# TARGET T0471 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0471.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.2214 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.112 0.069 0.075 0.122 0.159 0.156 0.118 0.086 0.056 0.027 0.012 0.005 0.002 0.001 2 W 0.082 0.087 0.111 0.176 0.186 0.143 0.096 0.065 0.032 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 3 N 0.472 0.200 0.134 0.082 0.046 0.031 0.016 0.007 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 4 D 0.137 0.166 0.165 0.172 0.149 0.102 0.052 0.029 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 5 L 0.030 0.023 0.029 0.057 0.102 0.164 0.193 0.191 0.094 0.047 0.047 0.012 0.009 0.003 6 A 0.059 0.096 0.122 0.183 0.177 0.147 0.097 0.063 0.034 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 7 V 0.265 0.149 0.116 0.121 0.103 0.085 0.055 0.038 0.032 0.016 0.011 0.005 0.002 0.001 8 Y 0.036 0.037 0.060 0.099 0.147 0.167 0.153 0.121 0.075 0.048 0.030 0.016 0.007 0.003 9 I 0.025 0.022 0.040 0.058 0.105 0.133 0.165 0.176 0.104 0.063 0.065 0.021 0.015 0.008 10 I 0.107 0.106 0.080 0.135 0.134 0.129 0.099 0.083 0.060 0.035 0.015 0.010 0.005 0.002 11 R 0.188 0.168 0.155 0.161 0.116 0.088 0.052 0.034 0.020 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 12 C 0.065 0.068 0.092 0.148 0.206 0.173 0.106 0.077 0.035 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 13 S 0.118 0.133 0.181 0.172 0.155 0.112 0.060 0.034 0.022 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 14 G 0.300 0.218 0.137 0.150 0.087 0.053 0.033 0.010 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 15 P 0.219 0.199 0.261 0.136 0.075 0.052 0.030 0.012 0.011 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 16 G 0.093 0.141 0.195 0.184 0.153 0.104 0.063 0.032 0.022 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 17 T 0.012 0.028 0.034 0.091 0.135 0.173 0.183 0.156 0.094 0.046 0.026 0.012 0.007 0.003 18 R 0.006 0.009 0.015 0.037 0.079 0.098 0.158 0.188 0.147 0.119 0.061 0.050 0.021 0.010 19 V 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.020 0.045 0.075 0.155 0.170 0.210 0.165 0.087 0.054 20 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.012 0.027 0.096 0.157 0.244 0.247 0.146 0.062 21 E 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.022 0.048 0.092 0.157 0.186 0.213 0.135 0.133 22 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.024 0.105 0.178 0.197 0.251 0.159 0.068 23 G 0.001 0.002 0.003 0.006 0.014 0.031 0.077 0.124 0.156 0.192 0.181 0.102 0.058 0.054 24 A 0.001 0.002 0.004 0.010 0.022 0.039 0.080 0.114 0.159 0.174 0.178 0.120 0.057 0.039 25 G 0.013 0.028 0.031 0.056 0.073 0.107 0.118 0.145 0.148 0.133 0.060 0.047 0.030 0.012 26 R 0.025 0.057 0.073 0.117 0.153 0.143 0.159 0.118 0.075 0.046 0.020 0.010 0.003 0.003 27 F 0.011 0.024 0.038 0.071 0.142 0.181 0.171 0.158 0.103 0.059 0.026 0.009 0.004 0.003 28 L 0.089 0.102 0.092 0.132 0.153 0.136 0.110 0.082 0.047 0.031 0.014 0.006 0.004 0.002 29 Y 0.137 0.164 0.165 0.166 0.149 0.087 0.056 0.042 0.018 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 30 V 0.017 0.021 0.032 0.067 0.124 0.167 0.191 0.162 0.132 0.046 0.025 0.008 0.004 0.002 31 S 0.023 0.044 0.063 0.130 0.182 0.185 0.158 0.110 0.064 0.021 0.011 0.005 0.003 0.001 32 D 0.450 0.306 0.138 0.053 0.020 0.022 