# TARGET T0470 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0470.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 78.502 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.021 0.008 0.007 0.005 0.006 0.024 0.003 0.926 2 T 0.015 0.015 0.009 0.012 0.024 0.266 0.004 0.655 3 K 0.059 0.028 0.015 0.005 0.018 0.064 0.006 0.806 4 Q 0.022 0.059 0.006 0.003 0.006 0.290 0.005 0.610 5 E 0.088 0.061 0.006 0.003 0.004 0.532 0.011 0.297 6 K 0.038 0.724 0.003 0.001 0.003 0.041 0.002 0.188 7 I 0.011 0.918 0.001 0.001 0.003 0.014 0.001 0.052 8 E 0.007 0.915 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.059 9 K 0.010 0.954 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.029 10 T 0.008 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 11 I 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 12 T 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 13 F 0.010 0.968 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.014 14 V 0.005 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 15 K 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 16 H 0.011 0.963 0.002 0.001 0.001 0.002 0.006 0.016 17 I 0.036 0.930 0.005 0.001 0.001 0.002 0.009 0.017 18 L 0.026 0.929 0.009 0.001 0.001 0.003 0.006 0.023 19 E 0.070 0.716 0.051 0.004 0.004 0.023 0.026 0.105 20 K 0.228 0.418 0.044 0.005 0.006 0.023 0.067 0.209 21 D 0.271 0.283 0.068 0.007 0.008 0.047 0.045 0.272 22 A 0.133 0.157 0.095 0.008 0.008 0.114 0.025 0.460 23 S 0.111 0.075 0.065 0.006 0.008 0.160 0.023 0.551 24 G 0.293 0.055 0.046 0.007 0.012 0.121 0.031 0.433 25 H 0.201 0.061 0.050 0.007 0.007 0.247 0.014 0.413 26 D 0.102 0.109 0.029 0.007 0.012 0.199 0.008 0.533 27 W 0.057 0.229 0.023 0.005 0.020 0.067 0.005 0.593 28 Y 0.030 0.181 0.012 0.004 0.007 0.441 0.006 0.318 29 H 0.141 0.252 0.010 0.003 0.004 0.300 0.015 0.276 30 I 0.026 0.892 0.002 0.001 0.002 0.016 0.001 0.060 31 R 0.005 0.916 0.002 0.001 0.001 0.013 0.001 0.062 32 R 0.005 0.929 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.050 33 V 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 34 H 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 35 K 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 36 M 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 37 A 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 38 I 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 39 S 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 40 L 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 41 S 0.007 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 42 E 0.039 0.902 0.010 0.003 0.002 0.005 0.015 0.024 43 Q 0.061 0.863 0.009 0.003 0.003 0.004 0.023 0.033 44 E 0.210 0.570 0.014 0.004 0.005 0.012 0.069 0.115 45 G 0.199 0.184 0.087 0.008 0.008 0.044 0.096 0.374 46 G 0.205 0.064 0.264 0.016 0.010 0.081 0.035 0.326 47 N 0.075 0.025 0.032 0.012 0.009 0.181 0.010 0.656 48 R 0.017 0.016 0.035 0.005 0.009 0.078 0.003 0.837 49 F 0.035 0.046 0.125 0.024 0.021 0.421 0.004 0.323 50 I 0.029 0.115 0.123 0.014 0.024 0.505 0.004 0.186 51 I 0.008 0.717 0.108 0.017 0.045 0.026 0.001 0.077 52 E 0.001 0.930 0.021 0.002 0.014 0.006 0.001 0.025 53 M 0.002 0.949 0.009 0.002 0.006 0.009 0.001 0.024 54 A 