# TARGET T0471 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0471.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.2214 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.066 0.084 0.029 0.009 0.078 0.011 0.033 0.396 0.123 0.137 0.035 2 W 0.039 0.093 0.032 0.017 0.068 0.018 0.034 0.482 0.129 0.062 0.024 3 N 0.012 0.035 0.027 0.014 0.024 0.019 0.041 0.676 0.107 0.034 0.010 4 D 0.017 0.030 0.011 0.002 0.023 0.004 0.013 0.738 0.103 0.049 0.009 5 L 0.006 0.006 0.003 0.001 0.006 0.001 0.002 0.782 0.164 0.025 0.004 6 A 0.002 0.005 0.002 0.001 0.004 0.002 0.003 0.914 0.062 0.004 0.001 7 V 0.004 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.937 0.035 0.004 0.001 8 Y 0.008 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.017 0.931 0.025 0.004 0.001 9 I 0.007 0.003 0.001 0.001 0.007 0.002 0.010 0.837 0.110 0.020 0.003 10 I 0.008 0.011 0.003 0.003 0.018 0.007 0.022 0.660 0.237 0.025 0.005 11 R 0.023 0.041 0.019 0.007 0.048 0.011 0.097 0.494 0.151 0.096 0.013 12 C 0.079 0.112 0.048 0.009 0.135 0.013 0.113 0.191 0.104 0.162 0.035 13 S 0.100 0.164 0.089 0.053 0.132 0.024 0.054 0.077 0.074 0.168 0.064 14 G 0.035 0.107 0.360 0.298 0.049 0.025 0.013 0.035 0.035 0.024 0.019 15 P 0.005 0.068 0.064 0.054 0.015 0.074 0.502 0.127 0.069 0.016 0.005 16 G 0.038 0.016 0.021 0.020 0.019 0.013 0.019 0.018 0.029 0.632 0.173 17 T 0.088 0.411 0.013 0.004 0.407 0.006 0.007 0.009 0.010 0.020 0.025 18 R 0.143 0.157 0.021 0.003 0.611 0.010 0.014 0.010 0.005 0.007 0.020 19 V 0.473 0.028 0.002 0.001 0.456 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.029 20 V 0.108 0.138 0.007 0.001 0.722 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.011 21 E 0.396 0.042 0.011 0.001 0.473 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.069 22 V 0.220 0.138 0.025 0.035 0.317 0.032 0.029 0.022 0.018 0.059 0.105 23 G 0.113 0.147 0.178 0.120 0.198 0.052 0.031 0.027 0.023 0.041 0.070 24 A 0.099 0.095 0.036 0.047 0.109 0.059 0.070 0.131 0.102 0.185 0.066 25 G 0.040 0.112 0.132 0.189 0.086 0.078 0.036 0.089 0.069 0.110 0.059 26 R 0.068 0.160 0.066 0.026 0.110 0.030 0.044 0.233 0.097 0.123 0.042 27 F 0.063 0.097 0.032 0.011 0.100 0.008 0.015 0.416 0.127 0.092 0.038 28 L 0.016 0.046 0.019 0.008 0.032 0.014 0.022 0.724 0.096 0.015 0.008 29 Y 0.024 0.065 0.020 0.002 0.026 0.003 0.011 0.764 0.053 0.022 0.010 30 V 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.855 0.107 0.025 0.001 31 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.937 0.054 0.002 0.001 32 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.973 0.020 0.001 0.001 33 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.970 0.022 0.003 0.001 34 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.876 0.109 0.008 0.001 35 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.801 0.166 0.017 0.001 36 K 0.002 0.004 0.006 0.001 0.004 0.004 0.116 0.752 0.065 0.045 0.001 37 H 0.046 0.266 0.146 0.023 0.071 0.033 0.094 0.158 0.068 0.071 0.024 38 S 0.027 0.295 0.233 0.135 0.042 0.043 0.057 0.033 0.033 0.055 0.048 39 K 0.083 0.010 0.017 0.021 0.018 0.013 0.014 0.020 0.030 0.482 0.291 40 V 0.071 0.443 0.033 0.006 0.342 0.014 0.024 0.014 0.015 0.018 0.020 41 D 0.226 0.128 0.016 0.005 0.516 0.016 0.026 0.011 0.007 0.013 0.034 42 L 0.335 0.077 0.004 0.002 0.541 0.002 0.002 0.003 0.002 0.007 0.025 43 