# TARGET T0468 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0468.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 47.4163 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.028 0.007 0.044 0.036 0.050 0.064 0.004 0.767 2 E 0.014 0.007 0.042 0.042 0.062 0.059 0.003 0.772 3 R 0.011 0.009 0.030 0.034 0.066 0.043 0.002 0.805 4 A 0.043 0.036 0.089 0.096 0.156 0.106 0.006 0.468 5 S 0.072 0.050 0.049 0.071 0.099 0.118 0.012 0.530 6 L 0.143 0.067 0.082 0.063 0.117 0.079 0.014 0.435 7 N 0.098 0.079 0.049 0.084 0.110 0.151 0.019 0.410 8 R 0.109 0.045 0.036 0.046 0.069 0.097 0.022 0.577 9 I 0.126 0.060 0.032 0.057 0.087 0.214 0.021 0.404 10 G 0.204 0.035 0.033 0.058 0.099 0.194 0.046 0.332 11 K 0.107 0.043 0.060 0.112 0.114 0.102 0.026 0.436 12 D 0.023 0.016 0.046 0.111 0.113 0.075 0.023 0.594 13 V 0.077 0.004 0.048 0.099 0.178 0.125 0.018 0.451 14 Y 0.041 0.002 0.067 0.358 0.351 0.050 0.005 0.125 15 Y 0.007 0.001 0.042 0.326 0.469 0.019 0.001 0.136 16 M 0.001 0.001 0.039 0.461 0.424 0.005 0.001 0.069 17 Q 0.001 0.001 0.051 0.368 0.434 0.007 0.001 0.138 18 I 0.001 0.001 0.042 0.361 0.468 0.011 0.001 0.116 19 K 0.001 0.001 0.035 0.235 0.527 0.021 0.001 0.180 20 G 0.005 0.001 0.023 0.094 0.274 0.077 0.003 0.523 21 E 0.034 0.001 0.009 0.031 0.059 0.144 0.005 0.717 22 G 0.080 0.003 0.015 0.120 0.083 0.141 0.014 0.544 23 T 0.123 0.002 0.021 0.110 0.183 0.163 0.006 0.393 24 I 0.006 0.002 0.013 0.114 0.124 0.032 0.001 0.708 25 E 0.009 0.005 0.015 0.199 0.351 0.061 0.002 0.358 26 K 0.025 0.007 0.013 0.077 0.170 0.072 0.007 0.629 27 V 0.087 0.014 0.015 0.050 0.089 0.130 0.011 0.604 28 D 0.047 0.009 0.010 0.032 0.035 0.205 0.014 0.647 29 G 0.127 0.016 0.018 0.050 0.050 0.100 0.034 0.605 30 R 0.227 0.009 0.043 0.052 0.121 0.252 0.010 0.287 31 N 0.030 0.009 0.024 0.126 0.151 0.119 0.006 0.536 32 L 0.040 0.020 0.040 0.200 0.363 0.068 0.005 0.264 33 R 0.041 0.016 0.042 0.264 0.419 0.081 0.005 0.132 34 N 0.031 0.014 0.025 0.229 0.326 0.059 0.005 0.313 35 Y 0.026 0.013 0.036 0.361 0.470 0.023 0.006 0.065 36 T 0.034 0.011 0.021 0.161 0.415 0.054 0.011 0.293 37 L 0.018 0.003 0.028 0.389 0.399 0.022 0.004 0.137 38 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.992 39 A 0.007 0.001 0.023 0.215 0.493 0.055 0.002 0.204 40 Y 0.090 0.008 0.033 0.268 0.313 0.056 0.003 0.229 41 D 0.014 0.009 0.015 0.302 0.477 0.023 0.003 0.157 42 E 0.048 0.008 0.025 0.060 0.145 0.092 0.008 0.615 43 D 0.027 0.003 0.002 0.010 0.012 0.706 0.026 0.214 44 G 0.530 0.010 0.003 0.029 0.006 0.029 0.234 0.158 45 V 0.342 0.001 0.018 0.011 0.044 0.542 0.005 0.035 46 K 0.003 0.001 0.004 0.101 0.082 0.069 0.001 0.737 47 K 0.005 0.001 0.012 0.355 0.605 0.012 0.001 0.010 48 Q 0.012 0.001 0.014 0.245 0.566 0.017 0.001 0.145 49 I 0.002 0.001 0.040 0.467 0.478 0.003 0.001 0.009 50 T 0.002 0.001 0.013 0.324 0.588 0.008 0.001 0.064 51 F 0.001 0.001 0.025 0.274 0.648 0.008 0.001 0.043 52 R 0.004 0.002 0.027 0.210 0.545 0.048 0.001 0.162 53 S 0.022 0.006 0.033 0.187 0.349 0.110 0.006 0.288 54 T 0.062 0.012 