# TARGET T0468 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0468.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 47.4163 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.022 0.032 0.090 0.086 0.131 0.005 0.050 0.067 0.003 0.001 0.007 0.007 0.016 0.015 0.078 0.039 0.080 0.060 0.104 0.102 0.006 2 E 0.025 0.027 0.094 0.080 0.182 0.007 0.031 0.093 0.004 0.001 0.008 0.008 0.013 0.015 0.065 0.042 0.092 0.037 0.085 0.086 0.006 3 R 0.019 0.026 0.051 0.071 0.182 0.008 0.054 0.101 0.006 0.002 0.004 0.005 0.012 0.017 0.104 0.052 0.134 0.036 0.058 0.055 0.003 4 A 0.025 0.024 0.072 0.088 0.106 0.014 0.114 0.121 0.008 0.002 0.006 0.006 0.014 0.021 0.094 0.026 0.131 0.033 0.035 0.056 0.003 5 S 0.020 0.019 0.068 0.087 0.109 0.016 0.131 0.090 0.007 0.002 0.004 0.005 0.010 0.015 0.045 0.032 0.102 0.056 0.085 0.092 0.004 6 L 0.015 0.015 0.032 0.050 0.196 0.005 0.146 0.031 0.006 0.002 0.002 0.003 0.008 0.008 0.042 0.030 0.177 0.093 0.060 0.077 0.002 7 N 0.012 0.008 0.100 0.078 0.077 0.004 0.055 0.035 0.007 0.002 0.003 0.003 0.004 0.005 0.030 0.014 0.066 0.050 0.231 0.213 0.003 8 R 0.004 0.003 0.036 0.025 0.136 0.007 0.029 0.026 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.016 0.485 0.065 0.045 0.097 0.001 9 I 0.004 0.008 0.037 0.043 0.086 0.021 0.378 0.034 0.006 0.010 0.001 0.001 0.002 0.002 0.027 0.017 0.136 0.056 0.047 0.082 0.001 10 G 0.010 0.018 0.079 0.091 0.152 0.004 0.146 0.010 0.002 0.004 0.002 0.002 0.003 0.002 0.026 0.023 0.080 0.073 0.100 0.174 0.002 11 K 0.024 0.035 0.142 0.100 0.299 0.003 0.051 0.006 0.002 0.002 0.004 0.003 0.007 0.002 0.023 0.023 0.075 0.072 0.046 0.078 0.003 12 D 0.070 0.116 0.119 0.208 0.242 0.001 0.026 0.002 0.001 0.001 0.005 0.006 0.016 0.005 0.042 0.023 0.024 0.012 0.026 0.048 0.007 13 V 0.123 0.177 0.050 0.059 0.457 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 0.022 0.005 0.025 0.016 0.007 0.005 0.010 0.010 0.008 14 Y 0.257 0.358 0.086 0.111 0.053 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 0.015 0.050 0.009 0.018 0.005 0.001 0.002 0.003 0.002 0.012 15 Y 0.291 0.408 0.020 0.039 0.111 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.017 0.044 0.006 0.006 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.028 16 M 0.384 0.405 0.033 0.031 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.013 0.050 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 17 Q 0.386 0.371 0.038 0.068 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.008 0.026 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 18 I 0.350 0.306 0.029 0.059 0.170 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.010 0.025 0.003 0.013 0.005 0.002 0.001 0.003 0.002 0.012 19 K 0.212 0.229 0.107 0.180 0.143 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.014 0.002 0.049 0.004 0.010 0.002 0.008 0.020 0.004 20 G 0.071 0.076 0.080 0.128 0.366 0.001 0.018 0.002 0.001 0.001 0.004 0.004 0.005 0.002 0.036 0.017 0.038 0.025 0.026 0.095 0.004 21 E 0.027 0.030 0.084 0.110 0.229 0.002 0.073 0.005 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.002 0.044 0.015 0.172 0.026 0.048 0.121 0.002 22 G 0.024 0.043 0.074 0.060 0.318 0.005 0.180 0.010 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.002 0.023 0.019 0.031 0.096 0.033 0.067 0.002 23 T 0.046 0.042 0.265 0.213 0.147 0.002 0.015 0.010 0.001 0.001 0.005 0.004 0.009 0.002 0.029 0.014 0.024 0.023 0.078 0.067 0.005 24 I 0.041 0.031 0.033 0.049 0.645 0.001 0.007 0.006 0.001 0.001 0.004 0.004 0.010 0.002 0.021 0.018 0.032 0.016 0.049 0.026 0.004 25 E 0.041 0.034 0.211 0.190 0.149 0.002 0.024 0.015 0.002 0.001 0.005 0.005 0.010 0.003 0.102 0.011 0.045 0.015 0.049 0.083 0.004 26 K 0.019 0.019 0.042 0.109 0.434 0.002 0.023 0.010 0.002 0.001 0.003 0.002 0.005 0.002 0.025 0.020 0.086 0.038 0.062 0.095 0.002 27 V 0.021 0.020 0.091 0.104 0.219 0.003 0.083 0.010 0.004 