# TARGET T0468 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0468.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.8848 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.109 0.453 0.238 0.048 0.073 0.029 0.010 0.002 0.035 0.002 0.001 2 E 0.158 0.322 0.335 0.053 0.043 0.055 0.010 0.001 0.021 0.001 0.002 3 R 0.171 0.348 0.231 0.086 0.066 0.042 0.014 0.002 0.037 0.002 0.001 4 A 0.250 0.306 0.213 0.081 0.078 0.026 0.011 0.003 0.029 0.004 0.001 5 S 0.125 0.181 0.294 0.097 0.092 0.106 0.036 0.003 0.056 0.007 0.001 6 L 0.587 0.099 0.154 0.101 0.016 0.017 0.007 0.001 0.012 0.002 0.004 7 N 0.482 0.072 0.094 0.229 0.037 0.023 0.036 0.007 0.011 0.008 0.001 8 R 0.327 0.127 0.121 0.197 0.080 0.029 0.052 0.014 0.040 0.012 0.001 9 I 0.222 0.171 0.246 0.269 0.022 0.014 0.033 0.003 0.016 0.003 0.001 10 G 0.031 0.038 0.096 0.037 0.075 0.017 0.118 0.336 0.014 0.238 0.001 11 K 0.123 0.177 0.482 0.077 0.067 0.018 0.020 0.006 0.017 0.011 0.004 12 D 0.038 0.233 0.354 0.146 0.091 0.059 0.035 0.008 0.030 0.005 0.002 13 V 0.009 0.731 0.135 0.021 0.077 0.009 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 14 Y 0.002 0.835 0.067 0.004 0.081 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 15 Y 0.001 0.914 0.047 0.001 0.023 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 16 M 0.001 0.871 0.074 0.001 0.024 0.024 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 17 Q 0.001 0.832 0.090 0.001 0.015 0.053 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 18 I 0.002 0.614 0.242 0.001 0.010 0.117 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 19 K 0.035 0.484 0.312 0.023 0.064 0.032 0.014 0.001 0.032 0.003 0.001 20 G 0.028 0.052 0.043 0.027 0.253 0.019 0.123 0.125 0.018 0.312 0.001 21 E 0.097 0.092 0.225 0.380 0.058 0.012 0.100 0.007 0.014 0.013 0.002 22 G 0.011 0.016 0.038 0.013 0.053 0.004 0.063 0.511 0.004 0.287 0.001 23 T 0.078 0.302 0.490 0.041 0.045 0.023 0.003 0.001 0.013 0.002 0.003 24 I 0.107 0.379 0.363 0.046 0.029 0.038 0.004 0.001 0.029 0.002 0.003 25 E 0.222 0.255 0.300 0.091 0.054 0.034 0.012 0.001 0.024 0.003 0.003 26 K 0.148 0.127 0.205 0.184 0.141 0.061 0.058 0.018 0.036 0.020 0.001 27 V 0.268 0.255 0.191 0.162 0.033 0.024 0.016 0.004 0.040 0.005 0.003 28 D 0.160 0.099 0.245 0.256 0.036 0.028 0.135 0.009 0.016 0.014 0.001 29 G 0.040 0.020 0.044 0.059 0.061 0.015 0.104 0.506 0.006 0.145 0.001 30 R 0.170 0.308 0.319 0.124 0.039 0.013 0.009 0.003 0.012 0.003 0.001 31 N 0.085 0.253 0.311 0.071 0.099 0.064 0.049 0.015 0.035 0.017 0.001 32 L 0.095 0.475 0.253 0.065 0.049 0.034 0.009 0.001 0.017 0.001 0.002 33 R 0.077 0.569 0.170 0.058 0.072 0.023 0.006 0.002 0.022 0.001 0.001 34 N 0.040 0.528 0.241 0.037 0.087 0.035 0.010 0.001 0.019 0.001 0.001 35 Y 0.034 0.650 0.153 0.037 0.077 0.026 0.006 0.001 0.015 0.001 0.001 36 T 0.052 0.560 0.233 