# TARGET T0470 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0470.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 78.502 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.018 0.083 0.014 0.011 0.017 0.124 0.042 0.691 2 T 0.044 0.708 0.004 0.004 0.004 0.028 0.075 0.134 3 K 0.019 0.892 0.001 0.001 0.002 0.009 0.020 0.056 4 Q 0.006 0.957 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.025 5 E 0.012 0.934 0.001 0.001 0.001 0.004 0.028 0.019 6 K 0.011 0.632 0.006 0.001 0.001 0.006 0.321 0.023 7 I 0.014 0.864 0.002 0.001 0.001 0.003 0.103 0.013 8 E 0.008 0.313 0.005 0.001 0.001 0.005 0.645 0.022 9 K 0.003 0.866 0.003 0.001 0.001 0.005 0.096 0.026 10 T 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 11 I 0.002 0.969 0.002 0.001 0.001 0.001 0.019 0.006 12 T 0.003 0.962 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.014 13 F 0.003 0.974 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.009 14 V 0.012 0.948 0.006 0.001 0.001 0.003 0.015 0.015 15 K 0.029 0.831 0.007 0.001 0.002 0.010 0.040 0.080 16 H 0.043 0.638 0.025 0.003 0.004 0.031 0.060 0.195 17 I 0.132 0.425 0.055 0.006 0.007 0.048 0.099 0.228 18 L 0.347 0.184 0.017 0.004 0.004 0.049 0.055 0.340 19 E 0.089 0.064 0.013 0.003 0.004 0.079 0.049 0.699 20 K 0.045 0.057 0.014 0.002 0.004 0.100 0.038 0.740 21 D 0.286 0.088 0.014 0.003 0.004 0.081 0.069 0.454 22 A 0.120 0.057 0.015 0.005 0.006 0.101 0.065 0.631 23 S 0.042 0.076 0.014 0.003 0.007 0.104 0.037 0.717 24 G 0.060 0.190 0.025 0.005 0.009 0.120 0.084 0.505 25 H 0.036 0.345 0.031 0.009 0.009 0.105 0.120 0.344 26 D 0.022 0.843 0.005 0.002 0.003 0.016 0.033 0.077 27 W 0.025 0.836 0.006 0.002 0.004 0.015 0.049 0.063 28 Y 0.004 0.902 0.006 0.002 0.003 0.008 0.048 0.026 29 H 0.001 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.007 30 I 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 31 R 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 32 R 0.001 0.953 0.002 0.001 0.001 0.001 0.039 0.005 33 V 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 H 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 35 K 0.003 0.316 0.003 0.001 0.001 0.001 0.670 0.008 36 M 0.004 0.732 0.002 0.001 0.001 0.003 0.248 0.010 37 A 0.007 0.400 0.022 0.001 0.001 0.003 0.556 0.010 38 I 0.028 0.750 0.018 0.001 0.001 0.016 0.134 0.051 39 S 0.017 0.869 0.008 0.001 0.002 0.009 0.021 0.073 40 L 0.051 0.721 0.042 0.005 0.007 0.023 0.050 0.101 41 S 0.171 0.103 0.094 0.010 0.011 0.086 0.301 0.224 42 E 0.378 0.029 0.011 0.003 0.004 0.052 0.035 0.489 43 Q 0.192 0.006 0.008 0.003 0.003 0.071 0.033 0.684 44 E 0.015 0.003 0.004 0.001 0.002 0.133 0.009 0.833 45 G 0.031 0.016 0.006 0.004 0.008 0.122 0.026 0.788 46 G 0.011 0.056 0.013 0.013 0.015 0.151 0.033 0.707 47 N 0.031 0.315 0.026 0.015 0.032 0.075 0.216 0.290 48 R 0.014 0.432 0.065 0.024 0.081 0.043 0.147 0.195 49 F 0.003 0.685 0.080 0.029 0.087 0.011 0.045 0.059 50 I 0.006 0.694 0.057 0.046 0.055 0.008 0.083 0.052 51 I 0.006 0.763 0.056 0.040 0.048 0.005 0.055 0.027 52 E 0.023 0.743 0.047 0.024 0.030 0.009 0.090 0.034 53 M 0.053 0.651 0.051 0.024 0.031 0.015 0.107 0.069 54 A 0.088 