0.002 0.971 0.003 0.001 0.004 0.008 0.002 0.009 55 A 0.006 0.975 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.009 56 L 0.011 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 57 L 0.024 0.957 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 58 H 0.042 0.908 0.004 0.001 0.001 0.005 0.015 0.025 59 D 0.105 0.725 0.024 0.003 0.003 0.012 0.030 0.098 60 V 0.131 0.700 0.033 0.005 0.007 0.013 0.020 0.091 61 A 0.124 0.511 0.083 0.011 0.011 0.077 0.026 0.156 62 D 0.139 0.319 0.075 0.013 0.015 0.067 0.031 0.341 63 E 0.107 0.195 0.038 0.009 0.012 0.039 0.015 0.586 64 K 0.061 0.085 0.022 0.010 0.010 0.168 0.017 0.627 65 L 0.221 0.086 0.066 0.016 0.016 0.146 0.026 0.424 66 N 0.118 0.201 0.033 0.020 0.031 0.152 0.016 0.429 67 E 0.060 0.104 0.031 0.010 0.021 0.092 0.010 0.673 68 S 0.030 0.056 0.015 0.004 0.007 0.252 0.012 0.624 69 E 0.159 0.057 0.015 0.005 0.009 0.214 0.029 0.512 70 E 0.106 0.234 0.012 0.004 0.007 0.220 0.013 0.404 71 A 0.116 0.309 0.019 0.004 0.008 0.158 0.013 0.373 72 G 0.089 0.489 0.012 0.003 0.008 0.079 0.010 0.310 73 M 0.079 0.594 0.013 0.004 0.011 0.065 0.009 0.225 74 K 0.034 0.610 0.008 0.003 0.005 0.046 0.005 0.289 75 K 0.045 0.709 0.007 0.001 0.002 0.042 0.006 0.187 76 V 0.029 0.887 0.007 0.001 0.002 0.014 0.004 0.056 77 S 0.009 0.937 0.006 0.001 0.002 0.006 0.002 0.038 78 D 0.006 0.939 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.044 79 W 0.016 0.925 0.002 0.001 0.001 0.013 0.005 0.038 80 L 0.021 0.952 0.002 0.001 0.001 0.008 0.003 0.012 81 E 0.049 0.893 0.006 0.001 0.001 0.007 0.011 0.032 82 E 0.068 0.855 0.005 0.001 0.001 0.002 0.025 0.042 83 L 0.250 0.586 0.012 0.002 0.002 0.006 0.079 0.065 84 H 0.238 0.211 0.090 0.010 0.005 0.048 0.113 0.285 85 V 0.077 0.104 0.291 0.013 0.010 0.143 0.017 0.345 86 E 0.026 0.067 0.028 0.007 0.011 0.224 0.005 0.632 87 E 0.008 0.041 0.007 0.001 0.003 0.045 0.002 0.892 88 E 0.028 0.171 0.009 0.002 0.003 0.306 0.004 0.477 89 E 0.158 0.327 0.005 0.002 0.003 0.295 0.010 0.200 90 S 0.024 0.906 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.051 91 K 0.007 0.925 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.058 92 H 0.010 0.913 0.001 0.001 0.001 0.017 0.003 0.054 93 V 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.011 94 L 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 95 H 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 I 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 97 I 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 A 0.003 0.988 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 99 N 0.021 0.915 0.015 0.002 0.003 0.002 0.028 0.013 100 M 0.231 0.587 0.041 0.008 0.006 0.006 0.089 0.033 101 S 0.129 0.360 0.112 0.040 0.022 0.040 0.075 0.222 102 Y 0.058 0.087 0.290 0.056 0.060 0.075 0.025 0.349 103 K 0.067 0.059 0.057 0.047 0.066 0.201 0.022 0.481 104 G 0.124 0.028 0.036 0.032 0.045 0.091 0.022 0.622 105 G 0.127 0.035 0.039 0.028 0.034 0.134 0.019 0.584 106 H 0.213 0.021 0.034 0.046 0.054 0.120 0.021 0.491 107 G 0.028 0.008 0.009 0.011 0.016 0.066 0.005 0.858 108 G 0.073 0.007 0.024 0.029 0.048 0.121 0.015 0.683 109 K 0.225 0.008 0.038 0.046 0.046 0.164 0.011 0.463 110 V 0.004 0.002 0.005 0.004 0.005 0.012 