# TARGET T0468 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0468.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 42.6786 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.005 0.006 0.052 0.033 0.078 0.003 0.090 0.033 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.055 0.043 0.140 0.066 0.104 0.277 0.001 2 E 0.004 0.006 0.041 0.030 0.090 0.004 0.065 0.049 0.003 0.001 0.002 0.001 0.003 0.004 0.037 0.035 0.083 0.087 0.188 0.268 0.001 3 R 0.003 0.003 0.022 0.029 0.062 0.004 0.039 0.045 0.005 0.001 0.002 0.002 0.003 0.005 0.078 0.034 0.449 0.049 0.089 0.074 0.001 4 A 0.007 0.011 0.042 0.030 0.054 0.013 0.209 0.196 0.003 0.001 0.002 0.002 0.005 0.006 0.049 0.025 0.188 0.030 0.038 0.087 0.002 5 S 0.008 0.014 0.032 0.045 0.094 0.024 0.172 0.200 0.004 0.001 0.003 0.002 0.008 0.007 0.024 0.047 0.083 0.102 0.062 0.065 0.002 6 L 0.011 0.014 0.025 0.028 0.195 0.004 0.085 0.132 0.005 0.002 0.004 0.004 0.007 0.008 0.063 0.055 0.150 0.068 0.060 0.077 0.002 7 N 0.017 0.022 0.119 0.117 0.057 0.010 0.074 0.151 0.008 0.002 0.003 0.003 0.006 0.005 0.062 0.016 0.070 0.030 0.091 0.135 0.002 8 R 0.013 0.013 0.035 0.052 0.161 0.019 0.054 0.064 0.019 0.008 0.002 0.002 0.004 0.002 0.018 0.016 0.374 0.048 0.037 0.056 0.001 9 I 0.010 0.014 0.037 0.056 0.119 0.010 0.296 0.069 0.012 0.007 0.002 0.002 0.004 0.002 0.021 0.012 0.132 0.052 0.051 0.090 0.001 10 G 0.012 0.019 0.060 0.064 0.190 0.002 0.123 0.016 0.005 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 0.018 0.110 0.127 0.092 0.128 0.001 11 K 0.031 0.036 0.125 0.096 0.210 0.004 0.066 0.009 0.005 0.003 0.002 0.002 0.003 0.002 0.031 0.023 0.156 0.044 0.044 0.104 0.002 12 D 0.078 0.125 0.113 0.156 0.226 0.004 0.067 0.006 0.004 0.002 0.005 0.004 0.011 0.005 0.024 0.018 0.034 0.033 0.030 0.047 0.008 13 V 0.197 0.304 0.077 0.061 0.219 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.008 0.006 0.017 0.006 0.019 0.026 0.006 0.009 0.010 0.009 0.014 14 Y 0.305 0.342 0.108 0.080 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.012 0.031 0.009 0.020 0.007 0.001 0.001 0.002 0.002 0.022 15 Y 0.329 0.483 0.009 0.012 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.016 0.038 0.007 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 16 M 0.412 0.458 0.018 0.019 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.016 0.030 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 17 Q 0.421 0.432 0.013 0.024 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.013 0.032 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 18 I 0.403 0.348 0.021 0.067 0.060 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.022 0.039 0.003 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 19 K 0.252 0.209 0.097 0.226 0.111 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.011 0.023 0.002 0.027 0.005 0.005 0.001 0.007 0.010 0.003 20 G 0.070 0.047 0.048 0.140 0.469 0.002 0.021 0.002 0.002 0.002 0.005 0.004 0.009 0.001 0.011 0.016 0.054 0.014 0.025 0.055 0.002 21 E 0.013 0.014 0.041 0.078 0.178 0.003 0.321 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.007 0.121 0.089 0.039 0.066 0.001 22 G 0.006 0.008 0.038 0.029 0.215 0.003 0.311 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.014 0.031 0.199 0.056 0.071 0.001 23 T 0.009 0.008 0.271 0.168 0.089 0.003 0.023 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 0.005 0.021 0.073 0.158 0.133 0.001 24 I 0.010 0.009 0.043 0.064 0.550 0.001 0.008 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.016 0.019 0.045 0.023 0.108 0.090 0.001 25 E 0.014 0.016 0.226 0.276 0.081 0.004 0.033 0.010 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.066 0.007 0.057 0.013 0.062 0.123 0.001 26 K 0.009 0.013 0.031 0.074 0.405 0.006 0.055 0.015 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.012 0.027 0.072 0.073 0.081 0.115 0.001 27 V 0.008 0.009 0.104 0.153 0.163 0.004 0.054 0.019 0.003 