0.003 0.002 0.003 0.005 0.002 0.046 0.015 0.173 0.053 0.055 0.089 0.001 28 D 0.021 0.029 0.101 0.103 0.202 0.005 0.167 0.014 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.018 0.014 0.103 0.046 0.047 0.116 0.001 29 G 0.032 0.048 0.084 0.106 0.351 0.003 0.089 0.009 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.016 0.015 0.040 0.099 0.037 0.058 0.002 30 R 0.063 0.090 0.172 0.122 0.295 0.001 0.023 0.008 0.001 0.001 0.007 0.005 0.015 0.004 0.035 0.019 0.035 0.020 0.038 0.042 0.005 31 N 0.122 0.180 0.110 0.195 0.234 0.001 0.009 0.005 0.001 0.001 0.006 0.009 0.026 0.005 0.024 0.008 0.013 0.008 0.020 0.017 0.008 32 L 0.154 0.200 0.057 0.064 0.369 0.001 0.009 0.004 0.001 0.001 0.015 0.011 0.024 0.006 0.020 0.018 0.011 0.007 0.010 0.008 0.009 33 R 0.182 0.292 0.107 0.225 0.064 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.007 0.008 0.033 0.005 0.034 0.003 0.006 0.003 0.005 0.007 0.008 34 N 0.182 0.263 0.019 0.036 0.363 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.019 0.011 0.026 0.005 0.011 0.016 0.004 0.005 0.007 0.005 0.017 35 Y 0.217 0.245 0.187 0.207 0.028 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.029 0.003 0.036 0.002 0.003 0.002 0.006 0.008 0.008 36 T 0.134 0.190 0.023 0.045 0.475 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.013 0.009 0.016 0.004 0.008 0.023 0.006 0.009 0.015 0.012 0.013 37 L 0.063 0.118 0.237 0.323 0.031 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.007 0.008 0.015 0.004 0.078 0.004 0.010 0.005 0.030 0.053 0.007 38 P 0.026 0.070 0.021 0.027 0.687 0.002 0.010 0.008 0.001 0.001 0.004 0.003 0.005 0.002 0.011 0.028 0.021 0.018 0.010 0.043 0.003 39 A 0.089 0.098 0.266 0.316 0.063 0.003 0.026 0.011 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 0.003 0.031 0.006 0.013 0.011 0.024 0.021 0.006 40 Y 0.070 0.060 0.019 0.026 0.664 0.001 0.016 0.007 0.001 0.001 0.004 0.003 0.010 0.002 0.010 0.015 0.026 0.024 0.026 0.012 0.005 41 D 0.032 0.017 0.278 0.304 0.039 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.047 0.002 0.006 0.004 0.139 0.109 0.003 42 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.162 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.826 0.001 0.001 0.001 0.001 43 D 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.001 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 44 G 0.005 0.016 0.029 0.025 0.075 0.001 0.059 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.756 0.008 0.011 0.001 45 V 0.057 0.088 0.393 0.215 0.158 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.001 0.011 0.009 0.012 0.004 0.014 0.020 0.003 46 K 0.061 0.104 0.017 0.021 0.762 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.007 0.001 0.005 0.002 0.002 0.001 0.004 0.002 0.003 47 K 0.146 0.239 0.147 0.306 0.074 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.011 0.001 0.058 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 48 Q 0.189 0.308 0.007 0.026 0.369 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.007 0.028 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 49 I 0.309 0.434 0.066 0.068 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.014 0.043 0.004 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 50 T 0.324 0.466 0.010 0.027 0.120 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.017 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 51 F 0.426 0.356 0.046 0.054 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.022 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 52 R 0.289 0.283 0.048 0.101 0.137 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.014 0.011 0.035 0.006 0.023 0.007 0.004 0.002 0.007 0.005 0.020 53 S 0.290 0.211 0.071 0.108 0.177 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.007 0.010 0.028 0.007 0.028 0.007 0.011 0.005 0.009 0.011 0.007 54 T 0.102 0.137 0.101 0.145 0.211 