# TARGET T0468 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0468.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 47.4163 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.179 0.108 0.118 0.129 0.132 0.109 0.079 0.062 0.038 0.026 0.012 0.005 0.002 0.001 2 E 0.210 0.136 0.120 0.143 0.140 0.096 0.061 0.039 0.026 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 3 R 0.147 0.110 0.128 0.141 0.144 0.112 0.086 0.054 0.038 0.022 0.011 0.005 0.002 0.001 4 A 0.171 0.090 0.099 0.126 0.128 0.134 0.096 0.064 0.041 0.027 0.015 0.006 0.003 0.001 5 S 0.211 0.164 0.137 0.140 0.120 0.080 0.057 0.039 0.025 0.012 0.010 0.004 0.001 0.001 6 L 0.060 0.047 0.065 0.100 0.146 0.167 0.137 0.105 0.073 0.050 0.028 0.013 0.005 0.002 7 N 0.152 0.121 0.130 0.154 0.140 0.102 0.078 0.054 0.032 0.018 0.012 0.005 0.002 0.001 8 R 0.186 0.125 0.149 0.145 0.133 0.096 0.062 0.042 0.029 0.016 0.010 0.004 0.002 0.001 9 I 0.070 0.043 0.056 0.113 0.163 0.156 0.112 0.112 0.089 0.049 0.020 0.011 0.006 0.002 10 G 0.057 0.077 0.093 0.182 0.160 0.151 0.120 0.067 0.046 0.025 0.013 0.005 0.002 0.001 11 K 0.182 0.182 0.159 0.141 0.110 0.086 0.062 0.034 0.022 0.010 0.009 0.002 0.001 0.001 12 D 0.107 0.152 0.179 0.152 0.146 0.100 0.067 0.029 0.026 0.014 0.020 0.004 0.002 0.001 13 V 0.047 0.062 0.079 0.110 0.140 0.140 0.137 0.092 0.088 0.046 0.036 0.011 0.006 0.005 14 Y 0.005 0.005 0.011 0.024 0.051 0.082 0.114 0.188 0.165 0.154 0.104 0.049 0.032 0.015 15 Y 0.005 0.006 0.009 0.021 0.044 0.058 0.085 0.164 0.142 0.139 0.129 0.106 0.060 0.031 16 M 0.006 0.003 0.004 0.008 0.010 0.019 0.034 0.068 0.112 0.190 0.217 0.190 0.100 0.039 17 Q 0.009 0.013 0.024 0.050 0.070 0.079 0.136 0.158 0.175 0.108 0.082 0.059 0.021 0.017 18 I 0.006 0.005 0.007 0.015 0.027 0.068 0.081 0.158 0.157 0.182 0.176 0.071 0.037 0.011 19 K 0.038 0.075 0.120 0.143 0.178 0.142 0.117 0.074 0.059 0.027 0.015 0.008 0.003 0.002 20 G 0.106 0.093 0.107 0.153 0.191 0.112 0.081 0.056 0.043 0.035 0.016 0.005 0.002 0.001 21 E 0.164 0.193 0.218 0.155 0.121 0.063 0.040 0.021 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 22 G 0.293 0.157 0.120 0.126 0.101 0.088 0.051 0.036 0.015 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 23 T 0.306 0.233 0.166 0.125 0.097 0.034 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 24 I 0.219 0.107 0.129 0.151 0.156 0.107 0.061 0.040 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 25 E 0.396 0.178 0.149 0.116 0.089 0.039 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 26 K 0.562 0.144 0.105 0.085 0.058 0.024 0.010 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 27 V 0.446 0.160 0.105 0.127 0.088 0.040 0.016 0.008 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 28 D 0.569 0.180 0.104 0.073 0.038 0.019 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 G 0.523 0.182 0.128 0.073 0.045 0.025 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 R 0.315 0.142 0.142 0.121 0.116 0.076 0.043 0.023 0.011 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 31 N 0.204 0.134 0.124 0.139 0.144 0.098 0.066 0.047 0.021 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 32 L 0.073 0.070 0.078 0.121 0.152 0.132 0.122 0.116 0.062 0.045 0.017 0.008 0.003 0.001 33 R 0.041 0.039 0.055 0.096 0.120 0.144 0.127 0.122 0.084 0.089 0.048 0.022 0.009 0.004 34 N 0.050 0.055 0.075 0.097 0.115 0.118 0.112 0.103 0.095 0.071 0.055 0.036 0.010 0.008 35 Y 0.016 0.010 0.016 0.030 0.042 0.079 0.096 0.125 0.143 0.176 