# TARGET T0471 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0471.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.2214 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.373 0.193 0.200 0.088 0.059 0.034 0.023 0.003 0.024 0.003 0.001 2 W 0.617 0.067 0.149 0.097 0.016 0.025 0.013 0.002 0.011 0.003 0.001 3 N 0.785 0.018 0.057 0.079 0.015 0.009 0.022 0.006 0.003 0.005 0.001 4 D 0.869 0.014 0.036 0.049 0.008 0.014 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 5 L 0.978 0.003 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 A 0.993 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 V 0.995 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 Y 0.988 0.004 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 I 0.973 0.010 0.006 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 10 I 0.950 0.015 0.011 0.015 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 11 R 0.801 0.030 0.021 0.118 0.011 0.004 0.007 0.001 0.005 0.001 0.001 12 C 0.463 0.070 0.071 0.305 0.013 0.019 0.033 0.003 0.021 0.001 0.002 13 S 0.263 0.094 0.210 0.284 0.015 0.017 0.079 0.006 0.025 0.004 0.003 14 G 0.035 0.054 0.334 0.015 0.095 0.023 0.045 0.021 0.121 0.256 0.003 15 P 0.208 0.007 0.649 0.052 0.004 0.007 0.008 0.001 0.002 0.006 0.056 16 G 0.025 0.009 0.044 0.026 0.044 0.008 0.086 0.699 0.003 0.056 0.001 17 T 0.051 0.302 0.487 0.072 0.040 0.021 0.012 0.003 0.011 0.001 0.001 18 R 0.042 0.486 0.321 0.032 0.051 0.038 0.012 0.001 0.015 0.001 0.001 19 V 0.008 0.681 0.225 0.009 0.022 0.043 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 20 V 0.016 0.773 0.128 0.007 0.040 0.027 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 21 E 0.009 0.622 0.231 0.006 0.031 0.076 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 22 V 0.040 0.634 0.189 0.031 0.019 0.045 0.008 0.001 0.034 0.001 0.001 23 G 0.053 0.081 0.108 0.023 0.397 0.031 0.029 0.051 0.021 0.204 0.002 24 A 0.179 0.251 0.286 0.109 0.089 0.019 0.031 0.003 0.025 0.005 0.003 25 G 0.155 0.067 0.158 0.058 0.294 0.033 0.036 0.094 0.011 0.093 0.003 26 R 0.313 0.236 0.189 0.113 0.071 0.040 0.013 0.003 0.019 0.002 0.001 27 F 0.554 0.133 0.175 0.035 0.014 0.056 0.016 0.001 0.013 0.001 0.001 28 L 0.902 0.030 0.038 0.016 0.003 0.005 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 29 Y 0.855 0.038 0.050 0.019 0.010 0.019 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 30 V 0.970 0.009 0.005 0.010 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 S 0.992 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 D 0.990 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 Y 0.955 0.001 0.002 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 I 0.973 0.002 0.005 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 R 0.953 0.008 0.014 0.012 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 36 K 0.872 0.010 0.011 0.096 0.002 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 37 H 0.546 0.075 0.108 0.197 0.007 0.012 0.021 0.003 0.030 0.001 0.001 38 S 0.536 0.017 0.065 0.240 0.009 0.005 0.103 0.011 0.006 0.005 0.002 39 K 0.006 0.006 0.008 0.092 0.007 0.007 0.811 0.060 0.001 0.001 0.001 40 V 0.006 0.329 0.582 0.011 0.028 0.033 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 41 D 0.028 0.208 0.548 0.072 0.006 0.117 0.010 0.001 0.009 0.001 0.002 42 L 0.004 0.801 0.106 0.007 0.036 0.033 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 43 V 0.016 0.797 0.076 0.003 0.067 0.029 