# TARGET T0468 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0468.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 47.4163 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.054 0.051 0.004 0.053 0.041 0.069 0.132 0.006 0.001 0.090 0.498 2 E 0.038 0.069 0.004 0.085 0.068 0.112 0.121 0.006 0.001 0.080 0.416 3 R 0.076 0.066 0.004 0.058 0.049 0.089 0.107 0.011 0.001 0.105 0.434 4 A 0.063 0.057 0.004 0.055 0.080 0.088 0.099 0.006 0.001 0.089 0.458 5 S 0.052 0.072 0.003 0.054 0.054 0.089 0.109 0.006 0.001 0.069 0.492 6 L 0.045 0.067 0.005 0.040 0.037 0.062 0.114 0.008 0.003 0.055 0.565 7 N 0.207 0.064 0.016 0.032 0.054 0.055 0.087 0.018 0.010 0.085 0.372 8 R 0.237 0.019 0.003 0.018 0.033 0.052 0.087 0.007 0.002 0.056 0.486 9 I 0.083 0.009 0.004 0.022 0.030 0.048 0.100 0.003 0.001 0.036 0.665 10 G 0.052 0.006 0.002 0.022 0.038 0.072 0.131 0.002 0.001 0.025 0.648 11 K 0.020 0.004 0.002 0.018 0.036 0.091 0.172 0.002 0.001 0.025 0.632 12 D 0.003 0.002 0.001 0.032 0.178 0.449 0.064 0.001 0.001 0.019 0.250 13 V 0.003 0.002 0.001 0.044 0.148 0.438 0.041 0.001 0.001 0.043 0.279 14 Y 0.001 0.001 0.001 0.037 0.325 0.537 0.011 0.001 0.001 0.020 0.068 15 Y 0.002 0.001 0.001 0.053 0.364 0.393 0.012 0.001 0.001 0.038 0.136 16 M 0.001 0.001 0.001 0.030 0.505 0.423 0.004 0.001 0.001 0.010 0.028 17 Q 0.002 0.001 0.001 0.045 0.365 0.431 0.014 0.001 0.001 0.034 0.107 18 I 0.029 0.001 0.001 0.036 0.385 0.317 0.027 0.002 0.001 0.051 0.149 19 K 0.061 0.003 0.001 0.026 0.103 0.117 0.076 0.003 0.001 0.052 0.557 20 G 0.072 0.006 0.001 0.012 0.027 0.074 0.107 0.003 0.001 0.033 0.666 21 E 0.016 0.005 0.001 0.011 0.049 0.066 0.106 0.002 0.001 0.031 0.713 22 G 0.008 0.006 0.001 0.024 0.106 0.162 0.090 0.001 0.001 0.034 0.568 23 T 0.021 0.008 0.001 0.022 0.166 0.203 0.081 0.003 0.001 0.069 0.426 24 I 0.061 0.006 0.001 0.020 0.086 0.095 0.096 0.003 0.001 0.076 0.555 25 E 0.075 0.007 0.002 0.018 0.049 0.070 0.091 0.003 0.001 0.066 0.617 26 K 0.146 0.008 0.001 0.010 0.013 0.029 0.078 0.003 0.001 0.035 0.677 27 V 0.074 0.006 0.001 0.007 0.028 0.034 0.096 0.002 0.001 0.047 0.705 28 D 0.015 0.006 0.001 0.010 0.045 0.058 0.107 0.001 0.001 0.019 0.738 29 G 0.016 0.010 0.001 0.016 0.116 0.193 0.098 0.002 0.001 0.029 0.520 30 R 0.010 0.005 0.001 0.017 0.211 0.250 0.083 0.002 0.001 0.032 0.390 31 N 0.004 0.003 0.001 0.023 0.236 0.469 0.036 0.001 0.001 0.023 0.203 32 L 0.006 0.002 0.001 0.028 0.206 0.383 0.039 0.001 0.001 0.044 0.289 33 R 0.003 0.001 0.001 0.039 0.367 0.430 0.019 0.001 0.001 0.027 0.113 34 N 0.005 0.001 0.001 0.039 0.253 0.352 0.026 0.001 0.001 0.064 0.259 35 Y 0.001 0.001 0.001 0.031 0.478 0.347 0.017 0.001 