# TARGET T0468 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0468.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.8848 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.056 0.026 0.040 0.044 0.070 0.068 0.007 0.689 2 E 0.033 0.021 0.050 0.083 0.117 0.158 0.008 0.530 3 R 0.077 0.026 0.037 0.056 0.104 0.093 0.013 0.595 4 A 0.076 0.045 0.078 0.093 0.138 0.120 0.011 0.439 5 S 0.040 0.033 0.035 0.081 0.098 0.243 0.010 0.460 6 L 0.052 0.053 0.048 0.041 0.104 0.065 0.010 0.627 7 N 0.023 0.036 0.026 0.051 0.069 0.440 0.012 0.342 8 R 0.293 0.030 0.024 0.036 0.042 0.176 0.057 0.342 9 I 0.161 0.179 0.043 0.048 0.069 0.133 0.026 0.340 10 G 0.114 0.063 0.073 0.109 0.159 0.123 0.020 0.338 11 K 0.044 0.021 0.045 0.091 0.091 0.070 0.014 0.625 12 D 0.035 0.006 0.042 0.183 0.174 0.076 0.009 0.474 13 V 0.027 0.003 0.068 0.238 0.364 0.030 0.004 0.264 14 Y 0.007 0.001 0.126 0.414 0.375 0.023 0.002 0.053 15 Y 0.002 0.001 0.146 0.314 0.435 0.014 0.001 0.088 16 M 0.001 0.001 0.078 0.479 0.423 0.002 0.001 0.017 17 Q 0.001 0.001 0.093 0.352 0.493 0.007 0.001 0.055 18 I 0.001 0.001 0.080 0.361 0.469 0.012 0.001 0.077 19 K 0.001 0.001 0.052 0.358 0.478 0.028 0.001 0.081 20 G 0.004 0.001 0.028 0.133 0.290 0.102 0.004 0.438 21 E 0.029 0.002 0.024 0.049 0.136 0.255 0.020 0.486 22 G 0.131 0.002 0.018 0.036 0.069 0.221 0.038 0.485 23 T 0.105 0.005 0.022 0.078 0.080 0.365 0.013 0.332 24 I 0.020 0.006 0.021 0.099 0.144 0.119 0.003 0.589 25 E 0.014 0.009 0.021 0.141 0.357 0.096 0.003 0.359 26 K 0.035 0.014 0.016 0.061 0.127 0.099 0.007 0.640 27 V 0.095 0.028 0.035 0.096 0.159 0.119 0.016 0.451 28 D 0.095 0.018 0.031 0.067 0.079 0.125 0.022 0.564 29 G 0.083 0.014 0.041 0.057 0.101 0.117 0.020 0.568 30 R 0.074 0.011 0.088 0.130 0.141 0.194 0.011 0.350 31 N 0.025 0.007 0.062 0.100 0.121 0.118 0.005 0.562 32 L 0.017 0.009 0.104 0.135 0.279 0.050 0.003 0.403 33 R 0.016 0.010 0.127 0.198 0.280 0.114 0.005 0.250 34 N 0.046 0.016 0.086 0.158 0.187 0.076 0.012 0.418 35 Y 0.049 0.019 0.116 0.244 0.315 0.048 0.009 0.200 36 T 0.027 0.014 0.078 0.136 0.282 0.083 0.012 0.367 37 L 0.033 0.009 0.064 0.204 0.325 0.067 0.005 0.293 38 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 39 A 0.020 0.003 0.018 0.155 0.339 0.084 0.004 0.378 40 Y 0.192 0.014 0.053 0.127 0.193 0.035 0.007 0.379 41 D 0.029 0.034 0.019 0.328 0.267 0.109 0.003 0.212 42 E 0.002 0.004 0.004 0.008 0.017 0.009 0.001 0.954 43 D 0.010 0.003 0.004 0.005 0.010 0.828 0.020 0.120 44 G 0.811 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.163 0.016 45 V 0.288 0.017 0.051 0.056 0.025 0.394 0.018 0.151 46 K 0.003 0.001 0.018 0.049 0.033 0.114 0.001 0.782 47 K 0.004 0.001 0.033 0.198 0.625 0.034 0.001 0.105 48 Q 0.014 0.001 0.040 0.124 0.275 0.042 0.002 0.503 49 I 0.003 0.001 0.075 0.368 0.464 0.011 0.001 0.077 50 T 0.002 0.001 0.146 0.331 0.354 0.022 0.001 0.144 51 F 0.001 0.001 0.097 0.308 0.420 0.015 0.001 0.158 52 R 0.001 0.001 0.108 0.194 0.459 0.067 0.001 0.168 53 S 0.009 0.003 0.060 0.113 0.238 0.130 