# TARGET T0467 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0467.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 47.4357 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.212 0.291 0.238 0.101 0.076 0.027 0.015 0.007 0.023 0.009 0.001 2 D 0.111 0.139 0.233 0.100 0.030 0.181 0.107 0.004 0.089 0.003 0.003 3 L 0.316 0.186 0.150 0.269 0.020 0.030 0.008 0.003 0.017 0.002 0.002 4 N 0.112 0.190 0.319 0.109 0.078 0.065 0.060 0.007 0.053 0.007 0.001 5 R 0.295 0.192 0.305 0.104 0.027 0.037 0.011 0.004 0.019 0.003 0.003 6 M 0.201 0.165 0.255 0.274 0.026 0.032 0.017 0.004 0.024 0.002 0.001 7 G 0.063 0.095 0.216 0.067 0.217 0.016 0.051 0.138 0.011 0.124 0.001 8 K 0.145 0.281 0.253 0.112 0.124 0.022 0.020 0.009 0.018 0.014 0.001 9 D 0.146 0.255 0.214 0.141 0.172 0.017 0.018 0.013 0.011 0.012 0.002 10 E 0.037 0.561 0.179 0.068 0.126 0.013 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 11 Y 0.002 0.771 0.087 0.006 0.117 0.007 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 12 Y 0.001 0.853 0.048 0.002 0.081 0.006 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 13 V 0.001 0.872 0.065 0.001 0.042 0.007 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 14 Q 0.001 0.728 0.209 0.001 0.006 0.033 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 15 I 0.001 0.704 0.229 0.001 0.009 0.039 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 16 T 0.015 0.535 0.377 0.008 0.019 0.031 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 17 V 0.114 0.613 0.070 0.030 0.093 0.019 0.005 0.001 0.048 0.006 0.001 18 D 0.043 0.055 0.140 0.242 0.008 0.045 0.359 0.002 0.101 0.003 0.001 19 G 0.005 0.001 0.023 0.005 0.022 0.001 0.046 0.804 0.001 0.092 0.002 20 K 0.056 0.432 0.430 0.019 0.033 0.014 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 21 E 0.023 0.219 0.696 0.004 0.006 0.035 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 22 V 0.089 0.591 0.168 0.045 0.049 0.036 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 23 H 0.094 0.375 0.323 0.048 0.081 0.048 0.006 0.001 0.021 0.002 0.001 24 S 0.062 0.521 0.129 0.036 0.200 0.018 0.005 0.003 0.023 0.002 0.001 25 K 0.152 0.381 0.295 0.047 0.041 0.032 0.006 0.003 0.040 0.002 0.001 26 A 0.301 0.214 0.315 0.069 0.038 0.027 0.006 0.003 0.019 0.007 0.001 27 D 0.372 0.099 0.072 0.302 0.018 0.058 0.029 0.003 0.041 0.005 0.001 28 N 0.059 0.015 0.078 0.394 0.014 0.009 0.387 0.016 0.012 0.015 0.001 29 G 0.010 0.001 0.018 0.016 0.008 0.001 0.089 0.807 0.001 0.049 0.001 30 Q 0.078 0.314 0.479 0.041 0.026 0.027 0.015 0.003 0.016 0.001 0.001 31 K 0.058 0.394 0.431 0.032 0.018 0.041 0.007 0.001 0.016 0.001 0.001 32 Y 0.058 0.486 0.262 0.044 0.088 0.033 0.006 0.002 0.019 0.002 0.001 33 K 0.073 0.530 0.149 0.050 0.158 0.013 0.006 0.002 0.016 0.004 0.001 34 D 0.032 0.463 0.261 0.055 0.097 0.039 0.018 0.002 0.031 0.001 0.001 35 Y 0.012 0.546 0.211 0.023 0.164 0.017 0.007 0.003 0.015 0.002 0.001 36 E 0.007 0.754 0.177 0.006 0.032 0.013 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 37 Y 0.004 0.695 0.138 0.005 0.123 0.016 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 38 K 0.006 0.741 0.185 0.004 0.019 0.024 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 39 L 0.011 0.445 0.383 0.005 0.040 0.059 0.006 0.001 0.049 0.001 0.001 40 T 0.059 0.407 0.403 0.026 0.028 0.042 0.003 0.001 0.029 0.001 0.001 41 G 0.016 0.194 0.166 0.027 0.496 0.009 0.012 0.030 0.007 0.042 0.001 42 F 0.009 0.513 0.277 0.029 0.143 0.015 0.002 0.001 0.009 0.002 0.001 43 D 0.002 0.086 0.764 0.003 0.054 0.068 0.001 0.001 0.018 0.003 0.001 44 K 0.942 0.005 0.006 0.038 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 45 D 0.094 0.001 0.015 0.836 0.001 0.003 0.044 0.001 0.005 0.001 0.001 46 G 0.004 0.001 0.016 0.010 0.005 0.001 0.098 0.845 0.001 0.022 0.001 47 K 0.078 0.232 0.620 0.029 0.012 0.015 0.007 0.001 0.004 0.002 0.001 48 E 0.017 0.201 0.735 0.007 0.004 0.025 