# TARGET T0471 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0471.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.2214 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.350 0.191 0.177 0.129 0.105 0.042 0.005 2 W 0.189 0.179 0.225 0.280 0.091 0.033 0.003 3 N 0.725 0.176 0.081 0.013 0.003 0.002 0.001 4 D 0.151 0.249 0.280 0.177 0.102 0.036 0.005 5 L 0.035 0.054 0.065 0.153 0.277 0.332 0.084 6 A 0.049 0.154 0.227 0.287 0.175 0.087 0.021 7 V 0.081 0.209 0.300 0.224 0.118 0.054 0.014 8 Y 0.009 0.033 0.090 0.221 0.370 0.230 0.046 9 I 0.005 0.008 0.020 0.052 0.233 0.483 0.199 10 I 0.015 0.066 0.123 0.206 0.287 0.258 0.045 11 R 0.034 0.188 0.255 0.302 0.151 0.060 0.010 12 C 0.021 0.051 0.105 0.245 0.322 0.231 0.024 13 S 0.117 0.193 0.247 0.241 0.144 0.050 0.007 14 G 0.328 0.322 0.176 0.120 0.041 0.012 0.001 15 P 0.494 0.271 0.170 0.043 0.017 0.005 0.001 16 G 0.184 0.348 0.262 0.131 0.045 0.024 0.005 17 T 0.020 0.093 0.161 0.277 0.311 0.126 0.011 18 R 0.004 0.029 0.079 0.270 0.408 0.183 0.026 19 V 0.001 0.001 0.002 0.006 0.046 0.468 0.477 20 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.263 0.719 21 E 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 0.133 0.841 22 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.110 0.882 23 G 0.001 0.001 0.002 0.010 0.032 0.178 0.777 24 A 0.001 0.002 0.003 0.013 0.052 0.296 0.634 25 G 0.004 0.015 0.037 0.091 0.196 0.355 0.302 26 R 0.009 0.035 0.071 0.131 0.181 0.305 0.267 27 F 0.006 0.016 0.034 0.085 0.187 0.406 0.266 28 L 0.021 0.056 0.123 0.179 0.259 0.244 0.119 29 Y 0.020 0.104 0.229 0.269 0.212 0.128 0.038 30 V 0.006 0.012 0.025 0.072 0.245 0.478 0.164 31 S 0.004 0.011 0.050 0.123 0.345 0.369 0.098 32 D 0.043 0.294 0.379 0.194 0.058 0.026 0.006 33 Y 0.011 0.076 0.234 0.381 0.238 0.057 0.004 34 I 0.007 0.012 0.027 0.101 0.429 0.396 0.028 35 R 0.080 0.270 0.333 0.236 0.069 0.012 0.001 36 K 0.337 0.480 0.132 0.040 0.010 0.002 0.001 37 H 0.117 0.223 0.277 0.261 0.101 0.020 0.001 38 S 0.360 0.347 0.163 0.102 0.023 0.005 0.001 39 K 0.347 0.425 0.154 0.052 0.017 0.005 0.001 40 V 0.020 0.067 0.152 0.301 0.330 0.123 0.007 41 D 0.017 0.118 0.243 0.314 0.210 0.086 0.013 42 L 0.001 0.005 0.017 0.046 0.188 0.519 0.223 43 V 0.001 0.002 0.009 0.026 0.091 0.476 0.395 44 L 0.001 0.001 0.005 0.018 0.086 0.327 0.563 45 T 0.001 0.002 0.006 0.014 0.052 0.305 0.622 46 D 0.001 0.003 0.010 0.032 0.098 0.365 0.491 47 I 0.001 0.003 0.007 0.028 0.117 0.492 0.353 48 K 0.020 0.089 0.187 0.279 0.233 0.149 0.043 49 P 0.037 0.082 0.124 0.234 0.279 0.206 0.038 50 S 0.188 0.244 0.241 0.179 0.091 0.048 0.009 51 H 0.420 0.299 0.147 0.080 0.034 0.017 0.003 52 G 0.207 0.242 0.202 0.182 0.117 0.044 0.006 53 G 0.150 0.228 0.251 0.178 0.117 0.065 0.011 54 I 0.025 0.053 0.126 0.210 0.268 0.252 0.065 55 V 0.018 0.046 0.087 0.154 0.254 0.327 0.115 56 R 0.018 0.050 0.107 0.196 0.267 0.250 0.113 57 D 0.015 0.026 0.048 0.092 0.203 0.389 0.227 58 D 0.015 0.038 0.075 0.130 0.203 0.359 0.179 59 I 0.013 0.021 0.040 0.098 0.231 0.434 0.163 60 T 0.029 0.082 0.145 0.270 0.291 0.158 0.025 61 S 0.192 0.329 0.234 0.141 0.062 0.037 0.005 62 P 0.082 0.139 0.199 0.266 0.211 0.093 0.009 63 R 0.315 0.345 0.214 0.086 0.024 0.014 0.002 64 M 0.108 0.249 0.218 0.263 0.135 0.026 0.002 65 E 0.182 0.345 