0.002 0.039 0.021 0.001 0.001 0.007 0.007 0.018 0.008 0.040 0.016 0.040 0.028 0.027 0.042 0.007 55 K 0.054 0.054 0.083 0.086 0.276 0.004 0.068 0.042 0.003 0.001 0.004 0.004 0.008 0.004 0.048 0.018 0.084 0.050 0.050 0.056 0.004 56 K 0.023 0.019 0.097 0.104 0.138 0.009 0.076 0.084 0.006 0.001 0.002 0.002 0.005 0.004 0.057 0.013 0.146 0.038 0.073 0.099 0.002 57 E 0.010 0.007 0.036 0.036 0.170 0.011 0.137 0.087 0.008 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.027 0.015 0.255 0.045 0.057 0.086 0.001 58 N 0.004 0.004 0.034 0.044 0.088 0.009 0.217 0.082 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.024 0.016 0.165 0.074 0.091 0.135 0.001 59 D 0.002 0.003 0.033 0.023 0.073 0.005 0.152 0.057 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.016 0.225 0.143 0.100 0.128 0.001 60 H 0.003 0.004 0.061 0.045 0.069 0.019 0.147 0.078 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 0.016 0.224 0.055 0.099 0.148 0.001 61 K 0.003 0.006 0.026 0.026 0.139 0.015 0.217 0.060 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.028 0.144 0.152 0.077 0.065 0.001 62 L 0.006 0.007 0.118 0.115 0.068 0.003 0.060 0.022 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.056 0.016 0.107 0.046 0.129 0.236 0.001 63 N 0.005 0.006 0.050 0.048 0.175 0.003 0.024 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.024 0.042 0.054 0.110 0.424 0.001 64 K 0.004 0.004 0.121 0.039 0.084 0.001 0.032 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.020 0.010 0.511 0.054 0.024 0.084 0.001 65 Y 0.024 0.060 0.097 0.091 0.271 0.007 0.274 0.011 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.008 0.036 0.032 0.024 0.044 0.001 66 A 0.096 0.219 0.165 0.196 0.175 0.002 0.038 0.006 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.001 0.009 0.007 0.023 0.017 0.012 0.019 0.002 67 F 0.215 0.469 0.024 0.060 0.179 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.017 0.001 0.003 0.003 0.003 0.002 0.003 0.003 0.004 68 L 0.354 0.537 0.017 0.022 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.013 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 69 R 0.424 0.483 0.015 0.024 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 70 L 0.430 0.479 0.006 0.005 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 71 Y 0.363 0.549 0.022 0.027 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 72 V 0.392 0.465 0.008 0.023 0.080 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 73 D 0.315 0.358 0.072 0.111 0.061 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.005 0.008 0.019 0.003 0.019 0.002 0.002 0.001 0.005 0.005 0.009 74 Q 0.145 0.090 0.060 0.101 0.391 0.001 0.012 0.006 0.002 0.001 0.003 0.003 0.007 0.003 0.036 0.010 0.076 0.011 0.013 0.028 0.003 75 D 0.038 0.022 0.093 0.078 0.226 0.006 0.135 0.024 0.005 0.002 0.002 0.003 0.005 0.004 0.055 0.012 0.106 0.032 0.056 0.095 0.002 76 D 0.006 0.005 0.037 0.040 0.114 0.007 0.150 0.029 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.030 0.015 0.257 0.089 0.077 0.134 0.001 77 N 0.003 0.003 0.041 0.030 0.099 0.010 0.228 0.043 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 0.016 0.149 0.115 0.073 0.157 0.001 78 S 0.003 0.004 0.058 0.050 0.088 0.008 0.096 0.049 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 0.018 0.124 0.101 0.145 0.226 0.001 79 K 0.004 0.005 0.040 0.039 0.201 0.005 0.095 0.037 0.006 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.021 0.018 0.230 0.087 0.094 0.109 0.001 80 N 0.006 0.008 0.097 0.087 0.080 0.023 0.187 0.054 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.033 0.014 0.112 0.043 0.085 0.158 0.001 81 E 0.005 0.007 0.028 0.033 0.247 0.006 0.112 0.041 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.017 0.025 0.116 0.147 0.127 0.075 0.002 82 I 0.005 0.006 0.111 0.089 0.055 0.003 0.030 0.027 0.005 0.002 0.003 0.002 0.004 0.002 0.063 0.019 0.089 