# TARGET T0467 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0467.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 86 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.132 0.171 0.080 0.047 0.219 0.043 0.049 0.068 0.055 0.082 0.054 2 D 0.165 0.106 0.059 0.033 0.280 0.024 0.023 0.059 0.050 0.115 0.085 3 L 0.217 0.104 0.034 0.024 0.223 0.028 0.036 0.074 0.072 0.104 0.084 4 N 0.112 0.185 0.093 0.057 0.256 0.032 0.042 0.064 0.044 0.068 0.048 5 R 0.263 0.085 0.038 0.020 0.220 0.018 0.029 0.085 0.058 0.086 0.099 6 M 0.080 0.116 0.106 0.144 0.120 0.095 0.078 0.084 0.057 0.082 0.039 7 G 0.031 0.127 0.113 0.285 0.064 0.105 0.072 0.071 0.049 0.060 0.023 8 K 0.065 0.074 0.045 0.062 0.075 0.062 0.077 0.093 0.115 0.263 0.070 9 D 0.115 0.214 0.081 0.022 0.327 0.011 0.022 0.047 0.041 0.076 0.042 10 E 0.332 0.064 0.019 0.013 0.305 0.011 0.023 0.022 0.023 0.069 0.119 11 Y 0.096 0.311 0.158 0.049 0.318 0.016 0.009 0.006 0.004 0.015 0.019 12 Y 0.302 0.157 0.019 0.003 0.447 0.003 0.004 0.006 0.004 0.011 0.044 13 V 0.282 0.155 0.016 0.003 0.494 0.004 0.004 0.004 0.003 0.007 0.029 14 Q 0.245 0.168 0.015 0.002 0.529 0.003 0.003 0.005 0.001 0.003 0.027 15 I 0.394 0.084 0.012 0.003 0.397 0.006 0.003 0.005 0.002 0.010 0.083 16 T 0.128 0.222 0.136 0.107 0.266 0.045 0.019 0.028 0.013 0.013 0.023 17 V 0.040 0.069 0.081 0.140 0.059 0.133 0.141 0.129 0.083 0.097 0.027 18 D 0.085 0.233 0.127 0.103 0.183 0.022 0.027 0.048 0.050 0.073 0.049 19 G 0.168 0.182 0.047 0.025 0.325 0.010 0.009 0.017 0.020 0.087 0.111 20 K 0.149 0.211 0.026 0.003 0.572 0.003 0.006 0.005 0.003 0.007 0.014 21 E 0.394 0.070 0.006 0.001 0.501 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 22 V 0.184 0.222 0.040 0.007 0.502 0.009 0.004 0.003 0.001 0.002 0.025 23 H 0.339 0.134 0.033 0.005 0.379 0.005 0.004 0.008 0.005 0.011 0.078 24 S 0.114 0.272 0.107 0.048 0.232 0.036 0.042 0.034 0.025 0.044 0.046 25 K 0.101 0.262 0.189 0.062 0.180 0.020 0.021 0.046 0.032 0.047 0.041 26 A 0.107 0.159 0.117 0.062 0.128 0.057 0.067 0.129 0.073 0.056 0.044 27 D 0.051 0.147 0.205 0.181 0.094 0.065 0.046 0.073 0.051 0.056 0.030 28 N 0.055 0.114 0.094 0.140 0.080 0.091 0.085 0.114 0.087 0.098 0.042 29 G 0.066 0.092 0.096 0.100 0.082 0.069 0.046 0.080 0.083 0.197 0.087 30 Q 0.152 0.151 0.075 0.046 0.207 0.034 0.032 0.062 0.070 0.093 0.079 31 K 0.154 0.101 0.065 0.083 0.163 0.074 0.077 0.064 0.064 0.084 0.072 32 Y 0.161 0.117 0.057 0.079 0.181 0.037 0.042 0.043 0.055 0.135 0.092 33 K 0.137 0.141 0.063 0.074 0.225 0.055 0.064 0.046 0.047 0.094 0.055 34 D 0.316 0.079 0.019 0.023 0.329 0.013 0.015 0.014 0.019 0.065 0.108 35 Y 0.184 0.193 0.032 0.012 0.509 0.006 0.008 0.006 0.005 0.015 0.031 36 E 0.373 0.063 0.006 0.001 0.497 0.002 0.002 0.001 0.002 0.006 0.047 37 Y 0.250 0.123 0.010 0.002 0.572 0.002 0.002 0.001 0.001 0.005 0.033 38 K 0.454 0.057 0.010 0.003 0.387 0.008 0.004 0.001 0.001 0.008 0.068 39 L 0.160 0.290 0.059 0.029 0.398 0.012 0.003 0.003 0.003 0.005 0.036 40 T 0.347 0.061 0.022 0.014 0.226 0.027 0.031 0.019 0.019 0.072 0.163 41 G 0.084 0.382 0.154 0.006 0.327 0.003 0.003 0.005 0.002 0.011 0.021 42 F 0.079 0.310 0.017 0.010 0.512 0.008 0.003 0.007 0.003 0.019 0.031 43 D 0.012 0.102 0.814 0.048 0.009 0.006 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 44 K 0.001 0.001 0.022 0.018 0.001 0.024 0.046 0.518 0.364 0.005 0.001 45 D 0.001 0.737 0.238 0.013 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 G 0.005 0.007 0.003 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.528 0.444 47 K 0.035 0.521 0.030 0.001 0.348 0.013 0.027 0.008 0.003 0.009 0.004 48 E 0.651 0.014 0.001 0.001 0.274 