# TARGET T0468 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0468.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 42.6786 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.040 0.060 0.019 0.018 0.029 0.098 0.067 0.669 2 E 0.085 0.267 0.022 0.028 0.038 0.084 0.147 0.329 3 R 0.114 0.152 0.023 0.027 0.032 0.085 0.118 0.450 4 A 0.098 0.140 0.033 0.046 0.051 0.074 0.078 0.480 5 S 0.112 0.110 0.032 0.027 0.070 0.079 0.072 0.498 6 L 0.055 0.034 0.053 0.054 0.067 0.102 0.071 0.564 7 N 0.214 0.031 0.034 0.057 0.089 0.061 0.132 0.383 8 R 0.101 0.005 0.030 0.040 0.064 0.076 0.058 0.626 9 I 0.081 0.002 0.046 0.039 0.088 0.100 0.041 0.603 10 G 0.087 0.001 0.018 0.031 0.067 0.108 0.025 0.664 11 K 0.021 0.001 0.013 0.037 0.074 0.119 0.013 0.722 12 D 0.008 0.001 0.031 0.090 0.309 0.127 0.035 0.399 13 V 0.001 0.001 0.034 0.201 0.403 0.079 0.030 0.251 14 Y 0.001 0.001 0.060 0.300 0.537 0.022 0.026 0.053 15 Y 0.001 0.001 0.057 0.533 0.327 0.014 0.019 0.050 16 M 0.001 0.001 0.056 0.508 0.332 0.014 0.018 0.073 17 Q 0.001 0.001 0.064 0.380 0.472 0.013 0.021 0.049 18 I 0.031 0.001 0.052 0.277 0.281 0.064 0.042 0.253 19 K 0.067 0.001 0.024 0.122 0.136 0.103 0.043 0.505 20 G 0.040 0.002 0.009 0.043 0.084 0.099 0.022 0.700 21 E 0.009 0.002 0.007 0.095 0.099 0.087 0.019 0.682 22 G 0.009 0.002 0.013 0.103 0.162 0.074 0.022 0.616 23 T 0.036 0.009 0.024 0.346 0.230 0.043 0.047 0.265 24 I 0.095 0.003 0.008 0.124 0.155 0.052 0.026 0.537 25 E 0.022 0.002 0.017 0.239 0.309 0.038 0.026 0.346 26 K 0.085 0.001 0.012 0.099 0.238 0.044 0.032 0.489 27 V 0.180 0.001 0.016 0.132 0.172 0.047 0.059 0.392 28 D 0.064 0.001 0.016 0.039 0.091 0.075 0.014 0.701 29 G 0.036 0.001 0.004 0.025 0.065 0.081 0.008 0.782 30 R 0.008 0.001 0.006 0.075 0.091 0.128 0.013 0.679 31 N 0.019 0.001 0.020 0.178 0.332 0.075 0.034 0.341 32 L 0.015 0.001 0.043 0.202 0.277 0.072 0.066 0.324 33 R 0.007 0.001 0.122 0.322 0.362 0.039 0.033 0.114 34 N 0.005 0.001 0.064 0.247 0.342 0.055 0.020 0.267 35 Y 0.002 0.001 0.086 0.378 0.374 0.030 0.015 0.113 36 T 0.015 0.004 0.071 0.250 0.258 0.073 0.025 0.304 37 L 0.032 0.024 0.057 0.222 0.240 0.063 0.060 0.301 38 P 0.076 0.020 0.063 0.126 0.156 0.077 0.037 0.444 39 A 0.015 0.007 0.076 0.119 0.342 0.129 0.060 0.253 40 Y 0.005 0.005 0.101 0.056 0.087 0.108 0.024 0.614 41 D 0.852 0.014 0.002 0.005 0.007 0.012 0.049 0.059 42 E 0.364 0.043 0.004 0.006 0.006 0.070 0.072 0.435 43 D 0.004 0.008 0.014 0.006 0.024 0.098 0.014 0.832 44 G 0.035 0.013 0.024 0.062 0.152 0.123 0.082 0.508 45 V 0.030 0.011 0.056 0.289 0.212 0.077 0.056 0.268 46 K 0.018 0.003 0.097 0.070 0.178 0.079 0.068 0.488 47 K 0.003 0.003 0.144 0.209 0.354 0.053 0.073 0.162 48 Q 0.003 0.001 0.119 0.140 0.305 0.067 0.018 0.347 49 I 0.002 0.001 0.140 0.388 0.316 0.030 0.023 0.099 50 T 0.007 0.002 0.136 0.246 0.331 0.049 0.057 0.173 51 F 0.009 0.004 0.195 0.283 0.206 0.059 0.052 0.193 52 R 0.039 0.015 0.080 0.176 0.269 0.062 0.050 0.308 53 S 0.057 0.014 0.072 0.159 0.169 0.082 0.059 