# TARGET T0468 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0468.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 47.4163 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.111 0.232 0.244 0.063 0.176 0.036 0.056 0.032 0.031 0.017 0.001 2 E 0.184 0.329 0.320 0.055 0.044 0.044 0.006 0.001 0.015 0.001 0.001 3 R 0.210 0.363 0.260 0.054 0.043 0.038 0.004 0.001 0.025 0.001 0.001 4 A 0.284 0.303 0.167 0.108 0.077 0.030 0.012 0.002 0.012 0.003 0.001 5 S 0.127 0.254 0.134 0.126 0.142 0.072 0.095 0.015 0.028 0.007 0.001 6 L 0.173 0.324 0.285 0.121 0.024 0.033 0.013 0.002 0.023 0.002 0.001 7 N 0.089 0.172 0.339 0.078 0.050 0.081 0.074 0.004 0.106 0.006 0.001 8 R 0.501 0.072 0.229 0.074 0.028 0.050 0.018 0.010 0.010 0.006 0.003 9 I 0.372 0.174 0.184 0.202 0.022 0.019 0.010 0.001 0.014 0.002 0.001 10 G 0.123 0.041 0.084 0.059 0.226 0.015 0.084 0.157 0.009 0.202 0.001 11 K 0.126 0.226 0.333 0.095 0.123 0.017 0.045 0.006 0.018 0.010 0.001 12 D 0.048 0.320 0.322 0.120 0.077 0.032 0.047 0.011 0.018 0.004 0.001 13 V 0.008 0.712 0.203 0.021 0.037 0.007 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 14 Y 0.001 0.908 0.035 0.002 0.047 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 15 Y 0.001 0.913 0.042 0.001 0.032 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 16 M 0.001 0.914 0.050 0.001 0.023 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 17 Q 0.003 0.749 0.172 0.002 0.023 0.029 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 18 I 0.004 0.655 0.244 0.003 0.026 0.024 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 19 K 0.045 0.159 0.618 0.046 0.045 0.037 0.013 0.001 0.031 0.003 0.004 20 G 0.039 0.062 0.143 0.030 0.225 0.021 0.067 0.233 0.019 0.163 0.001 21 E 0.140 0.137 0.464 0.148 0.044 0.022 0.017 0.002 0.018 0.004 0.003 22 G 0.079 0.096 0.196 0.035 0.262 0.016 0.038 0.133 0.010 0.134 0.001 23 T 0.090 0.441 0.306 0.043 0.075 0.025 0.005 0.001 0.012 0.001 0.001 24 I 0.061 0.393 0.422 0.029 0.022 0.031 0.003 0.001 0.037 0.001 0.001 25 E 0.198 0.208 0.345 0.113 0.038 0.058 0.013 0.004 0.019 0.003 0.002 26 K 0.122 0.194 0.191 0.155 0.109 0.052 0.085 0.031 0.039 0.021 0.001 27 V 0.315 0.296 0.161 0.108 0.049 0.021 0.018 0.007 0.019 0.005 0.001 28 D 0.088 0.094 0.184 0.370 0.029 0.041 0.156 0.009 0.024 0.004 0.002 29 G 0.039 0.016 0.038 0.025 0.072 0.012 0.114 0.521 0.005 0.157 0.001 30 R 0.167 0.340 0.291 0.102 0.055 0.016 0.008 0.001 0.016 0.003 0.001 31 N 0.069 0.290 0.257 0.120 0.080 0.070 0.062 0.011 0.033 0.006 0.002 32 L 0.053 0.560 0.190 0.065 0.075 0.026 0.014 0.002 0.014 0.001 0.001 33 R 0.019 0.772 0.108 0.018 0.063 0.009 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 34 N 0.026 0.538 0.272 0.025 0.057 0.039 0.008 0.001 0.032 0.001 0.002 35 Y 0.009 0.814 0.085 0.007 0.059 0.012 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 36 T 0.013 0.630 0.195 0.013 0.052 0.059 0.003 0.001 0.035 0.001 0.001 37 L 0.013 0.399 0.445 0.002 0.047 0.019 0.001 0.001 0.073 0.001 0.001 38 P 0.130 0.015 0.759 0.022 0.004 0.032 0.004 0.001 0.005 0.001 0.025 39 A 0.125 0.376 0.123 0.089 0.200 0.021 0.018 0.015 0.027 0.006 0.001 40 Y 0.065 0.622 0.187 0.045 0.045 0.023 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 41 D 0.065 0.131 0.510 0.028 0.051 0.098 0.022 0.003 0.074 0.018 0.002 42 E 0.887 0.013 0.046 0.032 0.005 0.006 0.003 0.002 0.001 0.003 0.003 43 D 0.046 0.010 0.022 0.759 0.004 0.005 0.142 0.003 0.008 0.001 0.001 44 G 0.002 0.001 0.002 0.002 0.012 0.001 0.052 0.855 0.001 0.074 0.001 45 V 0.104 0.260 0.520 0.065 0.022 0.012 0.007 0.001 0.007 0.001 0.001 46 K 0.035 0.380 0.453 0.053 0.032 0.026 0.003 0.001 0.014 0.001 0.002 47 K 0.008 0.780 0.089 0.013 0.094 0.006 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 48 Q 0.002 0.819 0.105 0.004 0.047 0.010 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 49 I 0.001 0.941 0.036 0.001 0.016 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 50 T 0.002 0.814 0.095 0.001 0.034 0.028 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 51 F 0.008 0.748 0.114 0.005 0.076 0.029 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 52 R 0.050 0.413 0.253 0.042 0.114 0.074 0.009 0.002 0.038 0.004 0.001 53 S 0.154 0.312 0.159 0.080 0.200 0.029 0.017 0.008 0.020 0.021 0.001 54 T 0.203 0.192 0.241 0.187 0.083 