0.002 0.002 0.002 0.004 0.001 0.035 0.011 0.112 0.045 0.137 0.132 0.001 28 D 0.007 0.009 0.067 0.080 0.209 0.002 0.088 0.025 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 0.010 0.166 0.035 0.082 0.194 0.001 29 G 0.010 0.014 0.062 0.087 0.226 0.004 0.173 0.014 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 0.010 0.121 0.075 0.063 0.112 0.001 30 R 0.018 0.024 0.091 0.089 0.261 0.005 0.131 0.021 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.025 0.015 0.090 0.070 0.051 0.096 0.001 31 N 0.040 0.058 0.206 0.224 0.192 0.005 0.041 0.014 0.002 0.001 0.004 0.002 0.008 0.001 0.026 0.007 0.031 0.038 0.051 0.046 0.003 32 L 0.093 0.117 0.089 0.097 0.398 0.002 0.015 0.011 0.001 0.001 0.008 0.006 0.015 0.003 0.021 0.016 0.030 0.015 0.024 0.031 0.008 33 R 0.131 0.230 0.153 0.264 0.082 0.002 0.009 0.006 0.001 0.001 0.011 0.007 0.019 0.004 0.030 0.005 0.012 0.005 0.009 0.012 0.008 34 N 0.164 0.243 0.033 0.072 0.346 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.017 0.010 0.032 0.006 0.009 0.018 0.007 0.006 0.006 0.005 0.012 35 Y 0.186 0.251 0.184 0.213 0.053 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.010 0.010 0.025 0.005 0.025 0.005 0.004 0.002 0.005 0.007 0.008 36 T 0.162 0.209 0.028 0.047 0.397 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.012 0.011 0.034 0.008 0.017 0.023 0.006 0.008 0.006 0.007 0.018 37 L 0.197 0.159 0.186 0.240 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.017 0.022 0.005 0.034 0.007 0.003 0.002 0.018 0.043 0.007 38 P 0.142 0.183 0.031 0.025 0.476 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.009 0.017 0.007 0.017 0.030 0.016 0.004 0.006 0.014 0.012 39 A 0.181 0.152 0.167 0.211 0.084 0.002 0.012 0.009 0.001 0.001 0.021 0.020 0.043 0.008 0.039 0.010 0.009 0.004 0.008 0.007 0.013 40 Y 0.151 0.178 0.048 0.048 0.365 0.001 0.033 0.014 0.001 0.001 0.008 0.012 0.029 0.007 0.030 0.023 0.011 0.011 0.008 0.014 0.009 41 D 0.068 0.073 0.213 0.419 0.075 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.005 0.001 0.019 0.004 0.003 0.006 0.057 0.042 0.001 42 E 0.025 0.010 0.039 0.085 0.269 0.001 0.004 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.006 0.439 0.004 0.018 0.078 0.001 43 D 0.007 0.015 0.015 0.050 0.064 0.004 0.717 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.054 0.027 0.010 0.023 0.001 44 G 0.007 0.008 0.009 0.007 0.304 0.001 0.383 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.012 0.208 0.017 0.021 0.001 45 V 0.022 0.027 0.511 0.292 0.016 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 0.001 0.012 0.025 0.033 0.019 0.001 46 K 0.059 0.092 0.007 0.006 0.793 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 0.010 0.002 0.004 0.005 0.003 0.004 47 K 0.094 0.091 0.365 0.403 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.007 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 Q 0.076 0.189 0.002 0.008 0.649 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.015 0.002 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 49 I 0.233 0.252 0.170 0.226 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.014 0.027 0.002 0.029 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 50 T 0.146 0.173 0.030 0.054 0.494 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.009 0.029 0.003 0.007 0.022 0.002 0.004 0.004 0.004 0.009 51 F 0.221 0.159 0.129 0.150 0.154 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.020 0.020 0.030 0.002 0.047 0.007 0.004 0.004 0.018 0.017 0.009 52 R 0.093 0.086 0.159 0.236 0.166 0.001 0.008 0.010 0.001 0.001 0.011 0.012 0.026 0.006 0.054 0.014 0.026 0.013 0.034 0.039 0.005 53 S 0.046 0.039 0.050 0.117 0.420 0.004 0.029 0.010 0.002 0.001 0.006 0.005 0.012 0.002 0.021 0.028 0.086 0.020 0.039 0.059 0.003 54 T 0.018 0.026 0.065 0.094 0.156 0.004 0.212 0.041 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.003 0.049 0.013 0.112 0.057 0.046 0.089 0.002 