0.005 0.442 54 T 0.029 0.008 0.049 0.086 0.163 0.196 0.009 0.460 55 K 0.049 0.010 0.032 0.061 0.114 0.108 0.009 0.618 56 K 0.034 0.027 0.036 0.078 0.157 0.271 0.007 0.390 57 E 0.045 0.031 0.014 0.038 0.055 0.139 0.009 0.670 58 N 0.066 0.066 0.012 0.021 0.052 0.289 0.017 0.477 59 D 0.226 0.040 0.022 0.012 0.027 0.079 0.054 0.540 60 H 0.219 0.058 0.039 0.032 0.026 0.296 0.023 0.308 61 K 0.014 0.010 0.010 0.008 0.007 0.121 0.005 0.825 62 L 0.033 0.027 0.064 0.103 0.276 0.062 0.006 0.429 63 N 0.026 0.062 0.057 0.135 0.158 0.156 0.006 0.399 64 K 0.044 0.066 0.026 0.095 0.115 0.053 0.011 0.590 65 Y 0.132 0.121 0.061 0.114 0.202 0.074 0.017 0.278 66 A 0.151 0.033 0.054 0.257 0.279 0.034 0.021 0.171 67 F 0.010 0.004 0.109 0.356 0.414 0.026 0.004 0.076 68 L 0.002 0.001 0.075 0.478 0.390 0.006 0.001 0.048 69 R 0.001 0.001 0.071 0.381 0.503 0.006 0.001 0.037 70 L 0.002 0.001 0.105 0.333 0.451 0.009 0.001 0.097 71 Y 0.001 0.001 0.077 0.307 0.576 0.004 0.001 0.033 72 V 0.002 0.001 0.039 0.389 0.430 0.017 0.001 0.121 73 D 0.003 0.002 0.028 0.230 0.475 0.064 0.002 0.196 74 Q 0.011 0.004 0.025 0.086 0.295 0.085 0.004 0.491 75 D 0.011 0.005 0.009 0.021 0.054 0.439 0.008 0.453 76 D 0.174 0.009 0.013 0.021 0.047 0.257 0.045 0.433 77 N 0.164 0.044 0.014 0.013 0.020 0.292 0.020 0.434 78 S 0.053 0.016 0.008 0.015 0.018 0.635 0.015 0.241 79 K 0.132 0.052 0.024 0.025 0.064 0.212 0.016 0.474 80 N 0.031 0.047 0.010 0.024 0.036 0.445 0.009 0.398 81 E 0.189 0.037 0.015 0.033 0.046 0.236 0.038 0.405 82 I 0.156 0.250 0.046 0.059 0.084 0.141 0.014 0.250 83 S 0.035 0.109 0.029 0.076 0.078 0.202 0.014 0.457 84 S 0.093 0.088 0.033 0.032 0.085 0.131 0.039 0.498 85 I 0.324 0.055 0.047 0.039 0.045 0.136 0.057 0.297 86 E 0.135 0.013 0.070 0.079 0.055 0.239 0.029 0.379 87 V 0.022 0.009 0.131 0.171 0.220 0.072 0.007 0.370 88 K 0.007 0.003 0.116 0.283 0.315 0.098 0.003 0.175 89 S 0.011 0.006 0.041 0.075 0.093 0.236 0.006 0.532 90 Y 0.023 0.014 0.130 0.077 0.283 0.057 0.006 0.409 91 E 0.009 0.008 0.040 0.072 0.082 0.464 0.008 0.317 92 E 0.131 0.012 0.026 0.054 0.052 0.117 0.053 0.554 93 I 0.151 0.126 0.080 0.099 0.193 0.081 0.009 0.261 94 Q 0.019 0.065 0.031 0.088 0.105 0.180 0.006 0.507 95 K 0.025 0.050 0.024 0.029 0.150 0.041 0.006 0.676 96 A 0.021 0.032 0.007 0.016 0.023 0.230 0.010 0.659 97 D 0.316 0.025 0.005 0.006 0.009 0.146 0.067 0.426 98 L 0.314 0.186 0.022 0.006 0.011 0.202 0.008 0.253 99 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.995 100 E 0.003 0.032 0.002 0.002 0.009 0.072 0.001 0.880 101 K 0.123 0.380 0.003 0.003 0.007 0.075 0.005 0.403 102 V 0.043 0.851 0.002 0.003 0.006 0.019 0.002 0.074 103 K 0.026 0.905 0.008 0.004 0.005 0.011 0.002 0.039 104 D 0.055 0.863 0.003 0.005 0.006 0.007 0.014 0.047 105 K 0.112 0.758 0.012 0.005 0.009 0.005 0.033 0.066 106 F 0.172 0.594 0.043 0.020 0.017 0.010 0.051 0.094 107 T 0.073 0.115 0.331 0.106 0.066 0.055 0.030 0.223 108 I 0.026 0.045 0.225 0.122 0.104 0.054 0.011 0.414 109 K 0.026 0.033 0.144 0.105 0.164 0.083 0.008 0.436