# TARGET T0470 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0470.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2118 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.054 0.029 0.046 0.047 0.073 0.083 0.008 0.661 2 T 0.011 0.006 0.007 0.006 0.012 0.145 0.002 0.810 3 K 0.022 0.014 0.011 0.007 0.016 0.130 0.003 0.797 4 Q 0.074 0.067 0.017 0.009 0.018 0.224 0.008 0.583 5 E 0.064 0.173 0.009 0.004 0.006 0.328 0.005 0.411 6 K 0.082 0.508 0.008 0.002 0.008 0.094 0.008 0.289 7 I 0.042 0.813 0.008 0.002 0.008 0.022 0.003 0.102 8 E 0.025 0.821 0.005 0.002 0.003 0.028 0.005 0.112 9 K 0.032 0.835 0.003 0.001 0.002 0.016 0.006 0.106 10 T 0.018 0.934 0.005 0.001 0.001 0.006 0.003 0.033 11 I 0.010 0.943 0.004 0.001 0.001 0.004 0.003 0.034 12 T 0.007 0.940 0.004 0.001 0.001 0.007 0.002 0.038 13 F 0.010 0.959 0.002 0.001 0.001 0.005 0.003 0.021 14 V 0.009 0.976 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 15 K 0.010 0.964 0.006 0.001 0.001 0.002 0.003 0.014 16 H 0.023 0.922 0.004 0.001 0.002 0.004 0.009 0.036 17 I 0.075 0.857 0.006 0.001 0.002 0.004 0.020 0.035 18 L 0.044 0.852 0.016 0.004 0.004 0.007 0.017 0.056 19 E 0.068 0.605 0.036 0.013 0.013 0.039 0.032 0.193 20 K 0.170 0.352 0.029 0.011 0.011 0.038 0.041 0.347 21 D 0.196 0.262 0.036 0.014 0.014 0.051 0.057 0.369 22 A 0.185 0.180 0.059 0.017 0.013 0.099 0.038 0.409 23 S 0.089 0.133 0.045 0.016 0.017 0.203 0.034 0.463 24 G 0.267 0.066 0.035 0.015 0.022 0.109 0.054 0.432 25 H 0.234 0.059 0.095 0.032 0.024 0.162 0.020 0.374 26 D 0.031 0.039 0.047 0.023 0.027 0.139 0.007 0.688 27 W 0.055 0.074 0.061 0.051 0.099 0.108 0.007 0.545 28 Y 0.046 0.125 0.032 0.035 0.052 0.298 0.006 0.405 29 H 0.068 0.189 0.017 0.023 0.041 0.280 0.007 0.376 30 I 0.043 0.603 0.020 0.014 0.038 0.053 0.005 0.223 31 R 0.012 0.705 0.010 0.014 0.020 0.056 0.002 0.181 32 R 0.007 0.712 0.002 0.003 0.005 0.093 0.001 0.177 33 V 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 34 H 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 35 K 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 36 M 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 A 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 I 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 39 S 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 L 0.006 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 41 S 0.007 0.983 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 42 E 0.021 0.953 0.009 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 43 Q 0.108 0.818 0.005 0.001 0.001 0.003 0.032 0.032 44 E 0.088 0.684 0.005 0.001 0.001 0.031 0.110 0.081 45 G 0.522 0.131 0.015 0.002 0.001 0.008 0.182 0.139 46 G 0.143 0.105 0.312 0.007 0.004 0.053 0.030 0.347 47 N 0.027 0.041 0.038 0.020 0.007 0.142 0.008 0.718 48 R 0.010 0.012 0.003 0.001 0.002 0.017 0.001 0.955 49 F 0.021 0.077 0.008 0.003 0.005 0.486 0.002 0.398 50 I 0.036 0.292 0.008 0.004 0.008 0.296 0.003 0.354 51 I 0.011 0.849 0.008 0.004 0.008 0.025 0.001 0.095 52 E 0.001 0.960 0.004 0.001 0.002 0.009 0.001 0.023 53 M 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 54 A 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 A 