# TARGET T0468 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0468.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 47.4163 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.574 0.202 0.104 0.070 0.036 0.012 0.002 2 E 0.541 0.242 0.119 0.063 0.025 0.009 0.001 3 R 0.293 0.210 0.217 0.167 0.072 0.035 0.006 4 A 0.250 0.171 0.202 0.198 0.118 0.054 0.008 5 S 0.280 0.270 0.202 0.140 0.066 0.036 0.007 6 L 0.191 0.131 0.127 0.186 0.186 0.145 0.034 7 N 0.216 0.202 0.182 0.181 0.132 0.076 0.012 8 R 0.264 0.298 0.201 0.129 0.066 0.036 0.006 9 I 0.114 0.111 0.156 0.242 0.211 0.137 0.029 10 G 0.123 0.147 0.184 0.220 0.195 0.111 0.019 11 K 0.196 0.254 0.231 0.165 0.098 0.046 0.010 12 D 0.248 0.319 0.183 0.131 0.080 0.032 0.006 13 V 0.083 0.198 0.198 0.239 0.178 0.090 0.014 14 Y 0.010 0.034 0.070 0.174 0.346 0.319 0.047 15 Y 0.010 0.037 0.088 0.174 0.262 0.358 0.070 16 M 0.008 0.020 0.051 0.123 0.273 0.425 0.100 17 Q 0.022 0.096 0.220 0.281 0.229 0.133 0.019 18 I 0.014 0.045 0.112 0.249 0.370 0.196 0.014 19 K 0.136 0.310 0.281 0.185 0.073 0.014 0.001 20 G 0.362 0.344 0.152 0.094 0.041 0.007 0.001 21 E 0.544 0.329 0.087 0.029 0.009 0.001 0.001 22 G 0.322 0.268 0.221 0.140 0.043 0.005 0.001 23 T 0.452 0.337 0.154 0.046 0.009 0.001 0.001 24 I 0.323 0.237 0.266 0.139 0.031 0.004 0.001 25 E 0.723 0.204 0.055 0.015 0.004 0.001 0.001 26 K 0.750 0.194 0.042 0.012 0.002 0.001 0.001 27 V 0.603 0.214 0.120 0.050 0.011 0.001 0.001 28 D 0.694 0.236 0.052 0.014 0.003 0.001 0.001 29 G 0.576 0.294 0.085 0.033 0.009 0.002 0.001 30 R 0.195 0.255 0.277 0.182 0.072 0.018 0.001 31 N 0.102 0.258 0.256 0.229 0.120 0.034 0.002 32 L 0.030 0.119 0.228 0.307 0.204 0.104 0.008 33 R 0.016 0.060 0.137 0.289 0.300 0.184 0.014 34 N 0.034 0.169 0.291 0.294 0.145 0.060 0.007 35 Y 0.009 0.022 0.048 0.165 0.352 0.341 0.063 36 T 0.017 0.134 0.212 0.322 0.206 0.098 0.010 37 L 0.010 0.032 0.066 0.190 0.324 0.345 0.035 38 P 0.045 0.207 0.321 0.249 0.129 0.047 0.003 39 A 0.036 0.086 0.160 0.261 0.271 0.174 0.012 40 Y 0.044 0.097 0.248 0.314 0.219 0.074 0.004 41 D 0.187 0.247 0.262 0.196 0.091 0.017 0.001 42 E 0.693 0.267 0.030 0.007 0.003 0.001 0.001 43 D 0.783 0.200 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 44 G 0.495 0.242 0.168 0.074 0.018 0.002 0.001 45 V 0.473 0.298 0.160 0.056 0.011 0.001 0.001 46 K 0.583 0.329 0.067 0.016 0.004 0.001 0.001 47 K 0.168 0.298 0.244 0.203 0.076 0.010 0.001 48 Q 0.102 0.324 0.287 0.196 0.076 0.015 0.001 49 I 0.020 0.052 0.149 0.287 0.383 0.105 0.004 50 T 0.071 0.316 0.326 0.205 0.070 0.011 0.001 51 F 0.017 0.047 0.128 0.225 0.411 0.168 0.005 52 R 0.077 0.280 0.381 0.213 0.042 0.007 0.001 53 S 0.130 0.175 0.300 0.250 0.120 