# TARGET T0468 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0468.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.8848 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.144 0.073 0.099 0.133 0.163 0.141 0.099 0.067 0.040 0.020 0.011 0.006 0.003 0.001 2 E 0.283 0.168 0.140 0.133 0.104 0.069 0.049 0.024 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 3 R 0.194 0.108 0.111 0.131 0.132 0.112 0.077 0.058 0.039 0.019 0.010 0.005 0.003 0.001 4 A 0.170 0.094 0.105 0.122 0.136 0.125 0.097 0.063 0.041 0.022 0.014 0.007 0.003 0.001 5 S 0.255 0.172 0.142 0.138 0.104 0.066 0.053 0.029 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 6 L 0.096 0.060 0.086 0.119 0.160 0.149 0.106 0.089 0.065 0.036 0.019 0.010 0.005 0.002 7 N 0.252 0.158 0.135 0.131 0.109 0.082 0.055 0.033 0.022 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 8 R 0.230 0.146 0.136 0.141 0.113 0.084 0.055 0.037 0.030 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 9 I 0.061 0.052 0.087 0.138 0.187 0.176 0.123 0.085 0.046 0.022 0.012 0.008 0.003 0.001 10 G 0.125 0.135 0.143 0.156 0.140 0.110 0.093 0.045 0.024 0.015 0.009 0.004 0.001 0.001 11 K 0.139 0.165 0.150 0.175 0.125 0.089 0.069 0.040 0.026 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 12 D 0.102 0.103 0.118 0.139 0.165 0.131 0.096 0.063 0.049 0.018 0.009 0.004 0.003 0.002 13 V 0.013 0.014 0.028 0.057 0.104 0.152 0.171 0.159 0.121 0.072 0.055 0.032 0.016 0.005 14 Y 0.004 0.004 0.007 0.016 0.035 0.056 0.103 0.147 0.174 0.188 0.142 0.075 0.033 0.015 15 Y 0.004 0.005 0.007 0.015 0.028 0.037 0.055 0.104 0.132 0.182 0.180 0.149 0.062 0.042 16 M 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.008 0.018 0.038 0.090 0.195 0.244 0.216 0.140 0.042 17 Q 0.006 0.008 0.015 0.042 0.073 0.080 0.106 0.183 0.180 0.128 0.089 0.050 0.026 0.013 18 I 0.003 0.003 0.005 0.010 0.022 0.035 0.065 0.103 0.144 0.253 0.182 0.092 0.049 0.034 19 K 0.033 0.047 0.074 0.136 0.130 0.156 0.151 0.110 0.073 0.044 0.025 0.014 0.003 0.004 20 G 0.082 0.092 0.120 0.133 0.138 0.120 0.121 0.069 0.057 0.038 0.017 0.008 0.003 0.002 21 E 0.249 0.209 0.131 0.132 0.103 0.062 0.049 0.026 0.026 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 22 G 0.312 0.197 0.176 0.133 0.084 0.048 0.025 0.011 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 23 T 0.342 0.180 0.144 0.123 0.090 0.054 0.041 0.013 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 24 I 0.237 0.149 0.180 0.151 0.119 0.080 0.049 0.020 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.566 0.208 0.096 0.057 0.038 0.017 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 K 0.432 0.234 0.129 0.082 0.059 0.031 0.019 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 V 0.256 0.150 0.157 0.155 0.127 0.078 0.047 0.017 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 28 D 0.536 0.213 0.102 0.063 0.043 0.019 0.014 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 G 0.322 0.171 0.135 0.125 0.104 0.066 0.040 0.018 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 30 R 0.202 0.136 0.133 0.160 0.138 0.096 0.067 0.034 0.020 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 31 N 0.192 0.138 0.140 0.140 0.138 0.095 0.069 0.039 0.026 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 32 L 0.071 0.059 0.083 0.127 0.164 0.161 0.109 0.092 0.064 0.035 0.021 0.009 0.005 0.002 33 R 0.058 0.053 0.073 0.100 0.139 0.147 0.130 0.113 0.073 0.053 0.033 0.018 0.008 0.003 34 N 0.085 0.080 0.085 0.119 0.139 0.120 0.102 0.095 0.075 0.045 0.030 0.014 0.008 0.003 35 Y 0.035 0.025 0.034 0.049 0.081 0.104 0.117 0.134 0.133 