0.130 0.085 0.037 0.016 36 T 0.014 0.024 0.034 0.067 0.098 0.092 0.123 0.166 0.140 0.095 0.072 0.044 0.018 0.013 37 L 0.007 0.006 0.010 0.017 0.024 0.055 0.078 0.152 0.135 0.178 0.170 0.091 0.056 0.021 38 P 0.028 0.036 0.063 0.090 0.135 0.134 0.129 0.139 0.094 0.064 0.042 0.025 0.010 0.011 39 A 0.024 0.017 0.024 0.050 0.086 0.111 0.100 0.134 0.129 0.136 0.102 0.055 0.021 0.009 40 Y 0.030 0.052 0.072 0.202 0.174 0.176 0.125 0.072 0.056 0.022 0.012 0.005 0.001 0.001 41 D 0.239 0.219 0.121 0.162 0.097 0.074 0.035 0.016 0.025 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 42 E 0.451 0.304 0.129 0.074 0.027 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 D 0.621 0.286 0.076 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 G 0.434 0.224 0.221 0.048 0.044 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 V 0.409 0.200 0.176 0.089 0.082 0.026 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 K 0.375 0.241 0.111 0.108 0.095 0.032 0.016 0.009 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 47 K 0.064 0.059 0.072 0.143 0.176 0.145 0.109 0.119 0.052 0.037 0.016 0.005 0.002 0.001 48 Q 0.015 0.026 0.043 0.120 0.199 0.139 0.111 0.123 0.096 0.079 0.020 0.019 0.005 0.004 49 I 0.007 0.003 0.005 0.013 0.022 0.063 0.079 0.129 0.143 0.229 0.132 0.112 0.049 0.013 50 T 0.014 0.023 0.047 0.097 0.137 0.102 0.120 0.119 0.115 0.081 0.062 0.052 0.016 0.013 51 F 0.007 0.003 0.005 0.011 0.017 0.050 0.062 0.115 0.129 0.214 0.199 0.119 0.054 0.016 52 R 0.028 0.042 0.062 0.121 0.169 0.133 0.129 0.115 0.096 0.050 0.026 0.018 0.006 0.005 53 S 0.033 0.029 0.032 0.078 0.098 0.124 0.127 0.148 0.120 0.107 0.072 0.021 0.007 0.003 54 T 0.119 0.149 0.173 0.174 0.138 0.109 0.065 0.031 0.025 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 55 K 0.386 0.211 0.139 0.106 0.071 0.039 0.021 0.012 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 56 K 0.455 0.213 0.153 0.087 0.052 0.021 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 E 0.596 0.201 0.107 0.051 0.027 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 N 0.559 0.188 0.123 0.063 0.041 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 D 0.617 0.190 0.100 0.052 0.027 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 H 0.668 0.189 0.075 0.037 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 K 0.363 0.217 0.167 0.117 0.090 0.027 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 L 0.078 0.055 0.081 0.166 0.210 0.188 0.118 0.067 0.022 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 63 N 0.223 0.222 0.178 0.158 0.108 0.058 0.028 0.014 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 64 K 0.177 0.160 0.164 0.167 0.139 0.091 0.047 0.024 0.015 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 65 Y 0.047 0.073 0.091 0.173 0.205 0.148 0.106 0.057 0.052 0.029 0.012 0.005 0.002 0.001 66 A 0.015 0.020 0.039 0.072 0.101 0.151 0.142 0.156 0.121 0.086 0.066 0.017 0.010 0.005 67 F 0.005 0.007 0.012 0.032 0.070 0.093 0.110 0.140 0.155 0.139 0.101 0.081 0.035 0.021 68 L 0.002 0.001 0.002 0.006 0.008 0.020 0.044 0.094 0.135 0.199 0.228 0.151 0.081 0.027 69 R 0.002 0.005 0.010 0.023 0.044 0.054 0.087 0.166 0.181 0.163 0.122 0.081 0.032 0.029 70 L 0.002 0.001 0.002 0.004 0.007 0.020 0.028 0.104 0.121 0.208 0.247 0.144 0.083 0.028 71 Y 0.007 0.015 0.028 0.072 0.115 0.097 0.133 0.170 0.162 0.103 0.044 0.034 0.010 0.010 72 V 0.007 0.011 0.015 0.044 0.070 0.116 0.105 0.168 0.184 0.162 0.081 0.026 0.008 0.004 73 D 0.091 