# TARGET T0468 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0468.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.8848 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.018 0.013 0.599 0.013 0.013 0.020 0.007 0.003 0.040 0.075 0.030 0.084 0.084 2 E 0.018 0.010 0.539 0.014 0.019 0.032 0.014 0.002 0.066 0.086 0.061 0.058 0.079 3 R 0.027 0.020 0.252 0.008 0.059 0.095 0.013 0.008 0.077 0.089 0.086 0.063 0.205 4 A 0.026 0.045 0.345 0.020 0.018 0.047 0.010 0.005 0.034 0.096 0.037 0.220 0.094 5 S 0.016 0.016 0.537 0.008 0.025 0.045 0.004 0.001 0.024 0.056 0.022 0.066 0.180 6 L 0.010 0.012 0.146 0.009 0.296 0.262 0.002 0.002 0.010 0.040 0.102 0.023 0.086 7 N 0.008 0.007 0.095 0.019 0.298 0.273 0.001 0.001 0.008 0.051 0.181 0.040 0.018 8 R 0.016 0.013 0.146 0.003 0.223 0.235 0.002 0.001 0.012 0.077 0.169 0.025 0.078 9 I 0.026 0.028 0.227 0.014 0.053 0.092 0.003 0.002 0.011 0.127 0.289 0.056 0.072 10 G 0.020 0.018 0.344 0.017 0.017 0.024 0.002 0.001 0.010 0.166 0.263 0.059 0.060 11 K 0.017 0.008 0.296 0.027 0.017 0.010 0.001 0.001 0.010 0.231 0.215 0.035 0.130 12 D 0.058 0.009 0.224 0.074 0.007 0.002 0.004 0.001 0.015 0.196 0.098 0.198 0.116 13 V 0.241 0.004 0.095 0.030 0.004 0.001 0.023 0.003 0.037 0.033 0.007 0.082 0.440 14 Y 0.603 0.001 0.012 0.041 0.001 0.001 0.099 0.009 0.028 0.003 0.001 0.143 0.059 15 Y 0.780 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.072 0.019 0.008 0.001 0.001 0.043 0.069 16 M 0.812 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.064 0.011 0.003 0.001 0.001 0.073 0.031 17 Q 0.770 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.041 0.008 0.006 0.001 0.001 0.070 0.100 18 I 0.535 0.003 0.013 0.006 0.001 0.001 0.031 0.006 0.016 0.002 0.001 0.114 0.273 19 K 0.130 0.010 0.181 0.048 0.002 0.001 0.013 0.001 0.028 0.071 0.035 0.242 0.237 20 G 0.014 0.004 0.115 0.040 0.011 0.001 0.002 0.001 0.008 0.242 0.380 0.072 0.111 21 E 0.003 0.003 0.033 0.027 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.118 0.776 0.017 0.012 22 G 0.026 0.032 0.203 0.012 0.022 0.003 0.003 0.001 0.005 0.261 0.219 0.125 0.090 23 T 0.045 0.072 0.260 0.004 0.010 0.003 0.003 0.001 0.007 0.071 0.015 0.166 0.344 24 I 0.056 0.098 0.198 0.010 0.008 0.004 0.003 0.001 0.006 0.028 0.010 0.196 0.383 25 E 0.043 0.032 0.317 0.026 0.019 0.012 0.004 0.001 0.008 0.055 0.054 0.141 0.289 26 K 0.020 0.013 0.351 0.024 0.045 0.021 0.002 0.001 0.004 0.112 0.180 0.074 0.153 27 V 0.012 0.012 0.306 0.013 0.051 0.029 0.001 0.001 0.004 0.148 0.315 0.050 0.059 28 D 0.011 0.017 0.236 0.011 0.034 0.026 0.001 0.001 0.004 0.171 0.405 0.033 0.051 29 G 0.022 0.029 0.252 0.011 0.034 0.031 0.002 0.001 0.006 0.191 0.230 0.070 0.120 30 R 0.040 0.037 0.359 0.024 0.015 0.017 0.004 0.001 0.012 0.093 0.059 0.145 0.194 31 N 0.097 0.023 0.185 0.030 0.013 0.009 0.007 0.001 0.016 0.056 0.043 0.242 0.279 32 L 0.136 0.012 0.123 0.059 0.013 0.008 0.011 0.001 0.020 0.031 0.025 0.128 0.431 33 R 0.153 0.006 0.090 0.035 0.008 0.004 0.009 0.001 0.014 0.028 0.012 0.505 0.135 34 N 0.252 0.006 0.046 0.028 0.008 0.004 0.020 0.003 0.017 0.020 0.009 0.098 0.488 35 Y 0.171 0.004 0.030 0.008 0.002 0.002 0.017 0.002 0.010 0.010 0.003 