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 Y 0.038 0.076 0.130 0.240 0.231 0.159 0.066 0.036 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 34 I 0.022 0.030 0.033 0.103 0.178 0.195 0.207 0.151 0.054 0.013 0.009 0.002 0.002 0.001 35 R 0.221 0.285 0.205 0.149 0.071 0.051 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 K 0.597 0.186 0.129 0.042 0.022 0.014 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 H 0.067 0.103 0.180 0.248 0.202 0.119 0.053 0.014 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 38 S 0.257 0.200 0.253 0.130 0.072 0.046 0.028 0.005 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 39 K 0.181 0.247 0.180 0.139 0.104 0.081 0.035 0.017 0.011 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 40 V 0.005 0.012 0.016 0.057 0.113 0.160 0.199 0.192 0.107 0.064 0.033 0.027 0.013 0.004 41 D 0.004 0.008 0.015 0.035 0.077 0.110 0.150 0.177 0.172 0.123 0.057 0.046 0.015 0.012 42 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.014 0.038 0.060 0.135 0.178 0.276 0.154 0.088 0.046 43 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.012 0.032 0.093 0.153 0.234 0.245 0.138 0.081 44 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 0.027 0.075 0.151 0.183 0.230 0.188 0.125 45 T 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.019 0.047 0.120 0.203 0.182 0.241 0.115 0.059 46 D 0.001 0.003 0.006 0.013 0.028 0.046 0.109 0.142 0.154 0.158 0.161 0.081 0.045 0.053 47 I 0.002 0.003 0.006 0.011 0.025 0.049 0.082 0.124 0.167 0.161 0.206 0.094 0.047 0.022 48 K 0.019 0.058 0.087 0.122 0.147 0.153 0.118 0.114 0.079 0.050 0.031 0.012 0.006 0.005 49 P 0.039 0.071 0.080 0.140 0.157 0.152 0.107 0.101 0.070 0.042 0.021 0.014 0.005 0.002 50 S 0.120 0.142 0.206 0.162 0.123 0.096 0.056 0.044 0.031 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 51 H 0.262 0.162 0.171 0.126 0.093 0.073 0.048 0.025 0.023 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 52 G 0.167 0.135 0.137 0.133 0.121 0.107 0.087 0.050 0.033 0.015 0.010 0.002 0.001 0.001 53 G 0.154 0.130 0.134 0.148 0.135 0.104 0.073 0.053 0.035 0.019 0.010 0.004 0.001 0.001 54 I 0.047 0.044 0.050 0.081 0.106 0.122 0.129 0.143 0.106 0.079 0.044 0.028 0.015 0.005 55 V 0.030 0.028 0.038 0.066 0.099 0.113 0.133 0.148 0.120 0.091 0.076 0.036 0.014 0.009 56 R 0.026 0.026 0.037 0.058 0.088 0.096 0.118 0.139 0.126 0.111 0.090 0.047 0.022 0.016 57 D 0.032 0.029 0.033 0.051 0.073 0.089 0.105 0.118 0.129 0.118 0.110 0.059 0.036 0.019 58 D 0.025 0.028 0.040 0.066 0.107 0.118 0.131 0.143 0.117 0.104 0.052 0.038 0.018 0.010 59 I 0.012 0.013 0.017 0.031 0.056 0.088 0.134 0.167 0.163 0.121 0.105 0.050 0.031 0.014 60 T 0.038 0.047 0.056 0.089 0.134 0.156 0.125 0.120 0.099 0.063 0.038 0.022 0.009 0.005 61 S 0.155 0.181 0.175 0.136 0.097 0.091 0.066 0.039 0.034 0.013 0.010 0.002 0.001 0.001 62 P 0.087 0.074 0.096 0.155 0.172 0.163 0.096 0.066 0.050 0.022 0.012 0.005 0.002 0.001 63 R 0.117 0.131 0.240 0.166 0.119 0.101 0.055 0.030 0.032 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 64 M 0.115 0.097 0.085 0.153 0.177 0.133 0.106 0.067 0.035 0.017 0.009 0.005 0.002 0.001 65 E 0.207 0.253 0.190 0.125 0.080 0.072 0.036 0.018 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 66 I 0.051 0.031 0.044 0.080 0.136 0.158 0.166 0.141 