0.539 0.043 0.023 0.034 0.032 0.085 0.156 55 A 0.102 0.245 0.068 0.024 0.030 0.088 0.104 0.340 56 L 0.071 0.346 0.041 0.011 0.015 0.067 0.090 0.358 57 L 0.077 0.242 0.036 0.008 0.016 0.114 0.091 0.415 58 H 0.072 0.175 0.048 0.010 0.013 0.125 0.085 0.472 59 D 0.217 0.268 0.023 0.009 0.013 0.067 0.080 0.322 60 V 0.089 0.198 0.041 0.010 0.016 0.108 0.069 0.470 61 A 0.069 0.165 0.029 0.007 0.014 0.127 0.037 0.553 62 D 0.289 0.179 0.021 0.006 0.008 0.059 0.149 0.287 63 E 0.216 0.094 0.023 0.007 0.010 0.100 0.072 0.478 64 K 0.106 0.047 0.023 0.009 0.014 0.113 0.064 0.623 65 L 0.050 0.039 0.015 0.004 0.008 0.120 0.038 0.725 66 N 0.085 0.168 0.013 0.005 0.006 0.092 0.044 0.587 67 E 0.076 0.322 0.007 0.003 0.005 0.072 0.037 0.478 68 S 0.092 0.460 0.010 0.002 0.003 0.051 0.102 0.280 69 E 0.064 0.759 0.004 0.001 0.002 0.023 0.025 0.122 70 E 0.055 0.739 0.006 0.002 0.002 0.026 0.028 0.142 71 A 0.024 0.750 0.008 0.002 0.003 0.027 0.060 0.127 72 G 0.025 0.881 0.003 0.001 0.001 0.009 0.037 0.044 73 M 0.048 0.556 0.011 0.002 0.002 0.015 0.314 0.052 74 K 0.025 0.733 0.009 0.002 0.002 0.024 0.131 0.074 75 K 0.013 0.854 0.008 0.001 0.002 0.010 0.059 0.054 76 V 0.009 0.948 0.006 0.001 0.001 0.004 0.012 0.019 77 S 0.027 0.910 0.004 0.001 0.002 0.008 0.016 0.033 78 D 0.020 0.889 0.006 0.001 0.001 0.008 0.026 0.049 79 W 0.053 0.781 0.020 0.002 0.003 0.017 0.057 0.067 80 L 0.215 0.181 0.102 0.003 0.003 0.037 0.321 0.137 81 E 0.442 0.068 0.012 0.003 0.005 0.056 0.033 0.380 82 E 0.070 0.014 0.004 0.001 0.003 0.056 0.018 0.833 83 L 0.011 0.009 0.006 0.002 0.002 0.153 0.013 0.804 84 H 0.007 0.045 0.006 0.005 0.009 0.142 0.026 0.760 85 V 0.019 0.148 0.005 0.002 0.004 0.075 0.034 0.713 86 E 0.314 0.476 0.002 0.001 0.001 0.008 0.163 0.037 87 E 0.092 0.708 0.003 0.001 0.001 0.016 0.096 0.084 88 E 0.015 0.784 0.006 0.001 0.001 0.021 0.061 0.111 89 E 0.003 0.955 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.017 90 S 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.008 91 K 0.001 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.008 92 H 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 93 V 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 94 L 0.003 0.953 0.003 0.001 0.001 0.001 0.031 0.007 95 H 0.008 0.538 0.021 0.004 0.004 0.005 0.397 0.023 96 I 0.019 0.755 0.035 0.008 0.011 0.009 0.122 0.042 97 I 0.098 0.434 0.092 0.018 0.016 0.030 0.187 0.125 98 A 0.079 0.216 0.058 0.026 0.039 0.073 0.119 0.391 99 N 0.038 0.174 0.032 0.018 0.036 0.085 0.065 0.552 100 M 0.044 0.143 0.057 0.058 0.063 0.130 0.069 0.436 101 S 0.086 0.063 0.064 0.037 0.054 0.109 0.141 0.447 102 Y 0.216 0.040 0.025 0.027 0.039 0.076 0.099 0.479 103 K 0.164 0.020 0.024 0.019 0.026 0.092 0.060 0.594 104 G 0.050 0.008 0.020 0.018 0.030 0.109 0.022 0.744 105 G 0.106 0.007 0.010 0.009 0.019 0.073 0.037 0.741 106 H 0.206 0.009 0.008 0.024 0.018 0.090 0.047 0.599 107 G 0.020 0.005 0.007 0.010 0.024 0.090 0.016 0.827 108 G 0.026 0.007 0.011 0.019 0.024 0.093 0.032 0.788 109 K 0.091 0.027 0.024 0.052 0.060 0.110 0.081 0.554 110 V 0.031 0.037 0.011 0.025 0.028 0.106 0.030 0.732 111 E 0.013 0.090 