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 L 0.006 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 57 L 0.015 0.965 0.004 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 58 H 0.038 0.858 0.024 0.004 0.003 0.005 0.031 0.038 59 D 0.059 0.709 0.050 0.012 0.005 0.019 0.037 0.109 60 V 0.107 0.587 0.114 0.011 0.011 0.017 0.033 0.120 61 A 0.063 0.542 0.098 0.028 0.024 0.067 0.021 0.157 62 D 0.108 0.341 0.079 0.026 0.031 0.079 0.028 0.309 63 E 0.184 0.298 0.096 0.023 0.030 0.053 0.027 0.289 64 K 0.091 0.134 0.057 0.021 0.026 0.090 0.027 0.553 65 L 0.096 0.100 0.080 0.031 0.044 0.104 0.020 0.526 66 N 0.046 0.051 0.040 0.015 0.019 0.170 0.014 0.646 67 E 0.049 0.023 0.016 0.005 0.007 0.130 0.010 0.760 68 S 0.116 0.037 0.018 0.004 0.005 0.198 0.015 0.608 69 E 0.142 0.129 0.024 0.005 0.007 0.192 0.015 0.486 70 E 0.103 0.192 0.010 0.003 0.007 0.300 0.011 0.374 71 A 0.122 0.329 0.008 0.002 0.004 0.292 0.016 0.225 72 G 0.238 0.370 0.014 0.002 0.005 0.054 0.027 0.290 73 M 0.084 0.536 0.052 0.003 0.005 0.030 0.007 0.282 74 K 0.022 0.500 0.017 0.006 0.006 0.066 0.005 0.379 75 K 0.050 0.600 0.005 0.002 0.004 0.076 0.005 0.258 76 V 0.045 0.873 0.007 0.001 0.002 0.013 0.004 0.057 77 S 0.029 0.902 0.007 0.001 0.002 0.007 0.004 0.047 78 D 0.012 0.907 0.005 0.001 0.001 0.010 0.003 0.062 79 W 0.025 0.917 0.003 0.001 0.001 0.005 0.006 0.043 80 L 0.027 0.935 0.009 0.001 0.002 0.002 0.004 0.021 81 E 0.048 0.890 0.014 0.003 0.003 0.005 0.010 0.027 82 E 0.138 0.723 0.008 0.001 0.002 0.006 0.034 0.089 83 L 0.227 0.509 0.016 0.002 0.002 0.024 0.092 0.128 84 H 0.296 0.201 0.043 0.006 0.004 0.046 0.082 0.321 85 V 0.079 0.086 0.353 0.013 0.011 0.064 0.012 0.381 86 E 0.024 0.046 0.040 0.009 0.005 0.214 0.005 0.656 87 E 0.025 0.030 0.008 0.001 0.002 0.072 0.003 0.860 88 E 0.050 0.082 0.013 0.001 0.002 0.274 0.007 0.572 89 E 0.137 0.161 0.005 0.001 0.002 0.455 0.014 0.224 90 S 0.144 0.628 0.005 0.001 0.003 0.024 0.010 0.186 91 K 0.026 0.832 0.009 0.001 0.001 0.020 0.003 0.107 92 H 0.026 0.665 0.004 0.001 0.002 0.054 0.005 0.243 93 V 0.010 0.908 0.004 0.001 0.001 0.007 0.002 0.068 94 L 0.004 0.935 0.004 0.002 0.002 0.013 0.001 0.038 95 H 0.005 0.962 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 96 I 0.001 0.991 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 97 I 0.002 0.991 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 98 A 0.004 0.987 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 99 N 0.019 0.934 0.009 0.002 0.004 0.001 0.022 0.010 100 M 0.277 0.509 0.022 0.006 0.006 0.005 0.132 0.043 101 S 0.128 0.399 0.126 0.024 0.016 0.034 0.085 0.189 102 Y 0.067 0.147 0.184 0.047 0.046 0.093 0.042 0.374 103 K 0.066 0.050 0.047 0.025 0.020 0.244 0.021 0.526 104 G 0.100 0.028 0.030 0.015 0.017 0.139 0.027 0.644 105 G 0.267 0.023 0.043 0.014 0.015 0.111 0.034 0.494 106 H 0.087 0.030 0.050 0.027 0.027 0.177 0.011 0.591 107 G 0.031 0.013 0.018 0.018 0.039 0.088 0.005 0.788 108 G 0.034 0.006 0.011 0.009 0.025 0.052 0.004 0.859 109 K 0.098 0.014 0.036 0.032 0.044 0.152 0.008 0.616 110 V 0.060 0.016 0.036 0.035 0.053 0.076 0.004 0.719 111 E 0.054 0.032 0.058 0.072 0.119 0.099 0.003 0.563 112 S 0.031 