0.001 0.967 111 E 0.025 0.007 0.081 0.132 0.250 0.151 0.004 0.350 112 S 0.052 0.017 0.034 0.026 0.046 0.121 0.006 0.698 113 I 0.051 0.056 0.102 0.085 0.189 0.072 0.005 0.441 114 E 0.029 0.055 0.072 0.053 0.090 0.178 0.006 0.516 115 G 0.067 0.080 0.076 0.066 0.107 0.157 0.014 0.432 116 K 0.074 0.216 0.085 0.086 0.117 0.115 0.010 0.297 117 L 0.044 0.432 0.039 0.025 0.043 0.044 0.008 0.366 118 V 0.031 0.610 0.083 0.028 0.093 0.015 0.004 0.137 119 Q 0.022 0.614 0.052 0.022 0.046 0.048 0.006 0.190 120 D 0.032 0.571 0.027 0.012 0.035 0.059 0.013 0.251 121 A 0.076 0.651 0.062 0.009 0.031 0.037 0.009 0.125 122 D 0.026 0.531 0.017 0.005 0.006 0.152 0.009 0.254 123 R 0.052 0.541 0.024 0.004 0.012 0.082 0.017 0.268 124 L 0.104 0.739 0.017 0.003 0.005 0.036 0.010 0.087 125 D 0.200 0.515 0.008 0.006 0.003 0.099 0.023 0.145 126 A 0.027 0.846 0.022 0.002 0.005 0.013 0.004 0.081 127 L 0.036 0.843 0.023 0.007 0.008 0.030 0.011 0.042 128 G 0.275 0.442 0.033 0.006 0.008 0.069 0.060 0.107 129 A 0.038 0.632 0.178 0.014 0.012 0.031 0.008 0.087 130 I 0.016 0.681 0.095 0.022 0.035 0.039 0.005 0.107 131 G 0.023 0.683 0.034 0.009 0.023 0.087 0.005 0.138 132 I 0.019 0.714 0.078 0.014 0.024 0.039 0.005 0.107 133 A 0.013 0.837 0.034 0.012 0.027 0.013 0.003 0.062 134 R 0.013 0.886 0.012 0.007 0.012 0.018 0.004 0.048 135 T 0.017 0.895 0.013 0.005 0.009 0.008 0.005 0.048 136 F 0.013 0.938 0.013 0.005 0.008 0.003 0.002 0.018 137 A 0.018 0.857 0.036 0.015 0.019 0.009 0.007 0.038 138 Y 0.033 0.727 0.065 0.025 0.048 0.010 0.013 0.078 139 G 0.066 0.575 0.068 0.026 0.050 0.023 0.024 0.167 140 G 0.109 0.236 0.124 0.037 0.047 0.066 0.041 0.341 141 A 0.090 0.172 0.210 0.042 0.045 0.115 0.022 0.305 142 K 0.094 0.142 0.080 0.025 0.047 0.088 0.026 0.497 143 G 0.243 0.092 0.056 0.024 0.050 0.101 0.051 0.383 144 R 0.354 0.063 0.074 0.042 0.034 0.104 0.026 0.302 145 L 0.038 0.026 0.021 0.017 0.016 0.044 0.006 0.831 146 M 0.093 0.028 0.061 0.111 0.294 0.055 0.009 0.350 147 Y 0.133 0.034 0.074 0.072 0.116 0.147 0.021 0.402 148 D 0.137 0.029 0.054 0.088 0.098 0.112 0.011 0.472 149 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 150 T 0.008 0.002 0.004 0.003 0.005 0.817 0.010 0.151 151 I 0.910 0.001 0.004 0.001 0.001 0.017 0.032 0.035 152 P 0.025 0.003 0.003 0.002 0.001 0.023 0.001 0.942 153 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 0.967 154 R 0.055 0.004 0.013 0.019 0.077 0.122 0.004 0.706 155 E 0.185 0.031 0.015 0.051 0.064 0.173 0.009 0.472 156 V 0.239 0.084 0.020 0.051 0.090 0.069 0.010 0.437 157 M 0.222 0.158 0.059 0.049 0.078 0.074 0.011 0.350 158 T 0.040 0.131 0.019 0.042 0.069 0.302 0.011 0.387 159 K 0.025 0.115 0.025 0.011 0.061 0.050 0.009 0.705 160 D 0.008 0.080 0.003 0.004 0.007 0.456 0.007 0.435 161 E 0.215 0.055 0.005 0.004 0.005 0.549 0.040 0.126 162 Y 0.084 0.803 0.003 0.003 0.004 0.025 0.004 0.075 163 R 0.039 0.861 0.004 0.004 0.011 0.013 0.004 0.065 164 K 0.097 0.607 0.008 0.006 0.011 0.031 0.032 0.208 165 N 0.337 0.295 0.019 0.010 0.016 0.023 0.124 0.176 166 N 0.323 0.156 0.042 0.012 0.013 0.088 0.074 0.292 167 D 0.113 0.059 0.076 0.010 0.008 0.174 0.020 0.540 168 P 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.986 169 S 