0.388 54 T 0.039 0.013 0.036 0.082 0.120 0.114 0.074 0.523 55 K 0.064 0.016 0.033 0.054 0.069 0.115 0.079 0.571 56 K 0.383 0.024 0.006 0.025 0.021 0.051 0.052 0.440 57 E 0.198 0.015 0.003 0.008 0.010 0.068 0.020 0.678 58 N 0.043 0.026 0.004 0.007 0.012 0.075 0.009 0.824 59 D 0.165 0.043 0.004 0.013 0.019 0.077 0.052 0.628 60 H 0.081 0.074 0.007 0.069 0.048 0.082 0.042 0.596 61 K 0.092 0.056 0.019 0.036 0.089 0.076 0.056 0.575 62 L 0.070 0.054 0.013 0.082 0.070 0.074 0.031 0.606 63 N 0.368 0.113 0.023 0.046 0.111 0.046 0.060 0.232 64 K 0.099 0.086 0.022 0.079 0.107 0.076 0.053 0.477 65 Y 0.046 0.057 0.034 0.102 0.268 0.072 0.089 0.333 66 A 0.012 0.029 0.085 0.185 0.519 0.038 0.047 0.085 67 F 0.009 0.011 0.078 0.136 0.584 0.037 0.046 0.099 68 L 0.001 0.007 0.071 0.356 0.440 0.028 0.035 0.061 69 R 0.001 0.005 0.099 0.338 0.461 0.018 0.028 0.051 70 L 0.001 0.003 0.072 0.548 0.263 0.017 0.027 0.070 71 Y 0.004 0.004 0.095 0.335 0.444 0.019 0.035 0.063 72 V 0.019 0.003 0.078 0.339 0.303 0.049 0.050 0.158 73 D 0.036 0.004 0.057 0.125 0.200 0.091 0.063 0.423 74 Q 0.082 0.005 0.017 0.045 0.069 0.093 0.053 0.637 75 D 0.132 0.006 0.010 0.024 0.033 0.082 0.049 0.665 76 D 0.066 0.005 0.006 0.012 0.020 0.087 0.025 0.778 77 N 0.032 0.004 0.004 0.016 0.021 0.090 0.020 0.812 78 S 0.096 0.015 0.012 0.058 0.090 0.082 0.056 0.592 79 K 0.043 0.006 0.009 0.056 0.082 0.093 0.037 0.674 80 N 0.016 0.002 0.025 0.135 0.174 0.087 0.050 0.510 81 E 0.102 0.002 0.018 0.106 0.135 0.081 0.043 0.512 82 I 0.207 0.002 0.016 0.066 0.093 0.065 0.035 0.517 83 S 0.011 0.001 0.036 0.038 0.087 0.097 0.017 0.713 84 S 0.036 0.004 0.057 0.088 0.137 0.124 0.063 0.490 85 I 0.006 0.001 0.024 0.067 0.065 0.107 0.022 0.707 86 E 0.016 0.008 0.214 0.158 0.204 0.086 0.059 0.254 87 V 0.014 0.004 0.012 0.049 0.040 0.100 0.018 0.763 88 K 0.015 0.029 0.081 0.088 0.083 0.113 0.033 0.557 89 S 0.181 0.393 0.022 0.039 0.069 0.043 0.071 0.182 90 Y 0.084 0.391 0.016 0.049 0.052 0.048 0.126 0.234 91 E 0.017 0.502 0.031 0.124 0.072 0.030 0.068 0.156 92 E 0.101 0.265 0.029 0.094 0.227 0.027 0.061 0.196 93 I 0.066 0.112 0.126 0.239 0.095 0.052 0.088 0.221 94 Q 0.546 0.051 0.012 0.019 0.027 0.031 0.022 0.293 95 K 0.567 0.057 0.004 0.003 0.006 0.026 0.028 0.309 96 A 0.011 0.040 0.009 0.007 0.007 0.077 0.011 0.838 97 D 0.033 0.141 0.016 0.007 0.019 0.087 0.049 0.648 98 L 0.026 0.556 0.008 0.011 0.005 0.041 0.032 0.322 99 P 0.116 0.720 0.004 0.002 0.002 0.013 0.059 0.084 100 E 0.015 0.775 0.006 0.006 0.002 0.013 0.083 0.101 101 K 0.066 0.703 0.026 0.002 0.006 0.013 0.073 0.111 102 V 0.104 0.706 0.024 0.007 0.007 0.014 0.063 0.076 103 K 0.090 0.098 0.064 0.013 0.017 0.057 0.422 0.239 104 D 0.026 0.102 0.040 0.034 0.025 0.089 0.109 0.573 105 K 0.080 0.059 0.103 0.019 0.041 0.085 0.090 0.524 106 F 0.083 0.035 0.114 0.058 0.029 0.097 0.089 0.494 107 T 0.093 0.014 0.032 0.012 0.020 0.095 0.036 0.697 108 I 0.042 0.008 0.061 0.016 0.021 0.103 0.032 0.718 109 K 0.045 0.012 0.045 0.021 0.027 0.095 0.039 0.716