0.028 0.045 0.048 0.008 0.001 0.022 0.001 0.001 37 L 0.027 0.312 0.462 0.006 0.035 0.022 0.004 0.001 0.129 0.001 0.002 38 P 0.161 0.023 0.731 0.016 0.006 0.034 0.003 0.001 0.008 0.001 0.018 39 A 0.101 0.324 0.263 0.093 0.113 0.050 0.015 0.016 0.020 0.003 0.002 40 Y 0.076 0.548 0.190 0.069 0.053 0.039 0.003 0.002 0.016 0.002 0.001 41 D 0.046 0.121 0.598 0.018 0.048 0.069 0.021 0.001 0.067 0.011 0.001 42 E 0.953 0.003 0.014 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 43 D 0.096 0.004 0.035 0.789 0.002 0.004 0.066 0.002 0.001 0.001 0.001 44 G 0.002 0.001 0.006 0.002 0.003 0.001 0.096 0.856 0.001 0.033 0.001 45 V 0.036 0.253 0.659 0.019 0.012 0.010 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 46 K 0.053 0.239 0.580 0.033 0.026 0.037 0.008 0.001 0.017 0.002 0.004 47 K 0.056 0.571 0.224 0.024 0.086 0.010 0.003 0.001 0.023 0.001 0.003 48 Q 0.017 0.637 0.245 0.008 0.050 0.028 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 49 I 0.003 0.798 0.152 0.002 0.016 0.020 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 50 T 0.004 0.830 0.109 0.002 0.022 0.019 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 51 F 0.009 0.637 0.161 0.007 0.118 0.039 0.003 0.001 0.025 0.001 0.001 52 R 0.042 0.595 0.170 0.024 0.104 0.026 0.007 0.001 0.028 0.002 0.001 53 S 0.168 0.241 0.202 0.057 0.230 0.035 0.021 0.006 0.024 0.014 0.001 54 T 0.222 0.198 0.192 0.215 0.071 0.035 0.026 0.003 0.031 0.004 0.002 55 K 0.190 0.191 0.242 0.160 0.088 0.038 0.042 0.010 0.030 0.008 0.002 56 K 0.173 0.295 0.311 0.082 0.037 0.045 0.017 0.002 0.033 0.003 0.002 57 E 0.365 0.140 0.292 0.117 0.017 0.039 0.011 0.001 0.013 0.002 0.004 58 N 0.164 0.080 0.218 0.223 0.064 0.087 0.071 0.019 0.038 0.034 0.001 59 D 0.554 0.033 0.175 0.121 0.021 0.029 0.030 0.006 0.016 0.013 0.003 60 H 0.782 0.012 0.057 0.116 0.004 0.007 0.015 0.002 0.002 0.002 0.001 61 K 0.582 0.026 0.061 0.180 0.017 0.019 0.064 0.034 0.007 0.011 0.001 62 L 0.388 0.098 0.151 0.298 0.012 0.019 0.015 0.002 0.015 0.001 0.001 63 N 0.299 0.166 0.301 0.049 0.023 0.036 0.074 0.003 0.042 0.007 0.001 64 K 0.696 0.034 0.135 0.082 0.009 0.013 0.018 0.001 0.006 0.002 0.004 65 Y 0.285 0.114 0.115 0.329 0.072 0.017 0.029 0.017 0.018 0.005 0.001 66 A 0.138 0.347 0.279 0.086 0.067 0.025 0.031 0.005 0.019 0.002 0.001 67 F 0.096 0.656 0.142 0.035 0.031 0.022 0.007 0.001 0.010 0.001 0.001 68 L 0.032 0.736 0.125 0.021 0.054 0.018 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 69 R 0.010 0.670 0.208 0.006 0.040 0.042 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 70 L 0.013 0.607 0.282 0.006 0.019 0.058 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 71 Y 0.012 0.696 0.181 0.008 0.033 0.047 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 72 V 0.027 0.694 0.153 0.016 0.053 0.028 0.003 0.001 0.025 0.001 0.001 73 D 0.056 0.267 