55 K 0.014 0.016 0.052 0.063 0.199 0.007 0.162 0.046 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.023 0.013 0.110 0.127 0.064 0.092 0.001 56 K 0.012 0.014 0.124 0.119 0.129 0.010 0.054 0.064 0.005 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.023 0.007 0.089 0.047 0.122 0.170 0.001 57 E 0.010 0.011 0.056 0.067 0.208 0.007 0.054 0.090 0.005 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 0.010 0.208 0.039 0.071 0.135 0.001 58 N 0.006 0.009 0.044 0.080 0.105 0.009 0.160 0.117 0.006 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 0.007 0.151 0.050 0.082 0.149 0.001 59 D 0.004 0.005 0.018 0.030 0.139 0.008 0.178 0.084 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.011 0.254 0.112 0.056 0.074 0.001 60 H 0.006 0.010 0.101 0.107 0.042 0.037 0.141 0.151 0.006 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.003 0.154 0.055 0.068 0.095 0.001 61 K 0.006 0.010 0.018 0.028 0.318 0.011 0.095 0.110 0.006 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.014 0.134 0.102 0.063 0.068 0.001 62 L 0.015 0.020 0.130 0.124 0.110 0.004 0.066 0.053 0.006 0.003 0.001 0.002 0.003 0.001 0.044 0.008 0.099 0.041 0.122 0.147 0.001 63 N 0.013 0.015 0.053 0.058 0.230 0.002 0.021 0.046 0.005 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 0.014 0.159 0.028 0.067 0.263 0.001 64 K 0.017 0.033 0.046 0.075 0.163 0.007 0.099 0.060 0.006 0.004 0.001 0.002 0.004 0.003 0.025 0.010 0.323 0.030 0.022 0.066 0.002 65 Y 0.062 0.117 0.048 0.053 0.191 0.007 0.238 0.083 0.007 0.004 0.004 0.003 0.008 0.005 0.017 0.015 0.058 0.035 0.020 0.020 0.004 66 A 0.175 0.252 0.148 0.126 0.117 0.002 0.022 0.016 0.002 0.001 0.005 0.005 0.019 0.009 0.026 0.011 0.022 0.012 0.009 0.011 0.009 67 F 0.211 0.534 0.016 0.016 0.116 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.006 0.008 0.022 0.016 0.009 0.012 0.002 0.001 0.001 0.002 0.020 68 L 0.375 0.516 0.016 0.016 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.022 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 69 R 0.357 0.528 0.008 0.010 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.012 0.027 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 70 L 0.394 0.456 0.004 0.007 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.022 0.052 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 71 Y 0.393 0.411 0.018 0.027 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.025 0.052 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 72 V 0.375 0.282 0.021 0.062 0.108 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.025 0.060 0.007 0.008 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 73 D 0.174 0.165 0.082 0.172 0.194 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.015 0.018 0.027 0.005 0.045 0.018 0.008 0.009 0.018 0.035 0.004 74 Q 0.034 0.029 0.064 0.125 0.281 0.002 0.018 0.004 0.002 0.001 0.004 0.004 0.009 0.002 0.039 0.035 0.081 0.044 0.080 0.140 0.002 75 D 0.009 0.006 0.077 0.072 0.121 0.007 0.066 0.014 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.027 0.008 0.250 0.054 0.088 0.189 0.001 76 D 0.002 0.003 0.025 0.028 0.088 0.007 0.336 0.034 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.008 0.131 0.096 0.087 0.140 0.001 77 N 0.003 0.003 0.047 0.033 0.096 0.004 0.217 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.009 0.161 0.163 0.091 0.113 0.001 78 S 0.004 0.004 0.089 0.103 0.065 0.012 0.088 0.037 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 0.005 0.126 0.068 0.140 0.233 0.001 79 K 0.005 0.008 0.033 0.048 0.294 0.009 0.078 0.029 0.005 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.009 0.187 0.084 0.092 0.099 0.001 80 N 0.010 0.013 0.103 0.130 0.085 0.012 0.130 0.060 0.003 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.031 0.008 0.145 0.047 0.079 0.133 0.001 81 E 0.010 0.022 0.039 0.064 0.293 0.010 0.097 0.036 0.005 0.003 0.002 0.001 0.004 0.001 0.015 0.015 