0.036 0.065 0.133 0.089 0.047 0.527 112 S 0.041 0.254 0.027 0.041 0.085 0.068 0.138 0.346 113 I 0.024 0.310 0.049 0.110 0.109 0.063 0.089 0.246 114 E 0.012 0.305 0.070 0.077 0.175 0.030 0.135 0.197 115 G 0.032 0.269 0.062 0.088 0.174 0.042 0.134 0.199 116 K 0.019 0.231 0.114 0.181 0.252 0.025 0.062 0.117 117 L 0.036 0.280 0.067 0.108 0.119 0.037 0.090 0.263 118 V 0.036 0.201 0.105 0.090 0.118 0.074 0.091 0.286 119 Q 0.033 0.202 0.070 0.030 0.046 0.081 0.078 0.461 120 D 0.231 0.487 0.011 0.008 0.009 0.023 0.095 0.135 121 A 0.132 0.286 0.017 0.004 0.005 0.074 0.078 0.404 122 D 0.069 0.441 0.014 0.006 0.008 0.062 0.048 0.352 123 R 0.056 0.553 0.009 0.003 0.008 0.047 0.044 0.279 124 L 0.072 0.270 0.049 0.007 0.008 0.088 0.238 0.268 125 D 0.083 0.551 0.020 0.016 0.018 0.053 0.079 0.181 126 A 0.037 0.579 0.019 0.004 0.010 0.038 0.066 0.247 127 L 0.027 0.509 0.045 0.007 0.014 0.057 0.165 0.175 128 G 0.013 0.758 0.019 0.006 0.012 0.027 0.067 0.098 129 A 0.003 0.939 0.005 0.002 0.004 0.005 0.014 0.028 130 I 0.007 0.827 0.010 0.007 0.009 0.008 0.095 0.037 131 G 0.004 0.224 0.023 0.003 0.006 0.006 0.719 0.014 132 I 0.009 0.816 0.015 0.006 0.008 0.010 0.104 0.032 133 A 0.010 0.881 0.024 0.007 0.010 0.006 0.029 0.033 134 R 0.013 0.815 0.025 0.011 0.017 0.009 0.060 0.049 135 T 0.030 0.515 0.040 0.020 0.038 0.036 0.171 0.150 136 F 0.045 0.439 0.087 0.032 0.041 0.046 0.166 0.143 137 A 0.069 0.496 0.039 0.035 0.043 0.055 0.067 0.196 138 Y 0.072 0.294 0.038 0.024 0.037 0.060 0.088 0.387 139 G 0.062 0.083 0.115 0.033 0.047 0.102 0.176 0.382 140 G 0.388 0.065 0.034 0.022 0.025 0.079 0.089 0.298 141 A 0.325 0.029 0.014 0.010 0.014 0.073 0.041 0.495 142 K 0.040 0.020 0.015 0.007 0.016 0.116 0.025 0.761 143 G 0.054 0.022 0.018 0.015 0.049 0.152 0.044 0.646 144 R 0.063 0.022 0.031 0.085 0.116 0.115 0.064 0.504 145 L 0.051 0.016 0.048 0.078 0.077 0.098 0.069 0.565 146 M 0.011 0.006 0.067 0.071 0.127 0.145 0.064 0.509 147 Y 0.010 0.004 0.090 0.019 0.054 0.107 0.019 0.698 148 D 0.872 0.013 0.002 0.002 0.001 0.005 0.072 0.033 149 P 0.033 0.014 0.011 0.005 0.007 0.094 0.033 0.802 150 T 0.002 0.006 0.006 0.004 0.008 0.110 0.007 0.857 151 I 0.058 0.069 0.022 0.019 0.022 0.121 0.105 0.585 152 P 0.285 0.174 0.011 0.029 0.013 0.071 0.164 0.254 153 P 0.228 0.126 0.005 0.008 0.015 0.066 0.079 0.473 154 R 0.148 0.045 0.021 0.009 0.019 0.114 0.221 0.421 155 E 0.048 0.060 0.053 0.020 0.041 0.138 0.115 0.524 156 V 0.041 0.086 0.030 0.042 0.046 0.111 0.077 0.567 157 M 0.025 0.092 0.046 0.041 0.053 0.099 0.058 0.587 158 T 0.235 0.496 0.006 0.007 0.009 0.030 0.082 0.134 159 K 0.157 0.501 0.007 0.006 0.008 0.036 0.047 0.238 160 D 0.057 0.416 0.011 0.012 0.014 0.052 0.052 0.385 161 E 0.124 0.156 0.037 0.015 0.024 0.085 0.134 0.424 162 Y 0.254 0.029 0.055 0.015 0.016 0.069 0.175 0.387 163 R 0.421 0.006 0.011 0.007 0.007 0.060 0.037 0.451 164 K 0.035 0.003 0.005 0.001 0.002 0.077 0.011 0.865 165 N 0.008 0.009 0.005 0.001 0.002 0.132 0.017 0.826 166 N 0.037 0.126 0.011 0.004 0.006 0.109 0.043 0.664 167 D 0.136 0.282 0.012 0.007 0.007 0.074 0.143 0.339 168 P 0.033 0.537 0.025 0.007 0.010 0.058 