0.088 0.050 0.032 0.013 0.008 0.002 67 Y 0.037 0.074 0.090 0.174 0.193 0.165 0.116 0.089 0.038 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 68 R 0.239 0.165 0.148 0.170 0.111 0.072 0.039 0.023 0.017 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 69 G 0.035 0.073 0.071 0.176 0.206 0.173 0.116 0.082 0.040 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 70 A 0.010 0.012 0.017 0.033 0.077 0.133 0.211 0.200 0.099 0.064 0.095 0.023 0.019 0.008 71 A 0.032 0.074 0.077 0.131 0.157 0.169 0.133 0.105 0.066 0.033 0.011 0.007 0.003 0.003 72 L 0.013 0.010 0.015 0.025 0.044 0.069 0.118 0.135 0.150 0.153 0.121 0.081 0.048 0.019 73 I 0.006 0.006 0.011 0.021 0.041 0.084 0.113 0.138 0.168 0.127 0.114 0.093 0.051 0.028 74 Y 0.016 0.013 0.023 0.029 0.047 0.067 0.101 0.112 0.147 0.173 0.109 0.086 0.048 0.027 75 S 0.021 0.022 0.021 0.044 0.073 0.095 0.127 0.135 0.144 0.116 0.086 0.061 0.035 0.021 76 I 0.012 0.012 0.014 0.028 0.053 0.086 0.131 0.144 0.145 0.138 0.108 0.068 0.042 0.018 77 R 0.038 0.062 0.079 0.100 0.141 0.132 0.152 0.129 0.073 0.047 0.028 0.011 0.005 0.004 78 P 0.047 0.052 0.064 0.093 0.150 0.156 0.144 0.118 0.083 0.047 0.029 0.009 0.005 0.003 79 P 0.035 0.058 0.082 0.155 0.184 0.181 0.123 0.088 0.056 0.023 0.008 0.004 0.002 0.001 80 A 0.283 0.183 0.173 0.134 0.092 0.067 0.032 0.017 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 81 E 0.315 0.239 0.217 0.101 0.061 0.037 0.016 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 I 0.058 0.036 0.044 0.087 0.150 0.186 0.190 0.130 0.076 0.025 0.012 0.004 0.002 0.001 83 H 0.066 0.102 0.132 0.212 0.189 0.145 0.081 0.042 0.021 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 84 S 0.501 0.252 0.116 0.063 0.030 0.022 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 S 0.072 0.098 0.121 0.188 0.199 0.160 0.087 0.045 0.021 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 86 L 0.012 0.015 0.029 0.065 0.116 0.197 0.220 0.213 0.077 0.027 0.020 0.004 0.003 0.001 87 M 0.119 0.169 0.107 0.207 0.174 0.109 0.066 0.030 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 88 R 0.253 0.263 0.249 0.123 0.059 0.034 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 V 0.024 0.025 0.041 0.102 0.170 0.210 0.194 0.131 0.063 0.020 0.013 0.004 0.003 0.001 90 A 0.016 0.048 0.078 0.172 0.228 0.210 0.139 0.074 0.026 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 91 D 0.433 0.278 0.141 0.077 0.035 0.024 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 A 0.059 0.106 0.132 0.245 0.215 0.139 0.060 0.027 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 93 V 0.016 0.020 0.030 0.077 0.144 0.193 0.231 0.167 0.055 0.025 0.029 0.006 0.005 0.002 94 G 0.033 0.098 0.102 0.186 0.203 0.172 0.098 0.067 0.027 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 95 A 0.014 0.010 0.011 0.028 0.055 0.091 0.153 0.157 0.158 0.138 0.083 0.060 0.031 0.011 96 R 0.005 0.009 0.017 0.036 0.078 0.128 0.167 0.149 0.158 0.103 0.073 0.042 0.015 0.019 97 L 0.003 0.002 0.005 0.004 0.009 0.018 0.042 0.058 0.121 0.185 0.293 0.127 0.091 0.042 98 I 0.004 0.004 0.004 0.009 0.016 0.035 0.051 0.090 0.147 0.158 0.143 0.150 0.125 0.063 99 I 0.001 0.002 0.002 0.005 0.008 0.019 0.039 0.069 0.132 0.196 0.136 0.220 0.124 0.047 100 K 0.007 0.012 0.014 0.031 0.054 0.079 0.139 0.156 0.149 