.042 0.001 0.001 0.004 0.186 47 I 0.009 0.004 0.005 0.359 0.047 0.132 0.122 0.001 0.001 0.006 0.315 48 K 0.008 0.002 0.001 0.082 0.069 0.078 0.411 0.001 0.001 0.006 0.342 49 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.991 50 S 0.025 0.004 0.003 0.044 0.044 0.151 0.104 0.001 0.001 0.003 0.623 51 H 0.185 0.010 0.003 0.028 0.013 0.021 0.100 0.001 0.001 0.011 0.628 52 G 0.197 0.022 0.002 0.042 0.020 0.025 0.056 0.001 0.001 0.008 0.627 53 G 0.269 0.009 0.008 0.061 0.061 0.068 0.089 0.002 0.001 0.018 0.415 54 I 0.154 0.014 0.010 0.089 0.046 0.040 0.126 0.002 0.001 0.006 0.513 55 V 0.021 0.011 0.004 0.147 0.095 0.181 0.070 0.001 0.001 0.002 0.469 56 R 0.009 0.010 0.002 0.183 0.092 0.230 0.075 0.001 0.001 0.003 0.396 57 D 0.040 0.018 0.002 0.112 0.123 0.233 0.053 0.001 0.001 0.008 0.410 58 D 0.127 0.024 0.003 0.091 0.049 0.118 0.092 0.002 0.001 0.008 0.487 59 I 0.100 0.060 0.011 0.103 0.039 0.093 0.194 0.003 0.001 0.010 0.389 60 T 0.083 0.048 0.007 0.042 0.024 0.066 0.327 0.006 0.001 0.015 0.382 61 S 0.290 0.051 0.019 0.023 0.040 0.031 0.080 0.007 0.001 0.012 0.447 62 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.992 63 R 0.016 0.009 0.003 0.022 0.013 0.030 0.388 0.001 0.001 0.002 0.517 64 M 0.306 0.065 0.006 0.023 0.029 0.042 0.116 0.002 0.001 0.027 0.384 65 E 0.046 0.155 0.004 0.029 0.041 0.047 0.251 0.002 0.001 0.003 0.423 66 I 0.047 0.146 0.009 0.028 0.026 0.052 0.113 0.003 0.001 0.002 0.575 67 Y 0.046 0.496 0.004 0.051 0.031 0.083 0.040 0.006 0.001 0.002 0.241 68 R 0.063 0.474 0.007 0.047 0.026 0.046 0.045 0.010 0.001 0.003 0.280 69 G 0.285 0.207 0.011 0.049 0.021 0.035 0.044 0.018 0.001 0.003 0.326 70 A 0.211 0.218 0.123 0.128 0.043 0.038 0.027 0.010 0.001 0.003 0.200 71 A 0.022 0.076 0.007 0.116 0.259 0.318 0.043 0.004 0.001 0.002 0.153 72 L 0.016 0.056 0.010 0.275 0.124 0.200 0.073 0.003 0.001 0.002 0.240 73 I 0.009 0.048 0.004 0.643 0.077 0.158 0.012 0.001 0.001 0.001 0.048 74 Y 0.007 0.049 0.003 0.560 0.107 0.131 0.020 0.002 0.001 0.001 0.120 75 S 0.013 0.047 0.005 0.640 0.095 0.102 0.013 0.004 0.001 0.001 0.081 76 I 0.024 0.034 0.012 0.611 0.045 0.101 0.016 0.006 0.001 0.003 0.147 77 R 0.051 0.036 0.018 0.178 0.142 0.222 0.079 0.007 0.001 0.005 0.261 78 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.984 79 P 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.022 0.006 0.001 0.001 0.001 0.965 80 A 0.020 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.044 0.001 0.001 0.001 0.922 81 E 0.323 0.012 0.001 0.004 0.001 0.001 0.101 0.001 0.001 0.002 0.555 82 I 0.646 0.109 0.003 0.002 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 0.002 0.198 83 H 0.159 0.414 0.006 0.004 0.004 0.008 0.056 0.005 0.001 0.001 0.343 84 S 0.018 0.270 0.001 0.002 0.001 0.002 0.027 0.002 0.001 0.001 0.675 85 S 0.038 0.478 0.001 0.002 0.001 0.002 0.053 0.003 0.001 0.001 0.421 86 L 0.042 0.818 0.002 0.001 0.001 0.001 0.035 0.003 0.001 0.001 0.097 87 M 0.005 0.948 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.031 88 R 0.004 0.932 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.052 89 V 0.013 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.039 90 A 0.021 