0.022 0.096 0.156 0.204 0.008 0.439 55 K 0.105 0.017 0.020 0.056 0.104 0.146 0.011 0.542 56 K 0.056 0.050 0.032 0.051 0.078 0.192 0.009 0.532 57 E 0.056 0.088 0.022 0.040 0.064 0.178 0.014 0.539 58 N 0.084 0.128 0.021 0.028 0.048 0.108 0.022 0.562 59 D 0.152 0.086 0.025 0.020 0.035 0.118 0.032 0.532 60 H 0.162 0.064 0.028 0.018 0.022 0.373 0.027 0.306 61 K 0.142 0.055 0.009 0.011 0.019 0.309 0.020 0.434 62 L 0.256 0.139 0.030 0.032 0.076 0.143 0.012 0.313 63 N 0.053 0.082 0.019 0.049 0.079 0.285 0.016 0.417 64 K 0.046 0.058 0.015 0.030 0.055 0.095 0.017 0.685 65 Y 0.095 0.166 0.026 0.095 0.100 0.108 0.039 0.371 66 A 0.328 0.041 0.032 0.111 0.141 0.148 0.045 0.154 67 F 0.155 0.025 0.059 0.202 0.290 0.115 0.017 0.138 68 L 0.039 0.007 0.050 0.347 0.506 0.028 0.003 0.021 69 R 0.006 0.002 0.027 0.471 0.444 0.009 0.001 0.040 70 L 0.001 0.001 0.027 0.378 0.532 0.007 0.001 0.054 71 Y 0.001 0.001 0.024 0.399 0.549 0.008 0.001 0.018 72 V 0.003 0.002 0.022 0.385 0.500 0.016 0.001 0.073 73 D 0.003 0.004 0.024 0.291 0.525 0.031 0.002 0.121 74 Q 0.021 0.004 0.022 0.093 0.240 0.089 0.006 0.525 75 D 0.041 0.006 0.012 0.042 0.064 0.334 0.008 0.493 76 D 0.070 0.009 0.010 0.032 0.040 0.167 0.016 0.655 77 N 0.080 0.021 0.020 0.033 0.036 0.256 0.022 0.533 78 S 0.075 0.010 0.017 0.014 0.022 0.453 0.022 0.386 79 K 0.117 0.018 0.024 0.021 0.033 0.204 0.015 0.567 80 N 0.074 0.023 0.027 0.042 0.059 0.373 0.015 0.388 81 E 0.144 0.011 0.029 0.041 0.097 0.321 0.013 0.345 82 I 0.086 0.020 0.034 0.094 0.227 0.187 0.005 0.347 83 S 0.020 0.017 0.029 0.172 0.243 0.146 0.008 0.365 84 S 0.061 0.013 0.027 0.074 0.163 0.123 0.015 0.525 85 I 0.118 0.016 0.052 0.120 0.152 0.104 0.014 0.424 86 E 0.038 0.009 0.108 0.178 0.224 0.153 0.009 0.280 87 V 0.014 0.008 0.049 0.083 0.144 0.043 0.004 0.655 88 K 0.015 0.012 0.205 0.259 0.288 0.047 0.004 0.170 89 S 0.007 0.004 0.022 0.063 0.085 0.050 0.002 0.766 90 Y 0.006 0.003 0.030 0.030 0.089 0.028 0.001 0.813 91 E 0.026 0.008 0.038 0.125 0.179 0.322 0.005 0.297 92 E 0.034 0.007 0.007 0.015 0.028 0.072 0.003 0.834 93 I 0.050 0.148 0.076 0.162 0.179 0.055 0.004 0.326 94 Q 0.026 0.270 0.032 0.125 0.149 0.057 0.004 0.337 95 K 0.036 0.246 0.028 0.037 0.182 0.034 0.008 0.428 96 A 0.062 0.307 0.009 0.015 0.040 0.080 0.015 0.471 97 D 0.320 0.182 0.003 0.008 0.005 0.074 0.114 0.295 98 L 0.710 0.086 0.005 0.004 0.002 0.018 0.029 0.145 99 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 100 E 0.003 0.019 0.004 0.003 0.017 0.105 0.001 0.848 101 K 0.041 0.078 0.002 0.001 0.002 0.108 0.003 0.766 102 V 0.029 0.714 0.001 0.001 0.002 0.016 0.001 0.235 103 K 0.007 0.925 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.059 104 D 0.006 0.954 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.034 105 K 0.053 0.907 0.002 0.001 0.001 0.002 0.010 0.024 106 F 0.030 0.948 0.002 0.002 0.001 0.001 0.007 0.009 107 T 0.094 0.700 0.037 0.014 0.012 0.017 0.050 0.075 108 I 0.114 0.446 0.099 0.022 0.023 0.025 0.028 0.244 109 K 0.070 0.369 0.079 0.032 0.036 0.073 0.025 0.316