# TARGET T0467 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0467.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 42.6006 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.016 0.017 0.012 0.031 0.035 0.054 0.111 0.145 0.208 0.194 0.177 2 D 0.161 0.235 0.122 0.219 0.116 0.064 0.045 0.018 0.011 0.006 0.004 3 L 0.052 0.041 0.033 0.082 0.089 0.101 0.160 0.135 0.136 0.098 0.072 4 N 0.096 0.070 0.036 0.110 0.102 0.111 0.143 0.109 0.101 0.073 0.050 5 R 0.051 0.082 0.058 0.164 0.154 0.140 0.140 0.083 0.069 0.037 0.021 6 M 0.026 0.031 0.026 0.051 0.057 0.079 0.160 0.155 0.169 0.142 0.104 7 G 0.154 0.118 0.056 0.122 0.114 0.100 0.121 0.076 0.062 0.045 0.031 8 K 0.140 0.143 0.080 0.202 0.150 0.107 0.089 0.040 0.027 0.014 0.007 9 D 0.169 0.130 0.092 0.192 0.130 0.095 0.082 0.044 0.033 0.020 0.013 10 E 0.079 0.109 0.077 0.203 0.162 0.130 0.122 0.060 0.034 0.017 0.008 11 Y 0.008 0.013 0.008 0.036 0.059 0.100 0.233 0.204 0.172 0.114 0.054 12 Y 0.007 0.019 0.019 0.074 0.096 0.130 0.194 0.151 0.140 0.106 0.064 13 V 0.006 0.011 0.016 0.039 0.052 0.072 0.165 0.167 0.202 0.165 0.105 14 Q 0.015 0.039 0.041 0.181 0.189 0.144 0.170 0.105 0.068 0.035 0.014 15 I 0.006 0.015 0.012 0.044 0.069 0.098 0.196 0.190 0.178 0.129 0.064 16 T 0.026 0.073 0.058 0.228 0.214 0.145 0.129 0.066 0.039 0.016 0.006 17 V 0.201 0.117 0.066 0.153 0.140 0.114 0.110 0.052 0.028 0.014 0.005 18 D 0.232 0.356 0.089 0.180 0.074 0.032 0.022 0.008 0.004 0.002 0.001 19 G 0.203 0.099 0.031 0.093 0.100 0.110 0.140 0.089 0.070 0.045 0.021 20 K 0.359 0.256 0.071 0.169 0.076 0.033 0.021 0.008 0.004 0.002 0.001 21 E 0.075 0.117 0.071 0.156 0.159 0.139 0.146 0.064 0.044 0.020 0.009 22 V 0.038 0.052 0.043 0.126 0.120 0.147 0.184 0.123 0.084 0.052 0.030 23 H 0.039 0.073 0.054 0.157 0.194 0.160 0.168 0.079 0.045 0.022 0.009 24 S 0.076 0.142 0.165 0.197 0.143 0.097 0.090 0.043 0.026 0.014 0.007 25 K 0.156 0.170 0.079 0.222 0.152 0.089 0.074 0.029 0.016 0.009 0.003 26 A 0.187 0.076 0.042 0.103 0.091 0.104 0.139 0.091 0.079 0.055 0.034 27 D 0.288 0.243 0.086 0.148 0.086 0.052 0.048 0.022 0.015 0.008 0.004 28 N 0.442 0.237 0.081 0.107 0.051 0.034 0.025 0.011 0.007 0.004 0.002 29 G 0.619 0.155 0.037 0.075 0.043 0.027 0.021 0.010 0.007 0.004 0.002 30 Q 0.260 0.201 0.084 0.151 0.100 0.072 0.063 0.030 0.021 0.012 0.006 31 K 0.110 0.198 0.100 0.259 0.156 0.085 0.056 0.019 0.010 0.004 0.002 32 Y 0.036 0.035 0.033 0.077 0.101 0.129 0.181 0.151 0.131 0.080 0.047 33 K 0.111 0.112 0.104 0.249 0.179 0.107 0.082 0.033 0.014 0.006 0.003 34 D 0.086 0.127 0.114 0.262 0.184 0.110 0.068 0.027 0.014 0.006 0.002 35 Y 0.002 0.005 0.006 0.023 0.039 0.086 0.209 0.223 0.191 0.137 0.076 36 E 0.057 0.108 0.102 0.308 0.218 0.108 0.061 0.022 0.010 0.005 0.002 37 Y 0.001 0.002 0.004 0.009 0.016 0.028 0.125 0.181 0.252 0.223 0.160 38 K 0.043 0.141 0.115 0.387 0.186 0.076 0.037 0.009 0.004 0.001 0.001 39 L 0.002 0.004 0.003 0.011 0.021 0.045 0.139 0.178 0.245 0.216 0.135 40 T 0.109 0.241 0.112 0.313 0.142 0.051 0.022 0.006 0.003 0.001 0.001 41 G 0.013 0.013 0.009 0.027 0.043 0.056 0.161 0.170 0.227 0.185 0.096 42 F 0.013 0.048 0.030 0.142 0.161 0.149 0.202 0.106 0.079 0.043 0.028 43 D 0.015 0.045 0.036 0.134 0.178 0.168 0.200 0.108 0.073 0.030 0.012 44 K 0.428 0.178 0.105 0.149 0.066 0.036 0.023 0.008 0.004 0.002 0.001 45 D 0.674 0.214 0.043 0.051 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 46 G 0.680 0.161 0.024 0.044 0.026 0.020 0.019 0.010 0.008 0.004 0.002 47 K 0.272 0.318 0.079 0.187 0.079 0.039 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 48 E 0.080 0.126 0.141 0.234 0.186 0.123 0.076 0.021 0.010 0.003 0.001 49 K 0.102 0.062 0.112 0.190 0.148 