0.025 0.001 54 T 0.312 0.259 0.256 0.144 0.026 0.004 0.001 55 K 0.658 0.237 0.073 0.024 0.007 0.001 0.001 56 K 0.683 0.259 0.043 0.012 0.002 0.001 0.001 57 E 0.722 0.233 0.035 0.009 0.002 0.001 0.001 58 N 0.434 0.283 0.187 0.079 0.016 0.002 0.001 59 D 0.617 0.275 0.084 0.020 0.004 0.001 0.001 60 H 0.401 0.336 0.175 0.072 0.014 0.002 0.001 61 K 0.153 0.430 0.288 0.102 0.024 0.004 0.001 62 L 0.029 0.058 0.134 0.322 0.350 0.103 0.005 63 N 0.031 0.173 0.274 0.324 0.155 0.042 0.001 64 K 0.079 0.253 0.233 0.239 0.135 0.056 0.004 65 Y 0.023 0.115 0.263 0.343 0.185 0.067 0.005 66 A 0.006 0.042 0.105 0.242 0.377 0.206 0.022 67 F 0.003 0.023 0.095 0.198 0.293 0.305 0.083 68 L 0.001 0.005 0.010 0.044 0.193 0.515 0.232 69 R 0.003 0.028 0.113 0.295 0.312 0.216 0.034 70 L 0.002 0.009 0.024 0.059 0.269 0.527 0.111 71 Y 0.003 0.037 0.132 0.227 0.324 0.248 0.028 72 V 0.009 0.041 0.131 0.273 0.373 0.164 0.009 73 D 0.129 0.310 0.328 0.174 0.051 0.008 0.001 74 Q 0.454 0.294 0.144 0.080 0.023 0.004 0.001 75 D 0.597 0.243 0.100 0.046 0.013 0.002 0.001 76 D 0.677 0.237 0.062 0.020 0.004 0.001 0.001 77 N 0.692 0.233 0.052 0.017 0.004 0.001 0.001 78 S 0.526 0.251 0.142 0.062 0.016 0.002 0.001 79 K 0.532 0.263 0.129 0.056 0.017 0.003 0.001 80 N 0.388 0.280 0.173 0.105 0.042 0.011 0.001 81 E 0.220 0.284 0.212 0.166 0.085 0.032 0.002 82 I 0.117 0.147 0.215 0.236 0.176 0.100 0.009 83 S 0.230 0.264 0.200 0.166 0.092 0.044 0.005 84 S 0.272 0.244 0.220 0.147 0.078 0.035 0.005 85 I 0.199 0.154 0.197 0.227 0.147 0.066 0.009 86 E 0.324 0.383 0.159 0.075 0.038 0.019 0.002 87 V 0.098 0.104 0.187 0.289 0.209 0.102 0.011 88 K 0.350 0.370 0.167 0.073 0.032 0.009 0.001 89 S 0.264 0.311 0.180 0.146 0.073 0.024 0.002 90 Y 0.081 0.116 0.244 0.316 0.187 0.054 0.002 91 E 0.359 0.410 0.130 0.063 0.032 0.007 0.001 92 E 0.220 0.442 0.232 0.076 0.025 0.004 0.001 93 I 0.046 0.065 0.218 0.429 0.207 0.034 0.001 94 Q 0.526 0.348 0.093 0.024 0.008 0.001 0.001 95 K 0.711 0.237 0.038 0.011 0.002 0.001 0.001 96 A 0.748 0.228 0.021 0.003 0.001 0.001 0.001 97 D 0.461 0.452 0.070 0.016 0.001 0.001 0.001 98 L 0.080 0.107 0.331 0.315 0.154 0.013 0.001 99 P 0.305 0.301 0.242 0.117 0.033 0.003 0.001 100 E 0.759 0.225 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 101 K 0.381 0.365 0.167 0.076 0.010 0.001 0.001 102 V 0.097 0.107 0.233 0.257 0.245 0.058 0.002 103 K 0.250 0.293 0.286 0.136 0.031 0.004 0.001 104 D 0.642 0.319 0.029 0.007 0.002 0.001 0.001 105 K 0.121 0.232 0.288 0.257 0.084 0.017 0.001 106 F 0.144 0.108 0.240 0.300 0.175 0.033 0.001 107 T 0.681 0.258 0.049 0.009 0.002 0.001 0.001 108 I 0.713 0.183 0.067 0.029 0.006 0.001 0.001 109 K 0.781 0.178 0.030 0.009 0.002 0.001 0.001