0.161 0.165 0.187 0.157 0.096 0.053 0.033 0.037 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 74 Q 0.354 0.267 0.140 0.118 0.056 0.028 0.016 0.009 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 75 D 0.480 0.276 0.157 0.047 0.024 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 D 0.504 0.200 0.128 0.085 0.050 0.019 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 N 0.603 0.202 0.092 0.055 0.032 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 S 0.702 0.185 0.065 0.030 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 K 0.673 0.198 0.086 0.025 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 N 0.476 0.184 0.141 0.082 0.061 0.033 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 E 0.544 0.200 0.104 0.059 0.047 0.022 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 I 0.124 0.083 0.104 0.138 0.186 0.146 0.099 0.064 0.027 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 83 S 0.276 0.148 0.122 0.129 0.113 0.086 0.055 0.033 0.016 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 84 S 0.216 0.124 0.169 0.127 0.135 0.085 0.056 0.033 0.024 0.015 0.009 0.005 0.001 0.001 85 I 0.098 0.046 0.056 0.106 0.133 0.165 0.119 0.092 0.066 0.067 0.028 0.015 0.007 0.002 86 E 0.114 0.129 0.117 0.174 0.155 0.114 0.083 0.047 0.031 0.017 0.011 0.006 0.002 0.001 87 V 0.051 0.035 0.053 0.083 0.115 0.168 0.156 0.128 0.089 0.064 0.038 0.013 0.005 0.002 88 K 0.141 0.119 0.139 0.164 0.147 0.114 0.073 0.044 0.028 0.015 0.010 0.004 0.002 0.001 89 S 0.179 0.124 0.134 0.131 0.135 0.102 0.066 0.048 0.041 0.019 0.014 0.005 0.002 0.001 90 Y 0.078 0.065 0.087 0.143 0.173 0.136 0.104 0.091 0.064 0.036 0.016 0.005 0.002 0.001 91 E 0.401 0.236 0.145 0.101 0.045 0.033 0.019 0.010 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 92 E 0.316 0.214 0.188 0.109 0.091 0.046 0.018 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 93 I 0.159 0.077 0.089 0.199 0.209 0.119 0.072 0.046 0.018 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 94 Q 0.402 0.332 0.169 0.068 0.016 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 K 0.626 0.213 0.082 0.041 0.021 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 A 0.631 0.276 0.060 0.025 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 D 0.793 0.172 0.032 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 L 0.166 0.150 0.231 0.147 0.188 0.087 0.020 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 P 0.199 0.152 0.156 0.221 0.162 0.060 0.031 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 100 E 0.853 0.138 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 K 0.294 0.388 0.236 0.052 0.020 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 V 0.010 0.009 0.033 0.071 0.236 0.306 0.198 0.094 0.036 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 103 K 0.178 0.249 0.234 0.205 0.098 0.023 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 D 0.907 0.084 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 K 0.050 0.105 0.162 0.245 0.305 0.084 0.032 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 F 0.048 0.032 0.095 0.128 0.198 0.205 0.183 0.085 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 107 T 0.597 0.171 0.122 0.050 0.036 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 I 0.549 0.114 0.091 0.112 0.064 0.033 0.020 0.008 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 109 K 0.406 0.207 0.136 0.101 0.086 0.036 0.014 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001