0.025 0.032 0.004 0.023 0.007 0.001 55 K 0.246 0.126 0.225 0.138 0.077 0.041 0.072 0.036 0.020 0.018 0.001 56 K 0.253 0.243 0.330 0.078 0.033 0.026 0.013 0.003 0.018 0.002 0.001 57 E 0.397 0.110 0.258 0.127 0.020 0.043 0.015 0.006 0.018 0.003 0.003 58 N 0.255 0.097 0.106 0.310 0.038 0.041 0.106 0.015 0.026 0.005 0.001 59 D 0.251 0.062 0.097 0.309 0.029 0.043 0.134 0.045 0.019 0.009 0.001 60 H 0.334 0.197 0.190 0.141 0.034 0.031 0.041 0.006 0.021 0.003 0.001 61 K 0.397 0.100 0.243 0.128 0.019 0.054 0.021 0.006 0.024 0.003 0.004 62 L 0.220 0.220 0.347 0.124 0.024 0.026 0.012 0.001 0.023 0.003 0.001 63 N 0.198 0.137 0.361 0.084 0.059 0.063 0.045 0.008 0.033 0.009 0.003 64 K 0.340 0.167 0.257 0.143 0.040 0.014 0.019 0.003 0.010 0.004 0.002 65 Y 0.063 0.200 0.156 0.181 0.149 0.035 0.131 0.046 0.027 0.011 0.001 66 A 0.027 0.671 0.171 0.033 0.062 0.013 0.009 0.001 0.012 0.001 0.001 67 F 0.013 0.771 0.147 0.009 0.039 0.012 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 68 L 0.004 0.819 0.117 0.004 0.036 0.010 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 69 R 0.002 0.863 0.076 0.002 0.037 0.008 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 70 L 0.003 0.807 0.123 0.002 0.038 0.015 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 71 Y 0.012 0.678 0.196 0.005 0.046 0.040 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 72 V 0.059 0.630 0.174 0.014 0.065 0.028 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 73 D 0.140 0.181 0.281 0.162 0.072 0.084 0.029 0.005 0.039 0.005 0.002 74 Q 0.257 0.159 0.132 0.182 0.102 0.036 0.065 0.030 0.017 0.020 0.001 75 D 0.338 0.118 0.134 0.260 0.036 0.025 0.048 0.015 0.016 0.008 0.001 76 D 0.151 0.087 0.097 0.434 0.032 0.022 0.127 0.020 0.021 0.007 0.001 77 N 0.118 0.071 0.127 0.263 0.048 0.039 0.196 0.092 0.023 0.021 0.001 78 S 0.235 0.176 0.247 0.179 0.050 0.035 0.035 0.011 0.015 0.016 0.001 79 K 0.457 0.094 0.137 0.184 0.035 0.029 0.031 0.009 0.012 0.010 0.003 80 N 0.215 0.139 0.148 0.248 0.059 0.024 0.114 0.018 0.025 0.009 0.001 81 E 0.201 0.199 0.219 0.154 0.038 0.056 0.088 0.016 0.024 0.004 0.001 82 I 0.115 0.331 0.434 0.068 0.013 0.018 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 83 S 0.282 0.185 0.265 0.113 0.074 0.026 0.021 0.006 0.013 0.013 0.003 84 S 0.111 0.284 0.126 0.143 0.096 0.045 0.135 0.017 0.037 0.004 0.002 85 I 0.047 0.595 0.221 0.028 0.049 0.018 0.015 0.002 0.022 0.001 0.001 86 E 0.042 0.466 0.390 0.016 0.017 0.042 0.006 0.001 0.017 0.001 0.002 87 V 0.019 0.417 0.447 0.012 0.008 0.058 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 88 K 0.090 0.457 0.231 0.091 0.062 0.044 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 89 S 0.032 0.399 0.190 0.043 0.230 0.030 0.011 0.001 0.052 0.010 0.001 90 Y 0.782 0.023 0.142 0.017 0.010 0.015 0.003 0.001 0.002 0.001 0.004 91 E 0.885 0.028 0.032 0.029 0.010 0.006 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 92 E 0.806 0.067 0.051 0.047 0.008 0.010 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 93 I 0.713 0.087 0.107 0.027 0.003 0.034 0.003 0.001 0.025 0.001 0.001 94 Q 0.655 0.058 0.129 0.053 0.008 0.068 0.006 0.001 0.021 0.001 0.001 95 K 0.930 0.010 0.019 0.033 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 A 0.937 0.006 0.011 0.033 0.003 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 97 D 0.703 0.013 0.033 0.206 0.006 0.014 0.015 0.004 0.004 0.001 0.001 98 L 0.202 0.089 0.300 0.012 0.007 0.046 0.002 0.001 0.341 0.001 0.001 99 P 0.690 0.002 0.295 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 100 E 0.989 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 K 0.979 0.001 0.003 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 V 0.968 0.006 0.009 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 103 K 0.990 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 D 0.961 0.002 0.004 0.030 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 K 0.873 0.007 0.008 0.104 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 106 F 0.573 0.035 0.112 0.227 0.005 0.009 0.028 0.002 0.009 0.001 0.001 107 T 0.367 0.088 0.164 0.156 0.019 0.044 0.139 0.007 0.013 0.001 0.001 108 I 0.153 0.348 0.350 0.098 0.014 0.019 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 109 K 0.289 0.125 0.297 0.127 0.036 0.070 0.022 0.005 0.026 0.003 0.001