0.105 0.086 0.061 0.027 0.009 36 T 0.065 0.061 0.072 0.115 0.142 0.126 0.141 0.114 0.069 0.045 0.028 0.014 0.007 0.003 37 L 0.036 0.027 0.041 0.055 0.079 0.098 0.117 0.150 0.128 0.128 0.076 0.040 0.018 0.007 38 P 0.088 0.097 0.110 0.152 0.152 0.116 0.090 0.087 0.053 0.031 0.015 0.006 0.003 0.001 39 A 0.046 0.040 0.065 0.107 0.133 0.166 0.135 0.129 0.075 0.056 0.028 0.013 0.005 0.002 40 Y 0.059 0.068 0.107 0.158 0.170 0.176 0.134 0.078 0.027 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 41 D 0.312 0.187 0.147 0.130 0.094 0.054 0.043 0.017 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 42 E 0.628 0.161 0.082 0.063 0.036 0.015 0.009 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 D 0.760 0.132 0.051 0.034 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 G 0.519 0.170 0.132 0.091 0.043 0.022 0.017 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 V 0.408 0.166 0.170 0.131 0.063 0.035 0.018 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 K 0.518 0.216 0.104 0.067 0.043 0.022 0.020 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 K 0.096 0.102 0.148 0.159 0.151 0.150 0.098 0.052 0.025 0.010 0.005 0.002 0.002 0.001 48 Q 0.039 0.063 0.089 0.138 0.235 0.151 0.128 0.088 0.040 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 49 I 0.010 0.008 0.014 0.021 0.051 0.085 0.131 0.179 0.145 0.147 0.104 0.066 0.033 0.006 50 T 0.035 0.032 0.050 0.110 0.162 0.130 0.125 0.149 0.095 0.055 0.032 0.016 0.007 0.003 51 F 0.008 0.006 0.010 0.017 0.032 0.046 0.071 0.124 0.150 0.231 0.160 0.092 0.038 0.014 52 R 0.043 0.056 0.074 0.138 0.143 0.134 0.124 0.113 0.078 0.050 0.027 0.013 0.004 0.003 53 S 0.038 0.044 0.073 0.103 0.124 0.148 0.138 0.115 0.085 0.069 0.035 0.016 0.007 0.003 54 T 0.094 0.108 0.126 0.157 0.169 0.124 0.107 0.060 0.033 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 55 K 0.253 0.229 0.167 0.127 0.099 0.055 0.034 0.016 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 56 K 0.554 0.208 0.093 0.062 0.043 0.020 0.012 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 E 0.573 0.232 0.092 0.048 0.028 0.013 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 N 0.400 0.180 0.143 0.121 0.080 0.040 0.022 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 D 0.596 0.187 0.085 0.065 0.037 0.014 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 H 0.598 0.181 0.097 0.063 0.032 0.015 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 K 0.216 0.186 0.206 0.156 0.129 0.058 0.031 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 L 0.034 0.039 0.100 0.166 0.213 0.195 0.131 0.075 0.028 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 63 N 0.105 0.128 0.159 0.203 0.178 0.119 0.056 0.028 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 64 K 0.200 0.164 0.143 0.122 0.118 0.101 0.064 0.040 0.024 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 65 Y 0.030 0.078 0.086 0.141 0.163 0.163 0.117 0.102 0.057 0.028 0.017 0.009 0.007 0.001 66 A 0.007 0.008 0.015 0.028 0.071 0.103 0.133 0.180 0.179 0.120 0.072 0.055 0.022 0.007 67 F 0.007 0.008 0.012 0.036 0.075 0.087 0.122 0.164 0.140 0.129 0.105 0.065 0.032 0.018 68 L 0.002 0.002 0.002 0.003 0.005 0.011 0.026 0.056 0.119 0.214 0.234 0.174 0.115 0.039 69 R 0.006 0.007 0.014 0.046 0.080 0.083 0.132 0.200 0.166 0.105 0.077 0.052 0.021 0.012 70 L 0.001 0.002 0.002 0.003 0.006 0.014 0.033 0.061 0.112 0.261 0.246 0.156 0.069 0.034 71 Y 0.005 0.010 0.023 0.057 0.095 0.137 0.161 0.244 0.112 0.083 0.042 0.019 0.007 0.005 72 V 0.004 0.010 0.022 0.048 0.084 0.132 0.154 0.198 0.118 0.137 0.059 0.022 0.009 