0.101 0.112 0.079 0.089 0.002 82 I 0.023 0.028 0.144 0.152 0.160 0.006 0.047 0.026 0.010 0.005 0.003 0.002 0.005 0.002 0.037 0.014 0.074 0.034 0.123 0.102 0.002 83 S 0.025 0.036 0.103 0.133 0.219 0.004 0.036 0.020 0.003 0.002 0.002 0.002 0.007 0.003 0.034 0.011 0.193 0.022 0.034 0.108 0.003 84 S 0.033 0.080 0.034 0.077 0.289 0.008 0.166 0.018 0.003 0.002 0.005 0.004 0.008 0.003 0.022 0.022 0.055 0.052 0.054 0.057 0.008 85 I 0.058 0.073 0.149 0.146 0.180 0.004 0.038 0.017 0.002 0.001 0.008 0.007 0.013 0.007 0.052 0.041 0.043 0.037 0.054 0.065 0.005 86 E 0.065 0.099 0.153 0.129 0.279 0.003 0.021 0.014 0.001 0.001 0.010 0.006 0.022 0.006 0.045 0.020 0.023 0.023 0.032 0.036 0.012 87 V 0.085 0.085 0.082 0.132 0.302 0.001 0.017 0.013 0.002 0.001 0.016 0.016 0.025 0.007 0.025 0.031 0.011 0.019 0.078 0.040 0.012 88 K 0.063 0.051 0.205 0.150 0.159 0.001 0.015 0.007 0.001 0.001 0.007 0.006 0.021 0.004 0.113 0.024 0.060 0.021 0.031 0.057 0.004 89 S 0.015 0.024 0.033 0.095 0.230 0.001 0.015 0.013 0.002 0.001 0.004 0.004 0.005 0.002 0.011 0.038 0.013 0.033 0.173 0.288 0.002 90 Y 0.006 0.008 0.013 0.016 0.152 0.001 0.016 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.085 0.025 0.563 0.036 0.020 0.023 0.001 91 E 0.011 0.018 0.100 0.105 0.012 0.070 0.191 0.371 0.002 0.001 0.003 0.001 0.007 0.001 0.016 0.002 0.050 0.012 0.012 0.015 0.001 92 E 0.021 0.026 0.008 0.016 0.296 0.035 0.110 0.307 0.004 0.002 0.003 0.002 0.007 0.001 0.003 0.015 0.041 0.064 0.026 0.011 0.003 93 I 0.015 0.027 0.086 0.113 0.085 0.002 0.030 0.281 0.003 0.002 0.002 0.003 0.004 0.002 0.090 0.015 0.060 0.022 0.054 0.102 0.001 94 Q 0.007 0.011 0.018 0.036 0.180 0.005 0.038 0.190 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.010 0.154 0.017 0.059 0.253 0.001 95 K 0.001 0.001 0.012 0.027 0.039 0.025 0.144 0.134 0.025 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.446 0.036 0.032 0.053 0.001 96 A 0.001 0.001 0.002 0.004 0.013 0.009 0.602 0.095 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.179 0.036 0.019 0.034 0.001 97 D 0.001 0.001 0.004 0.003 0.015 0.005 0.292 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.068 0.333 0.158 0.079 0.001 98 L 0.001 0.001 0.008 0.004 0.019 0.001 0.013 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.011 0.127 0.077 0.192 0.517 0.001 99 P 0.001 0.001 0.007 0.005 0.040 0.001 0.018 0.113 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.011 0.209 0.021 0.141 0.420 0.001 100 E 0.001 0.001 0.005 0.004 0.004 0.012 0.053 0.271 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 0.587 0.009 0.012 0.026 0.001 101 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.129 0.794 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.030 0.008 0.007 0.013 0.001 102 V 0.001 0.001 0.002 0.003 0.011 0.002 0.061 0.744 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.114 0.022 0.014 0.013 0.001 103 K 0.001 0.001 0.003 0.002 0.007 0.003 0.064 0.794 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.092 0.007 0.003 0.009 0.001 104 D 0.002 0.003 0.004 0.007 0.007 0.044 0.126 0.734 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.031 0.009 0.006 0.008 0.001 105 K 0.003 0.004 0.005 0.011 0.050 0.013 0.142 0.329 0.062 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 0.233 0.057 0.023 0.014 0.001 106 F 0.003 0.005 0.014 0.014 0.041 0.008 0.379 0.187 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.013 0.109 0.042 0.050 0.107 0.001 107 T 0.003 0.004 0.027 0.020 0.053 0.012 0.119 0.074 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.018 0.109 0.268 0.106 0.151 0.001 108 I 0.002 0.003 0.016 0.016 0.136 0.005 0.088 0.056 0.007 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.018 0.053 0.173 0.071 0.138 0.207 0.001 109 K 0.003 0.003 0.062 0.039 0.049 0.003 0.103 0.039 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.097 0.023 0.115 0.094 0.209 0.147 0.001