# TARGET T0467 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0467.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 42.6006 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.169 0.290 0.272 0.099 0.075 0.029 0.024 0.006 0.028 0.007 0.001 2 D 0.128 0.163 0.265 0.082 0.042 0.157 0.097 0.006 0.052 0.006 0.002 3 L 0.395 0.240 0.115 0.173 0.017 0.029 0.007 0.002 0.019 0.001 0.001 4 N 0.220 0.197 0.190 0.217 0.047 0.043 0.045 0.006 0.031 0.004 0.001 5 R 0.198 0.186 0.226 0.133 0.051 0.068 0.081 0.011 0.042 0.003 0.001 6 M 0.210 0.222 0.233 0.268 0.025 0.016 0.008 0.002 0.014 0.001 0.001 7 G 0.058 0.043 0.143 0.062 0.160 0.014 0.064 0.189 0.007 0.259 0.001 8 K 0.168 0.260 0.232 0.165 0.092 0.024 0.021 0.007 0.024 0.007 0.001 9 D 0.161 0.237 0.269 0.136 0.080 0.036 0.043 0.008 0.025 0.005 0.001 10 E 0.100 0.473 0.289 0.064 0.045 0.014 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 11 Y 0.020 0.624 0.146 0.036 0.125 0.015 0.005 0.001 0.026 0.001 0.001 12 Y 0.010 0.554 0.314 0.008 0.072 0.026 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 13 V 0.006 0.803 0.110 0.005 0.050 0.012 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 14 Q 0.002 0.777 0.162 0.001 0.018 0.019 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 15 I 0.004 0.538 0.403 0.001 0.006 0.037 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 16 T 0.033 0.683 0.187 0.013 0.050 0.019 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 17 V 0.097 0.668 0.056 0.026 0.099 0.014 0.003 0.001 0.032 0.004 0.001 18 D 0.033 0.111 0.101 0.355 0.033 0.035 0.230 0.002 0.097 0.003 0.001 19 G 0.006 0.008 0.050 0.012 0.096 0.001 0.068 0.627 0.001 0.131 0.002 20 K 0.009 0.679 0.246 0.008 0.041 0.007 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 21 E 0.004 0.379 0.564 0.001 0.006 0.033 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 22 V 0.018 0.711 0.181 0.008 0.019 0.044 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 23 H 0.046 0.557 0.232 0.028 0.061 0.046 0.003 0.001 0.025 0.001 0.001 24 S 0.041 0.501 0.125 0.045 0.231 0.023 0.006 0.003 0.021 0.003 0.001 25 K 0.075 0.470 0.208 0.043 0.108 0.019 0.010 0.004 0.057 0.006 0.001 26 A 0.344 0.142 0.334 0.072 0.045 0.018 0.006 0.007 0.010 0.020 0.002 27 D 0.369 0.122 0.111 0.257 0.033 0.037 0.026 0.006 0.027 0.011 0.001 28 N 0.115 0.039 0.157 0.372 0.022 0.017 0.229 0.017 0.017 0.013 0.001 29 G 0.040 0.006 0.046 0.041 0.020 0.004 0.164 0.603 0.002 0.075 0.001 30 Q 0.136 0.252 0.386 0.091 0.027 0.042 0.033 0.004 0.025 0.002 0.001 31 K 0.121 0.326 0.355 0.074 0.034 0.037 0.024 0.004 0.019 0.005 0.001 32 Y 0.084 0.332 0.284 0.106 0.071 0.051 0.035 0.006 0.026 0.003 0.001 33 K 0.101 0.459 0.166 0.075 0.147 0.014 0.012 0.004 0.015 0.007 0.001 34 D 0.051 0.424 0.275 0.075 0.082 0.040 0.020 0.003 0.028 0.001 0.001 35 Y 0.012 0.574 0.229 0.020 0.128 0.015 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 36 E 0.007 0.727 0.208 0.006 0.030 0.013 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 37 Y 0.005 0.694 0.151 0.005 0.110 0.017 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 38 K 0.007 0.748 0.182 0.004 0.018 0.021 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 39 L 0.012 0.434 0.389 0.005 0.039 0.055 0.006 0.001 0.058 0.001 0.001 40 T 0.059 0.303 0.517 0.022 0.019 0.049 0.003 0.001 0.024 0.001 0.002 41 G 0.020 0.178 0.164 0.030 0.487 0.008 0.013 0.039 0.006 0.054 0.001 42 F 0.011 0.448 0.305 0.035 0.167 0.017 0.003 0.001 0.009 0.003 0.001 43 D 0.002 0.081 0.761 0.003 0.058 0.070 0.001 0.001 0.021 0.003 0.001 44 K 0.952 0.003 0.005 0.033 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 D 0.150 0.001 0.020 0.800 0.001 0.003 0.022 0.001 0.003 0.001 0.001 46 G 0.009 0.001 0.021 0.018 0.006 0.001 0.109 0.814 0.001 0.023 0.001 47 K 0.110 0.171 0.643 0.032 0.010 0.017 0.009 0.001 0.004 0.002 0.001 48 E 0.028 0.177 0.743 0.012 0.004 0.024 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 