# TARGET T0468 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0468.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 47.4163 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.035 0.055 0.028 0.048 0.066 0.103 0.106 0.558 2 E 0.059 0.105 0.023 0.047 0.068 0.114 0.094 0.490 3 R 0.102 0.097 0.026 0.034 0.059 0.087 0.174 0.421 4 A 0.066 0.096 0.030 0.063 0.078 0.112 0.093 0.462 5 S 0.053 0.073 0.030 0.049 0.087 0.093 0.078 0.539 6 L 0.035 0.035 0.029 0.055 0.073 0.110 0.090 0.573 7 N 0.141 0.042 0.034 0.089 0.113 0.085 0.127 0.368 8 R 0.095 0.013 0.020 0.068 0.099 0.098 0.071 0.537 9 I 0.034 0.003 0.025 0.044 0.098 0.098 0.059 0.639 10 G 0.079 0.003 0.030 0.055 0.144 0.097 0.103 0.489 11 K 0.041 0.002 0.025 0.049 0.106 0.094 0.045 0.639 12 D 0.012 0.001 0.039 0.098 0.278 0.075 0.024 0.474 13 V 0.001 0.001 0.050 0.141 0.485 0.047 0.019 0.256 14 Y 0.001 0.001 0.063 0.312 0.556 0.009 0.009 0.051 15 Y 0.001 0.001 0.053 0.442 0.457 0.004 0.008 0.036 16 M 0.001 0.001 0.066 0.528 0.341 0.005 0.006 0.053 17 Q 0.002 0.001 0.098 0.415 0.404 0.010 0.010 0.061 18 I 0.021 0.001 0.062 0.266 0.240 0.040 0.031 0.338 19 K 0.078 0.001 0.046 0.102 0.116 0.086 0.038 0.533 20 G 0.073 0.003 0.014 0.045 0.083 0.079 0.028 0.676 21 E 0.039 0.004 0.015 0.053 0.109 0.097 0.025 0.658 22 G 0.023 0.003 0.025 0.102 0.181 0.087 0.025 0.554 23 T 0.020 0.002 0.014 0.198 0.196 0.070 0.025 0.474 24 I 0.021 0.002 0.017 0.093 0.105 0.083 0.033 0.646 25 E 0.044 0.004 0.020 0.100 0.128 0.097 0.059 0.548 26 K 0.132 0.005 0.009 0.034 0.051 0.067 0.032 0.670 27 V 0.107 0.009 0.012 0.042 0.060 0.090 0.052 0.628 28 D 0.031 0.011 0.021 0.051 0.159 0.108 0.026 0.595 29 G 0.030 0.010 0.020 0.076 0.241 0.080 0.039 0.504 30 R 0.010 0.005 0.040 0.216 0.262 0.060 0.041 0.366 31 N 0.009 0.005 0.042 0.217 0.477 0.035 0.045 0.168 32 L 0.004 0.002 0.051 0.242 0.380 0.031 0.052 0.238 33 R 0.004 0.002 0.081 0.367 0.422 0.022 0.020 0.082 34 N 0.011 0.004 0.078 0.200 0.344 0.034 0.031 0.299 35 Y 0.004 0.002 0.057 0.275 0.419 0.045 0.022 0.177 36 T 0.032 0.005 0.048 0.146 0.268 0.056 0.030 0.414 37 L 0.027 0.009 0.031 0.288 0.319 0.064 0.026 0.236 38 P 0.023 0.017 0.049 0.112 0.175 0.079 0.015 0.529 39 A 0.006 0.007 0.050 0.260 0.334 0.058 0.062 0.224 40 Y 0.007 0.002 0.072 0.099 0.077 0.065 0.051 0.626 41 D 0.972 0.002 0.001 0.003 0.002 0.002 0.015 0.004 42 E 0.450 0.004 0.003 0.004 0.005 0.036 0.010 0.488 43 D 0.004 0.001 0.002 0.001 0.016 0.056 0.002 0.918 44 G 0.006 0.001 0.016 0.016 0.083 0.094 0.029 0.755 45 V 0.013 0.003 0.015 0.451 0.226 0.057 0.039 0.196 46 K 0.010 0.002 0.057 0.139 0.186 0.037 0.038 0.532 47 K 0.002 0.001 0.052 0.307 0.442 0.022 0.019 0.154 48 Q 0.002 0.001 0.127 0.220 0.448 0.016 0.017 0.169 49 I 0.003 0.001 0.077 0.413 0.359 0.018 0.015 0.114 50 T 0.003 0.002 0.116 0.280 0.440 0.020 0.037 0.102 51 F 0.013 0.012 0.071 0.250 0.309 0.050 0.036 0.258 52 R 0.054 0.045 0.076 0.208 0.221 0.062 0.037 0.297 53 S 0.054 0.081 0.039 0.081 0.109 0.072 0.042 