0.627 0.115 36 T 0.230 0.018 0.051 0.019 0.003 0.002 0.019 0.001 0.014 0.009 0.004 0.037 0.593 37 L 0.022 0.003 0.139 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 0.002 0.728 0.055 38 P 0.027 0.004 0.134 0.014 0.047 0.007 0.003 0.001 0.011 0.022 0.044 0.032 0.657 39 A 0.061 0.017 0.078 0.020 0.114 0.021 0.004 0.001 0.014 0.058 0.115 0.366 0.131 40 Y 0.050 0.173 0.125 0.011 0.055 0.011 0.002 0.001 0.009 0.079 0.029 0.153 0.302 41 D 0.008 0.028 0.510 0.001 0.016 0.005 0.001 0.001 0.004 0.083 0.016 0.145 0.184 42 E 0.002 0.006 0.030 0.029 0.067 0.029 0.001 0.001 0.001 0.034 0.743 0.011 0.048 43 D 0.001 0.001 0.005 0.005 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.013 0.956 0.005 0.001 44 G 0.006 0.013 0.226 0.008 0.034 0.008 0.001 0.001 0.002 0.206 0.430 0.018 0.048 45 V 0.010 0.039 0.427 0.008 0.007 0.006 0.001 0.001 0.006 0.078 0.032 0.282 0.106 46 K 0.046 0.040 0.051 0.012 0.008 0.001 0.002 0.001 0.005 0.012 0.005 0.019 0.799 47 K 0.045 0.003 0.043 0.095 0.003 0.001 0.003 0.001 0.005 0.033 0.005 0.728 0.037 48 Q 0.144 0.002 0.031 0.008 0.001 0.001 0.007 0.001 0.008 0.006 0.001 0.032 0.760 49 I 0.228 0.002 0.042 0.009 0.001 0.001 0.027 0.001 0.011 0.007 0.001 0.603 0.068 50 T 0.401 0.003 0.023 0.016 0.001 0.001 0.057 0.003 0.014 0.003 0.001 0.126 0.354 51 F 0.345 0.002 0.028 0.008 0.002 0.001 0.036 0.006 0.013 0.005 0.001 0.217 0.336 52 R 0.180 0.006 0.098 0.054 0.008 0.004 0.044 0.008 0.069 0.017 0.008 0.238 0.266 53 S 0.115 0.005 0.086 0.009 0.019 0.010 0.016 0.004 0.056 0.022 0.020 0.234 0.404 54 T 0.062 0.044 0.279 0.018 0.014 0.013 0.010 0.002 0.045 0.095 0.043 0.109 0.267 55 K 0.012 0.025 0.426 0.013 0.021 0.021 0.002 0.001 0.011 0.150 0.026 0.223 0.071 56 K 0.006 0.011 0.103 0.003 0.199 0.196 0.001 0.001 0.005 0.032 0.327 0.012 0.107 57 E 0.011 0.016 0.056 0.012 0.213 0.097 0.001 0.001 0.001 0.053 0.490 0.026 0.023 58 N 0.008 0.008 0.237 0.008 0.082 0.091 0.001 0.001 0.002 0.186 0.335 0.027 0.014 59 D 0.005 0.009 0.248 0.004 0.048 0.167 0.001 0.001 0.002 0.172 0.288 0.010 0.046 60 H 0.012 0.029 0.254 0.008 0.044 0.256 0.001 0.001 0.004 0.128 0.122 0.103 0.038 61 K 0.037 0.033 0.190 0.006 0.076 0.154 0.002 0.001 0.007 0.086 0.109 0.050 0.250 62 L 0.029 0.032 0.252 0.019 0.049 0.143 0.002 0.001 0.014 0.113 0.139 0.104 0.102 63 N 0.022 0.022 0.368 0.024 0.033 0.069 0.003 0.002 0.020 0.103 0.087 0.095 0.150 64 K 0.034 0.015 0.156 0.046 0.069 0.083 0.004 0.003 0.022 0.124 0.146 0.083 0.217 65 Y 0.085 0.008 0.171 0.095 0.033 0.035 0.005 0.002 0.033 0.106 0.145 0.111 0.169 66 A 0.274 0.005 0.112 0.068 0.014 0.008 0.022 0.005 0.036 0.074 0.050 0.175 0.156 67 F 0.509 0.003 0.024 0.034 0.003 0.001 0.065 0.017 0.041 0.016 0.009 0.070 0.208 68 L 0.814 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 0.049 0.010 0.006 0.001 0.001 0.058 0.040 69 R 0.831 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.041 0.010 0.005 0.001 0.001 0.067 0.036 70 L 0.745 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.069 0.012 0.009 0.001 0.001 0.042 0.119 71 Y 0.700 0.001 0.004 0.013 0.001 0.001 0.043 0.012 0.019 0.001 0.001 0.124 0.082 72 V 0.353 0.004 0.036 0.017 0.001 0.002 0.036 