# TARGET T0467 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0467.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 47.4357 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.008 0.020 0.696 0.009 0.012 0.019 0.002 0.001 0.007 0.090 0.030 0.037 0.069 2 D 0.013 0.029 0.592 0.006 0.027 0.021 0.003 0.001 0.010 0.059 0.058 0.095 0.087 3 L 0.026 0.050 0.369 0.016 0.062 0.034 0.004 0.001 0.008 0.134 0.098 0.026 0.173 4 N 0.015 0.026 0.391 0.014 0.069 0.025 0.002 0.001 0.007 0.160 0.058 0.174 0.057 5 R 0.006 0.009 0.244 0.014 0.133 0.020 0.001 0.001 0.004 0.105 0.334 0.017 0.112 6 M 0.011 0.017 0.183 0.007 0.080 0.012 0.002 0.001 0.004 0.134 0.440 0.040 0.069 7 G 0.010 0.028 0.189 0.012 0.042 0.008 0.001 0.001 0.002 0.219 0.289 0.142 0.057 8 K 0.008 0.007 0.301 0.016 0.029 0.003 0.001 0.001 0.001 0.269 0.240 0.023 0.103 9 D 0.026 0.007 0.291 0.089 0.022 0.002 0.002 0.001 0.002 0.278 0.106 0.102 0.075 10 E 0.212 0.006 0.105 0.012 0.005 0.001 0.010 0.001 0.002 0.033 0.010 0.134 0.471 11 Y 0.598 0.002 0.026 0.010 0.001 0.001 0.017 0.001 0.002 0.004 0.001 0.172 0.168 12 Y 0.796 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.082 13 V 0.876 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.051 14 Q 0.873 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.053 15 I 0.694 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.104 0.176 16 T 0.408 0.002 0.084 0.008 0.001 0.001 0.012 0.001 0.003 0.021 0.028 0.105 0.329 17 V 0.137 0.007 0.062 0.004 0.004 0.001 0.007 0.001 0.003 0.131 0.344 0.182 0.118 18 D 0.006 0.004 0.045 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.109 0.762 0.034 0.026 19 G 0.004 0.002 0.217 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.349 0.377 0.010 0.025 20 K 0.056 0.012 0.251 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.072 0.023 0.489 0.087 21 E 0.050 0.032 0.042 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.032 0.831 22 V 0.062 0.006 0.146 0.140 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.005 0.001 0.540 0.092 23 H 0.139 0.006 0.099 0.017 0.002 0.001 0.007 0.001 0.002 0.012 0.004 0.148 0.562 24 S 0.173 0.008 0.113 0.021 0.005 0.002 0.011 0.001 0.004 0.031 0.010 0.312 0.310 25 K 0.134 0.025 0.119 0.011 0.006 0.004 0.014 0.001 0.008 0.035 0.021 0.230 0.392 26 A 0.051 0.028 0.279 0.011 0.015 0.009 0.008 0.001 0.008 0.062 0.156 0.063 0.309 27 D 0.014 0.011 0.170 0.004 0.015 0.007 0.002 0.001 0.002 0.104 0.517 0.117 0.037 28 N 0.001 0.002 0.036 0.002 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.092 0.843 0.006 0.008 29 G 0.002 0.002 0.123 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.350 0.486 0.015 0.009 30 Q 0.024 0.016 0.425 0.003 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.168 0.057 0.148 0.146 31 K 0.057 0.070 0.154 0.004 0.004 0.001 0.010 0.001 0.002 0.041 0.013 0.064 0.578 32 Y 0.084 0.032 0.283 0.080 0.008 0.002 0.012 0.001 0.002 0.026 0.013 0.230 0.227 33 K 0.088 0.014 0.181 0.050 0.012 0.004 0.008 0.001 0.003 0.066 0.028 0.336 0.210 34 D 0.072 0.006 0.176 0.065 0.012 0.005 0.006 0.001 0.004 0.078 0.040 0.118 0.417 35 Y 0.153 0.003 0.116 0.040 0.008 0.003 0.007 0.001 0.003 0.048 0.025 0.372 0.223 36 E 0.347 0.004 0.051 0.013 0.002 0.001 0.021 0.001 0.004 0.013 0.007 0.118 0.417 37 Y 0.398 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.003 0.001 0.445 0.128 38 K 0.453 0.002 0.022 0.015 0.001 0.001 0.010 0.001 0.002 0.003 0.001 0.070 0.424 39 L 0.329 0.001 0.019 0.006 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.517 0.117 40 T 0.401 0.001 0.024 0.035 0.002 0.001 0.009 0.001 0.002 0.015 0.018 0.028 0.465 41 G 0.555 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.004 0.003 0.326 0.090 42 F 0.570 0.022 0.011 0.003 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.007 0.004 0.089 0.280 43 D 0.042 0.006 0.425 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.014 0.072 0.406 44 K 0.003 0.001 0.006 0.002 0.009 0.008 0.001 0.001 0.001 0.025 0.933 0.008 0.006 45 D 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.034 0.944 0.002 0.004 46 G 0.003 0.003 0.084 0.032 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.292 0.545 0.022 0.009 47 K 0.031 0.017 0.504 0.002 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.059 