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 49 K 0.020 0.628 0.238 0.015 0.045 0.024 0.004 0.001 0.025 0.001 0.001 50 E 0.006 0.328 0.592 0.002 0.006 0.052 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 51 L 0.007 0.639 0.249 0.005 0.022 0.053 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 52 E 0.010 0.756 0.125 0.007 0.070 0.018 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 53 F 0.016 0.714 0.107 0.018 0.102 0.023 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 54 T 0.020 0.566 0.163 0.022 0.137 0.030 0.005 0.001 0.053 0.003 0.001 55 A 0.219 0.230 0.227 0.047 0.172 0.026 0.017 0.008 0.019 0.033 0.001 56 Q 0.349 0.082 0.295 0.169 0.021 0.042 0.014 0.005 0.016 0.006 0.003 57 K 0.311 0.104 0.147 0.160 0.061 0.019 0.134 0.035 0.019 0.010 0.001 58 N 0.214 0.043 0.103 0.314 0.010 0.065 0.212 0.009 0.028 0.001 0.001 59 L 0.086 0.291 0.441 0.057 0.046 0.047 0.010 0.003 0.016 0.002 0.001 60 R 0.108 0.313 0.410 0.037 0.035 0.039 0.015 0.001 0.036 0.005 0.001 61 K 0.454 0.066 0.394 0.046 0.013 0.011 0.005 0.002 0.003 0.003 0.001 62 E 0.186 0.044 0.075 0.334 0.036 0.014 0.181 0.109 0.014 0.006 0.001 63 A 0.035 0.341 0.438 0.054 0.072 0.023 0.014 0.005 0.014 0.003 0.001 64 F 0.012 0.697 0.189 0.009 0.066 0.011 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 65 L 0.007 0.691 0.234 0.005 0.032 0.017 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 66 R 0.002 0.768 0.139 0.001 0.047 0.024 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 67 V 0.003 0.882 0.056 0.002 0.037 0.011 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 68 Y 0.004 0.806 0.131 0.003 0.024 0.022 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 69 H 0.018 0.704 0.131 0.031 0.045 0.032 0.002 0.001 0.035 0.001 0.001 70 S 0.028 0.373 0.151 0.029 0.216 0.022 0.044 0.004 0.081 0.050 0.001 71 D 0.191 0.023 0.065 0.178 0.033 0.022 0.392 0.043 0.013 0.037 0.002 72 K 0.352 0.097 0.106 0.294 0.020 0.019 0.065 0.032 0.009 0.004 0.002 73 K 0.133 0.181 0.298 0.207 0.045 0.013 0.089 0.011 0.020 0.003 0.001 74 G 0.049 0.041 0.166 0.059 0.108 0.014 0.184 0.284 0.004 0.091 0.001 75 V 0.016 0.543 0.356 0.008 0.044 0.025 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 76 S 0.219 0.247 0.066 0.428 0.023 0.009 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 77 A 0.002 0.472 0.076 0.003 0.439 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 78 W 0.116 0.500 0.121 0.055 0.149 0.014 0.009 0.008 0.022 0.004 0.001 79 E 0.051 0.628 0.175 0.011 0.082 0.010 0.005 0.001 0.036 0.001 0.001 80 E 0.090 0.175 0.611 0.021 0.006 0.077 0.003 0.001 0.014 0.001 0.003 81 V 0.061 0.480 0.326 0.041 0.031 0.042 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 82 K 0.005 0.218 0.680 0.002 0.019 0.054 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 83 K 0.979 0.002 0.005 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 D 0.955 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 E 0.461 0.005 0.005 0.512 0.003 0.003 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 86 L 0.605 0.067 0.152 0.084 0.005 0.030 0.013 0.002 0.037 0.003 0.001 87 P 0.753 0.007 0.197 0.006 0.001 0.026 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 88 A 0.978 0.001 0.006 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 K 0.976 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 90 V 0.979 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 K 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 E 0.986 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 K 0.924 0.002 0.004 0.067 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 L 0.372 0.011 0.028 0.577 0.002 0.002 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 95 G 0.115 0.010 0.027 0.078 0.019 0.013 0.473 0.215 0.006 0.043 0.001 96 V 0.145 0.306 0.332 0.142 0.020 0.029 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 97 K 0.164 0.183 0.374 0.064 0.077 0.038 0.030 0.019 0.023 0.028 0.001