V 0.118 0.125 0.007 0.001 0.730 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.010 44 L 0.468 0.038 0.006 0.002 0.417 0.002 0.002 0.002 0.002 0.006 0.057 45 T 0.157 0.218 0.031 0.014 0.458 0.025 0.017 0.008 0.009 0.012 0.052 46 D 0.246 0.129 0.042 0.009 0.435 0.010 0.014 0.012 0.012 0.025 0.066 47 I 0.182 0.248 0.053 0.014 0.318 0.010 0.023 0.025 0.030 0.046 0.050 48 K 0.049 0.318 0.326 0.025 0.189 0.009 0.012 0.016 0.015 0.011 0.031 49 P 0.112 0.289 0.146 0.023 0.178 0.014 0.038 0.078 0.061 0.028 0.035 50 S 0.059 0.130 0.105 0.044 0.086 0.062 0.137 0.148 0.098 0.089 0.042 51 H 0.044 0.144 0.118 0.123 0.062 0.086 0.088 0.098 0.075 0.122 0.040 52 G 0.023 0.124 0.146 0.239 0.042 0.065 0.076 0.075 0.058 0.118 0.034 53 G 0.050 0.115 0.186 0.117 0.065 0.026 0.020 0.055 0.055 0.232 0.079 54 I 0.105 0.306 0.062 0.006 0.312 0.008 0.019 0.067 0.043 0.033 0.039 55 V 0.140 0.289 0.057 0.007 0.300 0.012 0.024 0.065 0.025 0.029 0.051 56 R 0.173 0.161 0.060 0.024 0.227 0.021 0.025 0.105 0.058 0.073 0.072 57 D 0.075 0.119 0.056 0.043 0.155 0.062 0.066 0.189 0.126 0.073 0.034 58 D 0.152 0.079 0.028 0.012 0.208 0.016 0.034 0.185 0.123 0.117 0.046 59 I 0.065 0.042 0.015 0.009 0.088 0.010 0.029 0.259 0.295 0.156 0.031 60 T 0.044 0.111 0.057 0.036 0.093 0.047 0.090 0.180 0.136 0.168 0.037 61 S 0.223 0.136 0.075 0.017 0.282 0.008 0.012 0.068 0.043 0.060 0.075 62 P 0.027 0.150 0.040 0.011 0.096 0.034 0.120 0.296 0.182 0.033 0.011 63 R 0.175 0.052 0.020 0.008 0.136 0.016 0.049 0.120 0.077 0.254 0.092 64 M 0.110 0.238 0.009 0.003 0.475 0.005 0.007 0.055 0.046 0.025 0.027 65 E 0.176 0.102 0.019 0.006 0.506 0.011 0.021 0.079 0.027 0.019 0.033 66 I 0.381 0.064 0.017 0.007 0.291 0.006 0.020 0.081 0.028 0.042 0.064 67 Y 0.160 0.069 0.037 0.051 0.200 0.068 0.052 0.172 0.058 0.058 0.074 68 R 0.019 0.090 0.074 0.153 0.035 0.120 0.121 0.239 0.079 0.052 0.018 69 G 0.058 0.026 0.039 0.068 0.048 0.020 0.016 0.102 0.073 0.383 0.166 70 A 0.112 0.232 0.014 0.006 0.449 0.009 0.012 0.091 0.038 0.018 0.020 71 A 0.174 0.116 0.015 0.009 0.484 0.014 0.050 0.091 0.020 0.009 0.018 72 L 0.558 0.024 0.003 0.007 0.331 0.002 0.014 0.025 0.006 0.011 0.020 73 I 0.290 0.077 0.005 0.006 0.546 0.009 0.022 0.016 0.006 0.006 0.017 74 Y 0.234 0.105 0.032 0.004 0.498 0.007 0.007 0.009 0.006 0.009 0.089 75 S 0.189 0.220 0.028 0.010 0.400 0.009 0.013 0.020 0.021 0.024 0.066 76 I 0.105 0.224 0.108 0.020 0.221 0.022 0.066 0.041 0.052 0.064 0.076 77 R 0.042 0.380 0.352 0.015 0.104 0.005 0.018 0.017 0.012 0.023 0.032 78 P 0.009 0.387 0.520 0.019 0.022 0.003 0.006 0.009 0.007 0.011 0.008 79 P 0.032 0.517 0.171 0.013 0.114 0.004 0.010 0.074 0.048 0.008 0.008 80 A 0.003 0.014 0.006 0.002 0.006 0.008 0.024 0.499 0.424 0.011 0.003 81 E 0.003 0.010 0.006 0.002 0.006 0.004 0.050 0.661 0.188 0.065 0.005 82 I 0.015 0.020 0.009 0.002 0.014 0.005 0.010 0.444 0.132 0.336 0.012 83 H 0.014 0.062 0.018 0.007 0.025 0.010 0.020 0.705 0.100 0.029 0.010 84 S 0.007 0.022 0.015 0.003 0.013 0.005 0.012 0.818 0.086 0.015 0.005 85 S 0.005 0.014 0.006 0.001 0.006 0.001 0.009 0.857 0.074 0.024 0.002 86 L 0.006 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.916 0.051 0.013 0.002 87 M 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.912 0.069 0.002 0.001 88 R 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.966 0.013 