# TARGET T0467 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0467.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 47.4357 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.018 0.004 0.007 0.012 0.022 0.021 0.916 2 D 0.074 0.027 0.027 0.035 0.041 0.082 0.714 3 L 0.117 0.046 0.111 0.065 0.162 0.142 0.357 4 N 0.090 0.008 0.137 0.030 0.135 0.119 0.480 5 R 0.078 0.010 0.238 0.043 0.133 0.263 0.236 6 M 0.115 0.027 0.127 0.016 0.158 0.285 0.272 7 G 0.162 0.027 0.042 0.006 0.197 0.157 0.409 8 K 0.117 0.011 0.026 0.003 0.282 0.122 0.439 9 D 0.291 0.009 0.018 0.001 0.192 0.097 0.393 10 E 0.652 0.008 0.005 0.001 0.072 0.022 0.241 11 Y 0.942 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.047 12 Y 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 13 V 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 14 Q 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 15 I 0.986 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 16 T 0.814 0.002 0.001 0.001 0.011 0.013 0.159 17 V 0.392 0.006 0.013 0.008 0.169 0.302 0.111 18 D 0.068 0.002 0.016 0.006 0.225 0.616 0.067 19 G 0.096 0.002 0.023 0.008 0.377 0.360 0.134 20 K 0.552 0.025 0.007 0.023 0.070 0.032 0.291 21 E 0.864 0.031 0.003 0.012 0.014 0.004 0.072 22 V 0.868 0.005 0.003 0.015 0.012 0.004 0.093 23 H 0.759 0.008 0.007 0.017 0.017 0.009 0.183 24 S 0.741 0.007 0.012 0.019 0.055 0.015 0.151 25 K 0.723 0.025 0.019 0.027 0.042 0.037 0.128 26 A 0.422 0.014 0.032 0.027 0.079 0.075 0.350 27 D 0.229 0.016 0.048 0.043 0.096 0.362 0.208 28 N 0.040 0.004 0.030 0.013 0.083 0.787 0.042 29 G 0.043 0.002 0.031 0.005 0.212 0.611 0.095 30 Q 0.166 0.018 0.033 0.005 0.247 0.105 0.426 31 K 0.503 0.093 0.026 0.007 0.050 0.030 0.291 32 Y 0.635 0.033 0.023 0.008 0.043 0.015 0.242 33 K 0.556 0.010 0.027 0.007 0.084 0.086 0.231 34 D 0.581 0.003 0.021 0.003 0.134 0.115 0.143 35 Y 0.796 0.006 0.004 0.003 0.030 0.009 0.151 36 E 0.936 0.004 0.001 0.001 0.008 0.003 0.047 37 Y 0.962 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.028 38 K 0.930 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.060 39 L 0.822 0.003 0.001 0.001 0.016 0.003 0.155 40 T 0.789 0.004 0.002 0.001 0.021 0.005 0.178 41 G 0.920 0.004 0.001 0.001 0.011 0.004 0.059 42 F 0.813 0.106 0.001 0.001 0.022 0.005 0.052 43 D 0.358 0.021 0.001 0.001 0.031 0.005 0.584 44 K 0.018 0.001 0.015 0.001 0.053 0.895 0.016 45 D 0.002 0.001 0.007 0.001 0.020 0.967 0.003 46 G 0.033 0.001 0.019 0.001 0.560 0.322 0.064 47 K 0.262 0.031 0.004 0.001 0.113 0.029 0.561 48 E 0.879 0.039 0.001 0.001 0.017 0.002 0.062 49 K 0.963 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.027 50 E 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 51 L 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 52 E 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 53 F 0.919 0.002 0.001 0.003 0.006 0.008 0.062 54 T 0.678 0.004 0.001 0.009 0.048 0.054 0.206 55 A 0.381 0.007 0.009 0.047 0.174 0.110 0.273 56 Q 0.226 0.020 0.034 0.075 0.143 0.084 0.420 57 K 0.072 0.003 0.105 0.177 0.266 0.228 0.149 58 N 0.122 0.010 0.097 0.170 0.111 0.269 0.221 59 L 0.164 0.051 0.037 0.121 0.162 0.053 0.413 60 R 0.146 0.009 0.056 0.084 0.053 0.061 0.591 61 K 0.062 0.015 0.256 0.115 0.082 0.439 0.031 62 E 0.054 0.004 0.174 0.019 0.067 0.578 0.103 63 A 0.207 0.010 0.061 0.003 0.204 0.139 0.375 64 F 0.683 0.024 0.006 0.001 0.037 0.027 0.221 65 L 0.913 0.003 0.003 0.001 0.008 0.002 0.071 66 R 0.982 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 67 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 68 Y 0.975 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 69 H 0.898 0.008 0.001 0.001 0.004 0.007 0.082 70 S 0.238 0.004 0.013 0.002 0.084 0.512 0.148 71 D 0.024 0.001 0.017 0.001 0.099 0.835 0.023 72 K 0.051 0.003 0.065 0.002 0.281 0.510 0.088 73 K 0.091 0.016 0.049 0.002 0.413 0.250 0.178 74 G 0.408 0.020 0.034 0.002 0.149 0.169 0.220 75 V 0.631 0.049 0.002 0.001 0.018 0.002 0.296 76 S 0.676 0.025 0.001 0.001 0.017 0.002 0.278 77 A 0.586 0.017 0.002 0.002 0.056 0.005 0.332 78 W 0.224 0.003 0.183 0.238 0.037 0.107 0.208 79 E 0.252 0.003 0.230 0.268 0.075 0.092 0.081 80 E 0.331 0.021 0.172 0.160 0.060 0.046 0.210 81 V 0.441 0.142 0.021 0.111 0.080 0.017 0.189 82 K 0.192 0.040 0.020 0.092 0.027 0.029 0.600 83 K 0.002 0.001 0.452 0.422 0.004 0.113 0.008 84 D 0.001 0.001 0.433 0.332 0.012 0.218 0.004 85 E 0.002 0.007 0.681 0.149 0.015 0.125 0.022 86 L 0.013 0.033 0.040 0.232 0.279 0.036 0.366 87 P 0.012 0.013 0.032 0.193 0.023 0.019 0.707 88 A 0.001 0.001 0.053 0.901 0.008 0.031 0.005 89 K 0.001 0.001 0.018 0.945 0.002 0.028 0.006 90 V 0.001 0.001 0.019 0.964 0.001 0.008 0.006 91 K 0.001 0.001 0.013 0.971 0.002 0.007 0.007 92 E 0.001 0.001 0.030 0.930 0.003 0.027 0.009 93 K 0.003 0.001 0.028 0.875 0.008 0.069 0.017 94 L 0.005 0.006 0.032 0.560 0.046 0.285 0.065 95 G 0.009 0.004 0.015 0.103 0.083 0.598 0.189 96 V 0.010 0.006 0.002 0.018 0.057 0.016 0.891 97 K 0.004 0.002 0.001 0.002 0.008 0.002 0.981