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 44 L 0.008 0.481 0.347 0.008 0.076 0.058 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 45 T 0.019 0.749 0.088 0.018 0.069 0.028 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 46 D 0.018 0.315 0.321 0.021 0.117 0.100 0.049 0.002 0.049 0.005 0.004 47 I 0.071 0.484 0.275 0.045 0.032 0.048 0.016 0.001 0.024 0.001 0.002 48 K 0.006 0.271 0.370 0.001 0.044 0.028 0.002 0.001 0.274 0.004 0.001 49 P 0.075 0.001 0.818 0.006 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.003 0.070 50 S 0.527 0.068 0.158 0.145 0.013 0.021 0.019 0.024 0.016 0.006 0.004 51 H 0.143 0.111 0.141 0.415 0.041 0.016 0.076 0.011 0.039 0.007 0.002 52 G 0.061 0.048 0.184 0.091 0.129 0.010 0.192 0.151 0.018 0.109 0.007 53 G 0.057 0.062 0.209 0.040 0.175 0.024 0.102 0.230 0.009 0.086 0.007 54 I 0.028 0.418 0.431 0.031 0.033 0.040 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 55 V 0.044 0.437 0.359 0.030 0.028 0.077 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 56 R 0.099 0.399 0.296 0.050 0.044 0.072 0.009 0.001 0.026 0.002 0.001 57 D 0.151 0.189 0.288 0.089 0.101 0.103 0.027 0.009 0.026 0.013 0.003 58 D 0.328 0.154 0.157 0.192 0.064 0.042 0.028 0.007 0.023 0.004 0.002 59 I 0.330 0.250 0.177 0.160 0.026 0.030 0.012 0.001 0.014 0.001 0.001 60 T 0.145 0.195 0.108 0.469 0.029 0.027 0.010 0.001 0.014 0.001 0.001 61 S 0.019 0.171 0.300 0.009 0.062 0.024 0.026 0.001 0.382 0.005 0.001 62 P 0.713 0.004 0.238 0.018 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 63 R 0.419 0.048 0.099 0.313 0.019 0.022 0.054 0.016 0.009 0.001 0.001 64 M 0.324 0.224 0.262 0.087 0.034 0.017 0.031 0.002 0.016 0.001 0.001 65 E 0.230 0.372 0.281 0.019 0.033 0.042 0.007 0.001 0.013 0.001 0.001 66 I 0.333 0.370 0.184 0.021 0.004 0.071 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 67 Y 0.394 0.289 0.146 0.054 0.042 0.042 0.005 0.001 0.024 0.002 0.001 68 R 0.326 0.252 0.143 0.149 0.056 0.010 0.033 0.001 0.027 0.002 0.001 69 G 0.052 0.024 0.054 0.028 0.158 0.019 0.209 0.375 0.007 0.074 0.001 70 A 0.136 0.373 0.358 0.045 0.050 0.023 0.005 0.002 0.008 0.001 0.001 71 A 0.225 0.463 0.216 0.022 0.025 0.032 0.008 0.001 0.008 0.001 0.001 72 L 0.107 0.732 0.076 0.014 0.037 0.022 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 73 I 0.102 0.716 0.074 0.014 0.071 0.010 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 74 Y 0.027 0.663 0.101 0.041 0.131 0.010 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 75 S 0.022 0.692 0.080 0.018 0.132 0.011 0.010 0.001 0.033 0.001 0.001 76 I 0.013 0.747 0.133 0.028 0.025 0.023 0.016 0.001 0.014 0.001 0.001 77 R 0.003 0.437 0.312 0.001 0.042 0.026 0.006 0.001 0.169 0.001 0.001 78 P 0.003 0.001 0.955 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.005 0.003 0.009 79 P 0.121 0.002 0.808 0.015 0.002 0.034 0.001 0.001 0.006 0.003 0.007 80 A 0.839 0.003 0.119 0.030 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 81 E 0.835 0.032 0.075 0.038 0.002 0.010 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 82 I 0.762 0.028 0.040 0.141 0.006 0.020 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 83 H 0.949 0.008 0.015 0.019 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 84 S 0.993 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 S 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 L 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 M 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 R 