0.002 0.001 89 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.825 0.137 0.027 0.001 90 A 0.002 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.009 0.833 0.137 0.005 0.001 91 D 0.001 0.005 0.005 0.002 0.005 0.009 0.032 0.711 0.183 0.047 0.002 92 A 0.042 0.009 0.013 0.006 0.016 0.007 0.227 0.466 0.077 0.121 0.015 93 V 0.011 0.775 0.078 0.009 0.082 0.006 0.015 0.010 0.006 0.004 0.005 94 G 0.109 0.007 0.008 0.022 0.020 0.021 0.014 0.024 0.031 0.383 0.362 95 A 0.072 0.371 0.026 0.007 0.448 0.009 0.012 0.015 0.013 0.012 0.013 96 R 0.303 0.059 0.006 0.005 0.505 0.016 0.040 0.011 0.007 0.016 0.030 97 L 0.291 0.071 0.003 0.001 0.607 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.017 98 I 0.175 0.076 0.006 0.001 0.714 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.020 99 I 0.254 0.140 0.032 0.003 0.494 0.003 0.003 0.003 0.003 0.005 0.060 100 K 0.104 0.338 0.163 0.016 0.314 0.005 0.006 0.006 0.006 0.006 0.035 101 P 0.142 0.300 0.160 0.006 0.250 0.006 0.024 0.025 0.024 0.013 0.050 102 L 0.111 0.187 0.097 0.048 0.144 0.051 0.092 0.078 0.066 0.071 0.054 103 T 0.015 0.144 0.141 0.217 0.032 0.120 0.178 0.053 0.037 0.046 0.017 104 G 0.034 0.046 0.084 0.171 0.032 0.056 0.027 0.051 0.053 0.359 0.087 105 E 0.093 0.256 0.063 0.024 0.229 0.027 0.033 0.094 0.077 0.074 0.029 106 D 0.162 0.172 0.046 0.011 0.311 0.017 0.020 0.077 0.054 0.065 0.064 107 I 0.196 0.162 0.032 0.007 0.367 0.008 0.017 0.084 0.041 0.036 0.049 108 V 0.185 0.140 0.057 0.021 0.247 0.028 0.039 0.110 0.043 0.069 0.062 109 T 0.103 0.224 0.157 0.033 0.208 0.026 0.035 0.092 0.039 0.040 0.044 110 E 0.129 0.072 0.039 0.040 0.112 0.054 0.068 0.196 0.119 0.111 0.062 111 R 0.035 0.192 0.108 0.068 0.087 0.078 0.097 0.133 0.096 0.080 0.026 112 K 0.185 0.067 0.030 0.019 0.168 0.020 0.039 0.097 0.071 0.213 0.092 113 M 0.204 0.209 0.019 0.006 0.434 0.009 0.009 0.029 0.018 0.025 0.039 114 K 0.122 0.229 0.040 0.004 0.520 0.009 0.015 0.023 0.008 0.004 0.026 115 L 0.419 0.067 0.011 0.003 0.392 0.003 0.006 0.024 0.010 0.015 0.049 116 V 0.163 0.156 0.034 0.014 0.410 0.026 0.041 0.065 0.028 0.023 0.040 117 N 0.313 0.067 0.048 0.028 0.244 0.029 0.034 0.061 0.028 0.044 0.103 118 Y 0.050 0.164 0.097 0.161 0.088 0.124 0.067 0.056 0.050 0.098 0.046 119 G 0.021 0.043 0.086 0.394 0.024 0.097 0.043 0.032 0.038 0.163 0.059 120 R 0.099 0.110 0.056 0.041 0.111 0.034 0.041 0.085 0.093 0.252 0.078 121 T 0.137 0.257 0.021 0.008 0.392 0.016 0.024 0.043 0.029 0.035 0.038 122 Y 0.261 0.121 0.018 0.007 0.483 0.010 0.012 0.030 0.014 0.013 0.032 123 F 0.266 0.104 0.021 0.008 0.468 0.012 0.015 0.039 0.015 0.015 0.038 124 Y 0.207 0.137 0.026 0.007 0.491 0.009 0.009 0.046 0.014 0.012 0.044 125 E 0.204 0.191 0.027 0.004 0.399 0.006 0.019 0.081 0.015 0.013 0.041 126 Y 0.212 0.184 0.046 0.008 0.260 0.008 0.022 0.119 0.028 0.038 0.074 127 I 0.119 0.191 0.042 0.015 0.220 0.016 0.024 0.237 0.073 0.027 0.034 128 A 0.039 0.051 0.024 0.016 0.058 0.026 0.056 0.496 0.179 0.038 0.018 129 E 0.045 0.050 0.022 0.010 0.061 0.014 0.089 0.450 0.145 0.092 0.022 130 V 0.082 0.112 0.037 0.015 0.120 0.019 0.053 0.277 0.112 0.130 0.045 131 R 0.067 0.154 0.064 0.029 0.114 0.033 0.056 0.240 0.106 0.086 0.051 132 S 0.071 0.133 0.064 0.023 0.111 0.026 0.053 0.254 0.117 0.103 0.044 133 R 0.066 0.139 0.055 0.018 0.118 0.023 0.050 0.249 0.135 0.110 0.036