0.091 0.238 169 S 0.011 0.891 0.006 0.001 0.003 0.013 0.018 0.056 170 L 0.016 0.818 0.014 0.002 0.003 0.010 0.096 0.040 171 N 0.014 0.891 0.006 0.002 0.003 0.009 0.051 0.024 172 H 0.014 0.885 0.011 0.002 0.003 0.009 0.046 0.031 173 F 0.013 0.936 0.010 0.001 0.002 0.004 0.017 0.016 174 Y 0.047 0.870 0.007 0.001 0.002 0.007 0.032 0.034 175 E 0.095 0.590 0.022 0.003 0.004 0.028 0.118 0.140 176 K 0.107 0.550 0.022 0.006 0.007 0.045 0.089 0.175 177 L 0.092 0.442 0.014 0.004 0.006 0.052 0.058 0.333 178 L 0.032 0.376 0.015 0.005 0.007 0.079 0.023 0.462 179 K 0.029 0.544 0.008 0.003 0.006 0.039 0.021 0.350 180 L 0.160 0.591 0.008 0.002 0.003 0.024 0.087 0.126 181 K 0.143 0.369 0.017 0.003 0.004 0.058 0.176 0.231 182 D 0.148 0.208 0.033 0.004 0.007 0.076 0.164 0.360 183 L 0.109 0.118 0.058 0.004 0.007 0.092 0.145 0.468 184 M 0.026 0.234 0.041 0.008 0.012 0.127 0.052 0.501 185 N 0.012 0.528 0.013 0.004 0.008 0.051 0.026 0.358 186 T 0.034 0.852 0.004 0.001 0.001 0.010 0.051 0.047 187 N 0.018 0.905 0.002 0.001 0.001 0.007 0.045 0.020 188 A 0.009 0.890 0.004 0.001 0.001 0.007 0.064 0.024 189 A 0.008 0.953 0.004 0.001 0.001 0.003 0.021 0.011 190 K 0.016 0.944 0.003 0.001 0.001 0.003 0.017 0.016 191 Q 0.013 0.921 0.003 0.001 0.001 0.004 0.025 0.032 192 E 0.007 0.939 0.002 0.001 0.001 0.004 0.024 0.025 193 A 0.009 0.899 0.003 0.001 0.001 0.005 0.061 0.023 194 E 0.006 0.927 0.002 0.001 0.001 0.004 0.037 0.024 195 V 0.002 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.011 196 R 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 197 H 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 198 R 0.002 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.006 199 Y 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 200 M 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 201 E 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 202 Q 0.001 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.005 203 F 0.001 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.002 204 I 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 205 E 0.010 0.948 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.020 206 Q 0.008 0.877 0.004 0.001 0.001 0.005 0.064 0.041 207 F 0.024 0.817 0.010 0.001 0.001 0.007 0.115 0.026 208 M 0.088 0.206 0.026 0.001 0.001 0.023 0.562 0.094 209 K 0.095 0.256 0.014 0.001 0.001 0.061 0.065 0.507 210 E 0.054 0.172 0.033 0.002 0.003 0.075 0.051 0.610 211 W 0.096 0.227 0.048 0.004 0.005 0.117 0.069 0.435 212 N 0.116 0.225 0.008 0.002 0.005 0.076 0.056 0.512 213 A 0.068 0.185 0.019 0.004 0.006 0.082 0.052 0.584 214 Q 0.079 0.230 0.079 0.024 0.033 0.105 0.104 0.346 215 I 0.127 0.134 0.059 0.014 0.026 0.088 0.106 0.446 216 L 0.128 0.139 0.064 0.028 0.044 0.091 0.070 0.437 217 E 0.062 0.095 0.046 0.023 0.050 0.103 0.062 0.558 218 H 0.084 0.069 0.052 0.024 0.039 0.107 0.074 0.550 219 H 0.179 0.043 0.056 0.039 0.050 0.098 0.107 0.429 220 H 0.104 0.012 0.030 0.021 0.033 0.101 0.043 0.657 221 H 0.066 0.006 0.025 0.020 0.032 0.121 0.033 0.698 222 H 0.036 0.004 0.022 0.014 0.026 0.129 0.040 0.729 223 H 0.046 0.007 0.025 0.019 0.027 0.140 0.056 0.681