0.130 0.117 0.063 0.022 0.026 101 P 0.009 0.018 0.031 0.046 0.091 0.109 0.137 0.131 0.136 0.101 0.104 0.044 0.024 0.018 102 L 0.013 0.018 0.022 0.045 0.089 0.120 0.154 0.164 0.127 0.096 0.084 0.035 0.024 0.010 103 T 0.044 0.085 0.120 0.146 0.169 0.144 0.100 0.075 0.058 0.034 0.014 0.008 0.003 0.002 104 G 0.096 0.096 0.113 0.139 0.153 0.133 0.101 0.078 0.048 0.024 0.012 0.004 0.001 0.001 105 E 0.150 0.120 0.154 0.141 0.139 0.108 0.081 0.046 0.033 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 106 D 0.345 0.159 0.139 0.119 0.087 0.069 0.039 0.020 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 107 I 0.161 0.109 0.090 0.150 0.173 0.123 0.090 0.056 0.025 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 108 V 0.169 0.118 0.099 0.154 0.187 0.107 0.075 0.051 0.023 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 109 T 0.299 0.198 0.173 0.129 0.082 0.057 0.028 0.018 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 110 E 0.494 0.190 0.098 0.080 0.054 0.033 0.034 0.006 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 111 R 0.310 0.184 0.184 0.121 0.075 0.065 0.034 0.011 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 112 K 0.333 0.187 0.180 0.102 0.079 0.061 0.028 0.010 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 113 M 0.078 0.080 0.081 0.148 0.167 0.160 0.116 0.079 0.044 0.023 0.013 0.007 0.003 0.001 114 K 0.111 0.100 0.117 0.152 0.165 0.132 0.086 0.064 0.039 0.017 0.010 0.004 0.001 0.001 115 L 0.047 0.030 0.042 0.076 0.113 0.116 0.131 0.138 0.117 0.081 0.046 0.036 0.021 0.005 116 V 0.081 0.054 0.064 0.090 0.127 0.136 0.111 0.119 0.086 0.050 0.044 0.025 0.008 0.004 117 N 0.148 0.125 0.122 0.129 0.131 0.105 0.085 0.056 0.044 0.025 0.018 0.006 0.002 0.002 118 Y 0.064 0.063 0.060 0.112 0.146 0.153 0.113 0.104 0.080 0.047 0.031 0.017 0.009 0.003 119 G 0.195 0.149 0.160 0.132 0.104 0.094 0.070 0.038 0.032 0.014 0.009 0.002 0.001 0.001 120 R 0.094 0.090 0.107 0.158 0.156 0.138 0.099 0.069 0.043 0.024 0.012 0.007 0.002 0.001 121 T 0.097 0.093 0.092 0.119 0.153 0.136 0.117 0.078 0.056 0.031 0.018 0.006 0.003 0.002 122 Y 0.057 0.044 0.059 0.091 0.137 0.136 0.135 0.125 0.083 0.066 0.031 0.021 0.010 0.004 123 F 0.030 0.022 0.027 0.047 0.083 0.109 0.128 0.157 0.139 0.108 0.071 0.047 0.022 0.010 124 Y 0.050 0.036 0.043 0.061 0.091 0.102 0.120 0.124 0.118 0.101 0.077 0.048 0.019 0.010 125 E 0.110 0.087 0.091 0.107 0.118 0.108 0.106 0.091 0.067 0.045 0.043 0.014 0.006 0.006 126 Y 0.060 0.050 0.060 0.097 0.138 0.137 0.126 0.120 0.087 0.056 0.037 0.017 0.010 0.005 127 I 0.085 0.086 0.095 0.143 0.171 0.135 0.116 0.077 0.049 0.025 0.010 0.004 0.002 0.001 128 A 0.260 0.148 0.132 0.133 0.109 0.089 0.059 0.032 0.020 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 129 E 0.471 0.183 0.130 0.079 0.056 0.036 0.024 0.008 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 130 V 0.274 0.161 0.129 0.133 0.120 0.088 0.049 0.023 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 131 R 0.401 0.165 0.132 0.106 0.084 0.048 0.036 0.013 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 132 S 0.519 0.166 0.101 0.073 0.054 0.039 0.027 0.009 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 133 R 0.378 0.162 0.136 0.106 0.086 0.061 0.036 0.015 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001