# TARGET T0470 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0470.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 240 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.009 0.014 0.003 0.062 0.249 0.663 2 T 0.012 0.025 0.003 0.119 0.143 0.698 3 K 0.003 0.002 0.006 0.887 0.049 0.053 4 Q 0.002 0.001 0.004 0.938 0.039 0.016 5 E 0.001 0.001 0.004 0.943 0.034 0.016 6 K 0.001 0.002 0.004 0.961 0.019 0.013 7 I 0.001 0.001 0.003 0.973 0.012 0.010 8 E 0.001 0.001 0.003 0.976 0.011 0.009 9 K 0.001 0.001 0.003 0.978 0.007 0.011 10 T 0.001 0.001 0.002 0.981 0.004 0.012 11 I 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.005 12 T 0.001 0.001 0.001 0.989 0.003 0.006 13 F 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.003 14 V 0.001 0.001 0.002 0.988 0.006 0.004 15 K 0.001 0.001 0.005 0.979 0.011 0.004 16 H 0.001 0.001 0.005 0.945 0.029 0.020 17 I 0.001 0.001 0.007 0.864 0.054 0.074 18 L 0.003 0.009 0.024 0.700 0.160 0.103 19 E 0.005 0.007 0.044 0.475 0.332 0.137 20 K 0.004 0.003 0.038 0.220 0.444 0.292 21 D 0.003 0.005 0.022 0.051 0.564 0.354 22 A 0.004 0.009 0.028 0.061 0.461 0.437 23 S 0.005 0.011 0.040 0.135 0.505 0.304 24 G 0.005 0.011 0.051 0.204 0.383 0.347 25 H 0.005 0.013 0.034 0.274 0.245 0.428 26 D 0.004 0.007 0.011 0.346 0.104 0.528 27 W 0.001 0.001 0.004 0.963 0.014 0.019 28 Y 0.001 0.001 0.003 0.985 0.007 0.005 29 H 0.001 0.001 0.003 0.992 0.002 0.002 30 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 31 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 32 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 33 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 34 H 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 35 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 36 M 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.004 37 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.003 38 I 0.001 0.001 0.002 0.988 0.006 0.004 39 S 0.001 0.001 0.001 0.991 0.005 0.003 40 L 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.002 41 S 0.001 0.001 0.004 0.985 0.008 0.003 42 E 0.001 0.001 0.008 0.980 0.009 0.003 43 Q 0.001 0.001 0.011 0.942 0.028 0.017 44 E 0.001 0.001 0.012 0.802 0.069 0.116 45 G 0.001 0.001 0.002 0.020 0.098 0.879 46 G 0.001 0.004 0.001 0.009 0.122 0.863 47 N 0.001 0.003 0.001 0.008 0.064 0.925 48 R 0.001 0.002 0.005 0.897 0.035 0.059 49 F 0.001 0.001 0.001 0.985 0.004 0.007 50 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 51 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 52 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 53 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 54 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 55 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 56 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.002 57 L 0.002 0.001 0.002 0.971 0.012 0.013 58 H 0.013 0.003 0.009 0.796 0.065 0.115 59 D 0.017 0.006 0.021 0.718 0.096 0.142 60 V 0.039 0.015 0.025 0.626 0.166 0.129 61 A 0.036 0.009 0.023 0.426 0.263 0.242 62 D 0.035 0.014 0.026 0.243 0.336 0.345 63 E 0.024 0.013 0.061 0.245 0.391 0.265 64 K 0.018 0.018 0.078 0.182 0.394 0.311 65 L 0.015 0.010 0.082 0.143 0.421 0.329 66 N 0.010 0.012 0.053 0.134 0.414 0.378 67 E 0.006 0.010 0.040 0.129 0.386 0.430 68 S 0.003 0.005 0.075 0.201 0.389 0.328 69 E 0.002 0.004 0.078 0.351 0.335 0.230 70 E 0.003 0.004 0.062 0.519 0.251 0.160 71 A 0.003 0.004 0.041 0.679 0.144 0.128 