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 49 K 0.055 0.270 0.063 0.169 0.249 0.141 0.041 0.004 0.002 0.002 0.006 50 E 0.319 0.059 0.004 0.001 0.597 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 51 L 0.211 0.076 0.006 0.001 0.676 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 52 E 0.246 0.095 0.015 0.001 0.607 0.003 0.005 0.002 0.001 0.006 0.020 53 F 0.281 0.174 0.035 0.005 0.455 0.002 0.002 0.005 0.002 0.003 0.037 54 T 0.154 0.107 0.076 0.071 0.159 0.048 0.023 0.038 0.043 0.165 0.116 55 A 0.042 0.198 0.224 0.190 0.101 0.041 0.040 0.076 0.044 0.027 0.017 56 Q 0.029 0.062 0.046 0.090 0.039 0.083 0.104 0.193 0.133 0.186 0.035 57 K 0.044 0.227 0.177 0.058 0.113 0.034 0.040 0.108 0.092 0.072 0.034 58 N 0.154 0.133 0.052 0.019 0.198 0.015 0.022 0.103 0.077 0.149 0.079 59 L 0.092 0.374 0.170 0.019 0.167 0.009 0.022 0.053 0.025 0.041 0.027 60 R 0.055 0.327 0.354 0.050 0.087 0.012 0.008 0.041 0.018 0.025 0.022 61 K 0.011 0.056 0.033 0.052 0.027 0.106 0.201 0.344 0.147 0.017 0.005 62 E 0.044 0.041 0.043 0.031 0.037 0.013 0.019 0.117 0.117 0.427 0.111 63 A 0.124 0.193 0.038 0.010 0.345 0.014 0.025 0.073 0.035 0.112 0.032 64 F 0.296 0.082 0.011 0.005 0.524 0.004 0.005 0.019 0.007 0.013 0.034 65 L 0.214 0.137 0.013 0.009 0.567 0.007 0.003 0.010 0.004 0.008 0.028 66 R 0.250 0.079 0.008 0.001 0.619 0.002 0.002 0.005 0.002 0.004 0.028 67 V 0.333 0.093 0.006 0.001 0.522 0.001 0.002 0.006 0.002 0.003 0.032 68 Y 0.278 0.102 0.014 0.003 0.522 0.004 0.005 0.008 0.002 0.010 0.052 69 H 0.263 0.130 0.072 0.056 0.281 0.040 0.017 0.030 0.013 0.027 0.071 70 S 0.026 0.078 0.072 0.252 0.047 0.158 0.121 0.132 0.065 0.035 0.013 71 D 0.034 0.076 0.057 0.171 0.040 0.066 0.069 0.155 0.148 0.145 0.040 72 K 0.057 0.068 0.052 0.101 0.070 0.064 0.073 0.095 0.141 0.213 0.066 73 K 0.041 0.223 0.106 0.132 0.122 0.081 0.085 0.058 0.087 0.045 0.020 74 G 0.120 0.108 0.077 0.036 0.179 0.010 0.014 0.030 0.057 0.178 0.191 75 V 0.373 0.118 0.017 0.002 0.362 0.002 0.004 0.013 0.013 0.037 0.059 76 S 0.102 0.109 0.041 0.033 0.235 0.116 0.191 0.041 0.032 0.060 0.040 77 A 0.120 0.413 0.194 0.015 0.205 0.001 0.001 0.002 0.003 0.017 0.029 78 W 0.094 0.023 0.003 0.006 0.108 0.010 0.010 0.133 0.410 0.141 0.062 79 E 0.017 0.103 0.102 0.018 0.052 0.032 0.084 0.374 0.195 0.016 0.006 80 E 0.110 0.030 0.009 0.001 0.078 0.002 0.008 0.051 0.057 0.566 0.087 81 V 0.068 0.528 0.097 0.013 0.220 0.011 0.011 0.018 0.007 0.012 0.015 82 K 0.008 0.577 0.303 0.027 0.055 0.002 0.002 0.007 0.005 0.008 0.004 83 K 0.006 0.005 0.002 0.002 0.020 0.007 0.027 0.410 0.496 0.022 0.003 84 D 0.006 0.008 0.005 0.004 0.007 0.010 0.035 0.503 0.376 0.039 0.008 85 E 0.013 0.016 0.005 0.002 0.022 0.004 0.034 0.113 0.084 0.680 0.025 86 L 0.059 0.472 0.144 0.006 0.142 0.002 0.003 0.097 0.025 0.034 0.016 87 P 0.015 0.464 0.148 0.013 0.054 0.004 0.003 0.197 0.066 0.023 0.013 88 A 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.009 0.818 0.153 0.006 0.001 89 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.850 0.126 0.015 0.001 90 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.910 0.078 0.006 0.001 91 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.837 0.145 0.009 0.001 92 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.043 0.786 0.162 0.004 0.001 93 K 0.001 0.013 0.004 0.002 0.004 0.004 0.141 0.677 0.114 0.039 0.001 94 L 0.019 0.690 0.094 0.001 0.148 0.001 0.001 0.004 0.008 0.026 0.008 95 G 0.352 0.021 0.009 0.008 0.116 0.003 0.006 0.015 0.025 0.126 0.318 96 V 0.147 0.275 0.087 0.005 0.379 0.001 0.002 0.018 0.016 0.028 0.042 97 K 0.046 0.161 0.078 0.091 0.152 0.076 0.101 0.151 0.073 0.038 0.033