0.001 0.015 0.110 36 T 0.011 0.006 0.001 0.044 0.280 0.318 0.036 0.002 0.001 0.032 0.268 37 L 0.083 0.008 0.002 0.025 0.241 0.259 0.053 0.014 0.001 0.073 0.240 38 P 0.062 0.003 0.001 0.031 0.101 0.181 0.089 0.003 0.001 0.064 0.465 39 A 0.007 0.001 0.001 0.021 0.075 0.202 0.127 0.001 0.001 0.066 0.499 40 Y 0.004 0.003 0.001 0.031 0.073 0.107 0.122 0.001 0.001 0.034 0.623 41 D 0.797 0.007 0.001 0.003 0.015 0.013 0.020 0.007 0.001 0.049 0.087 42 E 0.283 0.006 0.001 0.003 0.009 0.013 0.063 0.004 0.001 0.034 0.584 43 D 0.005 0.002 0.001 0.002 0.008 0.032 0.070 0.001 0.001 0.005 0.876 44 G 0.007 0.003 0.001 0.010 0.111 0.264 0.086 0.001 0.001 0.015 0.502 45 V 0.002 0.001 0.001 0.008 0.394 0.437 0.026 0.001 0.001 0.013 0.119 46 K 0.002 0.001 0.001 0.011 0.240 0.409 0.023 0.001 0.001 0.025 0.290 47 K 0.001 0.001 0.001 0.012 0.472 0.445 0.007 0.001 0.001 0.012 0.052 48 Q 0.001 0.001 0.001 0.034 0.296 0.471 0.010 0.001 0.001 0.054 0.134 49 I 0.001 0.001 0.001 0.022 0.613 0.314 0.003 0.001 0.001 0.012 0.034 50 T 0.001 0.001 0.001 0.035 0.490 0.385 0.006 0.001 0.001 0.027 0.056 51 F 0.002 0.001 0.001 0.041 0.578 0.259 0.010 0.001 0.001 0.015 0.091 52 R 0.064 0.014 0.001 0.069 0.274 0.210 0.036 0.006 0.001 0.063 0.261 53 S 0.046 0.022 0.002 0.039 0.103 0.134 0.098 0.006 0.001 0.048 0.501 54 T 0.035 0.021 0.003 0.033 0.038 0.067 0.107 0.004 0.002 0.114 0.576 55 K 0.064 0.024 0.005 0.019 0.043 0.049 0.130 0.006 0.003 0.130 0.526 56 K 0.134 0.038 0.002 0.022 0.018 0.022 0.119 0.008 0.001 0.036 0.601 57 E 0.215 0.042 0.003 0.013 0.013 0.015 0.072 0.006 0.001 0.039 0.582 58 N 0.066 0.074 0.001 0.012 0.006 0.012 0.087 0.005 0.001 0.018 0.718 59 D 0.080 0.077 0.001 0.011 0.009 0.020 0.090 0.006 0.001 0.068 0.637 60 H 0.053 0.086 0.004 0.024 0.063 0.036 0.096 0.003 0.001 0.058 0.576 61 K 0.092 0.114 0.005 0.026 0.024 0.034 0.081 0.007 0.002 0.038 0.577 62 L 0.178 0.069 0.005 0.017 0.050 0.043 0.072 0.009 0.002 0.032 0.523 63 N 0.209 0.066 0.005 0.016 0.036 0.046 0.075 0.006 0.001 0.034 0.505 64 K 0.055 0.038 0.003 0.018 0.050 0.126 0.102 0.004 0.001 0.027 0.577 65 Y 0.017 0.015 0.003 0.029 0.083 0.246 0.127 0.002 0.001 0.031 0.447 66 A 0.002 0.005 0.001 0.036 0.233 0.572 0.025 0.001 0.001 0.016 0.108 67 F 0.004 0.004 0.001 0.035 0.220 0.417 0.025 0.001 0.001 0.052 0.241 68 L 0.001 0.002 0.001 0.032 0.451 0.402 0.010 0.001 0.001 0.022 0.080 69 R 0.002 0.002 0.001 0.048 0.356 0.437 0.012 0.001 0.001 0.035 0.107 70 L 0.001 0.001 0.001 0.036 0.489 0.390 0.007 0.001 0.001 0.016 0.061 71 Y 0.006 0.002 0.001 0.051 0.388 0.408 0.014 0.001 0.001 0.032 0.097 72 V 0.032 0.004 0.001 0.040 0.326 0.274 0.035 0.003 0.001 0.041 0.243 73 