0.522 54 T 0.073 0.155 0.040 0.074 0.098 0.074 0.125 0.361 55 K 0.089 0.133 0.044 0.060 0.061 0.083 0.129 0.401 56 K 0.193 0.155 0.015 0.037 0.039 0.080 0.048 0.432 57 E 0.166 0.101 0.013 0.025 0.033 0.071 0.052 0.538 58 N 0.083 0.154 0.005 0.013 0.030 0.075 0.041 0.599 59 D 0.042 0.042 0.018 0.039 0.047 0.070 0.113 0.630 60 H 0.078 0.116 0.010 0.080 0.057 0.095 0.092 0.471 61 K 0.083 0.045 0.021 0.051 0.066 0.079 0.067 0.588 62 L 0.103 0.016 0.012 0.022 0.045 0.118 0.047 0.638 63 N 0.209 0.050 0.011 0.027 0.034 0.051 0.136 0.483 64 K 0.054 0.040 0.012 0.033 0.096 0.161 0.030 0.574 65 Y 0.006 0.016 0.045 0.056 0.273 0.077 0.055 0.471 66 A 0.003 0.006 0.059 0.303 0.536 0.024 0.016 0.053 67 F 0.002 0.004 0.100 0.181 0.534 0.017 0.048 0.114 68 L 0.002 0.002 0.050 0.584 0.299 0.008 0.012 0.044 69 R 0.001 0.001 0.111 0.330 0.508 0.008 0.013 0.030 70 L 0.002 0.002 0.080 0.303 0.435 0.024 0.022 0.131 71 Y 0.005 0.002 0.090 0.408 0.420 0.013 0.018 0.045 72 V 0.024 0.004 0.053 0.200 0.267 0.052 0.041 0.357 73 D 0.077 0.010 0.035 0.156 0.167 0.077 0.077 0.402 74 Q 0.080 0.007 0.014 0.034 0.043 0.102 0.043 0.676 75 D 0.083 0.014 0.010 0.017 0.021 0.120 0.039 0.697 76 D 0.035 0.011 0.008 0.013 0.024 0.102 0.026 0.779 77 N 0.082 0.024 0.010 0.019 0.028 0.111 0.047 0.679 78 S 0.170 0.058 0.010 0.050 0.050 0.080 0.064 0.518 79 K 0.041 0.020 0.014 0.032 0.066 0.101 0.066 0.660 80 N 0.013 0.013 0.046 0.091 0.146 0.100 0.101 0.490 81 E 0.057 0.011 0.044 0.090 0.124 0.097 0.073 0.504 82 I 0.095 0.011 0.040 0.061 0.065 0.099 0.072 0.557 83 S 0.029 0.009 0.049 0.050 0.125 0.119 0.045 0.574 84 S 0.022 0.005 0.041 0.042 0.135 0.090 0.052 0.613 85 I 0.008 0.005 0.084 0.171 0.187 0.087 0.049 0.410 86 E 0.011 0.013 0.126 0.092 0.184 0.093 0.051 0.430 87 V 0.020 0.025 0.077 0.128 0.130 0.097 0.026 0.498 88 K 0.019 0.059 0.109 0.087 0.093 0.081 0.033 0.518 89 S 0.078 0.645 0.017 0.018 0.030 0.027 0.038 0.146 90 Y 0.098 0.624 0.027 0.026 0.023 0.028 0.046 0.129 91 E 0.027 0.677 0.030 0.034 0.028 0.022 0.026 0.156 92 E 0.136 0.499 0.025 0.019 0.026 0.038 0.042 0.213 93 I 0.204 0.081 0.109 0.054 0.035 0.077 0.162 0.277 94 Q 0.354 0.088 0.007 0.013 0.016 0.036 0.056 0.430 95 K 0.286 0.023 0.004 0.002 0.003 0.034 0.071 0.576 96 A 0.012 0.044 0.004 0.007 0.007 0.103 0.020 0.803 97 D 0.005 0.029 0.003 0.002 0.003 0.046 0.005 0.906 98 L 0.086 0.530 0.004 0.005 0.002 0.045 0.028 0.299 99 P 0.188 0.766 0.003 0.001 0.001 0.005 0.020 0.017 100 E 0.083 0.770 0.008 0.002 0.001 0.013 0.025 0.099 101 K 0.028 0.835 0.015 0.001 0.001 0.010 0.010 0.100 102 V 0.295 0.601 0.009 0.001 0.001 0.012 0.024 0.057 103 K 0.068 0.049 0.053 0.003 0.002 0.030 0.674 0.120 104 D 0.075 0.203 0.011 0.002 0.002 0.035 0.115 0.556 105 K 0.191 0.049 0.023 0.003 0.004 0.074 0.042 0.615 106 F 0.060 0.013 0.021 0.013 0.011 0.130 0.043 0.709 107 T 0.070 0.008 0.006 0.003 0.008 0.060 0.031 0.814 108 I 0.028 0.005 0.008 0.004 0.005 0.119 0.022 0.810 109 K 0.061 0.012 0.038 0.023 0.031 0.170 0.069 0.597