0.299 0.054 0.115 0.098 0.040 0.002 0.062 0.005 0.001 74 Q 0.288 0.166 0.163 0.182 0.089 0.033 0.023 0.008 0.032 0.013 0.003 75 D 0.334 0.144 0.148 0.207 0.048 0.041 0.037 0.008 0.024 0.009 0.001 76 D 0.288 0.080 0.137 0.337 0.028 0.041 0.050 0.007 0.022 0.008 0.002 77 N 0.347 0.068 0.152 0.247 0.032 0.032 0.062 0.023 0.018 0.019 0.001 78 S 0.379 0.088 0.236 0.170 0.021 0.035 0.031 0.005 0.026 0.007 0.002 79 K 0.600 0.037 0.156 0.141 0.009 0.014 0.023 0.003 0.009 0.005 0.002 80 N 0.420 0.046 0.139 0.189 0.029 0.028 0.090 0.032 0.011 0.015 0.001 81 E 0.302 0.104 0.186 0.290 0.028 0.030 0.031 0.007 0.016 0.003 0.001 82 I 0.229 0.319 0.274 0.082 0.021 0.022 0.016 0.003 0.030 0.002 0.001 83 S 0.258 0.140 0.398 0.072 0.028 0.048 0.026 0.001 0.022 0.003 0.003 84 S 0.313 0.119 0.223 0.203 0.043 0.037 0.027 0.005 0.024 0.003 0.002 85 I 0.297 0.263 0.255 0.078 0.049 0.016 0.014 0.003 0.022 0.002 0.001 86 E 0.209 0.287 0.304 0.066 0.038 0.057 0.015 0.001 0.021 0.001 0.001 87 V 0.112 0.515 0.232 0.043 0.030 0.036 0.005 0.001 0.026 0.001 0.001 88 K 0.132 0.401 0.303 0.042 0.053 0.037 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 89 S 0.080 0.291 0.355 0.036 0.093 0.073 0.015 0.001 0.052 0.002 0.001 90 Y 0.690 0.083 0.134 0.039 0.029 0.010 0.003 0.001 0.008 0.001 0.003 91 E 0.827 0.055 0.051 0.028 0.023 0.006 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 92 E 0.647 0.097 0.113 0.088 0.015 0.025 0.006 0.001 0.008 0.001 0.001 93 I 0.527 0.208 0.140 0.058 0.025 0.014 0.004 0.001 0.023 0.001 0.001 94 Q 0.266 0.117 0.465 0.030 0.026 0.051 0.006 0.001 0.036 0.002 0.002 95 K 0.939 0.005 0.036 0.014 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 A 0.921 0.003 0.012 0.050 0.003 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 97 D 0.134 0.007 0.019 0.814 0.002 0.008 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 98 L 0.050 0.158 0.535 0.017 0.013 0.028 0.064 0.002 0.129 0.004 0.001 99 P 0.394 0.005 0.535 0.004 0.002 0.030 0.002 0.001 0.005 0.003 0.021 100 E 0.984 0.001 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 K 0.939 0.001 0.006 0.048 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 V 0.793 0.019 0.015 0.162 0.001 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 103 K 0.922 0.018 0.028 0.016 0.002 0.003 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 104 D 0.800 0.019 0.018 0.134 0.005 0.005 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 105 K 0.436 0.089 0.066 0.321 0.023 0.008 0.039 0.002 0.017 0.001 0.001 106 F 0.098 0.444 0.300 0.063 0.027 0.024 0.022 0.001 0.021 0.001 0.001 107 T 0.044 0.583 0.254 0.020 0.019 0.056 0.010 0.001 0.011 0.001 0.001 108 I 0.032 0.601 0.271 0.013 0.028 0.029 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 109 K 0.073 0.326 0.453 0.020 0.046 0.041 0.003 0.001 0.034 0.001 0.002