D 0.048 0.006 0.002 0.036 0.115 0.140 0.073 0.006 0.002 0.049 0.524 74 Q 0.097 0.006 0.001 0.011 0.019 0.038 0.097 0.003 0.001 0.051 0.677 75 D 0.047 0.005 0.001 0.012 0.015 0.019 0.098 0.002 0.001 0.050 0.750 76 D 0.054 0.007 0.001 0.011 0.012 0.017 0.103 0.002 0.001 0.032 0.761 77 N 0.057 0.013 0.001 0.007 0.010 0.011 0.101 0.003 0.001 0.040 0.756 78 S 0.110 0.037 0.001 0.009 0.025 0.032 0.101 0.009 0.001 0.037 0.638 79 K 0.063 0.019 0.001 0.014 0.022 0.044 0.097 0.003 0.001 0.074 0.663 80 N 0.017 0.009 0.004 0.035 0.064 0.077 0.118 0.002 0.001 0.081 0.593 81 E 0.053 0.010 0.001 0.033 0.047 0.078 0.106 0.003 0.001 0.041 0.626 82 I 0.094 0.007 0.002 0.022 0.041 0.033 0.110 0.003 0.001 0.049 0.638 83 S 0.034 0.014 0.001 0.045 0.036 0.073 0.134 0.003 0.001 0.035 0.624 84 S 0.024 0.018 0.001 0.029 0.031 0.127 0.106 0.003 0.001 0.048 0.614 85 I 0.012 0.009 0.002 0.044 0.262 0.189 0.077 0.001 0.001 0.054 0.350 86 E 0.018 0.014 0.001 0.077 0.131 0.209 0.069 0.001 0.001 0.054 0.424 87 V 0.021 0.017 0.001 0.044 0.124 0.146 0.083 0.002 0.001 0.028 0.534 88 K 0.020 0.042 0.002 0.045 0.124 0.122 0.088 0.002 0.001 0.024 0.530 89 S 0.052 0.368 0.001 0.017 0.048 0.101 0.055 0.010 0.001 0.031 0.316 90 Y 0.063 0.440 0.002 0.010 0.053 0.077 0.052 0.012 0.001 0.063 0.228 91 E 0.030 0.319 0.005 0.018 0.191 0.142 0.032 0.003 0.001 0.050 0.210 92 E 0.105 0.299 0.004 0.019 0.064 0.117 0.062 0.008 0.002 0.045 0.274 93 I 0.043 0.087 0.141 0.035 0.094 0.091 0.063 0.012 0.061 0.089 0.284 94 Q 0.528 0.064 0.004 0.010 0.030 0.053 0.034 0.009 0.002 0.024 0.243 95 K 0.164 0.021 0.001 0.007 0.008 0.014 0.043 0.003 0.001 0.020 0.719 96 A 0.009 0.014 0.001 0.032 0.016 0.024 0.108 0.001 0.001 0.006 0.789 97 D 0.010 0.053 0.002 0.014 0.012 0.024 0.076 0.002 0.001 0.012 0.796 98 L 0.074 0.411 0.003 0.003 0.027 0.005 0.046 0.016 0.001 0.027 0.387 99 P 0.095 0.860 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.004 0.022 100 E 0.058 0.800 0.003 0.003 0.002 0.002 0.012 0.003 0.001 0.029 0.088 101 K 0.046 0.656 0.019 0.006 0.005 0.004 0.017 0.008 0.002 0.038 0.200 102 V 0.191 0.640 0.005 0.004 0.002 0.005 0.018 0.038 0.001 0.022 0.073 103 K 0.132 0.148 0.016 0.006 0.010 0.007 0.049 0.008 0.008 0.312 0.306 104 D 0.103 0.102 0.007 0.010 0.009 0.015 0.067 0.004 0.002 0.055 0.624 105 K 0.071 0.046 0.004 0.009 0.004 0.008 0.087 0.011 0.002 0.034 0.724 106 F 0.168 0.009 0.017 0.016 0.024 0.019 0.135 0.005 0.003 0.052 0.551 107 T 0.022 0.006 0.001 0.011 0.003 0.009 0.076 0.001 0.001 0.016 0.855 108 I 0.026 0.004 0.001 0.011 0.004 0.005 0.088 0.001 0.001 0.014 0.846 109 K 0.068 0.010 0.003 0.040 0.015 0.015 0.151 0.003 0.001 0.040 0.655