0.009 0.046 0.010 0.004 0.195 0.285 73 D 0.083 0.016 0.230 0.015 0.006 0.007 0.014 0.003 0.057 0.090 0.054 0.126 0.300 74 Q 0.011 0.017 0.324 0.017 0.023 0.015 0.002 0.001 0.015 0.226 0.232 0.045 0.072 75 D 0.003 0.011 0.235 0.006 0.044 0.024 0.001 0.001 0.004 0.196 0.441 0.018 0.017 76 D 0.003 0.017 0.161 0.003 0.081 0.036 0.001 0.001 0.002 0.165 0.507 0.007 0.018 77 N 0.004 0.030 0.221 0.005 0.106 0.105 0.001 0.001 0.002 0.205 0.265 0.036 0.021 78 S 0.006 0.023 0.233 0.005 0.152 0.184 0.001 0.001 0.002 0.103 0.205 0.024 0.061 79 K 0.008 0.013 0.134 0.010 0.187 0.307 0.001 0.001 0.002 0.083 0.199 0.025 0.032 80 N 0.010 0.010 0.131 0.008 0.165 0.245 0.001 0.001 0.003 0.115 0.250 0.034 0.027 81 E 0.020 0.021 0.244 0.008 0.087 0.145 0.002 0.001 0.006 0.139 0.238 0.026 0.063 82 I 0.011 0.026 0.533 0.007 0.045 0.108 0.002 0.002 0.013 0.120 0.050 0.043 0.041 83 S 0.009 0.017 0.406 0.021 0.066 0.088 0.003 0.001 0.032 0.124 0.159 0.025 0.050 84 S 0.004 0.009 0.257 0.019 0.073 0.068 0.002 0.003 0.043 0.148 0.321 0.022 0.031 85 I 0.005 0.010 0.498 0.016 0.030 0.035 0.004 0.005 0.074 0.166 0.091 0.025 0.041 86 E 0.010 0.017 0.338 0.010 0.014 0.016 0.014 0.015 0.199 0.153 0.038 0.119 0.057 87 V 0.014 0.030 0.316 0.005 0.008 0.029 0.021 0.027 0.236 0.064 0.023 0.023 0.203 88 K 0.013 0.041 0.399 0.026 0.004 0.022 0.014 0.017 0.089 0.104 0.007 0.232 0.033 89 S 0.004 0.012 0.581 0.005 0.029 0.079 0.006 0.005 0.091 0.045 0.014 0.020 0.108 90 Y 0.002 0.003 0.105 0.005 0.150 0.645 0.002 0.003 0.013 0.021 0.023 0.005 0.024 91 E 0.002 0.002 0.018 0.013 0.253 0.660 0.001 0.001 0.006 0.012 0.016 0.012 0.005 92 E 0.004 0.003 0.027 0.001 0.195 0.668 0.001 0.001 0.014 0.007 0.036 0.009 0.034 93 I 0.005 0.011 0.042 0.002 0.046 0.757 0.002 0.003 0.017 0.016 0.038 0.022 0.037 94 Q 0.003 0.010 0.193 0.003 0.036 0.621 0.001 0.001 0.013 0.030 0.043 0.034 0.012 95 K 0.001 0.001 0.034 0.001 0.116 0.728 0.001 0.001 0.001 0.010 0.101 0.001 0.007 96 A 0.001 0.001 0.027 0.001 0.107 0.477 0.001 0.001 0.001 0.033 0.350 0.003 0.001 97 D 0.001 0.008 0.156 0.001 0.077 0.170 0.001 0.001 0.002 0.141 0.442 0.001 0.003 98 L 0.001 0.007 0.637 0.001 0.006 0.037 0.001 0.001 0.001 0.271 0.038 0.002 0.001 99 P 0.001 0.005 0.666 0.001 0.028 0.179 0.001 0.001 0.001 0.094 0.023 0.001 0.002 100 E 0.001 0.001 0.026 0.001 0.213 0.725 0.001 0.001 0.001 0.015 0.018 0.001 0.001 101 K 0.001 0.001 0.011 0.001 0.150 0.803 0.001 0.001 0.001 0.006 0.026 0.001 0.001 102 V 0.001 0.001 0.009 0.001 0.098 0.875 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 103 K 0.001 0.001 0.020 0.001 0.063 0.878 0.001 0.001 0.004 0.007 0.023 0.001 0.002 104 D 0.001 0.001 0.006 0.001 0.062 0.854 0.001 0.001 0.001 0.013 0.056 0.004 0.002 105 K 0.001 0.001 0.041 0.001 0.052 0.766 0.001 0.001 0.004 0.011 0.115 0.001 0.005 106 F 0.002 0.005 0.258 0.005 0.028 0.345 0.001 0.001 0.024 0.132 0.165 0.028 0.006 107 T 0.002 0.010 0.455 0.001 0.008 0.049 0.003 0.001 0.033 0.159 0.226 0.021 0.034 108 I 0.002 0.044 0.736 0.001 0.003 0.018 0.002 0.001 0.030 0.082 0.017 0.011 0.053 109 K 0.001 0.007 0.854 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.021 0.057 0.003 0.039 0.008