72 G 0.005 0.004 0.027 0.754 0.081 0.130 73 M 0.002 0.001 0.015 0.925 0.027 0.030 74 K 0.002 0.001 0.012 0.935 0.025 0.026 75 K 0.001 0.001 0.009 0.969 0.009 0.011 76 V 0.001 0.001 0.004 0.985 0.004 0.006 77 S 0.001 0.001 0.003 0.986 0.006 0.004 78 D 0.001 0.001 0.002 0.990 0.005 0.003 79 W 0.001 0.001 0.002 0.991 0.004 0.002 80 L 0.001 0.001 0.006 0.980 0.009 0.003 81 E 0.001 0.001 0.020 0.958 0.016 0.005 82 E 0.001 0.001 0.023 0.924 0.033 0.019 83 L 0.001 0.001 0.019 0.794 0.070 0.117 84 H 0.001 0.001 0.001 0.009 0.058 0.931 85 V 0.001 0.005 0.001 0.002 0.083 0.908 86 E 0.001 0.002 0.001 0.005 0.068 0.924 87 E 0.001 0.001 0.056 0.881 0.038 0.024 88 E 0.001 0.001 0.049 0.917 0.025 0.008 89 E 0.001 0.001 0.026 0.962 0.008 0.004 90 S 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 91 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 92 H 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 93 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 94 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 95 H 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 96 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 97 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 98 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.004 0.003 99 N 0.001 0.001 0.002 0.970 0.010 0.016 100 M 0.006 0.002 0.004 0.889 0.033 0.066 101 S 0.030 0.012 0.012 0.432 0.160 0.354 102 Y 0.022 0.008 0.057 0.309 0.308 0.296 103 K 0.017 0.008 0.126 0.289 0.387 0.172 104 G 0.024 0.006 0.164 0.207 0.438 0.162 105 G 0.029 0.012 0.104 0.138 0.494 0.223 106 H 0.033 0.014 0.125 0.093 0.507 0.228 107 G 0.039 0.012 0.094 0.078 0.480 0.299 108 G 0.051 0.016 0.107 0.066 0.439 0.321 109 K 0.059 0.018 0.044 0.043 0.403 0.433 110 V 0.048 0.017 0.023 0.040 0.247 0.625 111 E 0.045 0.027 0.007 0.056 0.160 0.705 112 S 0.017 0.012 0.002 0.066 0.088 0.816 113 I 0.001 0.001 0.008 0.969 0.010 0.013 114 E 0.001 0.001 0.009 0.978 0.009 0.003 115 G 0.001 0.001 0.013 0.970 0.013 0.003 116 K 0.001 0.001 0.009 0.969 0.014 0.006 117 L 0.001 0.001 0.003 0.980 0.011 0.005 118 V 0.001 0.001 0.003 0.967 0.016 0.013 119 Q 0.001 0.001 0.002 0.954 0.015 0.027 120 D 0.002 0.004 0.002 0.941 0.015 0.038 121 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 122 D 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 123 R 0.001 0.001 0.001 0.989 0.007 0.002 124 L 0.001 0.001 0.001 0.986 0.010 0.003 125 D 0.001 0.001 0.001 0.968 0.024 0.006 126 A 0.001 0.001 0.007 0.868 0.092 0.031 127 L 0.001 0.001 0.009 0.787 0.094 0.109 128 G 0.002 0.010 0.013 0.341 0.216 0.418 129 A 0.005 0.008 0.012 0.383 0.165 0.426 130 I 0.008 0.005 0.008 0.795 0.061 0.123 131 G 0.010 0.002 0.006 0.890 0.029 0.064 132 I 0.005 0.001 0.002 0.979 0.005 0.009 133 A 0.003 0.001 0.001 0.983 0.005 0.007 134 R 0.003 0.001 0.001 0.993 0.002 0.002 135 T 0.004 0.001 0.002 0.989 0.003 0.002 136 F 0.004 0.001 0.002 0.979 0.008 0.006 137 A 0.008 0.001 0.004 0.964 0.013 0.009 138 Y 0.011 0.002 0.005 0.934 0.030 0.018 139 G 0.008 0.003 0.006 0.919 0.037 0.026 140 G 0.020 0.005 0.023 0.566 0.227 0.159 141 A 0.017 0.011 0.043 0.475 0.362 0.091 142 K 0.019 0.011 0.050 0.240 0.510 0.170 143 G 0.020 0.006 0.024 0.054 0.557 0.339 144 R 0.078 0.047 0.034 0.024 0.483 0.334 145 L 0.172 0.075 0.034 0.027 0.303 0.388 146 M 0.144 0.077 0.040 0.031 0.359 0.349 147 Y 0.117 0.127 0.016 0.022 0.281 0.435 148 D 0.041 0.053 0.013 0.012 0.750 0.131 149 