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 A 0.995 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 D 0.953 0.002 0.002 0.039 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 92 A 0.911 0.006 0.007 0.066 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 93 V 0.610 0.025 0.046 0.297 0.001 0.004 0.014 0.001 0.004 0.001 0.001 94 G 0.035 0.007 0.016 0.045 0.040 0.007 0.558 0.260 0.003 0.029 0.001 95 A 0.030 0.286 0.431 0.050 0.167 0.017 0.005 0.002 0.009 0.002 0.001 96 R 0.105 0.260 0.381 0.126 0.026 0.067 0.013 0.002 0.013 0.001 0.006 97 L 0.004 0.795 0.106 0.010 0.057 0.010 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 98 I 0.010 0.815 0.097 0.003 0.033 0.029 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 99 I 0.006 0.612 0.271 0.005 0.013 0.074 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 100 K 0.003 0.463 0.230 0.001 0.038 0.070 0.001 0.001 0.193 0.001 0.001 101 P 0.049 0.003 0.850 0.004 0.003 0.035 0.001 0.001 0.001 0.004 0.051 102 L 0.264 0.216 0.194 0.179 0.017 0.049 0.021 0.006 0.049 0.002 0.002 103 T 0.113 0.168 0.222 0.272 0.065 0.011 0.103 0.007 0.029 0.008 0.002 104 G 0.009 0.007 0.043 0.010 0.088 0.009 0.062 0.480 0.004 0.287 0.001 105 E 0.167 0.225 0.426 0.108 0.028 0.024 0.007 0.002 0.010 0.001 0.003 106 D 0.150 0.256 0.345 0.098 0.040 0.063 0.015 0.003 0.027 0.002 0.002 107 I 0.291 0.273 0.298 0.052 0.033 0.033 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 108 V 0.202 0.394 0.223 0.080 0.039 0.035 0.006 0.001 0.019 0.001 0.001 109 T 0.115 0.452 0.221 0.044 0.085 0.032 0.005 0.001 0.043 0.001 0.001 110 E 0.251 0.180 0.291 0.108 0.030 0.060 0.036 0.004 0.029 0.005 0.006 111 R 0.300 0.123 0.137 0.200 0.091 0.022 0.070 0.025 0.019 0.013 0.001 112 K 0.219 0.147 0.169 0.227 0.033 0.028 0.145 0.009 0.019 0.002 0.002 113 M 0.059 0.379 0.372 0.061 0.052 0.028 0.028 0.002 0.017 0.001 0.001 114 K 0.096 0.404 0.372 0.021 0.039 0.039 0.008 0.001 0.017 0.001 0.001 115 L 0.039 0.431 0.349 0.021 0.017 0.120 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 116 V 0.077 0.675 0.139 0.017 0.046 0.030 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 117 N 0.059 0.195 0.354 0.041 0.057 0.203 0.025 0.005 0.047 0.011 0.004 118 Y 0.135 0.291 0.199 0.175 0.060 0.031 0.053 0.004 0.045 0.005 0.002 119 G 0.044 0.025 0.064 0.035 0.176 0.008 0.095 0.254 0.008 0.290 0.002 120 R 0.126 0.174 0.305 0.135 0.111 0.035 0.066 0.023 0.014 0.009 0.002 121 T 0.147 0.445 0.241 0.054 0.067 0.020 0.010 0.001 0.011 0.001 0.001 122 Y 0.107 0.532 0.237 0.025 0.059 0.024 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 123 F 0.104 0.667 0.109 0.025 0.050 0.028 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 124 Y 0.044 0.711 0.109 0.008 0.091 0.020 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 125 E 0.128 0.654 0.124 0.010 0.022 0.038 0.005 0.001 0.018 0.001 0.001 126 Y 0.166 0.423 0.216 0.035 0.054 0.066 0.007 0.001 0.031 0.001 0.001 127 I 0.413 0.265 0.182 0.051 0.018 0.030 0.008 0.001 0.030 0.001 0.001 128 A 0.674 0.075 0.126 0.060 0.023 0.014 0.014 0.002 0.008 0.003 0.001 129 E 0.618 0.099 0.102 0.115 0.023 0.016 0.013 0.002 0.010 0.001 0.001 130 V 0.494 0.159 0.140 0.151 0.017 0.015 0.009 0.001 0.014 0.001 0.001 131 R 0.357 0.205 0.220 0.107 0.028 0.025 0.029 0.004 0.022 0.003 0.001 132 S 0.285 0.148 0.220 0.157 0.061 0.037 0.047 0.014 0.018 0.009 0.002 133 R 0.222 0.239 0.264 0.114 0.065 0.030 0.028 0.009 0.024 0.005 0.002