49 K 0.020 0.575 0.277 0.018 0.056 0.022 0.007 0.001 0.024 0.001 0.001 50 E 0.008 0.302 0.610 0.003 0.006 0.057 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 51 L 0.004 0.666 0.233 0.003 0.022 0.046 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 52 E 0.008 0.772 0.144 0.005 0.028 0.026 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 53 F 0.013 0.679 0.169 0.015 0.063 0.039 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 54 T 0.016 0.558 0.148 0.018 0.176 0.028 0.004 0.001 0.047 0.003 0.001 55 A 0.233 0.212 0.201 0.057 0.195 0.022 0.018 0.011 0.012 0.038 0.001 56 Q 0.284 0.115 0.256 0.208 0.031 0.048 0.017 0.006 0.027 0.006 0.002 57 K 0.324 0.143 0.192 0.107 0.070 0.020 0.083 0.023 0.023 0.013 0.001 58 N 0.224 0.043 0.146 0.228 0.009 0.099 0.204 0.008 0.036 0.002 0.003 59 L 0.170 0.239 0.371 0.097 0.042 0.046 0.014 0.004 0.014 0.002 0.001 60 R 0.199 0.240 0.349 0.062 0.042 0.041 0.027 0.003 0.030 0.007 0.001 61 K 0.608 0.072 0.205 0.070 0.017 0.010 0.008 0.003 0.004 0.003 0.001 62 E 0.271 0.050 0.093 0.341 0.031 0.014 0.130 0.052 0.012 0.005 0.001 63 A 0.071 0.320 0.377 0.080 0.081 0.021 0.023 0.008 0.016 0.004 0.001 64 F 0.027 0.615 0.234 0.017 0.067 0.017 0.007 0.001 0.015 0.001 0.001 65 L 0.011 0.652 0.268 0.007 0.032 0.017 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 66 R 0.004 0.748 0.163 0.002 0.036 0.028 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 67 V 0.007 0.848 0.093 0.002 0.024 0.016 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 68 Y 0.010 0.810 0.112 0.006 0.029 0.021 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 69 H 0.027 0.655 0.154 0.032 0.052 0.038 0.003 0.001 0.038 0.001 0.001 70 S 0.071 0.286 0.177 0.062 0.152 0.027 0.082 0.007 0.081 0.055 0.001 71 D 0.222 0.036 0.106 0.134 0.072 0.021 0.276 0.058 0.010 0.062 0.003 72 K 0.363 0.177 0.144 0.234 0.019 0.023 0.018 0.007 0.011 0.002 0.002 73 K 0.107 0.194 0.351 0.165 0.054 0.012 0.083 0.011 0.020 0.004 0.001 74 G 0.042 0.023 0.111 0.041 0.103 0.010 0.181 0.347 0.003 0.140 0.001 75 V 0.018 0.514 0.376 0.009 0.047 0.028 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 76 S 0.232 0.231 0.055 0.442 0.023 0.009 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 77 A 0.002 0.516 0.069 0.003 0.403 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 78 W 0.059 0.595 0.101 0.039 0.152 0.013 0.008 0.006 0.025 0.003 0.001 79 E 0.030 0.672 0.176 0.006 0.073 0.008 0.003 0.001 0.030 0.001 0.001 80 E 0.075 0.156 0.641 0.017 0.005 0.086 0.003 0.001 0.014 0.001 0.003 81 V 0.045 0.495 0.347 0.026 0.026 0.041 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 82 K 0.007 0.219 0.678 0.002 0.015 0.056 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 83 K 0.977 0.003 0.008 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 D 0.956 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 E 0.459 0.007 0.006 0.513 0.003 0.003 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 86 L 0.591 0.073 0.154 0.086 0.006 0.031 0.013 0.002 0.039 0.003 0.001 87 P 0.748 0.008 0.197 0.007 0.001 0.029 0.003 0.001 0.004 0.001 0.002 88 A 0.966 0.001 0.008 0.019 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 89 K 0.964 0.001 0.002 0.027 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 90 V 0.944 0.002 0.004 0.046 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 K 0.973 0.003 0.006 0.012 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 92 E 0.927 0.011 0.012 0.043 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 K 0.785 0.010 0.024 0.159 0.001 0.008 0.007 0.001 0.005 0.001 0.001 94 L 0.230 0.085 0.105 0.527 0.014 0.012 0.008 0.003 0.016 0.001 0.001 95 G 0.105 0.096 0.105 0.122 0.086 0.068 0.323 0.048 0.019 0.027 0.001 96 V 0.085 0.543 0.223 0.076 0.021 0.021 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 97 K 0.175 0.193 0.428 0.036 0.054 0.039 0.015 0.010 0.025 0.026 0.001