P 0.012 0.004 0.084 0.042 0.790 0.068 150 T 0.010 0.007 0.068 0.031 0.825 0.057 151 I 0.019 0.028 0.042 0.032 0.798 0.080 152 P 0.029 0.029 0.021 0.054 0.428 0.438 153 P 0.021 0.032 0.092 0.156 0.392 0.307 154 R 0.028 0.019 0.141 0.126 0.483 0.202 155 E 0.042 0.014 0.137 0.179 0.419 0.210 156 V 0.053 0.026 0.082 0.178 0.389 0.271 157 M 0.049 0.023 0.035 0.242 0.301 0.349 158 T 0.041 0.009 0.022 0.147 0.336 0.445 159 K 0.019 0.006 0.089 0.532 0.229 0.126 160 D 0.029 0.012 0.081 0.517 0.228 0.133 161 E 0.029 0.008 0.081 0.461 0.262 0.159 162 Y 0.028 0.012 0.038 0.399 0.228 0.295 163 R 0.014 0.011 0.056 0.432 0.258 0.228 164 K 0.006 0.003 0.049 0.327 0.334 0.282 165 N 0.004 0.004 0.042 0.280 0.317 0.353 166 N 0.004 0.005 0.037 0.565 0.207 0.182 167 D 0.003 0.002 0.021 0.773 0.114 0.087 168 P 0.004 0.003 0.021 0.852 0.062 0.057 169 S 0.006 0.005 0.016 0.928 0.018 0.028 170 L 0.002 0.001 0.007 0.981 0.004 0.005 171 N 0.001 0.001 0.006 0.988 0.003 0.002 172 H 0.001 0.001 0.006 0.989 0.003 0.002 173 F 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 174 Y 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 175 E 0.001 0.001 0.004 0.990 0.004 0.002 176 K 0.001 0.001 0.007 0.981 0.007 0.004 177 L 0.001 0.001 0.008 0.970 0.012 0.008 178 L 0.001 0.001 0.010 0.952 0.018 0.019 179 K 0.001 0.002 0.014 0.703 0.078 0.203 180 L 0.003 0.004 0.051 0.682 0.100 0.160 181 K 0.003 0.004 0.275 0.564 0.112 0.042 182 D 0.002 0.002 0.455 0.415 0.097 0.030 183 L 0.001 0.001 0.345 0.525 0.098 0.030 184 M 0.005 0.006 0.070 0.612 0.176 0.130 185 N 0.006 0.006 0.012 0.401 0.170 0.405 186 T 0.002 0.002 0.002 0.349 0.065 0.579 187 N 0.001 0.001 0.003 0.898 0.021 0.077 188 A 0.001 0.001 0.006 0.947 0.021 0.025 189 A 0.001 0.001 0.007 0.960 0.015 0.016 190 K 0.001 0.001 0.003 0.987 0.006 0.004 191 Q 0.001 0.001 0.003 0.985 0.006 0.005 192 E 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.003 193 A 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.002 194 E 0.001 0.001 0.002 0.991 0.005 0.002 195 V 0.001 0.001 0.001 0.987 0.005 0.006 196 R 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.006 197 H 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.003 198 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 199 Y 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.004 200 M 0.001 0.001 0.001 0.991 0.003 0.005 201 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.003 202 Q 0.001 0.001 0.001 0.991 0.003 0.006 203 F 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.005 204 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 205 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.003 206 Q 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 207 F 0.001 0.001 0.002 0.989 0.006 0.003 208 M 0.001 0.001 0.006 0.979 0.011 0.003 209 K 0.001 0.001 0.006 0.921 0.048 0.024 210 E 0.001 0.001 0.008 0.779 0.093 0.118 211 W 0.007 0.013 0.017 0.635 0.156 0.173 212 N 0.014 0.009 0.031 0.397 0.337 0.212 213 A 0.012 0.004 0.071 0.214 0.407 0.291 214 Q 0.017 0.006 0.082 0.085 0.477 0.332 215 I 0.055 0.011 0.060 0.103 0.413 0.357 216 L 0.096 0.024 0.042 0.115 0.371 0.352 217 E 0.108 0.017 0.034 0.089 0.404 0.348 218 H 0.203 0.019 0.053 0.088 0.377 0.259 219 H 0.235 0.020 0.038 0.044 0.358 0.305 220 H 0.274 0.020 0.032 0.048 0.271 0.355 221 H 0.240 0.035 0.015 0.033 0.150 0.527 222 H 0.121 0.031 0.006 0.030 0.112 0.699 223 H 0.004 0.005 0.001 0.005 0.024 0.960