0.043 0.053 0.028 0.007 0.013 0.387 0.005 0.464 170 L 0.223 0.258 0.074 0.008 0.021 0.133 0.007 0.276 171 N 0.033 0.701 0.015 0.004 0.012 0.046 0.003 0.186 172 H 0.070 0.615 0.022 0.003 0.009 0.044 0.008 0.230 173 F 0.035 0.807 0.011 0.002 0.005 0.031 0.006 0.103 174 Y 0.018 0.806 0.015 0.003 0.006 0.041 0.007 0.104 175 E 0.009 0.891 0.005 0.001 0.003 0.012 0.003 0.077 176 K 0.019 0.900 0.003 0.001 0.001 0.011 0.004 0.062 177 L 0.023 0.944 0.002 0.001 0.001 0.004 0.004 0.021 178 L 0.036 0.906 0.008 0.001 0.001 0.007 0.006 0.034 179 K 0.088 0.750 0.005 0.001 0.002 0.016 0.037 0.099 180 L 0.168 0.672 0.017 0.002 0.005 0.010 0.027 0.099 181 K 0.045 0.501 0.012 0.002 0.002 0.031 0.015 0.391 182 D 0.050 0.328 0.019 0.003 0.003 0.110 0.014 0.474 183 L 0.205 0.615 0.014 0.002 0.004 0.027 0.011 0.122 184 M 0.177 0.717 0.010 0.002 0.003 0.017 0.010 0.065 185 N 0.163 0.515 0.038 0.004 0.006 0.052 0.036 0.186 186 T 0.146 0.446 0.063 0.004 0.011 0.029 0.026 0.276 187 N 0.019 0.272 0.019 0.002 0.004 0.054 0.006 0.623 188 A 0.012 0.174 0.017 0.001 0.002 0.333 0.006 0.456 189 A 0.033 0.576 0.014 0.001 0.003 0.204 0.004 0.164 190 K 0.021 0.882 0.004 0.001 0.002 0.026 0.002 0.064 191 Q 0.004 0.958 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.031 192 E 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 193 A 0.007 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 194 E 0.009 0.968 0.003 0.001 0.001 0.005 0.003 0.012 195 V 0.011 0.961 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.019 196 R 0.011 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 197 H 0.015 0.952 0.005 0.001 0.001 0.003 0.004 0.020 198 R 0.015 0.909 0.008 0.001 0.001 0.010 0.004 0.054 199 Y 0.025 0.895 0.003 0.001 0.001 0.011 0.006 0.060 200 M 0.014 0.951 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.027 201 E 0.007 0.940 0.004 0.001 0.001 0.005 0.002 0.042 202 Q 0.005 0.945 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.044 203 F 0.005 0.975 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 204 I 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 205 E 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 206 Q 0.009 0.964 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.019 207 F 0.009 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 208 M 0.009 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 209 K 0.022 0.944 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.020 210 E 0.075 0.872 0.003 0.001 0.001 0.003 0.021 0.026 211 W 0.086 0.866 0.005 0.001 0.001 0.004 0.019 0.020 212 N 0.058 0.812 0.027 0.002 0.001 0.009 0.019 0.072 213 A 0.073 0.564 0.059 0.004 0.004 0.021 0.044 0.231 214 Q 0.207 0.286 0.055 0.009 0.005 0.127 0.059 0.253 215 I 0.107 0.254 0.092 0.015 0.011 0.157 0.023 0.342 216 L 0.057 0.370 0.174 0.035 0.038 0.071 0.009 0.245 217 E 0.075 0.328 0.054 0.019 0.031 0.083 0.018 0.393 218 H 0.134 0.263 0.094 0.028 0.043 0.058 0.031 0.349 219 H 0.107 0.198 0.069 0.039 0.049 0.081 0.033 0.423 220 H 0.109 0.096 0.067 0.030 0.038 0.088 0.028 0.544 221 H 0.091 0.064 0.074 0.029 0.039 0.149 0.024 0.530 222 H 0.140 0.050 0.061 0.030 0.043 0.118 0.020 0.537 223 H 0.076 0.044 0.035 0.022 0.035 0.100 0.011 0.677