0.004 73 D 0.049 0.098 0.126 0.156 0.163 0.144 0.120 0.080 0.038 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 74 Q 0.303 0.234 0.161 0.114 0.080 0.045 0.032 0.014 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 75 D 0.510 0.207 0.103 0.078 0.052 0.024 0.015 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 D 0.612 0.189 0.091 0.055 0.028 0.012 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 N 0.618 0.183 0.095 0.054 0.027 0.012 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 S 0.665 0.192 0.073 0.035 0.020 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 K 0.388 0.254 0.160 0.086 0.056 0.029 0.019 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 N 0.482 0.234 0.126 0.070 0.051 0.021 0.010 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 E 0.528 0.243 0.102 0.055 0.041 0.016 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 I 0.154 0.148 0.180 0.167 0.146 0.103 0.063 0.024 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 83 S 0.385 0.205 0.138 0.101 0.081 0.043 0.028 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 84 S 0.486 0.279 0.101 0.054 0.035 0.017 0.015 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 I 0.114 0.090 0.121 0.163 0.182 0.137 0.085 0.055 0.031 0.010 0.006 0.003 0.002 0.001 86 E 0.088 0.103 0.138 0.157 0.209 0.121 0.094 0.050 0.023 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 87 V 0.049 0.033 0.052 0.078 0.140 0.151 0.138 0.145 0.091 0.064 0.035 0.015 0.008 0.002 88 K 0.195 0.129 0.119 0.153 0.133 0.093 0.062 0.047 0.035 0.017 0.010 0.005 0.002 0.001 89 S 0.186 0.096 0.095 0.128 0.131 0.105 0.092 0.063 0.047 0.028 0.016 0.008 0.004 0.002 90 Y 0.053 0.047 0.067 0.110 0.165 0.156 0.122 0.109 0.071 0.052 0.026 0.013 0.006 0.002 91 E 0.190 0.134 0.130 0.163 0.129 0.100 0.056 0.042 0.026 0.017 0.008 0.004 0.001 0.001 92 E 0.260 0.155 0.123 0.139 0.106 0.078 0.060 0.035 0.025 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 93 I 0.121 0.057 0.079 0.135 0.176 0.160 0.126 0.070 0.041 0.018 0.008 0.005 0.002 0.001 94 Q 0.425 0.160 0.146 0.135 0.063 0.032 0.027 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 K 0.389 0.120 0.128 0.141 0.097 0.054 0.041 0.014 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 96 A 0.600 0.147 0.098 0.089 0.035 0.018 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 D 0.720 0.182 0.063 0.019 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 L 0.078 0.085 0.162 0.256 0.182 0.139 0.055 0.025 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 99 P 0.081 0.074 0.170 0.219 0.228 0.127 0.069 0.020 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 100 E 0.853 0.113 0.023 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 K 0.237 0.431 0.187 0.077 0.040 0.016 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 V 0.019 0.016 0.045 0.102 0.236 0.237 0.175 0.121 0.037 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 103 K 0.167 0.218 0.223 0.222 0.113 0.036 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 D 0.904 0.069 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 K 0.099 0.201 0.223 0.196 0.135 0.077 0.045 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 106 F 0.071 0.044 0.072 0.118 0.217 0.191 0.141 0.085 0.041 0.010 0.005 0.004 0.001 0.001 107 T 0.362 0.249 0.147 0.084 0.075 0.033 0.032 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 108 I 0.127 0.038 0.062 0.132 0.196 0.137 0.080 0.092 0.069 0.034 0.017 0.010 0.004 0.001 109 K 0.206 0.135 0.138 0.170 0.132 0.092 0.065 0.031 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001