0.147 0.149 0.059 0.022 0.007 0.003 50 E 0.046 0.079 0.161 0.402 0.214 0.073 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 51 L 0.004 0.005 0.017 0.012 0.018 0.037 0.141 0.196 0.257 0.199 0.115 52 E 0.008 0.066 0.270 0.436 0.163 0.041 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 53 F 0.008 0.017 0.046 0.030 0.044 0.072 0.248 0.182 0.176 0.118 0.059 54 T 0.059 0.171 0.331 0.299 0.102 0.026 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 55 A 0.018 0.019 0.023 0.021 0.032 0.053 0.197 0.164 0.198 0.165 0.111 56 Q 0.093 0.175 0.187 0.282 0.152 0.062 0.032 0.009 0.004 0.002 0.001 57 K 0.249 0.198 0.217 0.174 0.082 0.042 0.026 0.007 0.003 0.001 0.001 58 N 0.267 0.161 0.158 0.168 0.097 0.063 0.048 0.017 0.011 0.006 0.003 59 L 0.020 0.014 0.024 0.029 0.039 0.071 0.169 0.156 0.186 0.157 0.135 60 R 0.059 0.213 0.233 0.208 0.127 0.074 0.058 0.016 0.008 0.003 0.001 61 K 0.197 0.135 0.274 0.216 0.092 0.046 0.026 0.008 0.004 0.002 0.001 62 E 0.352 0.155 0.132 0.171 0.092 0.050 0.030 0.010 0.005 0.003 0.001 63 A 0.016 0.025 0.034 0.099 0.105 0.161 0.269 0.142 0.090 0.044 0.015 64 F 0.002 0.011 0.027 0.093 0.130 0.201 0.240 0.134 0.085 0.053 0.024 65 L 0.001 0.002 0.009 0.010 0.014 0.030 0.139 0.203 0.263 0.222 0.110 66 R 0.003 0.022 0.047 0.291 0.277 0.168 0.107 0.047 0.024 0.011 0.004 67 V 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.010 0.048 0.109 0.279 0.325 0.219 68 Y 0.004 0.016 0.022 0.199 0.270 0.203 0.173 0.070 0.033 0.007 0.002 69 H 0.003 0.014 0.011 0.037 0.056 0.084 0.241 0.206 0.200 0.114 0.035 70 S 0.039 0.100 0.053 0.302 0.227 0.127 0.086 0.041 0.019 0.006 0.001 71 D 0.418 0.248 0.060 0.138 0.068 0.039 0.020 0.007 0.003 0.001 0.001 72 K 0.448 0.205 0.077 0.138 0.065 0.029 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 73 K 0.233 0.284 0.046 0.167 0.110 0.074 0.051 0.021 0.009 0.004 0.001 74 G 0.292 0.218 0.056 0.163 0.123 0.072 0.043 0.017 0.009 0.004 0.001 75 V 0.010 0.011 0.007 0.026 0.035 0.051 0.152 0.190 0.225 0.175 0.119 76 S 0.017 0.090 0.102 0.250 0.225 0.155 0.106 0.033 0.015 0.006 0.002 77 A 0.107 0.233 0.078 0.241 0.138 0.077 0.064 0.032 0.017 0.008 0.004 78 W 0.020 0.014 0.013 0.052 0.105 0.155 0.239 0.159 0.129 0.074 0.040 79 E 0.128 0.122 0.132 0.188 0.144 0.103 0.108 0.039 0.023 0.009 0.005 80 E 0.010 0.045 0.057 0.293 0.228 0.147 0.139 0.046 0.022 0.009 0.003 81 V 0.001 0.001 0.005 0.005 0.012 0.029 0.125 0.190 0.228 0.239 0.165 82 K 0.042 0.241 0.241 0.265 0.139 0.044 0.020 0.005 0.002 0.001 0.001 83 K 0.028 0.079 0.175 0.197 0.206 0.149 0.118 0.031 0.013 0.005 0.001 84 D 0.750 0.115 0.052 0.055 0.019 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 85 E 0.491 0.230 0.135 0.089 0.031 0.014 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 86 L 0.006 0.028 0.019 0.036 0.050 0.120 0.190 0.169 0.154 0.148 0.080 87 P 0.022 0.095 0.119 0.131 0.165 0.210 0.182 0.047 0.020 0.006 0.003 88 A 0.567 0.094 0.302 0.032 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 K 0.146 0.094 0.230 0.262 0.145 0.082 0.035 0.005 0.001 0.001 0.001 90 V 0.006 0.004 0.023 0.011 0.013 0.038 0.147 0.187 0.238 0.198 0.136 91 K 0.002 0.008 0.135 0.165 0.250 0.250 0.143 0.033 0.010 0.003 0.001 92 E 0.012 0.024 0.880 0.062 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 93 K 0.006 0.018 0.090 0.081 0.145 0.230 0.286 0.086 0.037 0.015 0.005 94 L 0.016 0.018 0.071 0.026 0.023 0.033 0.134 0.154 0.203 0.194 0.129 95 G 0.146 0.180 0.360 0.182 0.086 0.031 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 96 V 0.052 0.080 0.261 0.103 0.089 0.080 0.107 0.077 0.074 0.052 0.025 97 K 0.126 0.164 0.090 0.115 0.123 0.092 0.115 0.072 0.052 0.032 0.021