# TARGET T0467 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0467.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 86 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.072 0.012 0.016 0.044 0.280 0.575 2 D 0.132 0.034 0.031 0.043 0.325 0.435 3 L 0.202 0.025 0.088 0.046 0.372 0.267 4 N 0.251 0.018 0.090 0.046 0.365 0.230 5 R 0.339 0.018 0.050 0.024 0.346 0.224 6 M 0.306 0.035 0.028 0.016 0.336 0.279 7 G 0.214 0.019 0.017 0.007 0.404 0.340 8 K 0.231 0.008 0.018 0.005 0.436 0.302 9 D 0.425 0.016 0.014 0.004 0.281 0.261 10 E 0.626 0.013 0.008 0.002 0.174 0.176 11 Y 0.746 0.004 0.005 0.002 0.125 0.119 12 Y 0.836 0.003 0.003 0.002 0.068 0.088 13 V 0.931 0.003 0.001 0.002 0.030 0.034 14 Q 0.949 0.001 0.001 0.002 0.023 0.023 15 I 0.926 0.002 0.001 0.001 0.034 0.035 16 T 0.842 0.008 0.002 0.002 0.089 0.057 17 V 0.547 0.006 0.006 0.004 0.270 0.166 18 D 0.488 0.007 0.005 0.003 0.280 0.216 19 G 0.692 0.012 0.003 0.003 0.130 0.161 20 K 0.834 0.004 0.001 0.003 0.040 0.117 21 E 0.935 0.006 0.001 0.003 0.011 0.045 22 V 0.932 0.003 0.001 0.003 0.020 0.041 23 H 0.875 0.006 0.002 0.003 0.031 0.084 24 S 0.605 0.012 0.003 0.004 0.106 0.270 25 K 0.315 0.016 0.007 0.004 0.310 0.348 26 A 0.144 0.016 0.016 0.005 0.502 0.318 27 D 0.114 0.021 0.024 0.004 0.646 0.190 28 N 0.127 0.011 0.029 0.003 0.658 0.173 29 G 0.192 0.011 0.021 0.002 0.496 0.278 30 Q 0.400 0.014 0.016 0.001 0.332 0.237 31 K 0.528 0.006 0.007 0.001 0.197 0.262 32 Y 0.793 0.008 0.003 0.001 0.076 0.119 33 K 0.889 0.007 0.001 0.001 0.042 0.061 34 D 0.909 0.001 0.001 0.001 0.026 0.062 35 Y 0.940 0.002 0.001 0.001 0.014 0.044 36 E 0.958 0.001 0.001 0.001 0.011 0.030 37 Y 0.968 0.002 0.001 0.001 0.007 0.022 38 K 0.956 0.002 0.001 0.001 0.011 0.031 39 L 0.897 0.007 0.002 0.001 0.025 0.068 40 T 0.817 0.005 0.002 0.001 0.049 0.127 41 G 0.774 0.006 0.006 0.001 0.068 0.145 42 F 0.826 0.098 0.002 0.001 0.024 0.050 43 D 0.430 0.046 0.004 0.002 0.501 0.016 44 K 0.038 0.001 0.007 0.003 0.946 0.005 45 D 0.008 0.001 0.002 0.001 0.986 0.003 46 G 0.014 0.003 0.001 0.001 0.972 0.010 47 K 0.387 0.017 0.001 0.001 0.142 0.453 48 E 0.878 0.033 0.001 0.001 0.020 0.069 49 K 0.941 0.002 0.001 0.001 0.016 0.041 50 E 0.963 0.005 0.001 0.001 0.009 0.024 51 L 0.962 0.002 0.001 0.001 0.008 0.028 52 E 0.973 0.001 0.001 0.001 0.007 0.018 53 F 0.957 0.004 0.001 0.001 0.010 0.028 54 T 0.758 0.008 0.002 0.002 0.098 0.131 55 A 0.228 0.018 0.006 0.006 0.364 0.377 56 Q 0.053 0.007 0.009 0.005 0.528 0.397 57 K 0.043 0.015 0.032 0.027 0.638 0.244 58 N 0.085 0.023 0.043 0.050 0.399 0.400 59 L 0.142 0.044 0.078 0.081 0.406 0.248 60 R 0.122 0.020 0.022 0.025 0.653 0.157 61 K 0.119 0.037 0.045 0.045 0.644 0.111 62 E 0.131 0.005 0.026 0.014 0.690 0.135 63 A 0.585 0.005 0.010 0.008 0.287 0.105 64 F 0.867 0.019 0.003 0.006 0.035 0.071 65 L 0.953 0.005 0.001 0.003 0.010 0.027 66 R 0.977 0.002 0.002 0.002 0.007 0.010 67 V 0.976 0.001 0.002 0.001 0.007 0.013 68 Y 0.973 0.001 0.002 0.001 0.014 0.009 69 H 0.954 0.002 0.002 0.001 0.026 0.015 70 S 0.594 0.005 0.010 0.003 0.339 0.050 71 D 0.138 0.005 0.050 0.006 0.725 0.077 72 K 0.304 0.008 0.035 0.006 0.559 0.089 73 K 0.479 0.024 0.028 0.009 0.362 0.097 74 G 0.626 0.007 0.005 0.003 0.134 0.225 75 V 0.877 0.020 0.002 0.002 0.040 0.059 76 S 0.872 0.012 0.001 0.001 0.023 0.090 77 A 0.821 0.006 0.002 0.008 0.053 0.111 78 W 0.189 0.003 0.429 0.151 0.146 0.082 79 E 0.195 0.007 0.450 0.102 0.150 0.097 80 E 0.153 0.010 0.518 0.075 0.153 0.091 81 V 0.157 0.019 0.040 0.033 0.173 0.578 82 K 0.199 0.050 0.051 0.044 0.343 0.312 83 K 0.038 0.002 0.491 0.088 0.322 0.059 84 D 0.033 0.002 0.419 0.092 0.398 0.056 85 E 0.032 0.013 0.270 0.089 0.444 0.151 86 L 0.071 0.022 0.008 0.039 0.203 0.658 87 P 0.014 0.008 0.007 0.145 0.211 0.615 88 A 0.001 0.001 0.014 0.939 0.028 0.018 89 K 0.001 0.001 0.009 0.953 0.031 0.006 90 V 0.001 0.001 0.009 0.963 0.024 0.003 91 K 0.002 0.001 0.013 0.953 0.024 0.008 92 E 0.003 0.001 0.044 0.889 0.052 0.012 93 K 0.004 0.001 0.046 0.830 0.078 0.041 94 L 0.014 0.003 0.034 0.572 0.138 0.238 95 G 0.039 0.013 0.014 0.104 0.192 0.637 96 V 0.105 0.018 0.006 0.033 0.096 0.742 97 K 0.024 0.010 0.004 0.020 0.131 0.811