This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA M A 2 2 NATAA W A 3 3 NATAA N A 4 4 NATAA D A 5 5 NATAA L A 6 6 NATAA A A 7 7 NATAA V A 8 8 NATAA Y A 9 9 NATAA I A 10 10 NATAA I A 11 11 NATAA R A 12 12 NATRO C A 13 13 NATAA S A 14 14 NATAA G A 15 15 NATRO P A 16 16 NATAA G A 17 17 NATAA T A 18 18 NATAA R A 19 19 NATAA V A 20 20 NATAA V A 21 21 NATAA E A 22 22 NATAA V A 23 23 NATAA G A 24 24 NATAA A A 25 25 NATAA G A 26 26 NATAA R A 27 27 NATAA F A 28 28 NATAA L A 29 29 NATAA Y A 30 30 NATAA V A 31 31 NATAA S A 32 32 NATAA D A 33 33 NATAA Y A 34 34 NATAA I A 35 35 NATAA R A 36 36 NATAA K A 37 37 NATAA H A 38 38 NATAA S A 39 39 NATAA K A 40 40 NATAA V A 41 41 NATAA D A 42 42 NATAA L A 43 43 NATAA V A 44 44 NATAA L A 45 45 NATAA T A 46 46 NATAA D A 47 47 NATAA I A 48 48 NATAA K A 49 49 NATRO P A 50 50 NATAA S A 51 51 NATAA H A 52 52 NATAA G A 53 53 NATAA G A 54 54 NATAA I A 55 55 NATAA V A 56 56 NATAA R A 57 57 NATAA D A 58 58 NATAA D A 59 59 NATAA I A 60 60 NATAA T A 61 61 NATAA S A 62 62 NATRO P A 63 63 NATAA R A 64 64 NATAA M A 65 65 NATAA E A 66 66 NATAA I A 67 67 NATAA Y A 68 68 NATAA R A 69 69 NATAA G A 70 70 NATAA A A 71 71 NATAA A A 72 72 NATAA L A 73 73 NATAA I A 74 74 NATAA Y A 75 75 NATAA S A 76 76 NATAA I A 77 77 NATAA R A 78 78 NATRO P A 79 79 NATRO P A 80 80 NATAA A A 81 81 NATAA E A 82 82 NATAA I A 83 83 NATAA H A 84 84 NATAA S A 85 85 NATAA S A 86 86 NATAA L A 87 87 NATAA M A 88 88 NATAA R A 89 89 NATAA V A 90 90 NATAA A A 91 91 NATAA D A 92 92 NATAA A A 93 93 NATAA V A 94 94 NATAA G A 95 95 NATAA A A 96 96 NATAA R A 97 97 NATAA L A 98 98 NATAA I A 99 99 NATAA I A 100 100 NATAA K A 101 101 NATRO P A 102 102 NATAA L A 103 103 NATAA T A 104 104 NATAA G A 105 105 NATAA E A 106 106 NATAA D A 107 107 NATAA I A 108 108 NATAA V A 109 109 NATAA T A 110 110 NATAA E A 111 111 NATAA R A 112 112 NATAA K A 113 113 NATAA M A 114 114 NATAA K A 115 115 NATAA L A 116 116 NATAA V A 117 117 NATAA N A 118 118 NATAA Y A 119 119 NATAA G A 120 120 NATAA R A 121 121 NATAA T A 122 122 NATAA Y A 123 123 NATAA F A 124 124 NATAA Y A 125 125 NATAA E A 126 126 NATAA Y A 127 127 NATAA I A 128 128 NATAA A A 129 129 NATAA E A 130 130 NATAA V A 131 131 NATAA R A 132 132 NATAA S A 133 133 NATAA R