0.041 0.028 0.032 0.056 0.066 0.003 0.743 113 I 0.020 0.053 0.017 0.012 0.040 0.063 0.003 0.793 114 E 0.031 0.126 0.010 0.008 0.023 0.446 0.007 0.349 115 G 0.181 0.304 0.010 0.008 0.014 0.170 0.025 0.287 116 K 0.164 0.502 0.024 0.009 0.010 0.055 0.015 0.222 117 L 0.027 0.796 0.064 0.007 0.010 0.021 0.004 0.073 118 V 0.037 0.741 0.024 0.016 0.043 0.012 0.006 0.122 119 Q 0.044 0.830 0.016 0.013 0.026 0.014 0.005 0.052 120 D 0.068 0.666 0.011 0.005 0.011 0.016 0.022 0.201 121 A 0.075 0.779 0.032 0.004 0.006 0.010 0.016 0.078 122 D 0.021 0.575 0.048 0.010 0.008 0.091 0.013 0.235 123 R 0.063 0.469 0.031 0.008 0.009 0.132 0.016 0.272 124 L 0.045 0.692 0.079 0.004 0.008 0.050 0.007 0.113 125 D 0.047 0.706 0.041 0.011 0.009 0.034 0.009 0.142 126 A 0.026 0.855 0.051 0.002 0.003 0.006 0.004 0.053 127 L 0.032 0.765 0.014 0.002 0.005 0.046 0.023 0.114 128 G 0.362 0.425 0.012 0.004 0.006 0.027 0.071 0.093 129 A 0.184 0.423 0.195 0.007 0.008 0.020 0.036 0.126 130 I 0.056 0.239 0.154 0.023 0.015 0.062 0.025 0.427 131 G 0.046 0.086 0.043 0.011 0.014 0.073 0.010 0.718 132 I 0.052 0.103 0.051 0.010 0.019 0.088 0.007 0.669 133 A 0.064 0.218 0.075 0.032 0.043 0.138 0.013 0.419 134 R 0.086 0.304 0.057 0.029 0.037 0.091 0.009 0.387 135 T 0.064 0.448 0.055 0.016 0.030 0.040 0.007 0.340 136 F 0.042 0.554 0.055 0.026 0.047 0.026 0.008 0.242 137 A 0.048 0.587 0.023 0.022 0.039 0.067 0.012 0.201 138 Y 0.085 0.653 0.022 0.018 0.034 0.036 0.018 0.134 139 G 0.101 0.577 0.041 0.019 0.032 0.026 0.033 0.170 140 G 0.145 0.306 0.049 0.031 0.031 0.047 0.047 0.344 141 A 0.153 0.275 0.072 0.037 0.037 0.075 0.032 0.319 142 K 0.091 0.236 0.071 0.057 0.072 0.079 0.025 0.370 143 G 0.099 0.128 0.052 0.044 0.067 0.084 0.027 0.499 144 R 0.165 0.086 0.084 0.062 0.066 0.114 0.025 0.397 145 L 0.132 0.071 0.057 0.075 0.064 0.082 0.020 0.500 146 M 0.079 0.041 0.070 0.228 0.259 0.028 0.010 0.285 147 Y 0.065 0.036 0.082 0.060 0.116 0.117 0.010 0.515 148 D 0.060 0.024 0.043 0.258 0.163 0.150 0.009 0.293 149 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 150 T 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.954 0.002 0.034 151 I 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.015 0.035 152 P 0.015 0.006 0.013 0.004 0.007 0.050 0.001 0.904 153 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 154 R 0.047 0.005 0.019 0.028 0.096 0.114 0.001 0.689 155 E 0.325 0.039 0.013 0.028 0.040 0.153 0.004 0.397 156 V 0.230 0.214 0.026 0.038 0.083 0.042 0.008 0.359 157 M 0.171 0.322 0.059 0.049 0.078 0.065 0.012 0.245 158 T 0.145 0.223 0.021 0.027 0.042 0.086 0.023 0.433 159 K 0.095 0.326 0.029 0.022 0.043 0.055 0.021 0.409 160 D 0.027 0.126 0.014 0.007 0.010 0.238 0.015 0.564 161 E 0.154 0.112 0.008 0.006 0.007 0.321 0.041 0.352 162 Y 0.360 0.319 0.026 0.007 0.010 0.055 0.030 0.194 163 R 0.097 0.477 0.034 0.026 0.028 0.095 0.015 0.228 164 K 0.188 0.323 0.021 0.013 0.023 0.044 0.028 0.359 165 N 0.315 0.189 0.027 0.018 0.026 0.030 0.038 0.356 166 N 0.076 0.058 0.016 0.010 0.013 0.069 0.027 0.731 167 D 0.115 0.030 0.036 0.016 0.015 0.157 0.023 0.608 168 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 169 S 0.024 0.011 0.011 0.006 0.010 