0.074 0.091 0.215 48 E 0.101 0.025 0.056 0.005 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.005 0.001 0.015 0.780 49 K 0.150 0.001 0.011 0.011 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.806 0.013 50 E 0.231 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.734 51 L 0.414 0.001 0.018 0.038 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.445 0.052 52 E 0.521 0.001 0.015 0.002 0.001 0.001 0.046 0.001 0.002 0.002 0.001 0.101 0.308 53 F 0.502 0.002 0.031 0.005 0.001 0.001 0.036 0.001 0.003 0.009 0.004 0.153 0.253 54 T 0.257 0.007 0.191 0.020 0.006 0.007 0.022 0.001 0.007 0.045 0.029 0.208 0.202 55 A 0.043 0.013 0.264 0.007 0.027 0.029 0.005 0.001 0.008 0.151 0.202 0.087 0.163 56 Q 0.010 0.008 0.290 0.005 0.080 0.062 0.001 0.001 0.001 0.160 0.310 0.028 0.043 57 K 0.003 0.009 0.179 0.004 0.146 0.090 0.001 0.001 0.001 0.224 0.310 0.020 0.014 58 N 0.003 0.016 0.307 0.003 0.124 0.108 0.001 0.001 0.001 0.091 0.302 0.007 0.038 59 L 0.007 0.038 0.454 0.006 0.068 0.084 0.001 0.001 0.001 0.153 0.124 0.019 0.045 60 R 0.001 0.011 0.723 0.005 0.036 0.050 0.001 0.001 0.001 0.098 0.042 0.019 0.016 61 K 0.001 0.004 0.094 0.006 0.179 0.148 0.001 0.001 0.001 0.092 0.451 0.008 0.015 62 E 0.005 0.002 0.072 0.013 0.085 0.026 0.001 0.001 0.001 0.071 0.692 0.013 0.018 63 A 0.078 0.016 0.279 0.017 0.060 0.019 0.007 0.001 0.012 0.101 0.105 0.098 0.208 64 F 0.264 0.011 0.075 0.024 0.008 0.006 0.016 0.001 0.018 0.022 0.014 0.189 0.353 65 L 0.603 0.001 0.031 0.023 0.001 0.001 0.017 0.002 0.005 0.007 0.004 0.185 0.120 66 R 0.826 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.003 0.001 0.001 0.073 0.075 67 V 0.783 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.031 0.001 0.002 0.001 0.001 0.065 0.111 68 Y 0.776 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.024 0.002 0.005 0.002 0.004 0.104 0.071 69 H 0.440 0.006 0.043 0.005 0.001 0.001 0.023 0.001 0.007 0.016 0.029 0.059 0.368 70 S 0.086 0.008 0.124 0.010 0.008 0.001 0.005 0.001 0.003 0.094 0.385 0.189 0.087 71 D 0.004 0.002 0.057 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.149 0.747 0.009 0.019 72 K 0.003 0.005 0.096 0.003 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.381 0.444 0.035 0.012 73 K 0.011 0.010 0.188 0.005 0.032 0.002 0.001 0.001 0.001 0.281 0.354 0.035 0.079 74 G 0.083 0.040 0.177 0.014 0.034 0.002 0.014 0.001 0.003 0.132 0.153 0.143 0.202 75 V 0.113 0.049 0.207 0.013 0.016 0.001 0.014 0.001 0.003 0.040 0.017 0.103 0.423 76 S 0.120 0.039 0.253 0.069 0.010 0.002 0.016 0.001 0.004 0.059 0.012 0.242 0.173 77 A 0.030 0.016 0.419 0.010 0.010 0.003 0.003 0.001 0.012 0.036 0.008 0.181 0.271 78 W 0.033 0.005 0.112 0.043 0.312 0.031 0.004 0.001 0.007 0.041 0.062 0.012 0.338 79 E 0.036 0.002 0.055 0.105 0.189 0.019 0.007 0.001 0.018 0.082 0.061 0.400 0.026 80 E 0.031 0.013 0.063 0.004 0.172 0.022 0.011 0.001 0.052 0.031 0.035 0.013 0.553 81 V 0.021 0.052 0.330 0.006 0.010 0.016 0.009 0.002 0.077 0.096 0.011 0.323 0.048 82 K 0.002 0.023 0.693 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.027 0.009 0.002 0.007 0.226 83 K 0.001 0.001 0.009 0.001 0.472 0.451 0.001 0.001 0.001 0.002 0.056 0.001 0.005 84 D 0.001 0.001 0.007 0.004 0.684 0.119 0.001 0.001 0.001 0.015 0.164 0.003 0.001 85 E 0.001 0.002 0.013 0.001 0.691 0.096 0.001 0.001 0.001 0.010 0.182 0.001 0.002 86 L 0.001 0.039 0.390 0.001 0.050 0.216 0.001 0.001 0.007 0.196 0.093 0.003 0.007 87 P 0.001 0.006 0.485 0.001 0.020 0.421 0.001 0.001 0.001 0.042 0.021 0.001 0.003 88 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 89 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 90 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 91 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 92 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 93 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.945 0.001 0.001 0.001 0.002 0.040 0.001 0.001 94 L 0.001 0.002 0.052 0.001 0.012 0.657 0.001 0.001 0.001 0.033 0.243 0.001 0.001 95 G 0.001 0.003 0.059 0.001 0.013 0.051 0.001 0.001 0.001 0.031 0.841 0.001 0.001 96 V 0.001 0.005 0.784 0.001 0.006 0.021 0.001 0.001 0.001 0.092 0.087 0.001 0.002 97 K 0.001 0.008 0.925 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.054 0.004 0.002 0.002