0.273 0.148 0.042 0.010 0.001 66 I 0.021 0.032 0.072 0.204 0.415 0.241 0.014 67 Y 0.053 0.122 0.234 0.296 0.226 0.064 0.005 68 R 0.191 0.382 0.222 0.146 0.046 0.012 0.001 69 G 0.206 0.325 0.243 0.131 0.064 0.026 0.005 70 A 0.018 0.056 0.110 0.238 0.330 0.214 0.033 71 A 0.034 0.168 0.217 0.297 0.173 0.090 0.020 72 L 0.011 0.027 0.057 0.123 0.253 0.398 0.131 73 I 0.008 0.013 0.023 0.051 0.137 0.445 0.323 74 Y 0.010 0.017 0.030 0.076 0.143 0.328 0.395 75 S 0.011 0.012 0.022 0.038 0.096 0.376 0.444 76 I 0.018 0.029 0.050 0.128 0.216 0.341 0.217 77 R 0.040 0.082 0.141 0.189 0.217 0.231 0.101 78 P 0.054 0.091 0.128 0.185 0.238 0.232 0.072 79 P 0.115 0.159 0.199 0.227 0.151 0.123 0.026 80 A 0.279 0.275 0.214 0.135 0.061 0.031 0.005 81 E 0.135 0.214 0.275 0.190 0.123 0.055 0.008 82 I 0.037 0.044 0.063 0.148 0.280 0.347 0.082 83 H 0.044 0.104 0.183 0.281 0.224 0.137 0.027 84 S 0.170 0.293 0.276 0.152 0.068 0.034 0.007 85 S 0.030 0.096 0.191 0.277 0.259 0.119 0.028 86 L 0.009 0.015 0.025 0.069 0.208 0.489 0.184 87 M 0.024 0.094 0.187 0.268 0.250 0.145 0.032 88 R 0.048 0.211 0.314 0.267 0.108 0.041 0.010 89 V 0.009 0.024 0.052 0.149 0.335 0.374 0.056 90 A 0.015 0.043 0.096 0.206 0.336 0.252 0.052 91 D 0.058 0.274 0.284 0.230 0.101 0.047 0.007 92 A 0.044 0.175 0.248 0.289 0.176 0.061 0.008 93 V 0.009 0.037 0.070 0.223 0.368 0.259 0.034 94 G 0.044 0.220 0.309 0.236 0.104 0.066 0.021 95 A 0.005 0.022 0.041 0.141 0.346 0.375 0.071 96 R 0.010 0.075 0.206 0.362 0.214 0.103 0.030 97 L 0.002 0.006 0.013 0.037 0.147 0.491 0.303 98 I 0.003 0.007 0.014 0.039 0.095 0.364 0.477 99 I 0.001 0.003 0.007 0.021 0.069 0.363 0.537 100 K 0.007 0.029 0.061 0.147 0.210 0.256 0.290 101 P 0.007 0.020 0.038 0.087 0.176 0.389 0.284 102 L 0.009 0.022 0.045 0.102 0.202 0.393 0.226 103 T 0.047 0.112 0.153 0.224 0.204 0.181 0.079 104 G 0.073 0.131 0.154 0.215 0.215 0.163 0.049 105 E 0.094 0.128 0.171 0.226 0.204 0.149 0.029 106 D 0.201 0.259 0.235 0.156 0.089 0.053 0.008 107 I 0.103 0.146 0.204 0.256 0.191 0.093 0.007 108 V 0.141 0.160 0.215 0.245 0.176 0.059 0.003 109 T 0.311 0.303 0.216 0.126 0.036 0.008 0.001 110 E 0.704 0.212 0.066 0.014 0.003 0.001 0.001 111 R 0.556 0.313 0.085 0.036 0.009 0.002 0.001 112 K 0.431 0.329 0.160 0.060 0.015 0.004 0.001 113 M 0.055 0.142 0.210 0.342 0.210 0.039 0.001 114 K 0.074 0.213 0.308 0.271 0.109 0.023 0.001 115 L 0.015 0.027 0.065 0.133 0.347 0.371 0.042 116 V 0.033 0.073 0.138 0.224 0.254 0.239 0.038 117 N 0.074 0.220 0.231 0.252 0.145 0.066 0.013 118 Y 0.068 0.107 0.165 0.250 0.241 0.139 0.030 119 G 0.134 0.216 0.213 0.185 0.115 0.101 0.037 120 R 0.140 0.225 0.201 0.198 0.131 0.081 0.023 121 T 0.122 0.193 0.202 0.205 0.164 0.091 0.023 122 Y 0.041 0.072 0.118 0.192 0.249 0.254 0.074 123 F 0.033 0.041 0.081 0.128 0.221 0.360 0.136 124 Y 0.035 0.056 0.101 0.167 0.255 0.300 0.086 125 E 0.071 0.136 0.202 0.235 0.194 0.125 0.036 126 Y 0.063 0.083 0.151 0.227 0.272 0.177 0.028 127 I 0.153 0.210 0.240 0.200 0.132 0.058 0.007 128 A 0.329 0.284 0.180 0.140 0.051 0.016 0.001 129 E 0.571 0.275 0.109 0.032 0.010 0.003 0.001 130 V 0.436 0.270 0.160 0.096 0.032 0.006 0.001 131 R 0.603 0.238 0.099 0.047 0.011 0.001 0.001 132 S 0.794 0.157 0.034 0.012 0.002 0.001 0.001 133 R 0.804 0.131 0.050 0.012 0.003 0.001 0.001