0.682 0.003 0.252 170 L 0.454 0.043 0.016 0.005 0.008 0.138 0.007 0.328 171 N 0.104 0.273 0.027 0.008 0.012 0.132 0.007 0.437 172 H 0.047 0.197 0.014 0.003 0.006 0.200 0.004 0.529 173 F 0.047 0.459 0.013 0.002 0.006 0.147 0.005 0.321 174 Y 0.025 0.744 0.007 0.004 0.009 0.048 0.004 0.160 175 E 0.017 0.838 0.007 0.002 0.004 0.035 0.002 0.095 176 K 0.010 0.956 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.024 177 L 0.009 0.978 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 178 L 0.010 0.970 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.012 179 K 0.070 0.871 0.003 0.001 0.001 0.004 0.022 0.028 180 L 0.111 0.796 0.009 0.001 0.002 0.005 0.034 0.042 181 K 0.053 0.665 0.025 0.004 0.002 0.031 0.032 0.189 182 D 0.056 0.335 0.037 0.005 0.004 0.042 0.028 0.493 183 L 0.196 0.357 0.064 0.007 0.005 0.058 0.028 0.286 184 M 0.088 0.542 0.045 0.013 0.011 0.092 0.017 0.192 185 N 0.141 0.457 0.033 0.008 0.014 0.079 0.019 0.248 186 T 0.122 0.506 0.057 0.008 0.011 0.041 0.013 0.242 187 N 0.039 0.299 0.033 0.008 0.010 0.072 0.010 0.530 188 A 0.037 0.286 0.018 0.006 0.009 0.164 0.008 0.472 189 A 0.051 0.519 0.020 0.006 0.011 0.159 0.008 0.224 190 K 0.065 0.710 0.014 0.004 0.006 0.045 0.007 0.150 191 Q 0.023 0.844 0.009 0.001 0.002 0.017 0.003 0.100 192 E 0.012 0.885 0.003 0.001 0.001 0.022 0.003 0.073 193 A 0.014 0.917 0.002 0.001 0.001 0.011 0.003 0.051 194 E 0.016 0.922 0.003 0.001 0.001 0.008 0.004 0.045 195 V 0.013 0.947 0.004 0.001 0.001 0.006 0.003 0.026 196 R 0.006 0.978 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 197 H 0.010 0.971 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 198 R 0.014 0.949 0.002 0.001 0.001 0.005 0.004 0.026 199 Y 0.031 0.906 0.002 0.001 0.001 0.009 0.008 0.044 200 M 0.016 0.937 0.005 0.001 0.001 0.005 0.003 0.034 201 E 0.009 0.922 0.005 0.001 0.001 0.012 0.002 0.049 202 Q 0.005 0.920 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.058 203 F 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 204 I 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 205 E 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 206 Q 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 207 F 0.009 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 208 M 0.005 0.991 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 209 K 0.009 0.975 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 210 E 0.051 0.899 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 0.018 211 W 0.130 0.801 0.008 0.001 0.001 0.002 0.031 0.028 212 N 0.032 0.823 0.036 0.001 0.001 0.015 0.019 0.074 213 A 0.063 0.586 0.028 0.003 0.002 0.018 0.023 0.277 214 Q 0.124 0.556 0.026 0.002 0.002 0.053 0.017 0.219 215 I 0.051 0.684 0.021 0.005 0.004 0.039 0.009 0.186 216 L 0.033 0.668 0.042 0.006 0.010 0.019 0.007 0.215 217 E 0.049 0.686 0.027 0.007 0.007 0.042 0.010 0.172 218 H 0.129 0.617 0.013 0.007 0.010 0.025 0.021 0.177 219 H 0.126 0.693 0.025 0.009 0.015 0.014 0.020 0.099 220 H 0.101 0.459 0.031 0.017 0.022 0.041 0.031 0.299 221 H 0.154 0.231 0.023 0.018 0.026 0.053 0.038 0.458 222 H 0.141 0.121 0.029 0.014 0.018 0.058 0.032 0.588 223 H 0.099 0.059 0.032 0.020 0.022 0.074 0.023 0.670