0.039 0.244 0.200 0.002 83 S 0.004 0.004 0.037 0.033 0.119 0.010 0.058 0.026 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.046 0.029 0.286 0.024 0.063 0.246 0.001 84 S 0.003 0.004 0.026 0.042 0.085 0.006 0.331 0.014 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.027 0.049 0.081 0.085 0.120 0.109 0.002 85 I 0.007 0.010 0.085 0.057 0.103 0.004 0.117 0.012 0.001 0.001 0.004 0.004 0.008 0.005 0.038 0.058 0.046 0.095 0.158 0.183 0.003 86 E 0.017 0.018 0.193 0.112 0.124 0.007 0.029 0.017 0.001 0.001 0.004 0.005 0.011 0.008 0.079 0.046 0.053 0.050 0.114 0.105 0.005 87 V 0.017 0.018 0.034 0.061 0.436 0.002 0.011 0.006 0.001 0.001 0.005 0.006 0.011 0.007 0.069 0.108 0.035 0.018 0.114 0.037 0.004 88 K 0.016 0.014 0.141 0.176 0.050 0.001 0.014 0.008 0.001 0.001 0.003 0.004 0.012 0.005 0.333 0.013 0.037 0.017 0.029 0.124 0.001 89 S 0.002 0.004 0.010 0.044 0.152 0.001 0.006 0.007 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.013 0.059 0.013 0.012 0.118 0.550 0.002 90 Y 0.002 0.002 0.033 0.009 0.123 0.001 0.015 0.017 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.051 0.013 0.631 0.057 0.015 0.025 0.001 91 E 0.007 0.013 0.094 0.075 0.025 0.037 0.297 0.300 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.033 0.004 0.050 0.009 0.019 0.033 0.001 92 E 0.012 0.011 0.012 0.026 0.330 0.003 0.096 0.202 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.011 0.021 0.065 0.047 0.126 0.025 0.002 93 I 0.008 0.012 0.089 0.067 0.065 0.003 0.027 0.206 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.198 0.017 0.098 0.038 0.053 0.109 0.001 94 Q 0.003 0.006 0.014 0.056 0.165 0.002 0.035 0.170 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.023 0.047 0.035 0.172 0.253 0.001 95 K 0.001 0.001 0.010 0.008 0.027 0.001 0.015 0.046 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.003 0.796 0.018 0.024 0.015 0.001 96 A 0.001 0.001 0.002 0.005 0.008 0.052 0.540 0.170 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.164 0.007 0.006 0.031 0.001 97 D 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.004 0.599 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.070 0.172 0.059 0.031 0.001 98 L 0.001 0.001 0.007 0.011 0.007 0.001 0.011 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.063 0.046 0.417 0.410 0.001 99 P 0.001 0.001 0.005 0.004 0.013 0.002 0.017 0.074 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.009 0.202 0.035 0.111 0.506 0.001 100 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.128 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.833 0.007 0.008 0.010 0.001 101 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.099 0.865 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.003 0.001 0.012 0.001 102 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.835 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.131 0.007 0.003 0.003 0.001 103 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.948 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.002 0.001 0.001 104 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.200 0.728 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.002 0.001 105 K 0.001 0.001 0.002 0.006 0.004 0.008 0.289 0.322 0.051 0.041 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.004 0.193 0.045 0.011 0.010 0.001 106 F 0.001 0.001 0.005 0.010 0.012 0.005 0.205 0.118 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.016 0.073 0.062 0.220 0.247 0.001 107 T 0.002 0.001 0.024 0.011 0.028 0.012 0.130 0.098 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 0.017 0.115 0.303 0.115 0.099 0.001 108 I 0.002 0.003 0.031 0.024 0.075 0.008 0.059 0.052 0.013 0.002 0.001 0.001 0.003 0.006 0.040 0.087 0.204 0.045 0.158 0.186 0.001 109 K 0.002 0.003 0.048 0.050 0.052 0.010 0.070 0.071 0.006 0.002 0.002 0.002 0.004 0.008 0.112 0.018 0.095 0.060 0.196 0.185 0.002