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.022 91 D 0.024 0.901 0.011 0.001 0.001 0.001 0.003 0.029 0.001 0.001 0.030 92 A 0.116 0.760 0.014 0.002 0.001 0.001 0.002 0.048 0.001 0.001 0.056 93 V 0.171 0.605 0.046 0.012 0.004 0.004 0.008 0.065 0.001 0.001 0.084 94 G 0.298 0.117 0.025 0.027 0.045 0.059 0.029 0.092 0.001 0.003 0.305 95 A 0.047 0.028 0.438 0.152 0.020 0.020 0.035 0.007 0.001 0.004 0.249 96 R 0.021 0.006 0.009 0.438 0.141 0.166 0.055 0.002 0.001 0.003 0.159 97 L 0.012 0.003 0.004 0.393 0.057 0.058 0.078 0.001 0.001 0.002 0.392 98 I 0.002 0.001 0.001 0.870 0.042 0.051 0.007 0.001 0.001 0.001 0.026 99 I 0.001 0.001 0.001 0.572 0.045 0.092 0.029 0.001 0.001 0.001 0.257 100 K 0.002 0.001 0.001 0.521 0.207 0.137 0.028 0.001 0.001 0.001 0.101 101 P 0.001 0.001 0.001 0.032 0.011 0.033 0.008 0.001 0.001 0.001 0.916 102 L 0.006 0.001 0.001 0.118 0.142 0.344 0.100 0.001 0.001 0.003 0.286 103 T 0.024 0.002 0.001 0.036 0.015 0.024 0.214 0.001 0.001 0.013 0.672 104 G 0.099 0.006 0.003 0.032 0.017 0.026 0.135 0.001 0.001 0.021 0.661 105 E 0.068 0.006 0.003 0.016 0.010 0.017 0.338 0.001 0.001 0.016 0.524 106 D 0.083 0.007 0.001 0.013 0.016 0.019 0.220 0.001 0.001 0.008 0.632 107 I 0.126 0.042 0.005 0.023 0.053 0.091 0.093 0.002 0.001 0.006 0.560 108 V 0.050 0.114 0.007 0.038 0.086 0.164 0.143 0.004 0.001 0.005 0.390 109 T 0.063 0.101 0.006 0.030 0.103 0.185 0.113 0.006 0.001 0.005 0.387 110 E 0.062 0.077 0.006 0.022 0.062 0.105 0.055 0.004 0.001 0.005 0.601 111 R 0.084 0.041 0.008 0.018 0.050 0.074 0.179 0.003 0.001 0.010 0.532 112 K 0.205 0.020 0.009 0.021 0.020 0.025 0.168 0.003 0.001 0.012 0.517 113 M 0.304 0.040 0.052 0.044 0.069 0.085 0.066 0.003 0.001 0.011 0.328 114 K 0.038 0.017 0.006 0.076 0.208 0.163 0.105 0.002 0.001 0.004 0.380 115 L 0.013 0.004 0.003 0.029 0.088 0.188 0.019 0.001 0.001 0.001 0.654 116 V 0.010 0.005 0.002 0.128 0.230 0.461 0.023 0.001 0.001 0.001 0.139 117 N 0.009 0.003 0.001 0.057 0.142 0.229 0.057 0.001 0.001 0.002 0.498 118 Y 0.034 0.008 0.005 0.093 0.094 0.201 0.048 0.001 0.001 0.007 0.511 119 G 0.078 0.004 0.006 0.049 0.049 0.110 0.268 0.001 0.001 0.030 0.405 120 R 0.279 0.002 0.007 0.031 0.025 0.027 0.174 0.001 0.001 0.021 0.434 121 T 0.118 0.006 0.007 0.041 0.135 0.125 0.101 0.001 0.001 0.008 0.458 122 Y 0.022 0.005 0.003 0.055 0.217 0.231 0.108 0.001 0.001 0.002 0.358 123 F 0.009 0.011 0.001 0.059 0.264 0.480 0.033 0.001 0.001 0.001 0.141 124 Y 0.004 0.010 0.001 0.078 0.331 0.468 0.028 0.001 0.001 0.001 0.079 125 E 0.004 0.016 0.001 0.063 0.296 0.365 0.034 0.001 0.001 0.001 0.221 126 Y 0.005 0.022 0.001 0.034 0.276 0.449 0.032 0.001 0.001 0.001 0.181 127 I 0.008 0.049 0.001 0.029 0.205 0.505 0.043 0.001 0.001 0.001 0.158 128 A 0.019 0.133 0.002 0.019 0.115 0.270 0.063 0.002 0.001 0.003 0.376 129 E 0.097 0.191 0.004 0.015 0.066 0.142 0.081 0.005 0.001 0.005 0.394 130 V 0.273 0.338 0.011 0.009 0.026 0.045 0.046 0.011 0.001 0.006 0.236 131 R 0.164 0.406 0.014 0.010 0.031 0.052 0.051 0.017 0.001 0.004 0.251 132 S 0.137 0.237 0.018 0.010 0.027 0.044 0.049 0.018 0.001 0.004 0.458 133 R 0.181 0.162 0.019 0.012 0.025 0.042 0.044 0.015 0.001 0.005 0.496